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基于文獻(xiàn)大數(shù)據(jù)的穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái)的構(gòu)建*

2020-04-20 02:01:10李海燕黃滿(mǎn)婷
關(guān)鍵詞:可視化針刺效應(yīng)

熊 婕,雷 蕾,李海燕,黃滿(mǎn)婷,亢 力,楊 策

(中國(guó)中醫(yī)科學(xué)院中醫(yī)藥信息研究所 北京 100700)

針灸學(xué)源遠(yuǎn)流長(zhǎng),具有獨(dú)特的理論體系和思維模式[1],幾千年來(lái)指導(dǎo)著臨床實(shí)踐,為了探求針刺治療疾病的機(jī)制和原理,針刺效應(yīng)機(jī)制相關(guān)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)不斷開(kāi)展[2],成為針灸針灸學(xué)領(lǐng)域研究的重點(diǎn)和熱點(diǎn)問(wèn)題[3,4]。目前,這些針刺效應(yīng)研究數(shù)據(jù)散在于海量文獻(xiàn)之中,難以進(jìn)行系統(tǒng)總結(jié)和分析挖掘,更無(wú)法快速地給研究者提供直觀清晰的知識(shí),也不便于進(jìn)行知識(shí)之間的關(guān)聯(lián)檢索。因此,本研究旨在構(gòu)建基于文獻(xiàn)大數(shù)據(jù)的穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái),為針刺生物學(xué)機(jī)制的深入研究提供規(guī)范化的數(shù)據(jù)支持及輔助展示和文獻(xiàn)檢索工具。

1 穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái)的構(gòu)想及整體設(shè)計(jì)

1.1 穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái)設(shè)想的提出

穴位刺激效應(yīng)研究主要通過(guò)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)的方法,研究針刺穴位作用于特定疾病模型所產(chǎn)生的效應(yīng)機(jī)制,其利用生物信息學(xué)的理論、技術(shù)與方法,來(lái)闡述針刺穴位的作用機(jī)制及分子途徑。隨著現(xiàn)代科學(xué)技術(shù)的不斷進(jìn)步與發(fā)展,世界各國(guó)針灸的學(xué)術(shù)交流日趨頻繁[5],以穴位刺激效應(yīng)為核心的針刺效應(yīng)作用機(jī)制研究成為大家關(guān)注的熱點(diǎn),極大促使了現(xiàn)代針灸學(xué)的多學(xué)科發(fā)展[6]以及針灸作用機(jī)制的深入研究,同時(shí)產(chǎn)生了海量針刺實(shí)驗(yàn)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)。

在穴位刺激效應(yīng)實(shí)驗(yàn)研究中,融合了中西醫(yī)兩種不同的思維方式。穴位刺激效應(yīng)研究通過(guò)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)的方法來(lái)闡釋針刺的作用機(jī)制,其基于解剖學(xué)和生理病理學(xué)理論,在實(shí)驗(yàn)研究的方法論上更注重還原論思維;而穴位刺激效應(yīng)研究的實(shí)驗(yàn)方案則是在針灸學(xué)和中醫(yī)理論的指導(dǎo)下進(jìn)行,基于中國(guó)傳統(tǒng)哲學(xué)思想的中醫(yī)學(xué)則更注重系統(tǒng)觀和整體觀念。實(shí)驗(yàn)研究從形態(tài)結(jié)構(gòu)和分子生物角度認(rèn)識(shí)生命過(guò)程,而中醫(yī)學(xué)從功能狀態(tài)入手闡述人體生命變化,從而形成獨(dú)特的醫(yī)學(xué)理論并指導(dǎo)醫(yī)療活動(dòng)[7]。兩種不同的醫(yī)學(xué)體系,其認(rèn)識(shí)生命的過(guò)程以及基于此認(rèn)識(shí)的診斷、干預(yù)及療效評(píng)價(jià)過(guò)程雖然可以相互借鑒,但在實(shí)驗(yàn)研究數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上如何從整體觀角度出發(fā),進(jìn)行符合中醫(yī)自身規(guī)律和特點(diǎn)的針刺穴位效應(yīng)研究是我們亟待思考的問(wèn)題。由此,將目前現(xiàn)有的大量實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行規(guī)范及整合分析,顯得尤為重要。綜合以上考慮,本研究旨在對(duì)涉及不同實(shí)驗(yàn)來(lái)源的數(shù)據(jù)集及其形成的包括機(jī)體器官(功能評(píng)分)、組織細(xì)胞(微觀機(jī)能)、分子網(wǎng)絡(luò)等各級(jí)水平的針刺效應(yīng)數(shù)據(jù)進(jìn)行抽取,依據(jù)數(shù)據(jù)及其內(nèi)在關(guān)系,利用計(jì)算機(jī)生成的圖形和圖表來(lái)表示針刺效應(yīng)錯(cuò)綜復(fù)雜的過(guò)程,為針刺生物學(xué)機(jī)制的深入研究提供規(guī)范化的數(shù)據(jù)支持及多維度的可視化展示。

