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植物質膜蛋白質組學研究進展

2019-08-20 14:58:33陳亞琳謝成建楊星勇
江蘇農業科學 2019年8期

陳亞琳 謝成建 楊星勇

摘要:植物質膜(plasma membrane,簡稱PM)是連接細胞內外的活性屏障,而PM蛋白作為PM的重要組成成分之一,對植物細胞膜功能有著重要的作用。植物PM蛋白質組學的研究有利于對PM的功能進行更加深入的探索。本文主要對近幾年來在植物PM蛋白質組學的相關研究進行綜合性論述,包括其研究方法、功能及其面臨的問題等,以期為植物PM蛋白質組學的后續研究以及PM功能的深入探討提供參考。

關鍵詞:PM蛋白;蛋白質組;PM蛋白功能;微結構域

中圖分類號: Q942.6文獻標志碼: A

文章編號:1002-1302(2019)08-0007-05

蛋白質組學以直接參與生命活動的所有蛋白質作為研究目標,其主要研究技術包括雙向電泳技術(two-dimensional electrophoresis,簡稱2-DE)、質譜鑒定技術、蛋白質組生物信息學、核磁共振、噬菌體展示技術、蛋白芯片、酵母雙雜交系統等。植物質膜(plasma membrane,簡稱PM)蛋白作為植物蛋白質的一個重要部分,蛋白組學技術為植物PM蛋白研究提供了重要的技術支撐。目前,通過PM蛋白的微結構域和蛋白質組學分析來研究PM蛋白的功能已成為常用的研究手段之一,也包括用拉曼射線對膜結構域進行分析[1]以及研究大豆(Glycine max)中的[WTBX][STBX]GmFWL1基因編碼的膜微結構域的相關蛋白質等[2]。

為了系統性地了解植物PM蛋白的研究進展,本研究針對植物PM蛋白組學相關的問題與挑戰開展討論,歸納整理近幾年在植物PM蛋白質組學方面取得的研究進展。

1植物質膜功能

植物PM作為植物細胞的活性屏障,是植物細胞與外部環境之間溝通的橋梁,主要負責調節細胞內外的物質運輸、信號轉導等等[3]。植物中多種代謝活動的協調依賴于通過膜接觸點(membrane contact sites,簡稱MCS)建立的組織間通訊網絡[4],植物特有的MCS在植物組織發育、胞間運輸和應激反應中發揮的重要作用尚有待深入研究。如內質網(endoplasmic reticulum,簡稱ER)與PM的接觸位點(endoplasmic reticulum-plasma membrane contact sites,簡稱EPCs)連接的蛋白質復合物及其結構有待闡釋[5]。此外,有一種蛋白質亞復合物ESCRT-Ⅲ能夠介導PM的破碎和修復過程[6];溶酶體與PM融合也能夠幫助機械損傷的PM重新修復[7],這些有賴于植物膜蛋白研究的新發現對于植物PM功能研究具有重要作用。

作為植物PM重要組成成分的植物PM蛋白通過嵌入脂雙層與脂質一起構成植物PM的分子結構,并在植物物質運輸、離子交換、代謝等過程中起著重要作用。如在擬南芥(Arabidopsis thaliana)中有一種[WTBX][STBX]VPS36介導的細胞PM蛋白質能夠對其向地性產生作用[8],另有一種PM局部轉運蛋白NIP1介導擬南芥中鋁吸收、轉運,以及鋁耐受性[9];此外,復合物AP2M參與定位PM的病害抗性蛋白介導的效應物觸發的免疫(effector-triggered immunity,簡稱ETI),是通過PM上的免疫受體復合物介導的內吞作用完成的[10]。近年,研究者利用不同的方法力求將PM蛋白的成分、結構和功能了解清楚,包括通過對PM蛋白質譜的分析探究其表達特征和功能,以及植物某種PM蛋白對整個PM蛋白組成和植物生理生化功能產生的影響[11],其中,如何使質譜檢測結果達到最優化,也是PM蛋白研究的一個重點。

