結核分枝桿菌基因分型方法及其應用

田麗麗 丁北川 祝秉東 王甦民

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·綜述·

結核分枝桿菌基因分型方法及其應用

田麗麗 丁北川 祝秉東 王甦民

結核分枝桿菌基因分型是監測結核病流行和傳播的有效手段.用于結核病流行病學研究的分型方法已有很多種，但不同的基因分型方法各有特點，應根據不同的研究目的選擇合適的方法，或者多種方法結合使用，并結合傳統的流行病學資料綜合分析可得出可靠結論。結核分枝桿菌分型鑒定技術在研究結核分枝桿菌菌種鑒定、耐藥和耐多藥檢測，以及結核病的病原演變、跟蹤和確定傳染源、確定流行病學事件、揭示疾病傳播機制等方面發揮著重要的作用。同時，此類研究正與新興的遺傳信息學相結合，相應成果能夠為更科學地制定結核病防控策略提供依據。

結核分枝桿菌； 基因分型技術

隨著結核病預防和治療研究的不斷深入，人們逐漸發現細胞水平時代結核病流行病學存在的兩大問題——對傳播途徑和傳染源的了解均不夠確切、不夠深刻。非核酸法的傳統結核分枝桿菌(Mycobacteriumtuberculosis, Mtb)分型方法，是建立在細菌表型特征基礎上認識細菌，包括對抗結核藥物耐受性、生物酶活性分型法、血清分型法和噬菌體分型法等。表型特征惟一“有效”的菌株鑒定方法是噬菌體分型法，但是此方法耗時久，操作繁瑣，重復性差，并且噬菌體種類有限，其分辨力較低。而Mtb耐藥性監測作為流行病學調查方式之一，只能了解其耐藥的表型狀況，難以探討其內在機制。對絕大多數Mtb來說，鑒于同一菌種菌株間具有高度同源性，通過表型差異無法區分，因此通過生物表型結果而對Mtb菌株進行分型無法得到廣泛應用[1]。

隨著分子生物學理論和技術的發展，1990年以后逐步建立了一些根據核酸序列進行菌株鑒定的高度特異的基因分型方法，主要包括：限制性片段長度多態性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)、DNA指紋圖譜分析，以及以PCR技術為基礎的基因分型方法，等等。相應方法結合現代分子生物信息學技術，使Mtb菌株分型進入了一個全新的領域——單株水平的鑒定。菌株分型結果結合病例流行病學資料，以闡明結核病的傳播流行問題，形成了結核病分子流行病學。結核病分子流行病學的建立和廣泛應用使我們對結核病的傳播規律和特點有了新的認識,解決了許多傳統流行病學方法難以解決的問題。結核病分子流行病學研究始于1984年，20世紀90年代在全球開展，迄今為止國內、外有很多這方面的報道[2-10]。核酸分型技術是結核病分子流行病學研究的重要手段之一，特別是在追蹤和確定傳染源方面起重要作用。筆者對近年來Mtb的基因分型方法研究進展作一綜述。

