陳云林接任大陸海峽兩岸關系協會會長后,第一件大事就是接待臺灣海峽交流基金會代表團。
6月11日下午3時許,海基會董事長江丙坤一行抵達北京,海協會5名副會長前往首都國際機場迎接。
12日上午9時許,陳云林與江丙坤在北京釣魚臺國賓館舉行會談。雙方就盡快解決兩岸周末包機和大陸居民赴臺旅游兩項議題交換了意見,并就推進兩會協商、加強兩會聯系交往等事宜進行了討論。這是兩會領導人10年來首次會談,標志著中斷9年的兩會制度化協商正式恢復。陳云林指出,新形勢下兩會協商,應該牢牢把握兩岸關系和平發展的方向,海協會愿意秉持“建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏”的精神,與海基會平等協商,積極溝通,擴大共識,務實解決兩岸同胞關心的各種問題。江丙坤表示,樂見兩會正常互動的恢復,希望兩會發揮協商、交流與服務的橋梁與管道功能,為兩岸人民福祉多作貢獻,為兩岸關系的和平、穩定,奠定基礎。
會談結束后,兩會有關人員隨即就兩岸周末包機和開放大陸居民赴臺旅游展開協商。

12日下午,中共中央臺辦、國務院臺辦主任王毅在釣魚臺國賓館會見江丙坤和海基會代表團主要成員。王毅指出,海協會與海基會在“九二共識”基礎上恢復商談,標志著兩岸關系朝和平發展方向邁出了新的一步。發展兩岸關系,建立互信是首要,而建立互信的根本基礎是反對“臺獨”、堅持“九二共識”。江丙坤表示贊同胡總書記“建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏”的十六字主張。
當日下午,江丙坤一行還到香山碧云寺拜謁孫中山先生衣冠冢,并參觀了北京奧運會棒球場和國家游泳中心“水立方”。
13日上午9時許,陳云林和江丙坤簽署了《海峽兩岸包機會談紀要》與《海峽兩岸關于大陸居民赴臺灣旅游協議》。這是1993年“汪辜會談”簽署4項協議后兩會簽署的首批協議,是“汪辜會談”后兩岸協商談判取得的重要成果。
根據《紀要》,周末包機每周五至下周一共4個全天,自7月4日實施,首發團當天啟程。大陸同意先行開放5個航點,并陸續開放其他航點,臺灣同意開放8個航點;雙方同意在初期階段,每周各飛18個往返班次;雙方同意盡快協商開通兩岸直達航路和建立雙方空管方面的直接交接程序,但在直達航路開通前,包機航路暫時繞經香港飛行(航)情報區。
根據《協議》及附件,赴臺游7月18日實施,7月4日首發;以組團方式實施,團進團出,每團限10-40人之間,在臺停留不超過10天;共同監督旅行社經營行為;各自建立應急協調處理機制;就旅游者逾期停留問題建立工作機制;互設旅游辦事機構。接待一方旅游配額以平均每天3000人次為限,組團一方視市場需求安排,第二年再視情協商作出調整。
13日下午,中共中央總書記胡錦濤在釣魚臺國賓館會見了江丙坤一行。胡錦濤指出,海協會和海基會在“九二共識”的共同政治基礎上恢復商談并取得實際成果,標志著新形勢下兩岸關系改善和發展有了一個良好開端,表明兩岸雙方有智慧、有能力通過協商談判解決有關問題,造福兩岸同胞。他強調,建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏的主張已經得到了兩岸雙方的認同,應該把這一精神貫徹于兩會商談之中。胡錦濤希望兩會今后在商談中做到“平等協商、善意溝通、積累共識、務實進取”。
6月14日,江丙坤返臺后說,兩岸兩會恢復協商并達成協議,是1993年以來兩會第一張“成績單”。