關于PM的結構,在流動鑲嵌模型[12]的基礎上有了更深入的闡釋,即蛋白質能夠瞬時被捕獲在脂筏和肌動蛋白-細胞骨架相關結構中的區域化分層中[13]。而PM蛋白可根據其在PM中的分布位置分為外周PM蛋白、內在PM蛋白和膜錨定蛋白。PM蛋白不能在脂雙層翻轉,但它可以在脂雙層中側向擴散并持續擴散。其中,外在PM蛋白是指蛋白質通過非共價離子與磷脂分子的極性頭部結合或者通過其與內在蛋白的相互作用而形成,主要存在于膜的外表面或內表面[14]。內在PM蛋白因其部分蛋白穿過或嵌入脂雙層,因此也被叫做跨PM蛋白,它是利用非極性氨基酸與磷脂分子的疏水區相互作用從而固定于膜上,由于其疏水結構域之間的疏水作用,使得它與脂雙層的結合非常緊密。單個跨膜螺旋的蛋白質代表了PM蛋白中功能最豐富和多樣的一種PM蛋白,如參與細胞通信、信號轉導、轉運和代謝調節、免疫反應等多種生物功能[10,15-16]。脂錨定蛋白是指共價結合的脂質錨定一些外周PM蛋白,使之既能插入脂雙層又能在膜表面固定蛋白質,可分為2類:糖磷脂酰肌醇(glycosyl phosphatidy linositol,簡稱GPI)連接的蛋白,以及與插入PM內小葉的長碳氫鏈結合的脂錨定蛋白;這種脂質和蛋白結合形成的特定PM蛋白復合物在PM蛋白的運動中可能會起到限定性作用。此外,可以通過分析在軸突初始段(axon initial segment,簡稱AIS)的PM蛋白的運動的納米分區而了解PM蛋白的運動規律[17]。

PM蛋白功能是多種多樣的。(1)作為受體,如參與許多信號轉導途徑的跨膜螺旋蛋白-G蛋白偶聯受體,它在視力、腦功能和運動中都發揮著重要作用,且有幾種與此受體相關的G蛋白的功能具有膽固醇依賴性[18-21]。(2)介導各種信號轉導途徑,在植物PM內側有一種異基三聚體G蛋白,可以在各種內膜位置發出信號,調節植物代謝活動[22]。此外,植物PM蛋白冷應答蛋白激1(cold-responsive protein kinase 1,簡稱CRPK1)通過磷酸化一種14-3-3蛋白,將冷信號從PM轉移到細胞核以調節植物應對冷脅迫的應激反應[23]。(3)作為物質進出細胞的載體,成為細胞與外界交換的橋梁。如ERM蛋白家族是連接PM與細胞骨架之間的重要調節因子,在細胞形態調節、膜流動性和細胞遷移等許多細胞過程中起作用[24-28]。此外,表面抗原與特異抗體結合的免疫沉淀技術的發展促進了與PM蛋白相互作用的蛋白質的深入研究和相關蛋白的鑒定[29],這有利于推動PM蛋白在生物代謝,特別是植物代謝過程中作用研究。

2植物細胞PM蛋白的研究方法

PM蛋白分離和提取的技術方法主要包括:密度梯度離心、自由流動電泳和相聚合系統[30]。在這些方法中,兩相分配是用于提取高純度的PM囊泡蛋白最為常用的技術,PM囊泡是一種細胞裂解過程中形成的膜衍生的囊泡[3]。兩相分配是相聚合系統中的一種方法,其分離PM蛋白的大致流程見圖1。

2.1PM蛋白提取

在兩相分配系統中,生物物質與成相組分通過疏水鍵、離子鍵、氫鍵等相互作用而不同程度的分配在兩相中。因此,必須根據不同的材料使用相應的相,常用的相包括21 g相、27 g相等[31-33]。而自由流動電泳通常則是和水兩相分配結合使用,以保證提取的PM蛋白質量[34]。利用密度梯度離心富集PM蛋白時,雖避免了前2種方法復雜繁瑣的過程,但可能因離心導致膜中的其他雜質影響PM蛋白質量[35]。利用此方法提取PM蛋白時,要注意去除雜質或者與PM蛋白相關的一些非特異性蛋白質。

上述3種方法提取的植物PM蛋白存在差異(圖2)。PM囊泡蛋白主要是存在于質外體外側部分,當需要利用內側PM蛋白時,使用的方法需要利用一種非離子型去垢劑 Brij-58,它可使PM囊泡發生內向翻轉來達到此目的[30]。由于Brij-58提取質體內側PM蛋白的效果比較明顯,且其提取的PM蛋白純度較高,用Brij-58處理總微粒體以減少細胞器蛋白的污染,可以提高PM蛋白的豐度[36]。Brij-58還能夠與丙烯酸或其他類似物質形成微凝膠,從而對蛋白質進行吸附或解吸[37]。