一、常用Mtb基因分型方法

(一)Mtb標準分型方法

插入序列(insertion sequence，IS)是可移動的基因元件，通常小于2.5 kb，它在基因組內可發生轉位、重復或缺失。IS6110插入序列發現于1989年[11]，1S6110由1355個堿基對組成，并且是結核分枝桿菌復合群(Mycobacteriumtuberculosiscomplex, MTBC)特有的插入序列。1990年Thierry等最先描述了IS6110，其全長1355 bp，其上有PvuII、BamHI等酶切位點，末端含有不完整的28 bp反向重復序列，是插入序列IS3家族的一個成員，完整的序列特異地存在于MTBC中。目前，對Mtb來說，已知的IS6110拷貝數從0～25不等，M.bovis有1～3個拷貝，BCG含單一拷貝；而非結核分枝桿菌尚未發現IS6110拷貝。Mtb不同菌株間，IS6110在基因組中的位置也不同。因此，IS6110-RFLP就是通過檢測IS6110數目與在基因組中位置的不同來區分不同的菌株[12-14]。1993年，van Embden等[12]提出了以IS6110為基礎的DNA印跡雜交的標準化操作方法，即IS6110-限制性片段長度多態性(restrictionfragment length polymorphism，RFLP)(IS6110-RFLP)分型法。同時推薦IS6110-RFLP分型作為結核分枝桿菌復合群標準分型方法。該分型技術是在提取結核分枝桿菌DNA后，用PvuII限制性內切酶消化，酶切片段在瓊脂糖凝膠電泳分離，轉移并固定到膜上，用辣根過氧化物酶標記的IS6110探針和分子量標準探針與膜上DNA片段雜交，然后進行顯影[15]。不同菌株的分型結果用Bionumerie軟件進行分析。由于使用的限制性內切酶PvuII在IS6110上僅有一個PvuII酶切位點，對IS6110序列僅切割1次。

雖然IS6110-RFLP分型方法被推薦為金標準，但仍然存在一些不足之處，首先是需要的菌量大，待測Mtb的DNA量需達到4500 ng；其次是實驗過程操作復雜，較為繁瑣，需進行Southern雜交；再者需要特殊軟件進行分析；同時，為了進行分型結果的室間比對，每批實驗均需要使用標準菌株和內參核酸標志物；另外，對IS6110拷貝數少或無IS6110拷貝數的菌株難以進行Mtb菌株水平的鑒定。

針對IS6110標準方法存在的缺陷，在此基礎上人們又逐步研制出一些新的插入序列或重復序列作為分型標志，起到了補充作用[16]。如牛型結核分枝桿菌中的新的插入序列IS1081；另外還有用于低拷貝Mtb分型方法，如多態性富含GC的重復序列(PGRs)等。

(二)基于核酸擴增技術的分型方法

與經典IS6110-RFLP比較，基于核酸擴增技術的分型方法，如PCR單鏈構象多態性分型方法、單核苷酸多態性分型、間隔區寡核苷酸分型法、可變串聯重復序列分型方法、靶向缺失區多重PCR等方法，用于鑒定“北京家族”基因型等，具有所需菌量少、直接使用涂陽標本、速度快、使用設備簡單、結果易數字化、易實現全球數據庫共享等優勢。

1. PCR單鏈構象多態性(PCR-SSCP)分型方法：PCR單鏈構象多態性(single strand conformation polymorphism, SSCP)是一種PCR擴增產物單鏈DNA凝膠電泳技術[17]，將PCR產物變性后裂解為兩條互補的單鏈DNA，長短不同及空間構型各異的DNA片斷經非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳后，由于其遷移率的差別在凝膠上呈現出不同的帶型，將其與野生型標準株對照，即可區分野生型和突變型基因。該方法敏感度高、穩定性好、簡單快速，而且用銀染色代替核素標記或溴化乙錠(ethidium bromide, EB)染色，從而避免了放射性或強致突變試劑的污染和威脅。廣泛用于基因突變和DNA多態性的檢測和篩查，該方法也可應用于Mtb耐藥基因的檢測[18]。

2. 單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphisms, SNP)分型：該方法通過對比分析發現，Mtb基因組間存在DNA保守區，可利用此區域核苷酸水平的多態性不同，對菌株進行區分。包括非同義SNP和同義SNP，非同義SNP可能是由于外部選擇性壓力，如抗結核藥物的作用，導致氨基酸發生改變，隨之細菌產生耐藥表型；而同義SNP并不引起氨基酸的改變，是研究Mtb基因漂移和進化關系的基礎。SNP分析主要用于Mtb進化研究、耐藥及細菌毒力分析。Sreevatsan等[19]研究了2個非同義SNP，即過氧化氫酶-過氧化物酶編碼基因katG的463位密碼子和DNA回旋酶A亞單位編碼基因gyrA，并據此把現代結核分枝桿菌復合群劃分為3個主要基因組：PGG1、PGG2和PGG3。Gutacker等[20]進一步用36個同義SNP將三組PGG細分為九大群(圖1)，這些研究為了解臨床菌株的系統發生相關性，以及不同系統分支在人群中的分布特征提供了很大幫助。

