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COL7A1與PLEC雙基因突變致大皰性表皮松解癥一例國內(nèi)首報

2020-06-05 06:53:52于越乾暴芳芳劉紅張福仁
中華皮膚科雜志 2020年4期
關(guān)鍵詞:基因突變數(shù)據(jù)庫

于越乾 暴芳芳 劉紅 張福仁

山東第一醫(yī)科大學附屬皮膚病醫(yī)院(山東省皮膚病醫(yī)院)山東省皮膚病性病防治研究所 山東省醫(yī)學科學院,濟南250022

通信作者:劉紅,Email:hongyue2519@hotmail.com

大皰性表皮松解癥(epidermolysis bullosa,EB)是由皮膚結(jié)構(gòu)蛋白基因突變導(dǎo)致的機械性大皰性疾病,臨床主要表現(xiàn)為機械性脆性皮膚、張力性大皰和糜爛結(jié)痂等。迄今為止,已經(jīng)發(fā)現(xiàn)至少18 個基因突變會導(dǎo)致本病發(fā)生,單純型EB 主要致病基因為KRT5、KRT14 和PLEC,交界型EB 由LAMA3、LAMB3、ITGB4 和ITGA6 等 基 因 突 變 致 病,COL7A1 為營養(yǎng)不良型EB 的致病基因[1]。既往認為EB 為單一基因突變所致,但近年國外文獻報道了4 例雙基因遺傳的病例。我們對收集到的1 例EB 家系進行全基因組外顯子測序,結(jié)果發(fā)現(xiàn),患兒COL7A1 和PLEC 基因突變共存,為雙基因突變所致的隱性遺傳營養(yǎng)不良型EB(RDEB),在國內(nèi)為首次報道。

資料與方法

一、臨床資料

先證者男,2 歲,因手足部位出現(xiàn)水皰伴皮膚破損2年,于2018年4月30日來山東省皮膚病性病防治研究所就診。患兒出生后其口唇皮膚即出現(xiàn)破損,左側(cè)拇指出現(xiàn)大皰,后雙下肢包括雙足相繼出現(xiàn)水皰和大皰,皮損漸延及全身,并伴劇烈瘙癢。在當?shù)蒯t(yī)院對癥治療(具體不詳),療效不佳,為進一步治療遂來我院。患者無其他伴發(fā)疾病,足月生產(chǎn),體格及智力發(fā)育均正常。患者家族成員2代4人中沒有類似病史。患者父母非近親婚配。

體檢:一般情況可。皮膚科檢查:頭面、軀干、四肢伸側(cè)及手足可見綠豆至核桃大小水皰、糜爛和結(jié)痂,四肢關(guān)節(jié)易受摩擦處尤為嚴重,尼氏征陰性(圖1)。無血皰,雙手足指趾甲及口腔黏膜未受累。結(jié)合病史及皮損表現(xiàn),臨床擬診:EB。為進一步明確其臨床型別,對患兒進行全基因組外顯子測序。本研究經(jīng)過山東省皮膚病性病防治研究所倫理委員會批準(批件號20181225KYKT014)。

圖1 患兒臨床照片 軀干(1A)及面部(1B)見綠豆至核桃大小水皰、糜爛,皰液清亮,部分干涸結(jié)痂

二、材料和方法

1.DNA 提取:患兒父母簽署知情同意書后,抽取家系中先證者及其父母外周血各5 ml。采用基因組DNA 提取試劑盒(北京天根生化科技有限公司)提取外周血基因組DNA。

2.全基因組外顯子測序與Sanger測序驗證:構(gòu)建基因組文庫,通過探針雜交捕獲與EB 相關(guān)基因的外顯子及相鄰內(nèi)含子區(qū)域(50 bp),并進行富集。富集的目的基因片段通過二代高通量測序儀(美國Illumina 公司)進行測序,平均測序深度133.71X,測序數(shù)據(jù)與UCSC 網(wǎng)站中既往報道的EB相關(guān)基因組hg19 參考序列進行比對,并對目標區(qū)域的覆蓋度和測序質(zhì)量進行評估,新一代測序由北京信諾佰世醫(yī)學檢驗所完成。得到的原始測序結(jié)果排除dbSNP151 數(shù)據(jù)庫、千人基因組數(shù)據(jù)庫、HapMap Project數(shù)據(jù)庫等數(shù)據(jù)庫中存在的單核苷酸多態(tài)性位點,通過BWA軟件對序列進行比對,并優(yōu)先與已報道的EB相關(guān)基因比對。