1.2 穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái)的理論基礎(chǔ)

1.2.1 生物信息的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)研究

上個(gè)世紀(jì)90年代,隨著高通量實(shí)驗(yàn)技術(shù)(如生物芯片、生物質(zhì)譜[8]、酵母雙雜交系統(tǒng)[9]和蛋白質(zhì)親和層析[10]等)的發(fā)展和人類(lèi)基因組計(jì)劃的啟動(dòng),生命科學(xué)從基因組到蛋白質(zhì)組的各個(gè)層次都積累了海量的生物數(shù)據(jù)[11]。作為生物信息的研究對(duì)象,生物體本身是一個(gè)具有高度復(fù)雜性的系統(tǒng),其典型特征是非線(xiàn)性,即生物體部分功能的總和并不能完全代表和等同于整體功能,簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是“整體大于部分之和”[12]。這種非線(xiàn)性的分子基礎(chǔ)在于各種生物大分子、基因及蛋白質(zhì)之間頻繁而復(fù)雜的相互作用以及其構(gòu)成的生物網(wǎng)絡(luò)[13],生物體的所有生命活動(dòng)都依賴(lài)于這些生物網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)和功能[14,15]。根據(jù)目前所能獲得的局部、片面、零散的生物信息,我們無(wú)法全面了解生物體作為一個(gè)復(fù)雜系統(tǒng)應(yīng)有的性質(zhì)和功能。因此,有必要站在將生物體作為整體的高度,收集整合已掌握的生物信息,夯實(shí)其性質(zhì)和功能研究的數(shù)據(jù)基礎(chǔ),復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)為生物體這一復(fù)雜系統(tǒng)的研究,提供了強(qiáng)有力的描述方式;反過(guò)來(lái),生物信息復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的研究成果也能對(duì)探索人體復(fù)雜性產(chǎn)生啟發(fā)和借鑒。因此,構(gòu)建穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái),采用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的方法進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,有助于整合規(guī)范海量文獻(xiàn)中的穴位刺激效應(yīng)數(shù)據(jù),為針刺作用機(jī)制研究提供參考依據(jù)。

1.2.2 基于標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(kù)的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)可視化研究

可視化(Visualization)是利用計(jì)算機(jī)圖形學(xué)和圖像處理技術(shù),將數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成圖形或圖像在屏幕上顯示出來(lái),并進(jìn)行交互處理的理論、方法和技術(shù),是研究數(shù)據(jù)表示、數(shù)據(jù)處理、決策分析等一系列問(wèn)題的綜合技術(shù)[16]。復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的可視化尤適用于有相互作用關(guān)系的復(fù)雜系統(tǒng)和高維數(shù)據(jù)的分析,如生物分子的相互作用、代謝途徑、調(diào)控作用和基因表達(dá)等。目前常用的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)可視化工具有Cytoscape、R 中的igraph 包以及Perl中的GraphViz包等,可以將納入研究的蛋白質(zhì)、DNA 和其他對(duì)人類(lèi)和生物有重要作用的分子數(shù)據(jù)庫(kù)關(guān)聯(lián)起來(lái),形成龐大的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),便于數(shù)據(jù)的系統(tǒng)分析。

