表觀遺傳修飾在哮喘中的作用①

滕方舟 魏 穎 王文倩 崔 潔 吾尼且木·吐拉克 董競成

（復旦大學附屬華山醫院中西醫結合科，上海200040）

傳統觀點認為，哮喘是一種常見的由免疫和呼吸功能障礙引發的呼吸道疾病，多與過敏有關［1］。全球哮喘防治創議（global initiative for asthma，GINA）將哮喘定義為一種異質性疾病，其異質性特點由哮喘復雜的病理生理學變化所決定［2］。隨著對哮喘發病機制的理解不斷加深，醫學界逐漸形成一種新的認識，即哮喘不再被簡單地認為是“單一”的疾病，而是一種包含多種臨床表型和病理生理學機制的綜合征［3-4］。根據哮喘不同表型和病理生理學特征確定最具針對性的治療方案，可能是今后臨床治療哮喘的趨勢。

表觀遺傳學概念最早由WADDINGTON 提出，其通常被用于描述調節基因表達的可遺傳性變化，而不涉及DNA 核苷酸序列本身改變［5-6］。隨著遺傳學和基因組學領域研究進展，多種調控細胞功能的表觀遺傳修飾已得到證實，這些基因調控過程不僅維持細胞正常功能，也參與疾病發生［7］。經典表觀遺傳修飾主要包括DNA 甲基化、組蛋白修飾和微小RNA（microRNA，miRNA）。多項證據表明，這些表觀遺傳修飾所介導的基因調控過程與哮喘復雜的病理生理學變化密切相關，可能是影響哮喘異質性的重要機制之一［8-11］。因此，本文將詳細介紹上述表觀遺傳修飾的作用機制，并重點關注其在哮喘病理生理學變化中的作用與特點，最后討論表觀遺傳修飾的調控作用如何為哮喘治療提供新選擇。

1 表觀遺傳學作用機制

1.1 DNA 甲基化 DNA 甲基化是被研究最多的一種表觀遺傳學機制，指胞嘧啶的第5位碳原子在DNA甲基轉移酶催化下共價結合1 個甲基基團（-CH3），生成5-甲基胞嘧啶（5-methylcytosine，5mC），從而實現甲基化修飾的過程［12］。這種DNA 修飾通常發生于1 個富含CpG 位點的區域（即CpG 島），CpG 位點指DNA 某個區域的堿基序列以5'-胞嘧啶（C）-磷酸二酯鍵（p）-鳥嘌呤（G）-3'形式出現，區別于CG（位于互補DNA 雙鏈上的堿基對）［13］。簡言之，DNA 甲基化就是在CpG 位點的C 堿基中添加-CH3，從而生成5mC 的過程。5mC 是一種可靠的表觀遺傳學標記，其出現代表DNA甲基化發生。

CpG 島位于或靠近基因轉錄起始位點，其CpG位點的甲基化水平影響基因表達調控（但不改變DNA 序列），如CpG 島高甲基化與基因轉錄抑制相關，低甲基化則導致轉錄活躍［7，14-15］。DNA 甲基化與基因表達密切相關，目前已被廣泛用于疾病機制及治療研究。

1.2 組蛋白修飾 組蛋白是真核細胞核中發現的一類堿性蛋白，其與DNA 共同組成核小體（即染色質基本結構單位）［16-17］。一般而言，核小體由 147 個堿基對纏繞1 個八聚體而成，其中八聚體包含4 類各2 分子組蛋白（H2A、H2B、H3 和 H4）［14］。多數組蛋白都具有1個球狀結構域和游離于自身核小體外的N 端尾狀結構，游離的N 端尾狀結構含有多個氨基酸殘基（如賴氨酸、精氨酸、絲氨酸、蘇氨酸及酪氨酸等），在特定酶催化作用下，這些殘基分別與相應生物化學官能團（如乙酰、甲基、磷酸根、泛素等）共價結合，從而發生相應的翻譯后修飾（如乙?；?、甲基化、磷酸化、泛素化等）［14，18-19］。目前，已經發現的組蛋白N端殘基共價修飾包括：賴氨酸乙酰化、泛素化、類泛素化、生物素化；賴氨酸、精氨酸甲基化；絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸磷酸化等［20］。

