生物醫學領域預印本的現狀與發展

秦文珍+肖瓊

作者簡介：秦文珍（１９７６－），女，館員，學士，研究方向：圖書期刊情報與信息管理。·業務研究·

〔摘要〕作為目前學術研究最活躍的生物醫學領域，其預印本在最近才有所突破性發展。按照創辦時間順序，詳細介紹了國際上三大生物醫學預印本系統：arXiv數量生物學預印本、PeerJ預印本和bioRxiv預印本。在對它們進行系統比較分析的基礎上，對生物醫學預印本的未來發展進行了展望。

〔關鍵詞〕預印本；生物醫學；數量生物學；PeerJ預印本；bioRxiv預印本

ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００８－０８２１．２０１４．０４．０３２

〔中圖分類號〕Ｇ２５５２〔文獻標識碼〕Ｂ〔文章編號〕１００８－０８２１（２０１４）０４－０１４２－０４

The Current Situation and Development of Preprints in

Biology and Medicine Science FieldQin WenzhenXiao Qiong

（Library，Chongqing University of Posts and Telecommucations，Chongqing 400065，China）

〔Ａｂｓｔｒａｃｔ〕Biology and medicine science are the most active academic research filed;however,the dramatic development of its preprints was achieved in recent years.Three international preprint systems,such as arXiv quantative biology,PeerJ and bioRxiv preprints,in biology and medicine science field were introduced in detail according to their founding time.On the basis of the comparative analysis of the current three preprint systems,the development of the biomedicine preprints in the future was forecasted.

〔Ｋｅｙｗｏｒｄｓ〕preprint;biomedicine;quantative biology;PeerJ preprint;bioRxiv preprint

預印本由英文preprint（前綴pre-和print組合形成）翻譯而來。預印本指“科研工作者的研究成果還未在正式出版物上發表，而出于與同行進行交流的目的，自愿先在學術會議或者通過互聯網發布的科研論文、科技報告等文章”［１］。簡單的說，預印本就是指論文完成之后，還沒有經過同行評審時的那個版本。與預印本相反，經過同行評審，多次校對并已經正式發表的論文則稱為后印本后印本（postprint）。預印本系統則是專門收集預印本的一種網絡數據庫，科研人員自愿向其提交自己沒有經過同行評議的科研論文，同行可以對系統中的預印本內容進行評價［２］。

上世紀90年代，計算機網絡技術的發展為預印本的出現和成長提供了外部條件。同時由于傳統形式的科學出版物評審和出版周期相對較長，這種滯后的出版體制促成了預印本作為交流系統時效性一種平衡機制的發展，從而很快成為一種重要信息源匯入網絡學術信息流中。今天信息時代的預印本改變了傳統學術交流的理念與模式，引起了人們的高度關注。目前，預印本現在已經延伸到各個學科，繼天文學、物理學、計算機科學、數學、化學之后，人文科學和社會科學也出現了預印本庫。生物醫學作為目前學術研究最活躍的領域，每年發表的論文數量占所有論文中的比例最高。物理學、數學和社會學有自己的預印文本發表網站，然而生物醫學一直沒有這樣的形式。作為自然科學重要組成的生物醫學領域的預印本狀況直至今年才所有改觀，但必將很快得到飛速發展。

１arXiv數量生物學預印本

1991年8月美國國家科學基金會和能源部資助洛斯阿拉莫斯國家實驗室（Los Alamos National Laboratory）建立了arXiv預印本系統。目前它已經成為世界上建立最早、規模最大、建設最成功的預印本系統，是其它學科型預印本系統的典范［２］。arXiv系統收集包括物理、數學、計算科學、定量財務、數量生物學以及統計學等六大類學科領域預印本，其中物理學學科所收集的論文最多［３］。