圖1 結核分枝桿菌復合群同義單核苷酸多態(sSNPs)樹(引自文獻[20])

3. 間隔區寡核苷酸分型法(Spoligotyping)：該分型法是目前最常用的、基于PCR技術的結核分枝桿菌快速基因分型方法。此方法是基于直接重復區(direct repeat，DR)的多態性。DR區包括10～50個直接重復序列，每個直接重復序列包含36個堿基對，直接重復序列被不同的大小在34～41 bp范圍內的間隔區寡核苷酸序列分隔。任意2個直接重復序列間的寡核苷酸序列具有很高的保守性，由于不同Mtb菌株中間隔區的個數和序列不同，導致該區域多態性，以此作為基因分型的分子標志[14]。因此，間隔區寡核苷酸序列可用于區分不同的Mtb，此方法稱為Spoligotyping。該方法是通過擴增間隔區，將帶有標記的擴增產物與膜上結合的43個寡核苷酸探針雜交，再通過電化學發光(ECL)并用膠片曝光就可得到不同菌株間隔區圖譜。

與IS6110-RFLP比較，Spoligotyping有以下優點：(1) 所需樣本DNA量少，不需要大量培養菌株；(2)能夠對Mtb進一步分型到亞種水平，特別是對IS6110低拷貝的菌株，具有較高的分辨力[21-22]；(3)結果易于分析，數字化結果有利于不同實驗室間的比較及國際數據庫的建立；(4)是鑒別Mtb“北京基因型”家族的金標準，特征圖譜為1～34個間隔區缺失。Spoligotyping結合IS6110分型法在紐約已成為常用的基因分型手段[23]。

4.可變串聯重復序列分型方法：近幾年，一種以PCR為基礎的新的分型方法，可變串聯重復序列(variable number of tandem repeats，VNTR)分型方法被研究者分析介紹[24-29]。VNTR屬于小衛星DNA，在Mtb中的分布表現出高度的個體特異性。每個特定的VNTR位點由兩部分組成，即中間的核心區和外圍的側翼區。該方法是基于識別H37Rv基因組的11個串聯重復區而建立的方法，針對這11個區設計引物并對不同DNA樣品進行PCR擴增，根據PCR產物片段大小來決定每一區串聯重復序列的拷貝數，重復序列的數目在不同菌株間具有多態性，因此可以通過比較VNTR位點的重復序列的數目來區分不同的菌株。VNTR分型方法的分辨力取決于所采用位點的分辨力，因此發現更多高分辨力位點可以提高其分辨力。

VNTR分型方法具備了基于核酸擴增分型方法的優勢以外，同時具有很高的可重復性，并能提供數字化的結果，在實驗室內和實驗室間具有非常好的可比性，可以同時對大量樣本進行分析。其次，能對IS6110拷貝數較少的菌株進行分型。

分枝桿菌散在分布的重復單位(Mycobacterial interspersed repeat units，MIRUs)是對VNTR分型方法進一步改進而形成。MIRU位點是在Mtb基因組中散在分布的41個重復序列，重復單位的大小在46～100 bp之間，其中12個MIRU位點(表1)具有多態性。MIRU分型方法根據不同菌株間12個區拷貝數的差異進行基因型分型。該分型方法結果數字化，分析簡單，也便于在不同實驗室間進行比較；其分辨力與IS6110-RFLP接近，且省時，被認為有望替代IS6110-RFLP的新分型方法[30]。

可變串聯重復序列分型方法盡管具有其優勢，但也存在不足之處，因為每一個遺傳標志物僅反應細菌基因組信息的甚少一部分，因此應根據不同地區結核分枝桿菌的基因多態性，選擇適合本地區的優化VNTR位點進行分型。