2.2PM蛋白分離

當提取出PM蛋白后,通過雙向電泳或是無凝膠技術分離目的蛋白或肽。2-DE是將等電聚焦電泳(isoelectric focusing,簡稱IEF)以及十二烷基硫酸鈉-聚丙烯酰胺凝膠電泳(sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis,簡稱SDS-PAGE)二者相結合的高分辨分離蛋白方法[35,38]。但2-DE存在對低豐度蛋白和疏水性蛋白不敏感的問題。鑒于2-DE的局限性,無凝膠分離蛋白技術得到了應用,它是在蛋白質鑒定之前將蛋白質裂解以產生肽,而肽可以通過高效液相色譜法(high performance liquid chromatography,簡稱HPLC)分離,該方法操作快,覆蓋面更廣。具體試驗研究過程中,在如何對無凝膠技術和2-DE這2種蛋白質分離技術進行選擇過程中,仍然存在爭議,因為無凝膠技術雖然能彌補 2-DE 在低豐度蛋白上的缺陷,擴大其分離范圍,提高分離效率,但2-DE能夠提供完整的蛋白質的映射,同步反映了由于蛋白質同種類型和翻譯后修飾的變化的移位。因此這2種方法各有優劣,在試驗過程中需根據實際情況進行[39]。

當PM蛋白分離后,通過免疫印跡分析以及H+-ATP酶水解活性測定,以確定所分離PM蛋白的純度,通過不同的標記酶的抑制劑作用于酶,觀察釋放的磷的含量從而測定ATP酶的活性[40]。

2.3LC-MS/MS

用胰蛋白酶將獲取的蛋白質消化后通過液相色譜串聯質譜(liquid chromatograph-mass spectrometer/mass spectrometer,LC-MS/MS)分析,然后在相關的蛋白質數據庫中檢索相關蛋白,這種鑒定方法基本在大部分PM蛋白提取試驗中都適用,LC-MS/MS分析是現階段蛋白質研究的常用方法,其過程方便快捷,操作也比較簡單,且利用此方法分析出來的結果準確率高。在提取PM蛋白的整個過程中必須盡可能地使所提取的PM蛋白純度更高,為了達到這個目的,現在可用的方法是使用相關的去污劑來達到這個效果,它對于溶解和純化PM蛋白具有很好的效果[41]。

3植物PM蛋白組的功能研究

細胞膜被認為是液相平面,其中脂質和蛋白質理論上可以自由擴散。而細胞壁有可能限制蛋白質的擴散,特別是對于[CM(25]具有較大的細胞外結構域的蛋白質,即使蛋白質和細胞壁組分之間沒有結合或者是相互作用[42]。此外,PM蛋白在植物物質運輸方面也起到相當重要的作用,通過分析比較相關PM蛋白前后積累量的變化發現,部分PM蛋白在膜運輸的過程中起調節作用[38]。PM內在蛋白(plasma membrane intrinsic protein,簡稱PIP)主要位于PM中,促進水和小的不帶電溶質的被動擴散,可以通過研究PIP調節水分運動來了解植物細胞如何調節其膜滲透性[43]。有研究對PIP的合成進行RNA干擾,結果發現PIP不僅在植物水分跨膜運輸過程中具有重要作用,而且能夠通過改變PM蛋白的組成響應其在膜運輸中的作用,即影響植物的蒸騰作用和氣孔運動[44]。因此,PM蛋白在幫助植物物質運輸方面起著重要作用。

植物PM蛋白質在植物細胞功能詮釋中具有非常重要的作用。如通過蛋白組學手段,以模式植物擬南芥為研究對象,并結合PM蛋白質微結構域方面開展相關研究,并取得一系列研究結果[30]。在研究植物PM蛋白功能方面,不同試驗情況采用不同的研究手段。