2003年9月arXiv系統開始設立數量生物學子系統，是有關生物科學最早的預印本系統。arXiv系統開始設立數量生物學子系統，主要是當時越來越多來自物理學、數學和計算機科學的研究者從事生物進化的研究，這些研究使得生物科學研究定量化，因此在以物理學為主的arXiv系統中設立了數量生物學子系統。arXiv數量生物學預印本系統收集包括生物分子、基因組學、分子網絡、亞細胞加工過程、細胞行為、神經元和認知、組織和器官、群體和進化、數量生物學方法等領域的論文［４］。arXiv系統數量生物學學科的論文在最近2年有了飛速發展，如2011年收集的論文為767篇，2012增加到1 058篇，2013年僅前11月就增加到1 423篇，年遞增幅度超過30%（圖１）［５］。2013年預計收集的論文超過1 500篇，并且在收集的論文中，有的已在生物學國際頂尖期刊，如自然通訊（Nature Communications）、科學公共圖書館生物學（PLoS Biology）發表［６］。雖然相對于arXiv系統中的天體物理學和高能物理學的論文數，數量生物學的論文雖然僅占一小部分，但其年增加率在近年超過了天體物理學和高能物理學領域，讓遺傳學家看到了arXiv發展的巨大潛力［７］。盡管如此，arXiv系統數量生物學發布的預印本主要來自基于基因組數據開展研究的生物學家的研究論文，arXiv并沒有打算擴展到更多的生物學領域。

圖１arXiv系統數量生物學論文統計（2003年的論文為9～12月收集的論文，2013年的論文僅為1～11月收集的論文）

２PeerJ預印本

2012年6月，為了降低開放存取期刊的發表費用，被譽為開放存取期刊航母的PLoS ONE的原出版人Peter Binfield和Mendeley研發部前首席科學家Jason Hoyt創辦了主要領域為生物學和醫學的開放獲取期刊PeerJ。PeerJ采用“一次付費，終生出版”的模式，即用戶僅需一次支付會員費用，便可以享受終生免費出版的權利［８］。PeerJ有PeerJ正式期刊（以下簡稱PeerJ期刊）和PeerJ預印本（PeerJ PrePrints）兩種出版物。PeerJ期刊是一種開放獲取、同行評議的學術期刊，采用會員付費模式，并于2012年12月正式出版了第一期。2013年4月PeerJ預印本建立，它是一種類似于arXivorg的預印本服務，包括“公共預印本”（“public pre-print”）和“私人預印本”（“private pre-prints”）兩種類型。盡管PeerJ預印本有2種類型，但一般都被默認為對所有讀者開放的“公共預印本”［８］。作者可以對PeerJ“公共預印本”論文內容的開放程度和開放對象進行隱私設置，如開放內容可以是論文的標題、標題與摘要或者全部草稿；開放對象可以是選定的同事、PeerJ任何成員或者所有讀者［９］。

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PeerJ預印本不同于arXiv系統，前者收集生物科學、醫學和健康科學的論文，而不涉及物理、數學等其他自然學科［１０］。arXiv系統涉及的生物學科主要是數量生物學，而PeerJ預印本包括生物學科、醫學的各個領域，范圍非常廣泛而具體，例如生物科學羅列了40個學科，醫學科學更是列舉了48個學科［１１］。從今年4月到11月，PeerJ預印本已經收集了129篇論文［１２］。起初，PeerJ采取一次支付會員費用，便可以享受終生免費出版的權利。對于PeerJ預印本，各類型的PeerJ會員可以提交沒有數量限制的公共預印本，但對于“基本計劃”的PeerJ會員每年只能在PeerJ期刊上免費發表1篇文章［８］。為了避免會員顧慮在PeerJ期刊上免費發表論文數量限制而影響其提交PeerJ預印本以及在更好促進學術交流，從2013年11月11日起，任何作者都可以無限量免費在其預印本網站發表預印本［１３］。

３bioRxiv預印本

作為一個收集物理學、數學、計算機科學與數量生物學等學科論文預印本的arXiv已經存在了20多年，是科學家分享論文草稿的主要平臺。然而作為目前學術研究最活躍的生物科學領域一直沒有這樣的預印本文獻庫模式，arXiv也并沒有拓展到其他生物學如分子和細胞生物學領域的計劃，因此arXiv對大多數生物學研究者并沒有影響。不僅是生物科學研究者，而且生物期刊出版者也希望生物科學有自己的預印本［１４］。2003年11月11日，世界知名的非營利機構美國冷泉港實驗室（Cold Spring Harbor Laboratory，CSHL）效仿arXiv啟動了BioRxiv，旨在將BioRxiv打造為生物學家專有的預印本文獻庫［６］。BioRxiv的目標是，加速研究傳播，并在科學家的論文正式開始同行評議前，使其獲得論文反饋的機會。BioRxiv并不是與arXiv競爭，而是對arXiv的有效補充［６］。