表1 MIRU位點引物序列和擴增產物片斷長度

5.靶向缺失區多重PCR(deletion-targeted multiplex PCR，DTM-PCR)方法鑒定“北京家族”基因型：近些年，“北京家族”Mtb在國內外廣泛傳播[31-33]，引起研究者很大重視。 這些菌株傳播廣泛，且被認為與Mtb的耐多藥(multi-drug resistance，MDR)有關[34]。Spoligotyping分型方法被認為是鑒定“北京家族”的金標準[35-36]。但相對于單純PCR的分型方法來說，這種方法費用高、繁瑣。Tsolaki 等[37]報道，RD105可作為鑒定“北京家族”菌株非常有價值的分子標志，國內也有學者對其進行研究[38]，通過對RD105缺失區的檢測技術來鑒定“北京家族”；與Spoligotyping相比，其敏感度與特異度均達到100%。筆者也曾對該方法進行研究[39]，與其他分型方法結合使用，能提高對Mtb菌株的分辨力。該方法快速、簡單、成本低，在普通條件實驗時即可完成。因此此種基因分型鑒定方法值得推廣應用，進一步促進對“北京家族”的深入研究。

6. 基因芯片技術：基因芯片技術是近幾年在高科技領域內出現的最具時代特征的重大科技進展之一，是將已知核酸序列的DNA固定在某種載體上，然后與待測樣品中的DNA或RNA，按照堿基互補配對原則進行雜交，再經過特定計算機軟件處理，獲得待測樣品的大量相關基因信息。

基因芯片技術在Mtb快速鑒定方面的應用研究一經報道，立即引起了國內外學者的高度重視[40-41]，成為21世紀分子生物學的研究熱點，應用于分枝桿菌的菌種鑒定和耐藥性檢測等方面。Gingeras等[40]利用Mtb的rpoB基因保守區705 bp特異核苷酸序列探針與基因芯片雜交，對10種121株分枝桿菌進行基因分型與菌種鑒定。有學者通過DNA芯片對結核分枝桿菌、牛分枝桿菌和卡介苗的基因組進行雜交試驗比較，證實卡介苗缺失了Mtb標準株H37Rv致病相關的區域。Troesch等[41]基于16SrRNA和rpoB基因序列，利用基因芯片技術鑒定出70株27種不同菌種的分枝桿菌臨床分離株和15株耐利福平菌株，結果正確地確定了27個種屬中的26個，而且檢測出了所有耐利福平的15株Mtb的rpoB突變基因。國內學者也用基因芯片技術對耐藥、耐多藥Mtb進行檢測，基因芯片掃描結果與傳統藥敏試驗的結果基本一致[43-45]。

(三)全基因組測序

目前，隨著結核分枝桿菌H37Rv、CDC1551、H37Ra、F11和KZN1435等菌株全基因組測序工作的完成，以及新一代核酸測序技術的飛速發展；全基因組測序所需時間和經濟成本不斷降低，完成全基因組測序的微生物菌株越來越多，使得我們能夠從全基因組水平研究和分析不同菌株間的差異及其生物學意義[46-47]。Fleischmann等[46]完成了Mtb 的CDC1551株的全基因組測序工作，并結合已經發布的H37Rv株全基因組序列數據進行了比對分析，發現了多個基因的SNP，以及包括PE和PPE基因家族在內的一些基因家族，在全基因組水平有較高水平的同義和非同義SNP的發生。近幾年國內外學者[48-50]對Mtb全基因組測序結果有更加完善的詮釋，被廣泛應用于菌種鑒定、菌株分型、藥敏試驗，以及進化分析和流行病學監測等多個方面。