目前,中醫(yī)藥領(lǐng)域中可視化研究主要集中于對(duì)學(xué)科研究熱點(diǎn)及趨勢(shì)的可視化分析展示,所用技術(shù)集中于可視化知識(shí)圖譜技術(shù)的應(yīng)用[17],對(duì)于中醫(yī)藥學(xué)研究過(guò)程中產(chǎn)生的生物信息進(jìn)行可視化研究的報(bào)道較少。因此,以針刺穴位刺激效應(yīng)信息為切入點(diǎn),引入生物信息可視化技術(shù),對(duì)更深層次的組織、管理、挖掘隱藏于文獻(xiàn)中針刺實(shí)驗(yàn)信息尤為必要。

1.3 穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái)的整體設(shè)計(jì)

基于大量穴位刺激效應(yīng)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)的系統(tǒng)分析和挖掘需求,該平臺(tái)可提供從文獻(xiàn)信息獲取至文獻(xiàn)數(shù)據(jù)分析的“一站式服務(wù)”。在平臺(tái)可進(jìn)行文獻(xiàn)檢索、文獻(xiàn)下載以及全文查詢(xún)等功能,同時(shí)支持在線(xiàn)使用復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的方法,對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行多層次、多維度的動(dòng)態(tài)展示,為研究者研究提供規(guī)范全面的數(shù)據(jù)支持及輔助挖掘、可視化工具(圖1)。本平臺(tái)實(shí)現(xiàn)的關(guān)鍵技術(shù)在于文獻(xiàn)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化及數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建。

2 文獻(xiàn)數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化研究

2.1 數(shù)據(jù)來(lái)源、納排標(biāo)準(zhǔn)與數(shù)據(jù)特點(diǎn)

以“針刺O(píng)R 針灸OR 電針”為檢索式,以“動(dòng)物”為特征詞檢索中國(guó)生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)(CBM)、中國(guó)知網(wǎng)(CNKI)和PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)。針對(duì)不同類(lèi)型的文獻(xiàn)調(diào)整檢索策略,收集文獻(xiàn)題錄基本信息、針刺治療相關(guān)信息、電針治療相關(guān)信息、基因蛋白通路相關(guān)信息、實(shí)驗(yàn)效應(yīng)相關(guān)信息。

文獻(xiàn)納入標(biāo)準(zhǔn):①動(dòng)物實(shí)驗(yàn)研究文獻(xiàn),②單純針刺療法相關(guān)(包括體針、頭針、皮膚針、電針等多種針刺方法)研究文獻(xiàn)。

文獻(xiàn)排除標(biāo)準(zhǔn):①綜述、文獻(xiàn)計(jì)量學(xué)相關(guān)文獻(xiàn),②以針刺和藥物同時(shí)作為干預(yù)方法的研究文獻(xiàn),③以藥物注射作為干預(yù)方法的相關(guān)文獻(xiàn)。對(duì)文獻(xiàn)題錄信息進(jìn)行篩選,得到最終符合研究的穴位刺激效應(yīng)相關(guān)文獻(xiàn)。

圖1 穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái)整體設(shè)計(jì)

