雖然大量證據表明,化學突觸是情感障礙一個潛在的關鍵點,然而分子損害如何差異地影響特定的突觸連接仍知之甚少。例如,軸突蛋白(neurexin)1a、軸突蛋白2和接觸蛋白相關蛋白樣蛋白2(contactin associated protein-like protein 2,CNTNAP2或CASPR2),即軸突蛋白超家族跨膜分子的所有成員,已被證實在神經精神障礙中有重要作用。這些蛋白缺失導致的缺陷已被確認,與它們在興奮性細胞上的作用有關。值得注意的是,其它疾病相關基因如BDNF和ERBB4也牽涉到精神障礙中特定的中間神經元突觸。與此相符,皮質中間神經元的功能障礙已被證實與癲癇、精神分裂癥和自閉癥相關。Karayannis等用針對突觸相關分子的微陣列芯片掃描發現,Cntnap4(也叫Caspr4)高度富集在發育小鼠的中間神經元。他們的研究結果顯示Cntnap4位于突觸前,其缺失會導致皮質小清蛋白(parvalbumin)陽性的γ-氨基丁酸(GABA)能籃狀細胞產生減少,但會增加中腦伏核多巴胺能神經遞質的釋放。在Cntnap4突變的小鼠中,感覺運動門控和修飾內在表型反應了在這些疾病相關神經元中的突觸缺陷;這些癥狀可以被藥物逆轉,從而為治療精神障礙提供了可能。