冷鮮雞肉表面四環(huán)素和磺胺耐藥菌的菌群多樣性分析

邵 毅，姚春霞,，黃柳娟，馮 博，周昌艷，白 冰，王 華，王衛(wèi)國

冷鮮雞肉表面四環(huán)素和磺胺耐藥菌的菌群多樣性分析

邵 毅1,2，姚春霞1,2,※，黃柳娟1，馮 博1，周昌艷1,2，白 冰1，王 華3,4，王衛(wèi)國5

（1. 上海市農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量標準與檢測技術研究所，上海 201403；2. 上海市設施園藝技術重點實驗室，上海 201403；3. 美國俄亥俄州立大學食品科學與技術系，哥倫布 43210；4. 復旦大學生命科學院微生物學和微生物工程系，上海 200433；5. 上海國榮果業(yè)專業(yè)合作社，上海 201516）

為探索冷鮮雞肉產(chǎn)品表面的抗生素耐藥菌的菌群結構，利用IonS5TMXL測序平臺對18個市售冷鮮雞肉樣品表面的可培養(yǎng)四環(huán)素耐藥菌和磺胺耐藥菌進行了研究。結果表明，2類耐藥菌中分別注釋出59個和58個已明確屬名的屬，相對豐度最大的3個門均為變形菌門、擬桿菌門和厚壁菌門。共享菌屬中不動桿菌屬、假單胞菌屬、變形桿菌屬、檸檬酸桿菌屬、香味菌屬和漫游球菌屬的禽源和人源分離株的多重耐藥性已被大量研究所證實；而禽源肉桿菌屬等16個菌屬的耐藥特性還未見報道。各采樣點分別鑒定出5～39個特有操作分類單元，分屬3～32個屬。該研究反映了冷鮮雞肉表面2類耐藥菌的污染狀況，為后期冷鮮雞肉產(chǎn)品表面耐藥菌的遷移風險評估和控制技術研究提供參考。

微生物；細菌；抗生素；冷鮮雞；四環(huán)素耐藥菌；磺胺耐藥菌；菌群多樣性

0 引 言

抗生素耐藥（antibiotic resistant，ART）致病菌可能通過食物鏈從農(nóng)業(yè)生產(chǎn)及農(nóng)產(chǎn)品中擴散至人類[1]，耐藥（antibiotic resistance，AR）基因還能通過水平基因遷移（horizontal gene transfer，HGT）從養(yǎng)殖動物源細菌遷移至人類共生菌中[2-3]，因此，ART菌的快速增多對人類公共衛(wèi)生安全造成巨大威脅[4]。耐藥性的發(fā)生和遷移機制復雜，除抗生素篩選壓外，AR基因池的大小[5]和ART菌的種屬[6]是影響食源性耐藥基因遷移潛勢的關鍵因素。然而，目前食源性ART菌的研究主要在致病菌中展開，且依賴于有限菌種或單個菌落的培養(yǎng)分離[7]。在復雜的細菌生態(tài)系統(tǒng)中，除致病菌外，數(shù)量龐大的其他細菌的耐藥數(shù)據(jù)十分有限。借助高通量二代測序技術，對潛在的ART細菌進行菌群組成研究，有助于完善ART菌的種屬信息，進而全面揭示耐藥機制。

為避免禽流感等動物源性疾病的人群暴發(fā)，冷鮮雞逐漸成為禽肉市場的主要產(chǎn)品類型。但冷鮮雞在屠宰和貯運過程中很可能發(fā)生微生物的污染和滋生，成為ART菌的載體[8-10]。這些ART菌的菌群組成和遷移風險尚不明確。因此，本研究通過選擇性培養(yǎng)獲得具有四環(huán)素或磺胺耐藥表型的細菌，并通過IonS5TMXL平臺分析其菌落結構，從理論上探討ART菌的潛在污染來源和遷移風險，為冷鮮雞肉產(chǎn)品表面有害微生物的控制和安全加工奠定基礎。