二、Mtb基因分型方法的應用

(一) 在Mtb傳播中的應用

Mtb基因分型技術能夠區分不同的菌株并追蹤其傳播情況。分子流行病學研究結核病傳播的前提是假設有一定的“簇”菌株，還有不同基因型的 “獨特”菌株。簇菌株提示患者可能是被同一傳染源近期感染所致；而獨特菌株提示患者發病可能是由于內源性復燃所致。因此，通過成簇率的高低能夠反映出Mtb的傳播情況[51]。但用簇來解釋近期傳播時，需要注意以下兩點[52]：一是基因分型結果需結合流行病學調查資料，例如，在不同的地域，感染相同基因型菌株的結核病患者不一定是近期感染，而傳統流行病學調查資料提供這些患者是否有接觸史，有助于判斷是否存在近期傳播；二是做流行病學調查時，要盡可能包括所有結核病患者，且延長調查的時間段。運用IS6110-RFLP基因分型技術及PCR為基礎的分型技術可鑒別傳播菌株，追蹤傳染源。

這些基因分型方法還可判斷結核病患者是由近期感染Mtb導致還是潛在Mtb的復燃，如果患者2次發病分離株的分型結果不同，那么患者末次發病可判斷為外源性再感染，應尋找其傳染源；如果同一患者2次發病所收集的菌株均源于同一基因型，則說明是內源性復燃。因此，Mtb基因分型可以區分經過治療痊愈的結核病患者再次患結核病是由于外源性再感染還是內源性復燃，這對采取有效的治療措施有重要意義。

Mtb基因組測序可用來對從同一個感染鏈條、不同患者體內分離的菌株進行進化分析，進而對整個傳播鏈條進行清楚的流行病學分析。Schurch等[53]對處于一個確認的Mtb傳播和感染鏈條中的患者體內分離的菌株，通過DNA測序分析及其他鑒定方法，確認了包括4個SNP在內的6個多態性位點。

(二)在“北京家族”中的應用

1990年初，耐多藥菌株在紐約引起結核病大暴發；1995年，van Soolingen等[35]對北京地區的Mtb臨床分離株進行研究時發現，有相似IS6110-RFLP型別的菌株占到89%，Spoligotyping分型顯示為相同型別(缺失1～34間隔區)；由于這些菌株親緣關系很近，又在北京地區發現，因此定義為“北京家族”菌株。研究者發現此與之前在紐約發現的多耐藥菌株屬于同一家族[54]。此后，“北京家族”菌株被發現在中國其他城市乃至世界各國都有不同程度的廣泛傳播[31-33]。Spoligotyping基因分型方法目前主要用于“北京家族”的鑒定，RD105區缺失的定向缺失多重酶鏈聚合反應技術(DTM-PCR)的分型方法也受到研究者很大的重視[37]，還有學者已經做了相關工作，證實了此方法的可行性[38]。

(三)用于了解和推斷Mtb在傳播過程中的進化狀況

結核病是最古老的疾病之一，埃及曾發現過感染結核病的木乃伊，湖南長沙馬王堆漢墓發掘出的2000多年前女尸左肺上部、左肺門有鈣化灶，因此說明結核病是一種古老疾病，但一直缺乏有力的流行病學證據。近些年，國外專家對木乃伊和骨骼中的分枝桿菌DNA進行檢測，由于DNA殘存非常少，阻礙了分子學詳細的檢測，因此，對于古代結核病的研究報告較少[55]。Mtb全基因組測序完成，以及Mtb比較基因組研究的完善，為結核病流行病學研究提供了更有力的分子標記物，進而為研究結核病及其病原起源和進化提供了堅實的基礎。國外學者Fletcher等[56]使用多重分子遺傳技術對18世紀匈牙利家族墳墓中的3具木乃伊進行分析，以調查結核病的流行病學及其進化，結果證明了Mtb在進化過程中經歷了許多次基因缺失和突變這一理論。因此，隨著Mtb基因分型技術及流行病學的不斷深入研究，從而能夠更加準確地為Mtb在傳播過程中的進化狀況提供理論依據。

