一是完善了流域管理體制和協調機制。明確了太湖流域實行流域管理與行政區域管理相結合的管理體制，國家建立健全太湖流域管理協調機制。規定了國務院水行政、環境保護等部門、太湖流域管理機構和縣級以上地方人民政府有關部門的管理職責。

二是建立了飲用水安全保障制度。強化了地方人民政府的飲用水水源保護責任，要求合理確定水源地，劃定保護區，建立日常巡查和監督制度。完善了供水安全應急保障制度，要求建設應急備用水源和跨行政區域聯合供水項目，編制供水安全應急預案。規范了供水安全事故應對工作，要求對供水水質組織實時監測和預警，依法啟動應急預案，優先保障居民生活飲用水。

三是規范了流域水資源配置和保護。明確了水資源配置與調度的原則和權限；實行重點河湖取水總量控制制度，對取水總量已經達到或者超過取水總量控制指標的，不得批準建設項目新增取水。落實了水功能區保護措施，加強水功能區監測和治理，在太湖流域從事開發利用活動要符合水功能區保護的要求。健全了節水、清淤疏浚、地下水保護制度，禁止擅自開采承壓地下水。

四是強化了水污染防治措施。

五是加強了防汛抗旱和水域岸線保護。完善了防汛抗旱調度的職責和權限。明確了興建建設項目應當符合流域綜合規劃和岸線利用管理規劃，不得縮小水域面積，不得降低行洪和調蓄能力，不得擅自改變水域、灘地使用性質；臨時占用水域、灘地的，要及時恢復原狀。規范了圩區建設和治理，嚴格控制聯圩并圩。禁止在太湖岸線內圈圩或者圍湖造地。

六是完善了保障機制和監督措施。強化了地方人民政府在調整經濟結構、優化產業布局等方面的責任。對太湖流域水資源保護和水污染防治實行地方人民政府目標責任制與考核評價制度。明確了對減少排污的企業和農民實施扶持。要求建立太湖流域監測體系和信息共享機制。規定了暫停辦理可能產生污染的建設項目有關審批手續的措施。

此外，對各類違法行為規定了嚴格的法律責任。