1 材料與方法

1.1 試驗材料與主要試劑

18份冷鮮雞樣品（表1）于2018年9月4日至2018年10月16日購于上海市6個大型超市和生鮮超市，冷鮮雞樣品的生產(chǎn)或包裝日期為采樣當天。采樣時避免樣品與手及人呼出的氣體接觸。樣品用無菌袋盛裝，在冰盒（約4 ℃）中于3 h內(nèi)運回實驗室，進行ART菌的分離。

腦心浸液肉湯（brain heart infusion broth，BHI）瓊脂培養(yǎng)基（英國 Oxoid）；四環(huán)素（tetracycline，Tet）、磺胺甲惡唑（sulfamethoxazole，Sul）、甲氧芐啶（trimethoprim，Tri）（美國Sigma）；真菌抑制劑放線菌酮（cycloheximide，Cyc）（美國Amresco）；生理鹽水（廣東環(huán)凱微生物科技有限公司）；細菌基因組提取試劑盒（德國QIAGEN）。

表1 冷鮮雞肉樣品信息

1.2 儀器設備

SX-500型高壓滅菌鍋（日本TOMY）用于細菌培養(yǎng)基的制備；BAGMIXER400型均質(zhì)機（法國Interscience）用于雞肉樣品的拍打均質(zhì)；1300 SERIES A2型生物安全柜（美國Thermo Fisher scientific）用于細菌的分離操作；Medcenter Einrichtungen GmbH型恒溫培養(yǎng)箱（德國Friocell）用于細菌的培養(yǎng)；Mini-Sub cell GT型水平核酸電泳系統(tǒng)（美國Bio-rad）和NanoDrop 2000c型超微量分光光度計（美國Thermo）分別用于菌體DNA提取質(zhì)量的定性和定量分析；Criterion Stain Free型凝膠成像系統(tǒng)（美國Bio-rad）用于菌體DNA電泳結果的顯示；T100型PCR儀（美國Bio-rad）用于菌體16S rDNA的聚合酶鏈式反應（polymerase chain reaction，PCR）擴增。

1.3 方 法

1.3.1 四環(huán)素耐藥菌（tetracycline resistant bacteria，Tetr）和磺胺耐藥菌（sulfamethoxazole resistant bacteria，Sulr）的分離

參考Huang等[11]的方法從冷鮮雞樣品表面分離對四環(huán)素或磺胺甲惡唑/甲氧芐啶耐藥的細菌：無菌條件下將表面肌肉和皮剪碎，混勻，準確稱量25 g置于無菌袋中，加入225 mL無菌生理鹽水，拍打均質(zhì)5 min，用移液槍吸取200L混勻的均質(zhì)液均勻涂布于含有放線菌酮和四環(huán)素（Cyc+Tet）或放線菌酮和磺胺甲惡唑及甲氧芐啶（Cyc+ Sul+Tri）的BHI平板上，所有平板中Cyc的濃度均為100g/mL。為了盡量減少耐藥假陽性細菌的生長，參考美國臨床和實驗室標準協(xié)會（Clinical and Laboratory Standards Institute，CLSI）對幾種典型臨床致病菌對四環(huán)素或磺胺甲惡唑/甲氧芐啶耐藥折點的規(guī)定[12]，將培養(yǎng)皿中四環(huán)素、磺胺甲惡唑和甲氧芐啶的濃度點分別定為48、228和12g/mL，即大多數(shù)致病菌相應耐藥折點的3倍；同時，將本實驗室前期優(yōu)化的雞肉表面抗生素耐藥細菌分離培養(yǎng)條件（（32±1）℃，48 h）[8]中的培養(yǎng)時間縮短為24 h。

1.3.2 DNA提取及PCR擴增

刮取培養(yǎng)皿上所有菌體，用2 mL生理鹽水重懸混勻，取100L提取細菌總DNA。經(jīng)1%瓊脂糖凝膠電泳和核酸定量儀測定，確定所提細菌總DNA的質(zhì)量后，PCR擴增核糖體亞基16S rDNA基因的V3-V4區(qū)。上游引物為341F：5’-CCTAYGGGRBGCASCAG-3’，下游引物為806R：5’-GGACTACNNGGGTATCTAAT-3’。擴增結束后，用2%瓊脂糖凝膠電泳和核酸定量儀檢測PCR產(chǎn)物的質(zhì)量，委托北京諾禾致源生物信息科技有限公司基于IonS5TMXL測序平臺，利用單端測序（Single-End）的方法，對構建的小片段文庫進行高通量測序。

