2008年11月3日至7日,海協會會長陳云林率領海協會協商代表團訪臺。中臺辦、國臺辦主任王毅高度評價了這次海協會協商代表團赴臺商談:陳會長和代表團全體成員不辱使命,不負重托,很好地完成了這次歷史性的兩會商談任務,為兩岸關系書寫了新的歷史,是一次開拓之旅、合作之旅、和平之旅。
11月4日,陳云林與海基會董事長江丙坤分別在《海峽兩岸空運協議》、《海峽兩岸海運協議》、《海峽兩岸郵政協議》和《海峽兩岸食品安全協議》四項協議文件上一一簽字。這四項協議順利簽署后,兩岸大體上完成\"三通\"進程,這將為今后兩岸關系更加全面發展提供必要的條件和基礎。這意味著,由1979年全國人大常委會《告臺灣同胞書》所首倡的兩岸\"三通\"主張,在兩岸同胞持續不懈的共同努力下,終于經兩岸制度化協商而煥然成形。
陳云林宣布,大陸同胞贈送給臺灣同胞的一對大熊貓\"團團\"、\"圓圓\",在履行完相關手續后,即將抵臺,落戶臺北市木柵動物園。同時,他受汶川地震災區羌族同胞的委托,向臺灣方面贈送17棵珙桐樹苗,以表達災區同胞和大陸同胞對汶川大地震發生后,臺灣各界人士對大陸受災同胞慷慨捐贈、無私援助的深深謝意。江丙坤表示,臺灣方面一定會好好保護贈臺大熊貓和珙桐樹苗,讓它們茁壯成長,也希望兩岸加強動植物保育方面交流與合作。他宣布,臺灣方面回贈臺灣特有的保育類動物長鬃山羊和梅花鹿。陳云林代表大陸同胞接受,并表示衷心感謝。
陳云林在臺期間,國民黨名譽主席連戰、親民黨主席宋楚瑜等分別舉行宴會,歡迎陳云林及其率領的海協會協商代表團一行。臺灣當局領導人馬英九6日上午在臺北賓館會見了陳云林及協商代表團主要成員、海基會董事長江丙坤等海基會人員。賓主雙方在親切友好的氣氛中,互贈了禮品。
陳云林訪臺后,兩會制度化協商已經站在一個新的出發點上,兩岸關系的發展也呈現出前所未有的光明前景。為兩岸同胞謀福祉,為臺海地區謀和平,攜手迎接中華民族的偉大復興,符合兩岸同胞的共同愿望,符合歷史潮流的前進方向。