組蛋白修飾大多具有調控基因表達作用，如組蛋白乙?；山档徒M蛋白分子與DNA，或相鄰核小體間的親和力，松解染色質結構，使染色質易于被轉錄因子和染色質重塑因子等接近和訪問，從而促進基因轉錄和表達，因此，組蛋白乙酰化通常與基因激活相關［21］。組蛋白甲基化既可與基因抑制有關，也可與基因激活有關，取決于組蛋白N端發生甲基化的氨基酸殘基位置和共價結合的甲基數，如組蛋白H3 第4 位賴氨酸的三甲基化（H3K4me3）可激活轉錄，而組蛋白H3 第9 位賴氨酸二甲基化（H3K9me2）則限制轉錄［22-23］。

綜上，組蛋白修飾可通過改變染色質結構或招募生物化學官能團影響基因表達。與DNA 甲基化相比，組蛋白修飾不影響DNA 序列，但組蛋白修飾更為復雜，其涉及對染色質結構和轉錄活性的調控，在基因表達中發揮重要作用，這種調控作用也可能是疾病發生的重要原因之一。

1.3 miRNA 介導的表觀遺傳修飾 miRNA 對基因表達的調控被認為是影響哮喘發病的另一重要表觀遺傳學機制。miRNA是由21~23個核苷酸組成的短單鏈非編碼RNA，其通常作為一類基因轉錄后（mRNA）水平的負向調節因子，可下調或抑制由靶RNA翻譯的蛋白水平［24］。

具體而言，miRNA 通過互補序列與靶mRNA 3′非翻譯區（3′UTR）結合抑制翻譯，并使mRNA 脫腺苷化和5′端脫帽，從而導致mRNA穩定性下降或/和降解，最終抑制蛋白表達［23，25］。每個 miRNA 都可直接或間接調控多個靶基因，而每個基因又可受多個不同miRNA 調控，從而形成一個復雜的基因調控網絡［26］。據估計，哺乳動物中約50%蛋白編碼基因受 miRNA 調控，而人體中約為 33%［24，27］。因此，miRNA 在調節機體正常生理活動與功能中起重要作用，同時，其表達異常與疾病發生發展密切相關。

2 哮喘的表觀遺傳學調控

2.1 哮喘的一般病理特征 哮喘以支氣管高反應性、氣道炎癥及氣道重塑為主要病理特征［28-29］。哮喘炎癥反應可引起支氣管對各種刺激反應性增強，導致支氣管高反應性［30］。另一方面，氣道重塑可由免疫細胞釋放的促炎細胞因子，或IgE 直接作用于平滑肌細胞，或非免疫刺激等因素誘導［31］。通常，哮喘最初發病特點為平滑肌收縮和氣道炎癥引起的可逆性氣流受限，當疾病轉入慢性期，氣道結構和功能會發生病理改變，如氣道重塑：平滑肌和黏膜下腺體增生和肥大，細胞外基質沉積和血管生成等［32-33］；上皮細胞功能異常：常駐干細胞和基底細胞比例提高、杯狀細胞增生和黏液分泌過多，纖毛細胞減少等［34-35］。另外，哮喘的肺部病理改變不僅與氣道上皮細胞（airway epithelial cells，AEC）及氣道平滑肌細胞（airway smooth muscle cells，ASMC）功能失調有關，還涉及單核細胞、中性粒細胞、嗜酸性粒細胞及淋巴細胞等免疫細胞間高度復雜的相互作用，以及多種生物活性物質介導［8］?？梢姡瑲獾澜Y構細胞及相關免疫細胞在哮喘發生發展中起重要作用。

2.2 哮喘的表觀遺傳學特征 表觀遺傳修飾的作用主要與基因表達調控有關，且多種細胞發育、分化和功能均依賴于這些表觀遺傳調控機制［7，10，13，36］。不同類型細胞可表現出各具特征的表觀遺傳學模式。由于哮喘發生發展與多種細胞功能異常密切相關，因此，筆者將圍繞哮喘發病中起關鍵作用的若干種細胞，闡述哮喘的表觀遺傳學特征及調控機制。