經(jīng)以上步驟,篩選納入1956年-2019年60 余年的相關(guān)文獻(xiàn)共計(jì)14284 篇,其中近20年(2000年-2019年)文獻(xiàn)發(fā)表數(shù)量明顯增加(圖2),共計(jì)11366篇,占總文獻(xiàn)量的79.67%。文獻(xiàn)質(zhì)量較高,文獻(xiàn)出處為北大核心期刊的文章6263 篇,科技論文統(tǒng)計(jì)源期刊文獻(xiàn)10592 篇,分別占總文獻(xiàn)量的43.85%和74.15%。可視化展示內(nèi)容涉及針刺穴位459 個(gè),針次穴位頻次累計(jì)19943 次,功能評(píng)分、微觀機(jī)能、分子水平等針刺效應(yīng)頻次累計(jì)7565次。

圖2 穴位刺激效應(yīng)文獻(xiàn)量年度分布情況

2.2 數(shù)據(jù)錄入

采用人工摘錄的方式,從文獻(xiàn)中收集針刺治療相關(guān)信息、電針治療相關(guān)信息、基因蛋白通路相關(guān)信息、實(shí)驗(yàn)效應(yīng)相關(guān)信息。為了保證數(shù)據(jù)質(zhì)量,我們將采用雙人錄入,一人審校制度,即兩名加工人員進(jìn)行相同文獻(xiàn)的數(shù)據(jù)摘錄工作,一名審校人員對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行對(duì)比審核,直接修改或刪除不全的數(shù)據(jù)條目,確保正確數(shù)據(jù)保留下來(lái)。

2.3 數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化

2.3.1 疾病模型名稱(chēng)和病理狀態(tài)的規(guī)范

疾病模型名稱(chēng)規(guī)范參考美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館發(fā)布的《醫(yī)學(xué)主題詞表》[18](Medical Subject Headings,MeSH),根據(jù)文獻(xiàn)原文中的描述在標(biāo)準(zhǔn)詞表中找到相應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)疾病名或癥狀體征;標(biāo)準(zhǔn)詞表中找不到規(guī)范詞的數(shù)據(jù),則參照原文規(guī)范為其上級(jí)疾病名,并做好相應(yīng)標(biāo)記。

2.3.2 穴位名稱(chēng)的規(guī)范

穴位名稱(chēng)規(guī)范參考中國(guó)中醫(yī)藥學(xué)主題詞表[19,20],根據(jù)文獻(xiàn)原文中的描述在標(biāo)準(zhǔn)詞表中找到規(guī)范的穴位名稱(chēng);標(biāo)準(zhǔn)詞表中找不到規(guī)范詞的數(shù)據(jù),參照原文進(jìn)行規(guī)范,并做好相應(yīng)標(biāo)記。

2.3.3 穴位刺激效應(yīng)字段的規(guī)范

為了盡可能詳盡地采集數(shù)據(jù),經(jīng)專(zhuān)家咨詢(xún)和討論,針對(duì)針刺動(dòng)物實(shí)驗(yàn)產(chǎn)生的穴位刺激效應(yīng),設(shè)計(jì)出不同維度的采集指標(biāo),包括功能評(píng)分、微觀機(jī)能、組織細(xì)胞水平、分子水平和其他水平等5 類(lèi)字段[21]。功能評(píng)分字段主要記錄針刺動(dòng)物產(chǎn)生的宏觀癥狀、體征及行為學(xué)指標(biāo)等,如體重變化、疼痛評(píng)分、學(xué)習(xí)記憶能力評(píng)分、神經(jīng)行為學(xué)評(píng)分等。微觀機(jī)能字段主要記錄影像學(xué)指標(biāo)、病理生理過(guò)程中的指標(biāo)等,如心功能、膜電位、超微機(jī)構(gòu)及血液流變。組織細(xì)胞水平字段主要記錄組織細(xì)胞病理學(xué)指標(biāo)、血液生化指標(biāo)等,如梗死面積、細(xì)胞凋亡數(shù)、白細(xì)胞計(jì)數(shù)等。分子水平字段主要記錄免疫遺傳學(xué)指標(biāo),包括基因、蛋白、核酸等,如轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子-β1(TGF-β1)水平、酪氨酸蛋白激酶A(tyrosine kinase A,TrkA)表達(dá)、熱休克蛋白70(Hsp70)表達(dá)。不屬于以上分類(lèi)的指標(biāo)記錄在其他水平字段,如一氧化氮含量等。微觀機(jī)能、組織細(xì)胞水平字段的規(guī)范以《醫(yī)學(xué)主題詞表》(MeSH)為標(biāo)準(zhǔn),分子水平字段參照PubMed-Gene and Protein 和KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行規(guī)范,基因名稱(chēng)的規(guī)范均以人類(lèi)基因的名稱(chēng)為準(zhǔn)。若不能在相應(yīng)的參照標(biāo)準(zhǔn)中找到規(guī)范描述,則以一個(gè)較為通用的字段為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行統(tǒng)一規(guī)范,并做好記錄工作。