利用經典的SDS-PAGE技術對擬南芥PM蛋白成分研究,發現生長素結合蛋白1(auxin binding protein 1,簡稱ABP1)并不是擬南芥生長發育所必需的,也不是植物生長發育必需的[45]。植物是一種固著生物,但卻生長在一個快速變化的環境中,在其生長和發育過程中經常會遇到各種環境脅迫,包括生物和非生物脅迫[46]。在植物生物脅迫方面,為揭示擬南芥感染灰葡萄孢菌(Botrytis cinerea)后的響應機制,Costa等利用兩相分配的方式研究發現,部分PM蛋白能夠響應某種病原體感染,并部分具有應激機制[47]。PM蛋白在植物響應和耐受鹽脅迫過程中發揮著重要的作用[48],Li等通過密度梯度離心,對響應鹽脅迫的甜菜相關PM蛋白進行分析,發現了植物響應鹽脅迫以及鹽脅迫耐受性的部分相關機制[35]。此外,有研究人員通過分析玉米(Zea mays L.)PM蛋白在正常水環境以及水脅迫環境下的分布,并依據生理、轉錄組和細胞壁蛋白質組學等的分析闡釋了玉米根適應水脅迫的壓力進行生長調節的機制[49]。鹽脅迫和水脅迫都只是非生物脅迫的一部分,而植物如何適應各種不良環境,PM蛋白又在其中扮演著怎樣的角色,在以后的植物學研究中尚有很多亟待解決的問題。

除此之外,隨著PM蛋白技術的不斷改進,越來越多的植物PM蛋白功能被不斷發現。如通過兩相分配結合無凝膠技術提取質膜蛋白,并通過鳥槍蛋白質組學分析[50]揭示了鐵元素的缺乏對于甜菜質膜蛋白的重要影響;利用無標記和基于MaxQuant的蛋白質組學方法[40]發現了甘藍型油菜(Brassica napus)對磷缺乏適應性機制的基因型差異;Preger等通過密度梯度離心與無凝膠技術結合,發現了大豆質膜上的一種b型細胞色素受生長素響應基因[WTBX][STBX]AIR2調控,并控制其開花特異性[51]。隨著PM蛋白研究技術的不斷發展,植物PM蛋白的功能將會越來越清晰。

4植物PM蛋白質組研究的問題與挑戰

作為細胞與外界的連接紐帶,PM具有物質運輸,信號傳導,細胞壁生物合成和分泌的一系列重要功能。而作為構成PM重要成分的蛋白質,它在PM的眾多功能中又具體扮演著什么樣的角色,這是我們目前要去深入探討的一個問題。隨著研究的深入,研究人員一步一步揭開了關于植物PM蛋白質的神秘面紗,其結構和功能也越來越多地被了解。目前針對植物PM蛋白質組的相關研究,主要集中在對模式植物或經濟作物的PM蛋白質結構及其在植物生理功能方面的闡釋。

雖然有關PM的研究越來越多,但有很大比例都是關于PM的結構和其微結構域的研究。關于PM蛋白的研究相對偏少,植物PM蛋白的研究更少。PM蛋白研究的一個難點是PM蛋白的表面相對疏水,甚至需要洗滌劑從膜中提取,有時又非常不穩定。這導致包括表達、溶解、純化以及相關蛋白的鑒定和翻譯后修飾的確定就更加困難[29]。關于植物PM蛋白研究存在的困難還比較多,包括在植物中ER-PM接觸位點的結構和功能,目前也僅僅只鑒定出一些蛋白復合物[5],PM蛋白參與其中作用的具體種類和作用機制仍未得到解決。近年來,已經發現肌動蛋白、血影蛋白和錨蛋白的軸突周期性模式形成了190 nm的間隔的環狀結構;然而,這種結構是否與擴散屏障功能相關還不清楚[17],這對研究PM蛋白在PM中的運動軌跡也造成了阻礙。

雖然在植物PM蛋白質組研究的很多方面仍舊存在很多困難,但在研究人員的不懈努力下,PM蛋白質組的研究仍然穩步前進中,并且取得了一定進展。比如最近引入基于代謝標記(metabolic labeling)和點擊化學(click chemistry)的生物化學結合的方法能夠通過超分辨率顯微鏡對不同膜組分進行直觀觀察[52-54]。這個方法一定程度上克服了PM蛋白研究的一部分困難。除此之外,植物PM蛋白質組在PM功能、在各種代謝中的不同作用以及植物各種環境脅迫應激過程中,不同的作用種類及其結構以及作用機制仍然有很多問題需要解決。盡管植物PM蛋白質組學的研究還比較有限,但有理由相信,未來植物PM蛋白質組學研究結果會越來越多、方法會越來越成熟,越來越多的PM蛋白功能會被闡釋。

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