1.3.3 高通量測序數(shù)據(jù)分析

將IonS5TMXL下機數(shù)據(jù)導出fastq文件。根據(jù)barcode序列區(qū)分各個樣本的數(shù)據(jù)，并進行嵌合體過濾，得到用于后續(xù)分析的有效數(shù)據(jù)（clean reads）。以97%的一致性（identity）對所有樣本的有效標簽（effective tags）進行操作分類單元（operational taxonomic unit，OTU）聚類和物種分類分析。隨后，一方面用SILVA132（http://www.arb-silva.de/）的SSUrRNA數(shù)據(jù)庫在界（kingdom）、門（phylum）、綱（class）、目（order）、科（family）、屬（genus）和種（species）7個水平對每個OTU的序列做物種注釋分析，得到對應的物種信息和基于物種的豐度分布情況；另一方面，對OTU進行豐度、-多樣性計算、維恩（Venn）圖和花瓣圖等分析，以得到樣本內(nèi)物種豐富度和均勻度信息、不同樣本或分組間的共有（共享菌群[13]）和特有（特有菌群）OTU信息等。用EXCEL的單因素方差分析比對各樣品中四環(huán)素耐藥菌和磺胺耐藥菌-多樣性指數(shù)的差異，計算P值（P-value），當< 0.05時，差異顯著。用EXCEL繪制菌落豐度柱狀圖。

2 結果與分析

2.1 α-多樣性分析

對每個冷鮮雞肉樣品表面的Tetr菌和Sulr菌的組成分別進行多樣性分析（-多樣性），評估其復雜度和多樣性。菌群覆蓋度（good’s coverage）指數(shù)反映了測序深度，當測序深度覆蓋到樣品中所有的物種時，其值為1；物種數(shù)（observed species）指數(shù)和超（chao1）指數(shù)反映了單個樣品中物種的數(shù)量，即群落的豐富度；香農(nóng)（shannon）指數(shù)和辛普森（simpon）指數(shù)反映了群落的多樣性，相同豐富度時，均勻度越高，群落的多樣性越大，2個指數(shù)的值就越大。結果表明，各樣品中2種ART菌的覆蓋指數(shù)為0.999～1（表 2），說明幾乎所有序列都被測出，本次多樣性分析結果能反映樣品菌群組成的真實情況。18個樣品測序共獲得503個OTU，平均每個樣品的Tetr菌和Sulr菌中分別獲得139個和156個OTU。本試驗涉及的冷鮮雞樣品中，Tetr菌的OTU數(shù)、豐富度指數(shù)和多樣性指數(shù)與Sulr菌相比，均無顯著性差異，可能是BHI培養(yǎng)基對菌種的篩選偏好造成的。

2.2 菌群結構分析

在門、綱、目、科和屬5個水平上對菌群結構進行分析。結果表明，在門水平上，不論是Tetr菌還是Sulr菌，相對豐度最大的3個門均為變形菌門（Proteobacteria）、擬桿菌門（Bacteroidetes）和（厚壁菌門Firmicutes），與已報道的冷鮮雞肉產(chǎn)品表面細菌的主要菌門[14]類似，3個菌門之和分別占兩類ART菌的99.69%～100.00%和95.73%～99.99%（圖1）。

在屬水平上，Tetr菌和Sulr菌中各注釋出59個和58個已明確屬名的屬。林奕岑等[13]在肉雞盲腸細菌多樣性分析研究中鑒定出85個屬的細菌，其中51個已被注釋；肖英平等[14]注釋了冷鮮雞肉表面細菌的菌屬在數(shù)量級上為10～102之間，其中十大菌屬中除了嗜冷桿菌屬（spp.）和黃桿菌屬（spp.）僅在本研究的個別樣品中發(fā)現(xiàn)外，其余包括希瓦氏屬（spp.）、假單胞菌屬（spp.）、不動桿菌屬（spp.）、環(huán)絲菌屬（spp.）、香味菌屬（spp.）、魏斯氏菌屬（spp.）、漫游球菌屬（spp.）和肉桿菌屬（spp.）在內(nèi)的8個屬在本研究的冷鮮雞表面ART菌中都獲得了鑒定，表明冷鮮雞表面的細菌的耐藥比率較高。

