2015年,藥明康德就開始尋找一家“云”伙伴,為其精準醫療基因組大數據提供強有力的存儲支撐。一番調查后,藥明康德于2016年4月與華為企業云達成精準醫療云戰略合作。
“基因組數據非常大,把數據存儲在云上,不僅節省成本,速度也會更快。專業的人做專業的事,不可能每家基因測序公司都買服務器,這是資源浪費。華為是國內IT行業的佼佼者,其專注的態度與藥明康德的理念非常符合,這會讓我們雙方的合作走得很遠。”藥明康德子公司明碼生物科技有限公司(以下簡稱“明碼”)首席技術官孫洪業告訴E藥經理人。
這是藥明康德在精準醫學領域的最新動作。自2011年成立基因中心實驗室,到買入HiSeq X Ten系統,以及收購NextCODE Health,再到如今與華為達成云合作,這一系列的連續出擊已經打造了一個擁有了全球領先的基因測序分析系統,全新的數據庫構架,以及可實現快速高效的大規模基因數據查詢、管理、存儲和共享的完整系統。
連續布局
2011年6月,孫洪業加入藥明康德,在此之前,他任職于Life Technologies(現Thermo Fisher)。擁有超過10年DNA測序技術研究與開發經驗的他,在洞悉了基因測序技術的應用轉化的前景后,快速而決斷地選擇了回國,并加入藥明康德。
之后,在藥明康德董事長李革的支持下,孫洪業迅速高效建造了基因中心實驗室,當年年底已經完成200多例的測序并初步建立了數據庫。
彼時,測序技術在無創產前診斷上的臨床應用,在中國炙手可熱。

2014年初,美國Illumina公司在全球發布了其HiSeq X Ten系統,該系統包括10臺HiSeq X超高通量測序儀,是目前最高通量的測序平臺,適用于群體規模的大樣本量全基因組測序研究,而且iSeq X10首次將一套人類全基因組測序的成本從萬美元降至1000美元。
“一方面,測序技術的發展已經到了一個平臺期,短時間之內不大可能會再有上升的可能性。更重要的是,價格的下降使得個人基因檢測成為可能。這讓我們覺得應該義無反顧做這件事情。”孫洪業表示。2014年初,在Illumina發布新品不到兩個月,藥明康德就出手買下HiSeq X10的一套系統。
最先進的儀器將基因組數據測出來后,還需要有最專業的人來解讀。在孫洪業看來,基金組大數據是一部“天書”,而解讀天書的意義比數據本身更加重要。如果準確的測序是為了標準化,那么智能的解析就是從標準到精準的必經之路。
2015年1月,藥明康德以6500萬美元買下了擁有世界領先的基因測序數據分析平臺和高效數據庫的NextCODE Health公司,并與藥明康德基因中心整合成立了一家新公司WuXi NextCODE Genomics,即明碼生物。
從建立基因測序實驗室,到成立明碼的連鎖布局,藥明康德正在成為一家應用基因測序技術于臨床醫藥服務的全球性企業。
提升標準
隨著技術應用范圍逐漸擴大,行業標準和規范性問題成為實現精準醫療的一大挑戰。如檢測過程缺乏規范標準,數據分析能力的良莠不齊等問題是全基因測序得到進一步普及的瓶頸。
孫洪業說:“基因測序本就是非常復雜的事情,精準醫療更是建立在對大數據精確解析的基礎之上,規范化和標準化都至關重要。不僅包括數據質量標準化、實驗室管理標準化、以及專業詞匯的標準化等,還包括人員培訓,數據解析能力等全部環節。”
2013年,成立兩年的基因組學實驗室獲得美國《臨床實驗室改進修正案》(CLIA)認證。2016年2月,明碼上海測序中心又成為中國首家獲得美國CAP(美國病理學家協會)認證的。同時,明碼的生物信息分析系統正日漸成為全球基因組數據查詢、存儲和合作的國際標準。
比如并購的NextCODE Health公司,在全基因組分析方面的經驗和能力在全球有著獨特的地位。2010年,該公司啟動世界上最大的測序項目,檢測了超過三十萬人的全基因組序列。“它是全球唯一的一個系統,以多年的投資完成了如此大規模的研究,并積累了大量的經驗。當有些人告訴我‘生物信息系統我也能做’的時候,我會說,能做和做過是兩件事情,就像能開車和開過車是兩件事情一樣。”孫洪業告訴E藥經理人。
基于這些,藥明康德獲得了國際和國內的行業認可。在美國和中國相繼倡議精準醫療之后,孫洪業及其團隊也參與了多個國家的精準醫療計劃。
2015年,明碼在英國的一項為期十二年的“十萬基因組計劃”項目上,在二十八家公司同時競標的情況下,最終入選了為8000名患者提供罕見病及癌癥臨床數據解析服務的項目。
同年10月,明碼與卡塔爾的錫德拉醫學研究中心合作,共同開展全面的基因組學研究及相關生物信息學項目。除了卡塔爾基因組計劃,此次合作還將支持正在錫德拉醫學研究中心開展的臨床診斷,并加快“阿拉伯基因組計劃”,以及2型糖尿病的基因組學和其它研究項目。
孫洪業認為,中國精準醫療的未來一定需要標準、共享和共建。“基因組大數據需要很多人參與,共享,并形成反饋,才能真正的了解基因,然后科學地做藥物發現或其他應用。但是在大數據上,很多人不愿意共享,這需要慢慢教育。”
藥明康德正在踐行大數據的共享,通過明碼平臺的公益性項目與全世界共享基因組數據。如2016年3月,明碼與Simons基金會共同建立的世界上最大的自閉癥數據庫正式上線。該數據庫是全球最大的專業性基因組序列數據庫,包含了近2600個家庭的基因組系列數據和詳細的臨床表型數據。
落地精準制藥
在藥明康德平臺上,基因測序的價值并不局限于此,而是有著更大的利用空間。
藥明康德旗下的基因組學方法最早被用于支持其內部藥物研發。據孫洪業介紹,應用小鼠移植瘤模型,把人的腫瘤移植到小鼠身上,可通過試驗看藥物對腫瘤是否有效。同時對腫瘤的基因分析來發現驅動基因突變,驗證藥物的有效性。同時可以將移植瘤模型全部測序,找到每個驅動基因突變來達到個性化的測試與治療。
至2016年,數據庫已經完善到共有近千人源腫瘤移植小鼠模型,藥物研發可挑選具有候選藥物目標靶點的腫瘤模型進行有針對性的藥物實驗,提供精準藥物研發服務。“目前也能提供更多的支持,比如在臨床試驗上,通過基因檢測來分析患者是否適合服用臨床藥物,是否適合做臨床試驗的受試者。”孫洪業介紹說。
如今,藥明康德的測序工具、基因組數據等正在得到最好的應用,應用于中國的一些慢病如糖尿病,心血管病等大型對列研究的精準醫療大項目。而中國所有大規模對列研究的人將來都有望會用到藥明康德的軟硬件工具,以及分析、咨詢等服務。