許多研究學者認為，Mtb基因組可被用來進行進化分析，特別是基因組中的同義SNP，由于研究認為其不受選擇壓力的影響，被認為是進行Mtb進化分析的理想生物學標志。Filliol等[57]用212個SNP標記對來源于全球的323株樣品進行了檢測，并依據SNP標志的發生情況進行聚類分析，將Mtb分為6個主要的SNP聚集群和5個亞群。與Sreevatsan等[19]研究結果具有很好的一致性。Schurch等[53]研究認為，這種患者間的菌株進化速度和進化模式分析表明，Mtb在體內的分子進化是由短時間內的變異暴發和相對較高的基因組穩定性共同決定的，這種進化與變異機制為抗結核疫苗和藥物的開發、應用，以及Mtb感染暴發的管理提供了重要依據。

(四)在檢測實驗室交叉污染中的應用

實驗室可能由于污染而造成假陽性，因此實驗室交叉污染是進行Mtb分子生物學診斷和鑒定不容忽視的問題。主要發生在樣本處理的任何一環節，以及試劑的污染[58]。Small等[59]指出DNA指紋分型方法對Mtb有很好的分型能力，而且也證實了實驗室交叉污染造成的假陽性。目前，VNTR及Spoligotyping等以PCR為基礎的分型方法也可以鑒定和排除交叉污染[58,60]。如果條件允許，用基因分型的方法進行實驗室質量的控制能夠保證結核病實驗診斷的正確性，防止臨床結核病的誤診。

(五)在結核病聚集性發病中的評估作用

當一個地方在短時間內出現結核病的聚集性發病，應用分子生物學技術進行結核病流行病學調查，可以確定傳染源、判斷流行危害程度及危險因素，同時還可以幫助制定控制和預防結核病傳播的有效措施。IS6110-RFLP基因分型技術就很適合運用于結核病聚集性發病的流行病學評估[61]。

(六)在Mtb菌種鑒定與耐藥檢測中的應用

非結核分枝桿菌(NTM)具有天然的對抗結核藥物的耐受性，傳統的分枝桿菌菌種鑒定區分結核分枝桿菌復合群和NTM耗時長，步驟繁瑣。近些年發展起來并廣泛使用的Bactec 460或960快速培養技術大大縮短了培養周期，但只能檢測是結核分枝桿菌復合群還是NTM，依然無法達到快速檢測的要求。基因芯片技術應用于分枝桿菌的菌種鑒定和耐藥性檢測等方面，成為21世紀分子生物學的研究熱點。通過國內、外學者對基因芯片在Mtb菌種鑒定與耐藥檢測中應用的研究，為正確了解關系密切的分枝桿菌，以及對高同源性分枝桿菌的準確鑒定和合理設計疫苗提供了新的思路。該方法由于具有高通量的特性，可將所有突變的探針固定到一張芯片上，只需1次雜交，即可獲得某一菌株對所有藥物的敏感度結果，因而對指導醫生合理用藥的價值非常大，并對結核病的早期診斷、Mtb耐藥性快速檢測及耐藥性結核病的有效防治和控制疾病的傳播具有重要的意義[62]。

Mtb和牛分枝桿菌均可感染人類并導致患者體征、影像學幾乎相同的臨床癥狀，而臨床上卻需要采用不同的治療方案。因此，患者致病菌株的快速菌種鑒定也是臨床上采取針對性治療的迫切需要。Chauhan等[63]研究發現，牛分枝桿菌和卡介苗narK2X基因啟動子區域有1個SNP突變，這個SNP的存在造成兩者與結核分枝桿菌在缺氧環境中誘導表達硝酸還原酶和亞硝酸還原酶能力的差異。通過檢測這個SNP可快速、準確地將Mtb與結核分枝桿菌復合群其他成員區分開。