表2 樣品OTU數(shù)量和α-多樣性指數(shù)

a. 四環(huán)素耐藥菌

a. Tetracycline-resistant bacteria

b. 磺胺耐藥菌

b. Sulfamethoxazole-resistant bacteria

圖1 冷鮮雞肉表面四環(huán)素耐藥菌和磺胺耐藥菌在門水平上的分布

冷鮮雞肉表面四環(huán)素耐藥菌和磺胺耐藥菌在屬水平上的分布見圖2。

圖2a顯示，Tetr菌和Sulr菌在屬水平上的菌群結構有所不同，豐度平均值最高的Tetr菌依次為不動桿菌屬、香味菌屬、假單胞菌屬、檸檬酸桿菌屬（spp.）和穩(wěn)桿菌屬（spp.），而豐度最高的Sulr菌依次為假單胞菌屬、香味菌屬、氣單孢菌屬（spp.）、不動桿菌屬和變形桿菌屬（spp.）（圖2b）。前人研究表明，腸球菌屬（spp.）、葡萄球菌屬（spp.）、肉桿菌屬、乳球菌屬（spp.）和乳桿菌屬（spp.）的細菌較多地參與了AR基因的水平遷移[5-6]，在本研究中也鑒定出了其中的葡萄球菌屬和肉桿菌屬，因此有必要在今后的研究中進一步確認相應菌屬單個菌落的耐藥性，并評估AR基因向人類共生菌遷移的風險。

a. 四環(huán)素耐藥菌

a. Tetracycline-resistant bacteria

b. 磺胺耐藥菌

b. Sulfamethoxazole-resistant bacteria

圖2 冷鮮雞肉表面四環(huán)素耐藥菌和磺胺耐藥菌在屬水平上的分布

2.3 共享菌群分析

共享菌群在不同來源的冷鮮雞樣品表面均有檢出，反映所有樣品的菌群組成共性，推測其在其他冷鮮雞中存在的可能性較高，造成的耐藥風險也相應較高，因此予以重點分析。統(tǒng)計所有樣品中共同存在的OTU，結果表明，在門水平上，不論是Tetr菌還是Sulr菌，共享菌群都包括變形菌門、擬桿菌門和厚壁菌門。在屬水平上，Tetr菌和Sulr菌各有18個菌屬（56個OUT）和19個菌屬（63個OUT）的共享菌群（表3），前人報道的冷鮮雞肉優(yōu)勢菌屬[15]在本研究中均有發(fā)現(xiàn)，說明冷鮮雞肉表面各類優(yōu)勢細菌均已不同程度地存在具有耐藥性的種。

