首都醫科大學附屬北京婦產醫院婦科內分泌科籌建于1999年,科室創始人及學科帶頭人阮祥燕主任,醫學博士(博士后),博士生導師、首都醫科大學教授、婦產科學系副主任、德國圖賓根大學客座教授;先后4次到美國哥倫比亞大學、德國圖賓根大學等大學做訪問學者;中華醫學會婦產科分會絕經學組和婦科內分泌學組委員,國際婦科內分泌學會、國際絕經學會委員,國際婦科內分泌學會中國婦科內分泌學分會主席。1999年,阮祥燕教授牽頭創建國內首個規范的更年期綜合指導中心,2002年國內率先建立婦科內分泌科。
科室現有在職人員14人,包括各級醫生、護士和卵巢組織凍存庫、生殖力保護實驗室研究人員。高端外國專家團隊10人,包括Alfred·O Mueck 教授、托馬斯·拉貝教授等。科室十余年來為首都醫科大學培養婦產科學系博士碩士研究生50余人,為全國培養更年期與婦科內分泌進修醫生600余人。
在醫院支持下,學科帶頭人阮祥燕主任2000年訪問學者期間發現了德國臨床卵巢組織凍存移植技術,2012年與國際專家技術合作創新性建立中國首個卵巢組織凍存庫,2015年1月正式啟動臨床凍存,2016年9月,經過6年的艱苦奮戰,中國首例凍存卵巢組織移植成功,CCTV-1、CCTV-13、BTV等媒體紛紛進行了報道,這同樣是生殖領域的大事件,填補了國內空白。目前卵巢庫已成功凍存卵巢組織140余例,成功進行了中國第一、第二、第三和第四例人凍存卵巢組織的移植。2018年4月,阮祥燕教授團隊牽頭與50余位國內專家和5位國際專家制定發布了中國首個卵巢組織凍存移植專家共識,對全國生殖力保護起到很好的促進作用。《卵巢組織凍存移植技術》被北京市外專局和國家外專局推選為優秀成果項目參加2018年5月19-26日國家科技周科技成果展,引起參展領導的高度重視和觀眾的極大興趣與熱情。
科室研究發現:孕激素受體膜組分(PGRMC1)在乳腺癌發展方面起重要促進作用,深入研究有望將PGRMC1 發展為篩查乳腺癌的標志物。研究先后獲得全國“婦幼健康科學技術自然科學獎”;德國乳腺腫瘤學大會科學一等獎;德國絕經大會獲創新獎;歐洲男女絕經大會,激素與乳腺癌風險的基礎和臨床研究獲得并列第一的最佳Poster獎,創世界大會的獲獎記錄。2017年榮獲中國女醫師協會終身成就獎-五洲女子科技獎《臨床醫學科研創新獎》。

在近年的世界婦科內分泌大會、世界絕經大會和世界生殖醫學大會上,科室成員應邀國際大會主題發言和主席40人次,年輕學者研究成果論文獲全球百名優勝獎和最佳壁報獎20余人次,打破了中國在婦科內分泌國際大會上的獲獎記錄。學科帶頭人阮祥燕作為著名專家牽頭或參與制定我國更年期與婦科內分泌及生殖力保護多個指南和共識;在國際婦科內分泌學會和國際絕經學會都成功入選執行委員會委員,這兩個方面的學術成就也得到國際學術組織的充分肯定;已成功舉辦了九屆更年期與婦科內分泌相關問題國際研討會,2018年9月7-9日將舉辦《第十屆更年期與婦科內分泌相關問題國際研討會》,將有十余個國際國內學會參與交流與研討!