根據(jù)二代測序結(jié)果,對篩選的位點進行Sanger測序驗證,并在100例健康對照中驗證該位點。應(yīng)用SIFT 和PolyPhen 軟件對發(fā)現(xiàn)突變的有害性進行預(yù)測。

結(jié) 果

先證者PLEC 基因第12772 位核苷酸發(fā)生G→A 雜合突變(NM_000445.4:c.12772G>A),為新發(fā)突變,導(dǎo)致第4258 位氨基酸由谷氨酸變?yōu)橘嚢彼幔╬.Glu4258Lys),先證者母親攜帶該突變,父親不攜帶此突變,此突變系從母親遺傳獲得(圖2)。

同時,先證者COL7A1基因攜帶2個移碼突變,27 號外顯子第3625 位發(fā)生11 個堿基缺失(NM_000094.3:c.3625_3635delTCTGTCCAGAC),74號外顯子第6270 位發(fā)生新發(fā)突變,為1 個堿基缺失(c.6270delT)所致的移碼突變,測序結(jié)果見圖3。先證者父親同時攜帶上述2個移碼突變,母親沒有檢測到COL7A1 基因突變,證實患兒COL7A1 的突變來自父親。

所有突變都經(jīng)過反向測序驗證,100 例無關(guān)健康對照及公共數(shù)據(jù)庫(dbSNP151數(shù)據(jù)庫、千人基因組數(shù)據(jù)庫、HapMap Project數(shù)據(jù)庫)中未發(fā)現(xiàn)類似突變。對突變的有害性進行預(yù)測,提示以上3個突變均為有害突變,預(yù)測有致病性。

討 論

RDEB由編碼Ⅶ型膠原的COL7A1基因突變所致,在不同臨床類型的RDEB中,已報道400多個突變位點。Ⅶ型膠原包括中央三螺旋桿狀膠原區(qū)域以及氨基端和羧基端,是基底膜帶錨纖維的主要組成成分。錨纖維是維持表皮和真皮密切連接的重要結(jié)構(gòu),缺失會導(dǎo)致皮膚脆性增加[2]。COL7A1 定位在3p21.1,內(nèi)含復(fù)雜內(nèi)含子和118 個外顯子[3]。在RDEB患者中,COL7A1突變主要包括錯義突變、剪切位點突變、移碼突變、堿基缺失及插入和甘氨酸置換。影響同源三聚體裝配以及二聚體二硫鍵形成的相關(guān)位點的錯義突變較多見,會破壞Ⅶ型膠原的穩(wěn)定性。最嚴重的突變可導(dǎo)致提前終止編碼,無功能肽鏈無法組成錨纖維[4]。本例先證者及其父親在COL7A1攜帶復(fù)合突變,27號外顯子c.3625?3635del11 以及74 號外顯子c.6270delT,造成編碼區(qū)移碼突變,提前終止編碼,肽鏈合成提前終止,產(chǎn)生無功能肽鏈。姜薇等[5]于2005 年首次報道1 例Hallopeau?Siemens 型RDEB 患者攜帶COL7A1基因c.3625?3635del11突變。

圖2 先證者及其父母PLEC基因測序結(jié)果 患者及其母親攜帶PLEC基因c.12772G>A突變,父親未攜帶此突變

除COL7A1 基因突變外,本文患兒同時攜帶PLEC基因突變。PLEC基因編碼網(wǎng)蛋白,該蛋白為相對分子質(zhì)量500 000 的中間絲結(jié)合蛋白,參與細胞骨架組織的連接[6],并且富集于基底層角質(zhì)形成細胞,在基底層細胞骨架、半橋粒和基底膜之間起連接作用[7]。PLEC 突變是8%的單純型EB 患者的致病基礎(chǔ)[8],目前國際上尚未在RDEB 患者中發(fā)現(xiàn)PLEC 基因突變。本研究顯示,先證者PLEC 的第12772 位核苷酸發(fā)生G→A 雜合突變,導(dǎo)致第4258號氨基酸發(fā)生谷氨酸到賴氨酸改變,功能預(yù)測有害,而該突變此前未見報道。