作為冷鮮雞肉微生物菌群中的優(yōu)勢菌屬，不動桿菌屬、假單胞菌屬和肉桿菌屬是雞肉腐敗過程中的主要污染菌屬[16-18]；變形桿菌屬普遍存在于健康肉雞和市售生雞產(chǎn)品[19]以及養(yǎng)雞環(huán)境[20]中；檸檬酸桿菌屬是常見的腸道非致病菌（在機體抵抗力降低時偶爾致病），冷鮮雞[15]和腐敗的扒雞[21]中都曾分離到檸檬酸桿菌；香味菌屬是罕見的機會致病菌，目前的感染報道主要發(fā)生在中國；而漫游球菌屬和魏斯氏菌屬在禽類中的研究報道尚不多。值得注意的是，不動桿菌屬、假單胞菌屬、肉桿菌屬和魏斯氏菌屬等菌屬的細菌在高鹽的雞肉調(diào)理品中仍存在[22]，說明其耐環(huán)境脅迫的能力較強。8類優(yōu)勢菌屬中，不動桿菌屬、假單胞菌屬和變形桿菌屬的禽源分離株已多次被證實具有不同程度的耐藥性，甚至是多重耐藥性[23-25]。盡管雞源檸檬酸桿菌屬、香味菌屬和漫游球菌屬的耐藥性研究較少，但有限的數(shù)據(jù)也已表明，禽源檸檬酸桿菌對氟喹諾酮類、氨基糖苷類、氯霉素類、四環(huán)素類等均產(chǎn)生了較高的多重耐藥性[26-27]；在雞肉中分離到的香味菌屬細菌（SKS05-GRD）對阿米卡星、慶大霉素和卡那霉素的耐藥性是質(zhì)粒介導的[28]，存在耐藥基因的水平遷移風險；一個攜帶四環(huán)素、卡那霉素、頭孢氨芐AR基因的質(zhì)粒，存在于河流漫游球菌（）、干燥棒狀桿菌（）、大腸桿菌（）等多種細菌中，可能存在不同種屬細菌間的AR基因水平遷移事件[29]。此外，肉桿菌屬和魏斯氏菌屬的耐藥特性還未見報道。另一方面，近十幾年的人類臨床數(shù)據(jù)表明，不動桿菌屬細菌在中國的檢出率、多重耐藥率和廣泛耐藥菌比率均呈上升趨勢，其中的鮑曼不動桿菌（）對多種抗生素的耐藥率均超過60%[30]，成為中國目前最主要的“超級細菌”[31]；廣泛存在于自然界的條件致病菌假單胞菌屬細菌的分離陽性率也明顯增加，已成為醫(yī)院感染的重要致病菌之一[32]；人類臨床分離的香味菌屬對大多數(shù)可用抗生素具有高度抗性[33]。因此，應特別注意這些在雞肉和人類中都能分離到的細菌，其污染來源、耐藥性的發(fā)生和遷移機制、以及是否存在AR基因在人源與動物源同類細菌之間遷移的可能性等問題值得深入研究。

表3 冷鮮雞肉中四環(huán)素耐藥菌和磺胺耐藥菌的共享菌群

針對雞肉中的非優(yōu)勢菌屬的研究尚未深入展開，其耐藥特性僅有幾例報道。如人類臨床分離到的多株沙雷氏菌屬（spp.）細菌含有AR基因，其賦予對-內(nèi)酰胺、氨基糖苷類、喹諾酮類、大環(huán)內(nèi)酯類和多肽抗微生物劑的抗性[34]，而一株火雞來源的液化沙雷菌（）被證實對四環(huán)素、氨芐青霉素、鏈霉素、慶大霉素、紅霉素和青霉素產(chǎn)生了六重耐藥[35]；雞源豚鼠氣單胞菌（）可對12種抗生素產(chǎn)生不同程度的耐藥性，對頭孢噻肟、呋喃妥因、氯霉素和環(huán)丙沙星較為敏感[36]；院感重要機會致病菌嗜麥芽寡養(yǎng)單胞菌（）的耐藥性強[37]，而在養(yǎng)殖業(yè)，在雞蛋表面[38]和家禽屠宰場空氣中[39]均分離到了寡養(yǎng)單胞菌屬（spp.）細菌。除此以外，從本研究涉及的冷鮮雞肉樣品中發(fā)現(xiàn)的共享Tetr菌和Sulr菌中的布丘氏菌屬（spp.）、叢毛單胞菌屬（spp.）、假蒼白桿菌屬（spp.）、莫勒菌屬（spp.）、普羅維登斯菌屬（spp.）、鞘脂單胞菌屬（spp.）、厭氧粘桿菌屬（spp.）、穩(wěn)桿菌屬（spp.）、spp.屬、庫特氏菌屬（spp.）和賴氨酸芽孢桿菌屬（spp.）等菌屬的耐藥特性、耐藥菌株還未見報道。