3 穴位刺激效應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建

3.1 數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)

基于針刺實(shí)驗(yàn)文獻(xiàn)的內(nèi)容分布,構(gòu)建數(shù)據(jù)庫(kù)表結(jié)構(gòu)及關(guān)聯(lián)關(guān)系,形成多張信息表,以規(guī)范收集文獻(xiàn)的基本信息、針刺治療信息、電針治療信息、基因蛋白通路相關(guān)信息、實(shí)驗(yàn)效應(yīng)相關(guān)信息等。不同的信息表通過(guò)原序號(hào)與文獻(xiàn)表相關(guān)聯(lián)。數(shù)據(jù)庫(kù)的表結(jié)構(gòu)和關(guān)聯(lián)關(guān)系詳見(jiàn)圖3。

3.2 開(kāi)發(fā)數(shù)據(jù)加工平臺(tái)

為了方便數(shù)據(jù)加工及數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化,本研究還開(kāi)發(fā)相應(yīng)的數(shù)據(jù)加工系統(tǒng)。經(jīng)管理員分配任務(wù)后,數(shù)據(jù)加工人員可登錄平臺(tái),在線(xiàn)打開(kāi)原文進(jìn)行不同表格、不同字段的填寫(xiě);數(shù)據(jù)填寫(xiě)提交后轉(zhuǎn)入審核人員界面,供審核人員審核修改。

3.3 多級(jí)化、多角色的數(shù)據(jù)管理和審查機(jī)制

數(shù)據(jù)加工平臺(tái)具備多極化、多角色的數(shù)據(jù)管理功能,數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)雙人錄入提交后,需要多個(gè)審查員進(jìn)行初審、終審兩次審查規(guī)范,通過(guò)標(biāo)記或修改錯(cuò)誤,確保數(shù)據(jù)采集的真實(shí)性和準(zhǔn)確性,同時(shí)便于回溯數(shù)據(jù)處理和標(biāo)準(zhǔn)化過(guò)程。

4 穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái)的應(yīng)用

在完成以上數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化加工的基礎(chǔ)上,采用Browser-Server 方式的Web 應(yīng)用程序,進(jìn)一步使用java語(yǔ)言進(jìn)行可視化平臺(tái)的開(kāi)發(fā),本平臺(tái)已獲得計(jì)算機(jī)軟件著作權(quán)1項(xiàng)(登記號(hào):2017SR566940)[22]。

4.1 文獻(xiàn)檢索及篩選功能

穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái)可以對(duì)用戶(hù)提供多角度文獻(xiàn)數(shù)據(jù)源篩選功能,用戶(hù)可以按照研究目的,選擇疾病、穴位、效應(yīng)、療法、組織器官5種檢索入口(圖4)進(jìn)行檢索,以便抽取出更加符合研究目標(biāo)的數(shù)據(jù)納入復(fù)雜網(wǎng)絡(luò),以提高納入數(shù)據(jù)的質(zhì)量,得到較為理想的結(jié)果。如在“穴位”檢索入口檢索“足三里”,則得到針刺足三里產(chǎn)生穴位刺激效應(yīng)的相關(guān)文獻(xiàn);在“效應(yīng)”檢索入口檢索“梗死面積”,則可以得到針刺穴位效應(yīng)為改變心肌梗死面積的相關(guān)文獻(xiàn);在“療法”檢索入口檢索“電針”,即可獲得電針作用于疾病模型的穴位刺激效應(yīng)相關(guān)文獻(xiàn)。

