全基因測序確定囊性纖維化患者之間膿腫分枝桿菌傳播的研究：回顧性隊列分析

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全基因測序確定囊性纖維化患者之間膿腫分枝桿菌傳播的研究：回顧性隊列分析

Bryant JM, Grogono DM, Greaves D, et al. Whole-genome sequencing to identify transmission ofMycobacteriumabscessus between patients with cystic fibrosis: a retrospective cohort study. Lancet， 2013，381(9877): 1551-1560.

背景和目的 越來越多的肺囊性纖維化患者感染膿腫分枝桿菌，引起進行性的肺破壞，治療難度非常大，此類患者如何感染膿腫分枝桿菌的機制尚不明確，越來越多的證據表明可能存在患者之間的傳播，本研究的目是為了明確肺囊性纖維化患者感染膿腫分枝桿菌的機制。方法 收集2007至2011年英國劍橋派普沃斯肺部感染成人囊性纖維化中心診治的31位患者，通過持續分離獲得168株膿腫分枝桿菌菌株，對菌株進行全基因測序及抗菌藥物敏感試驗。同時對環境中的非結核分枝桿菌進行培養檢測，用流行病學數據及網絡比對分析明確是否存在院內或者院外的交叉感染。結果 31例囊性纖維化合并膿腫分枝桿菌的患者中有13例位感染了膿腫分枝桿菌膿腫亞種(M.abscessussubspabscessus)，15位感染了massiliense亞種(M.abscessussubspmassiliense)，2例感染bolletii亞種(M.abscessussubspbolletii)，還有1例既感染膿腫亞種又感染massiliense亞種統計分析時被排除。用菌株全基因測序分析來確定菌株之間是否存在親緣關系。結果表明兩個膿腫分枝桿菌massiliense 亞種菌群導致了11例患者之間的集體發病，證明這11例患者之間存在相互傳染。這11例患者分離到的菌株基因測序近乎完全相同，基因的堿基差異小于10對，與對照組膿腫亞種和bolletii亞種患者分離到的單獨感染的菌株比較，其基因多形性方面存在顯著差異，強烈提示massiliense亞種患者之間的傳染。這11例患者集體發病發期間進行了多次的廣泛環境(供水系統，淋浴噴頭，洗碗機，氣管鏡，水塘，醫院內河流等)檢測并沒有培養出非結核分枝桿菌，PCR檢測也是陰性，說明這些集體發病的患者感染的菌株并非來自環境。被膿腫分枝桿菌massiliense亞種傳染的患者分離到的菌株其基因突變與傳染源菌株相同，而一些未接受過長期氨基糖苷類及大環內酯類藥物治療的患者分離到的菌株對氨基糖苷類及大環內酯類高度耐藥，更進一步支持患者之間的互相傳染。雖然傳播的確切途徑尚不明確，但本研究的流行病學分析表明可能是間接傳染，例如通過污染物(頭發、衣物、床單等)或者通過氣溶膠(在肺功能測試時使用)產生過程中傳播。結論 囊性纖維化患者之間存在膿腫分枝桿菌massiliense亞種的互相傳播，為制定新的非結核分枝桿菌肺病控制策略提供了依據。

同濟大學附屬上海市肺科醫院結核病臨床研究中心

上海市結核病(肺)重點實驗室(200433)

桂徐蔚 編譯 沙巍 審校

(本文編輯：范永德)

10.3969/j.issn.1000-6621.2015.03.022

2015-01-26)