本文先證者攜帶COL7A1 與PLEC 基因3 處突變,但無家族史,其父母各攜帶1 個基因的突變位點,提示攜帶單基因突變可能不導(dǎo)致EB 的發(fā)生,這和Floeth 和Bruckner?Tuderman[9]的觀點一致,即單個基因突變位點的發(fā)現(xiàn)不足以證實某些特殊家系的遺傳基礎(chǔ)。雙基因遺傳病指兩個基因累積效應(yīng)所致的遺傳病,當兩個不同基因突變發(fā)生于同一個體時才會表現(xiàn)出疾病臨床表現(xiàn)。 Vahidnezhad等[10]通過二代測序?qū)?1 例EB 家系進行遺傳學分析,明確了68 例家系致病基因及突變位點,仍有25%的患者不能確定致病基因突變。Padalon?Brauch等[11]提出雙基因遺傳可以解釋部分EB高度可變的臨床表型。

圖3 先證者及其父母COL7A1基因測序結(jié)果 先證者及其父親同時攜帶COL7A1基因的2個突變,母親該基因未見突變

迄今為止,國內(nèi)外共有4例發(fā)生雙基因突變的EB 家系報道,其中3 例為單純型EB 患者KRT5 和KRT14基因突變共存。Padalon?Beauch 等報道1例患泛發(fā)性單純型EB 的2 歲男孩,從患有局限性單純型EB 的母親遺傳獲得突變KRT5 基因p.Ile183Thr,從無臨床癥狀的父親遺傳獲得突變KRT14 基因p.Arg388His,患兒出生后即出現(xiàn)嚴重的水皰,未累及黏膜[11]。Wertheim?Tysarowska 等[12]報道1例臨床癥狀相似的病例,先證者從沒有臨床癥狀的母親獲得KRT5基因p.Arg471His突變,從患有局限性單純型EB 的父親獲得KRT14 基因突變p.Met272Thr,先證者出生后全身出現(xiàn)廣泛性水皰;Kim 等[13]報道1 例沒有家族史的4 歲患兒,分別從母親和父親遺傳獲得KRT5 基因突變Leu155Pro 和KRT14基因突變Met294Thr,Leu155Pro位于角蛋白5 的1A 保守區(qū)域,Met294Thr 位于角蛋白14 的2B區(qū)域,親水的極性蘇氨酸代替了疏水的非極性蛋氨酸,功能預(yù)測皆為有害突變。有趣的是,患兒同母異父的弟弟僅攜帶KRT5 基因Leu155Pro 突變,但未出現(xiàn)臨床癥狀,證實單個基因突變不會導(dǎo)致角蛋白功能缺失。此外,F(xiàn)loeth 和Bruckner?Tuderman[9]報道COL17A1 與LAMB3 雙基因突變的患者,父母親攜帶單一突變且沒有臨床癥狀,患兒同時攜帶雙基因突變,出生即出現(xiàn)皮膚和黏膜受累,結(jié)合病理結(jié)果,診斷為交界型EB。

雙基因間蛋白產(chǎn)物相互作用以及基因座之間的聯(lián)系是致雙基因遺傳病的基礎(chǔ)。基底膜帶結(jié)構(gòu)由不同基因產(chǎn)物共同維持,EB 雙基因遺傳可能與基因產(chǎn)物相互作用相關(guān)。功能實驗證實網(wǎng)蛋白和ⅩⅦ型膠原之間結(jié)合有助于維持表皮結(jié)構(gòu)穩(wěn)定[14]。此外,表皮內(nèi)角蛋白5與角蛋白14交聯(lián)形成二聚體構(gòu)成中間絲,網(wǎng)蛋白C端結(jié)構(gòu)域有助于自身與角蛋白的結(jié)合,并協(xié)同發(fā)揮作用以確保與中間絲結(jié)合[15]。以上蛋白相關(guān)基因的突變,導(dǎo)致無功能蛋白產(chǎn)物,從而導(dǎo)致EB的發(fā)生。

本文報道1 例雙基因突變導(dǎo)致的RDEB 患兒,患兒父親攜帶COL7A1 基因的2 個移碼突變,但并未出現(xiàn)臨床癥狀,推測其另1條正常等位基因可以合成足夠的mRNA 來滿足錨纖維的數(shù)量和質(zhì)量。患兒母親攜帶PLEC 基因的一個點突變,網(wǎng)蛋白雖可以合成,但是錯義突變影響了氨基酸,從而影響了網(wǎng)蛋白的結(jié)構(gòu)和功能。檢索中國知網(wǎng)、維普和萬方數(shù)據(jù)庫以及PubMed 數(shù)據(jù)庫(截至2019 年5 月),顯示本例為國內(nèi)報道的首例攜帶雙基因突變的EB病例,其基因檢測結(jié)果進一步豐富了EB 的突變致病基因位點庫,為EB遺傳咨詢提供了新的依據(jù)。

利益沖突 所有作者均聲明不存在利益沖突

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