利用分散量理論辨識外膜蛋白
2008-01-01 00:00:00鄒凌云王正志黃教民
生命科學研究 2008年4期
摘要：利用分散量的數學理論，提出了基于最小分散增量的蛋白質序列辨識方法，通過多種特征聯合對蛋白質序列進行編碼，并建立基于最小分散增量的分類器MID_OMP，應用于革蘭氏陰性細菌外膜蛋白序列辨識，在數據集上的Jackknife測試中，MID_OMP辨識外膜蛋白和α螺旋跨膜蛋白的準確率達到95.7％，辨識外膜蛋白和球狀蛋白的準確率達到91.0％；在14個細菌基因組內挖掘結果顯示，MID_OMP具有較高的敏感性和特異性，預測結果的可信度明顯優于另外一種OMPs挖掘工具TMBETA-GENOME。
關鍵詞：外膜蛋白；分散量；分散增量；挖掘
中圖分類號：Q516 文獻標識碼：A 文章編號：1007-7847(2008)04-0303-06