2.4 特有菌群

本研究中，將僅在某一個冷鮮雞樣品表面檢出的菌群定義為特有菌群，該指標可指示單個樣品從養(yǎng)殖、屠宰加工直至貯藏運輸過程中的潛在污染情況。來自6個采樣點的雞肉樣品中均存在特有菌群，已鑒定到屬水平的特有OTU有5～39種，分屬3～32個菌屬，污染ART菌的復雜度差異較大。其中，盡管來自3號和4號超市的冷鮮雞樣品是預包裝產(chǎn)品，但分別具有較多種類的特有Sulr菌和Tetr菌（表4），預測其原料或生產(chǎn)加工過程可能存在ART菌污染源，后續(xù)可利用細菌多樣性分析技術，通過比對冷鮮雞肉成品中的特有菌群及其對應的生產(chǎn)鏈各環(huán)節(jié)采集的樣品的菌群，進行雞肉表面污染細菌的溯源和驗證。

表4 冷鮮雞肉中四環(huán)素耐藥菌和磺胺耐藥菌的特有菌群

注：1*～6*為第1～6號采樣點。

Note: 1*-6*stand for sample No. 1 to 6.

3 結 論

1）利用二代測序技術分析冷鮮雞肉表面可培養(yǎng)的四環(huán)素耐藥菌（tetracycline resistant bacteria，Tetr）和磺胺耐藥菌（sulfamethoxazole resistant bacteria，Sulr）的菌群多樣性，在2類ART菌中各注釋出59個和58個已明確屬名的屬，與前人關于冷鮮雞肉表面細菌多樣性分析的研究數(shù)據(jù)相比，占比較高，預示冷鮮雞表面多類細菌已具備抗生素耐藥性。

2）共享菌群的分析結果進一步說明，冷鮮雞肉表面各類優(yōu)勢細菌均已不同程度地存在具有耐藥性的種。前人研究已多次證實其中不動桿菌屬、假單胞菌屬、變形桿菌屬、檸檬酸桿菌屬、香味菌屬和漫游球菌屬的禽源和人源分離株具有多重耐藥性，因此，應充分重視冷鮮雞肉表面細菌的抗生素耐藥性問題，并深入研究耐藥基因在上述禽源和人源細菌間水平遷移的潛在風險。此外，共有菌群中的肉桿菌屬、魏斯氏菌屬、沙雷氏菌屬、氣單胞菌屬、寡養(yǎng)單胞菌屬、布丘氏菌屬、叢毛單胞菌屬、假蒼白桿菌屬、莫勒菌屬、普羅維登斯菌屬、鞘脂單胞菌屬、厭氧粘桿菌屬、穩(wěn)桿菌屬、屬、庫特氏菌屬和賴氨酸芽孢桿菌屬的耐藥特性應進一步確認，其污染來源和遷移風險有待揭示。

由于不同的培養(yǎng)方法會影響細菌的分離結果，因此，單一的培養(yǎng)條件會限制微生物多樣性分析結果的全面性。比如本研究中，盡管每個樣品中Tetr菌和Sulr菌在屬水平上的菌群分布有明顯差異，但兩者的操作分類單元（operational taxonomic unit，OTU）數(shù)量、豐富度指數(shù)和多樣性指數(shù)均無顯著性差異，說明菌相信息的獲得收到了培養(yǎng)的限制。因此，冷鮮雞肉表面耐藥菌的全面揭示有賴于不依賴培養(yǎng)的分析技術的建立。

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Diversity of tetracycline- and sulfamethoxazole-resistant bacteria on surface of cold fresh chicken

Shao Yi1,2, Yao Chunxia1,2,※, Huang Liujuan1, Feng Bo1, Zhou Changyan1,2, Bai Bing1, Wang Hua3,4, Wang Weiguo5

(1.,,201403,; 2.,201403,; 3.,,43210,; 4.,,,200433,; 5.,201516,)