BioRxiv并不是一個新概念。14年前，當時的美國國立衛生研究院主管Harold Varmus提出，應該為生物學論文建立一個預印本服務器［１４］。BioRxiv咨詢委員會由15名成員組成，包括arXiv創建者Paul Ginsparg和Anurag Acharya、谷歌學術搜索的共同創立者等。在BioRxiv上，提交文章和閱讀文章都是免費的。盡管任何人都能在BioRxiv上提交論文，但不是任何文章都能發表。超過40名相關科學家家已經同意對文章進行篩選，以確保BioRxiv的專業性和科學性。

BioRxiv只針對生命科學領域，而不涉及醫藥學。因此，臨床試驗和其他與醫藥學相關的研究將無法發表。不過，人類基因數據是一個例外。如果物理學、數學和社會科學與生命科學有直接關聯的論文也可以向BioRxiv提交。BioRxiv覆蓋生物科學的各個領域，包括23個具體研究領域，向其提交論文必需歸屬到具體研究領域［１５］。BioRxiv的論文按照結果分為新結果（New Results）、證實結果（Confirmatory Results）和相反結果（Contradictory Results）等3類，作者提交論文時必需指明其中的一種類型［１６］。截止到11月底僅20天的時間，BioRxiv接受的論文就達59篇，涵蓋其指定的23個生命科學領域中的16個［１７］。

４生物醫學預印本系統的比較分析

與開放獲取發表論文不同，預印本論文仍可以在其他雜志上發表。惟一重要的是可以作為提前進行有效學術交流的一種途徑，可以讓作者提前接受讀者的評論，能有效提高論文質量和交流效果，極大地提高學術交流的時效性，顯然也能成為發表優先權的一個重要證據。盡管10年前世界上目前最大的arXiv預印本開始發表數量生物學的論文，但由于其沒有拓展到其他更加廣泛的生物醫學領域，并沒有引起更多生物醫學研究者的關注。今年PeerJ和bioRxiv預印本系統先后創建，這對生物醫學領域的學者來說無疑是一個非常重要的好消息。究其原因在于：（1）與arXiv相比，PeerJ和bioRxiv涉及的生物醫學領域更多的學科，更加專業具體；（2）與arXiv相比，PeerJ和bioRxiv的咨詢委員會成員和合作單位、編輯來自更加知名、廣泛的生物醫學領域，為其發展提供更加科學的指導，為其論文質量控制把關。如PeerJ已經有800多位世界級學術編輯，bioRxiv的15位咨詢委員會成員絕大多數來自世界頂級大學和研究機構［１５］。

與arXiv一樣，PeerJ和bioRxiv都是采取免費發表的方式，但它們在在開放程度上是有所不同的：arXiv和PeerJ采用CC-BY完全共享協議，是完全開放獲取的；而bioRxiv為作者提供了不同的開放協議，包括一些很受限制的協議，如CC-BY-NC、CC-BY-ND、CC-BY-NC-ND等（表１）。此外，在運行模式上，PeerJ和bioRxiv采取集中模式，而arXiv采取集中和鏡像并存模式，目前arXiv設有9個鏡像站點［１８］。PeerJ與bioRxiv相比較，至少有3方面有所不同：（1）內容的開放程度：PeerJ預印本采用完全開放獲取的CC-BY共享協議；而bioRxiv為作者提供了一些受限的不同的開放協議，包括CC-BY-NC、CC-BY-ND、CC-BY-NC-ND等。（2）學科覆蓋的范圍：bioRxiv涵蓋生物科學的分支領域；而PeerJ PrePrints涵蓋了生物科學、醫學和健康科學的領域。（3）PeerJ PrePrints另一個特色是它跟母刊PeerJ期刊有機的結合，作者可以很方便的將發布的預印本投稿到PeerJ期刊，有助于論文的整個出版流程。