目前研究認為，Mtb耐藥性的發生由多個基因突變導致，耐藥性相關基因的SNP檢測成為Mtb藥敏試驗檢測的重要方法[64-66]。近年來，隨著Mtb二線藥物的應用和耐藥菌株的出現，二線藥物耐藥相關基因的SNP研究也多有報道[67]。這些耐藥性相關SNP的發現和其檢測方法的建立，為Mtb藥敏試驗的快速鑒定奠定了基礎，也將為臨床上針對耐藥性結核病的藥物治療提供支持。

三、Mtb分型技術展望

從20世紀90年代到現在，用于結核病流行病學研究的分型方法已有很多種。除了上述提到的幾種分型方法外，還有隨機引物PCR、IS6110反轉PCR，以及混合連接PCR等技術也起到了很重要的作用[60,68]，而且這些方法也在不斷地改進。目前，全基因組測序逐步開始應用于Mtb分型及結核病流行病學的研究[48-50]。Mtb基因分型技術已廣泛用于追蹤菌株的傳播、區分內源性復燃和外源性再感染、快速菌種鑒定與耐藥、耐多藥的檢測，以及結核病暴發疫情的分析、判斷實驗室污染等。

綜上所述，基因分型方法是監測Mtb流行和傳播的有效手段，但不同的基因分型方法各有其特點與存在的不足。例如，目前的基因芯片、全基因組測序分析技術還存在成本昂貴、檢測敏感度較低、分析范圍較窄等問題。因此，相應技術在臨床上的常規應用還存一定困難。但隨著研究的不斷深入，這些技術在分枝桿菌基因分型、菌種鑒定和耐藥基因檢測等方面將起到更重要的作用。同時，我們相信隨著高科技及分子生物學的飛速發展，相關技術也會逐步從科研應用于臨床，為我們更深入地進行Mtb相關研究提供新的研究方法和研究方向，也會為臨床Mtb感染的快速診斷和治療提供便利；將會促進我們對Mtb進化、致病機制、流行與傳播特征，以及感染后免疫和耐藥發生機制的認識，并將為最終實現結核病預防和控制目標提供幫助[69]。

在選擇基因分型技術實施結核病分子流行病學研究時，我們應根據不同研究目的選擇合適的方法，或者多種方法聯合使用，并結合傳統的流行病學資料進行綜合分析，以便得出可靠結論。結核分枝桿菌分型鑒定技術在結核病研究領域內的應用推動了結核病流行病學的迅速發展，在研究結核病的病原演變、跟蹤，以及確定傳染源、確定流行病學事件、揭示疾病傳播機制等方面發揮著重要的作用。同時，此類研究正與新興的遺傳信息學相結合，使人們對Mtb的認知更加深入和明確，相應成果能夠為更科學地制定結核病防控策略提供依據。

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(本文編輯：范永德)

The application of genotyping method ofMycobacteriumtuberculosis

TIANLi-li*,DINGBei-chuan,ZHUBing-dong,WANGSu-min.

BeijingResearchInstituteforTuberculosisControl,Beijing100035,China

WANGSu-min,Email: 13910678649@126.com

The genotyping ofMycobacteriuntuberculosis(M.tuberculosis) is an effective method to monitor the epidemic and spread of tuberculosis. Many genotyping methods have been used for epidemiological study on tuberculosis, but different genotyping methods have different features. We should choose the appropriate single me-thod or combin different methods together according to the research purpose, and draw the conclusion associating with the traditional epidemiological data. The identification technique has been playing an important role in strain identification, detection of the drug resistance and multi-drug resistance, pathogen evolution, tracking and determining the source of infection, and the epidemiological events, and revealing the spread of disease mechanisms. In addition, such research is combining with the emerging bioinformatics and genetics and the results could provide the basis of control strategies of TB more scientific.

Mycobacteriumtuberculosis； Genotyping techniques

10.3969/j.issn.1000-6621.2015.08.018

100035 北京結核病控制研究所中心實驗室(田麗麗、丁北川、王甦民)； 蘭州大學基礎醫學院病原生物教研室(祝秉東)

王甦民，Email：13910678649@126.com

2015-04-07)