The increased use of antimicrobial-resistant (AR) bacteria in agricultural production has posed a great threat to human health, as AR pathogens could spread from agricultural product to human body via food chain. The antimicrobial resistance (ART) genes in animal- and environment-derived bacteria can migrates to human commensal bacteria through horizontal gene transfer (HGT). Increased evidences have shown the critical role of commensal bacteria in HGT of ART genes, affected by both size and species of ART bacteria. Because of the horizontal gene transfer, it is essential to understand antimicrobial resistance in bacterial community rather than in several species. Currently, there is a knowledge gap in our understanding of tendentious carriers of ART gene as most existing studies focused only on a limited pathogenic bacteria. Cold fresh chicken is consumed worldwide, and our previous work had found existence of tetracycline-resistant (Tetr) bacteria and sulfamethoxazole-resistant (Sulr) bacteria in chicken products which might harbor a pool of AR gene, offering a potential avenue for transmission of antimicrobial resistant bacteria and AR genes to human beings. Motivated by these findings, we randomly selected 18 cold fresh chicken samples from six supermarkets in Shanghai from September to October in 2018 to investigate possible existence of Tetrand Sulrbacteria, as well as the potential risk of antimicrobial resistance migration. The culturable Tetrand Sulrbacteria on the surface of the chicken samples were recovered by brain heart infusion (BHI) agar, containing 48g/mL tetracycline or 228g/mL sulfamethoxazole plus 12g/mL trimethoprim. Their diversity was analyzed by the IonS5TMXL sequencing platform. The results showed that the top three phyla with highest relative abundance of ART bacteria were Proteobacteria, Bacteroidetes and Firmicutes. In Tetrand Sulrbacteria, 59 and 58 specific genera were identified respectively. Compared with the literature report on diversity of total bacteria on surface of cold fresh chicken, the genera of the two ART bacteria found in our study accounted for a high proportion of the total microbial population, indicating that many bacteria on the surface of cold fresh chicken were resistant to the two antimicrobials. The results of shared floras found 18 genera (56 OUTs) and 19 genera (63 OUTs) in Tetrand Sulrbacteria respectively, among which the multi-drug resistance of avian and humanspp,spp.,spp.,spp. andspp. had been well established. Thus, the potential risk of horizontal transfer of AR genes from avian to human need to further investigation. However, the characteristics of antimicrobial resistance in other 16 genera of shared floras isolated from avian, includingspp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp.,spp. andspp., have not been reported yet. We found that the specific floras of ART bacteria differed from each sample, and 5 to 39 unique OTUs, from 3 to 32 genus, were identified in samples taken from all supermarkets. The specific ART floras data could be used to trace the origin of the ART bacteria during the processing chain. Overall, our results identified existence of ART bacteria on surface of cold fresh chicken and provided reference for further investigation into their potential risk and control. Since separation of bacteria could be affected by cultural method, our diversity analysis was limited to a single culture condition and relied on establishment of analytical techniques of culture-independent in the future.

microorganism; bacteria; antibiotics; cold fresh chicken; tetracycline-resistant bacteria; sulfamethoxazole-resistant bacteria; diversity

2019-05-09

2019-07-15

上海市農(nóng)委基礎研究項目（滬農(nóng)科攻字(2014)第7-3-6號）；上海市市級農(nóng)口系統(tǒng)青年人才成長計劃（滬農(nóng)青字(2018)第1-38號）；國家自然科學基金項目（31401599）；上海市農(nóng)業(yè)科學院學科領域建設專項（農(nóng)科農(nóng)助2019(10)）

邵毅，副研究員，博士，主要從事農(nóng)產(chǎn)品微生物安全研究。E-mail：shao_saas@163.com

姚春霞，副研究員，博士，主要從事農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全研究。E-mail：chunxia.yao@163.com

10.11975/j.issn.1002-6819.2019.17.036

S182；TS207.4

A

1002-6819(2019)-17-0301-08

邵 毅，姚春霞，黃柳娟，馮 博，周昌艷，白 冰，王 華，王衛(wèi)國. 冷鮮雞肉表面四環(huán)素和磺胺耐藥菌的菌群多樣性分析[J]. 農(nóng)業(yè)工程學報，2019，35(17)：301－308. doi：10.11975/j.issn.1002-6819.2019.17.036 http://www.tcsae.org

Shao Yi, Yao Chunxia, Huang Liujuan, Feng Bo, Zhou Changyan, Bai Bing, Wang Hua, Wang Weiguo. Diversity of tetracycline- and sulfamethoxazole-resistant bacteria on surface of cold fresh chicken[J]. Transactions of the Chinese Society of Agricultural Engineering (Transactions of the CSAE), 2019, 35(17): 301－308. (in Chinese with English abstract) doi：10.11975/j.issn.1002-6819.2019.17.036 http://www.tcsae.org