表１國際生物醫學預印本系統比較表

預印本創建時間學科領域提交途徑質量控制運行模式知識共享協議arXiv2003年9月數量生物學www界面相對嚴格集中和鏡像模式CC-BYPeerJ2013年4月生物學科、醫學

和健康科學www界面相對更專業集中模式CC-BYbioRxiv2013年11月生物科學www界面相對更專業集中模式CC-BY、CC-BY-NC、

CC-BY-ND、CC-BY-ND注：BY（署名）、BY-NC（署名-非商業性）、BY-ND（署名-禁止演繹）、BY-NC-ND（署名-非商業性-禁止演繹）５展望

生物科學領域每年發表的論文數量在所有論文中的比例最高，是目前學術研究最活躍的科學領域，然而直到今年才出現PeerJ和bioRxiv 2大國際預印本系統，并沒有像物理學、數學等其他學科有影響力非常強大的預印本系統，諸如arXiv預印本系統。究其原因是多方面的：（1）生物醫學研究結果的商業應用潛力使得研究者不愿意以預印本形式提前發表；（2）讀者對研究結果的不熟知可能會影響公共健康實踐，因此研究者不會輕易將研究結果公布在沒有非常嚴格審查的預印本系統中；（3）最重要的原因也許在目前生物醫學期刊的影響力過于強大，期刊名成為論文質量的代言人。例如生物醫學研究者在國際自然科學3大頂尖期刊Nature（自然）、Science（科學）和Cell（細胞）上發表論文，將會改變他們在生物醫學領域中的職業生涯，而物理研究者卻是并不能如此。雖然Nature在其作者指南說，作者發布預印本不影響在Nature系列期刊投稿，但是Science很多時候并不鼓勵作者提前發布預印本，認為會影響文章（正式發表前）的原創性，更為嚴重的是Cell及其子刊不支持預印本發布。因此，生物醫學研究中的重要創新研究結果一般不會以預印本形式提前公布。

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現在PeerJ和bioRxiv 2大國際預印本系統先后創建，并將對目前生物醫學領域的學術交流模式產生重要影響，尤其是bioRxiv系統是美國知名的非營利生物醫學機構——美國冷泉港實驗室由創辦，憑借其影響力必將產生更大的作用。然而這種影響顯然需要一個過程，因為目前的生物醫學期刊，尤其是近年的開放存取期刊的影響確實太大。例如開放存取期刊“航母”PLoS ONE 2013年發表的論文將超過3萬篇，約是國際科學引文索引（SCI）數據庫年度發文數量的3%，而且其論文發表費下調至1 350美元，并且現在PLOS正在探索新的出版模式，試圖完全采用先發表后同行評價模式［１９］。這種模式和預印本模式已經非常接近，不同的是預印本模式是在正式發表前進行交流，而這種新的模式是先發表后評價，共同的特征是將發表和評價脫鉤，這確實是對當前學術出版的重要改革。

雖然PeerJ預印本比bioRxiv早半年創辦，由于其歸屬于營利性質的開放獲取期刊PeerJ，因此截至目前其收集的預印本數量也并沒有明顯比bioRxiv多，可以預見將來會更多的預印本出現在bioRxiv系統中，bioRxiv必將成為生物醫學預印本的領頭羊。

參考文獻

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［１０］PeerJ.Peerj prints Scope & Instructions［ＥＢ］.https:∥peerj.com/about/preprints/scope-and-instructions/，2013-11-25.

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［１２］PeerJ.Publish date-articles［ＥＢ］.https:∥peerj.com/preprints/，2013-11-30.

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［１６］BioRxiv.Submission guide article categories［ＥＢ］.http:∥biorxiv.org/submit-a-manuscript，2013-11-25.

［１７］BioRxiv.Subject areas all article［ＥＢ］.http:∥biorxiv.org/search，2013-11-30.

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［１９］Van Noorden R.PLOS profits prompt revamp［Ｊ］.Nature,2013,503（7476）:320-321.

（本文責任編輯：馬卓）

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