4.2 可視化展示

穴位刺激效應(yīng)研究涉及疾病模型、針刺穴位、多種穴位刺激效應(yīng)等多方面數(shù)據(jù),因此,如何方便快捷地多層次、多角度動(dòng)態(tài)展示相關(guān)信息為可視化的重要目的。本平臺(tái)提供多種可視化展示模式,即用戶(hù)在檢索結(jié)果中選取若干文獻(xiàn)后,可以將文獻(xiàn)中所涉及的疾病、穴位、效應(yīng)、療法、組織器官等5種知識(shí)元及其之間的關(guān)系,以樹(shù)形模式、圓形模式、網(wǎng)狀模式3種方式展示(圖5),并在表格模式中可查詢(xún)本次可視化展示所納入的數(shù)據(jù)。可視化圖形支持放大、縮小、位置移動(dòng)等操作,以適應(yīng)不同情況下的可視化顯示需求。在圖形顯示中,不同類(lèi)型知識(shí)元以不同顏色的節(jié)點(diǎn)顯示,節(jié)點(diǎn)間連線(xiàn)用來(lái)表示知識(shí)元之間的關(guān)系。連線(xiàn)上的數(shù)字具有特殊的含義,它不但代表了知識(shí)元或者多個(gè)知識(shí)元所在文獻(xiàn)出現(xiàn)的次數(shù),雙擊數(shù)字還可以進(jìn)行查詢(xún)檢索,用戶(hù)能夠快速、直觀、準(zhǔn)確地找到所需要的文獻(xiàn),是不同于關(guān)鍵詞檢索、主題檢索等檢索模式的新檢索模式。

圖3 數(shù)據(jù)庫(kù)的表結(jié)構(gòu)和關(guān)聯(lián)關(guān)系

圖4 多角度文獻(xiàn)檢索篩選界面

圖5 以帕金森病為例的可視化展示

3種可視化模式中,樹(shù)形模式和圓形模式便于研究者了解同一篇文章中的數(shù)據(jù)情況,以及不同文獻(xiàn)中數(shù)據(jù)的多角度對(duì)比。而網(wǎng)狀模式是將納入研究的數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)分析,便于展示“疾病-穴位-穴位刺激效應(yīng)-基因蛋白”間的多維度復(fù)雜關(guān)系。科研人員可以將多種可視化方式結(jié)合起來(lái)進(jìn)行研究分析。

4.3 以帕金森病為例的平臺(tái)應(yīng)用展示

以“帕金森病”為檢索詞檢索文獻(xiàn)后,篩選研究相關(guān)文獻(xiàn)納入研究。為防止可視化展示因數(shù)據(jù)過(guò)多而產(chǎn)生混亂,本平臺(tái)限定最多納入10篇文獻(xiàn)中的數(shù)據(jù)為本次可視化的關(guān)系節(jié)點(diǎn),但可視化圖片中展示的數(shù)字為整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù),不限于檢索出的10 篇文獻(xiàn)。例如,本次檢索納入10 篇帕金森病相關(guān)文獻(xiàn),其中涉及的針刺效應(yīng)如神經(jīng)行為學(xué)表現(xiàn)、RET、NEFL 等節(jié)點(diǎn)及針刺部位如風(fēng)府、太沖、關(guān)元、足三里等節(jié)點(diǎn),這些節(jié)點(diǎn)均來(lái)源于檢索出的10篇文獻(xiàn);節(jié)點(diǎn)后的數(shù)字表明數(shù)據(jù)庫(kù)中出現(xiàn)該字段的文獻(xiàn)數(shù)量,如“神經(jīng)行為學(xué)表現(xiàn)[171]”表示該字段在數(shù)據(jù)庫(kù)中出現(xiàn)171次,前面的箭頭“↓”則表明針刺可以減少神經(jīng)行為學(xué)量表評(píng)分;節(jié)點(diǎn)間連線(xiàn)上的數(shù)字表示數(shù)據(jù)庫(kù)中描述兩者關(guān)系的文獻(xiàn)數(shù)量,并且雙擊該數(shù)字可以直接顯示文獻(xiàn)名稱(chēng)列表,如“NEFL”與“風(fēng)府”的連線(xiàn)上的數(shù)字2 表明有兩篇文獻(xiàn)研究結(jié)果顯示,針刺風(fēng)府穴能夠上調(diào)NEFL水平。

