1945年8月15日,日本宣布無條件投降。在接下來的近3年時間里,遠東國際軍事法庭對二戰日本甲級戰犯進行了審判。然而731部隊的所有成員,沒有一個人被起訴、審判,甚至在東京審判的整個過程中,都沒有提及“日軍731部隊”。
1981年秋,一位叫約翰·W·鮑威爾的美國記者發表了一篇論文,揭露這其實是一樁骯臟的交易:石井四郎為首的731部隊,以向美國提供細菌戰資料為條件,逃過了東京審判。世界為之嘩然。
實際上,早在太平洋戰爭之前,美國的軍事情報機關就得知了日本在進行細菌戰的研究。
美軍占領日本后,迅速通過各種途徑找到了不少日軍細菌戰部隊的專家和將領,特別是石井四郎被美軍情報部門發現并抓捕。但石井四郎等人并不配合審訊,因為他們意識到自己對美軍的“價值”,在待價而沽。石井四郎、增田知貞等731部隊核心人員,私下通過參與美軍審訊的日本翻譯龜井貫一郎向美軍情報官員報價:“我們愿意合作……如果你能向我們提供書面豁免保證的話,也許我們能弄到所有的情報。”
為了迫使美國同意赦免細菌戰研究者的戰爭罪責,日本人還打出了蘇聯牌。當時冷戰已經開始,他們非常清楚美國對蘇聯的敵意,因此增田知貞語帶威脅地向美軍審訊者表示:“如果我們與某個共產主義分子聯系的話,他有可能告訴蘇聯人。”
這樣的“要挾”確實切中美國心理。麥克阿瑟1947年3月21日給美國政府的一份報告中稱:“遠東國際軍事法庭的蘇聯檢察官要求審問在中國東北地區的哈爾濱市近郊從事細菌戰研究的石井中將、菊地大校、太田大校……他們強烈要求分享美國獲得的有關(細菌戰的)情報……蘇聯的要求表現出對731部隊大量生產鼠疫菌、霍亂菌以及鼠疫跳蚤的興趣。”
在美國的庇護下,石井等人終于挺到了1948年3月。從那時起,遠東軍事法庭不再接受新的證據。
作為對美國的回報,石井四郎等人交出了他們所掌握的日方細菌戰情報。
美國將從日本得來的細菌戰成果,可能最早用于朝鮮戰爭。細菌專家陳文貴指出:美軍在朝鮮使用的細菌武器和日軍在常德使用的“極其相似,而且規模更大”。