可視化展示可綜合多篇文獻(xiàn)內(nèi)容,了解針刺治療特定疾病相關(guān)的穴位刺激效應(yīng),如圖5 中的樹(shù)形結(jié)構(gòu)表示對(duì)帕金森病模型進(jìn)行針刺,產(chǎn)生的穴位效應(yīng)指標(biāo)主要有分子水平、組織細(xì)胞水平、功能評(píng)分等。分子水平分支中的“NEFL 指標(biāo)”一支表示,可以通過(guò)針刺風(fēng)府、太沖、關(guān)元等穴位而產(chǎn)生上調(diào)該指標(biāo)的效應(yīng)。點(diǎn)擊“NEFL”后面的數(shù)字,可以檢索到這個(gè)基因研究相關(guān)的6 篇文獻(xiàn)[23-28],點(diǎn)擊“NEFL”與“太沖”連線(xiàn)上的數(shù)字,可以檢索到針刺太沖穴調(diào)節(jié)NEFL水平的文獻(xiàn)[22]。

5 小結(jié)

隨著針刺效應(yīng)機(jī)制研究的深入和發(fā)展,產(chǎn)生的大量針刺實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)散在于海量文獻(xiàn)之中,難以進(jìn)行系統(tǒng)地總結(jié)和分析挖掘。本研究首次建立穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái),納入中國(guó)60 余年針刺效應(yīng)實(shí)驗(yàn)相關(guān)論文,對(duì)于涉及不同實(shí)驗(yàn)來(lái)源的數(shù)據(jù)集及其形成的包括機(jī)體器官(功能評(píng)分)、組織細(xì)胞(微觀機(jī)能)、分子網(wǎng)絡(luò)等各級(jí)水平的穴位刺激效應(yīng)數(shù)據(jù)進(jìn)行抽取,依據(jù)數(shù)據(jù)及其內(nèi)在關(guān)系,利用計(jì)算機(jī)生成的圖形和圖表來(lái)表示針刺效應(yīng)錯(cuò)綜復(fù)雜的過(guò)程,旨在整合穴位刺激效應(yīng)信息資源,直接、便捷地展示相關(guān)研究成果,為針刺作用機(jī)制研究提供數(shù)據(jù)支持和輔助挖掘工具。目前,穴位刺激效應(yīng)可視化平臺(tái)[29]已經(jīng)投入使用2-3年,文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)每年保持更新,可提供7 天24 h 免費(fèi)服務(wù)。由于該平臺(tái)尚未進(jìn)行廣泛推廣,相關(guān)應(yīng)用研究及其驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)沒(méi)有大規(guī)模開(kāi)展,還存在諸多有待改進(jìn)的地方。未來(lái)將會(huì)在數(shù)據(jù)更新的同時(shí)逐步完善平臺(tái)功能,如增加文獻(xiàn)質(zhì)量分類(lèi)、發(fā)表年限等輔助檢索功能,以便增強(qiáng)可視化內(nèi)容的精準(zhǔn)性,同時(shí)也期待本平臺(tái)能被針刺機(jī)制研究領(lǐng)域人員廣泛使用,并提出寶貴的改進(jìn)建議和臨床科研需求。

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