2.2.1 AEC AEC屬于黏膜層，位于外界環境與黏膜下層之間，是氣道抵御吸入性有害物質和空氣變應原的第一道屏障［37］。最新研究證實，哮喘患者AEC 中具有大量表觀遺傳學變化，其IL-33 和嗜酸性粒細胞趨化因子3（eotaxin-3）DNA 甲基化水平明顯降低［38］。IL-13 是哮喘氣道炎癥和氣道重塑的關鍵細胞因子，研究發現，IL-13 誘導的AEC 中基因組DNA 甲基化模式明顯改變，且這改變主要發生于哮喘相關基因附近區域，如中性粒細胞胞漿因子2（NCF2）、基質金屬蛋白酶14（MMP-14）等，推測這些基因的低甲基化水平可能參與哮喘病理改變［39］。兒童哮喘患者鼻腔上皮細胞中，哮喘相關基因如花生四烯酸15-脂氧合酶（ALOX15）、鈣蛋白酶14（CAPN14）、組織蛋白酶 C（CTSC）、凝溶膠蛋白（GSN）、神經營養性酪氨酸激酶2 型受體（NTRK2）、血管假性血友病因子（vWF）及一些免疫和細胞外基質基因等均出現大量DNA 甲基化標記［40］；通過觀察哮喘患者與健康人群AEC 表觀遺傳差異發現，哮喘患者AEC 中，組蛋白H3 第18 位賴氨酸的乙?；℉3K18ac）、組蛋白H3 第9 位賴氨酸的三甲基化（H3K9me3）水平明顯增高，其中，H3K18ac 特異性改變與表皮生長因子受體（EGFR）、轉錄因子（Delt?aNp63 與STAT6）轉錄起始位點相關，可導致哮喘AEC 中 EGFR、DeltaNp63 及 STAT6 表達增加，從而參與哮喘發病［41］；另外，miRNA 可通過調控特定細胞因子表達參與AEC凋亡和增殖過程。B細胞淋巴因子2（Bcl-2）是一種抗凋亡蛋白，其凋亡抑制作用通常被認為是癌癥發生發展的關鍵［42］。研究表明，miRNA-23a 可抑制 Bcl-2 表達，從而促進 AEC 凋亡，而AEC凋亡與哮喘氣道重塑密切相關［43］。

2.2.2 ASMC ASMC 是氣道高反應性的主要效應細胞，同時也被認為與氣道重塑密切相關。多項證據表明，哮喘患者ASMC 中存在某些基因的特異性表觀遺傳變化，如磷酸二酯酶4D（PDE4D）是一種調節細胞內環磷酸腺苷（cAMP）水平的特異性磷酸二酯酶，控制其表達的基因已被鑒定為哮喘易感基因［44-45］。哮喘患者 ASMC 中發現，PDE4D 基因啟動子CpG 位點表現出低甲基化特征，該特征可導致PDE4D 表達增加，進一步將甲基化的寡核苷酸引入PDE4D啟動子上的CpG位點，使該基因DNA甲基化水平提高，以此反證PDE4D 低甲基化引起的哮喘ASMC 功能異常，結果發現，PDE4D 甲基化水平提高可逆轉ASMC 異常功能，其不僅可降低哮喘ASMC中 PDE4D 表達，提高 cAMP 水平，從而抑制 Ca2+水平異常升高，還可降低Ca2+信號通路下游效應因子磷酸化水平（如肌球蛋白輕鏈激酶），從而降低哮喘ASMC 增殖和遷移［44］。CXC 趨化因子配體（CXCL）8又名IL-8，是一種強效中性粒細胞趨化因子，可募集中性粒細胞進入氣道，導致激素抵抗性的嗜中性粒細胞氣道炎癥［46-47］。研究發現，哮喘患者分離的ASMC 中，CXCL8 蛋白和 mRNA 表達顯著增高［48］。為闡明CXCL8 在哮喘患者中分泌增多的內在機制，進一步研究哮喘患者ASMC 中CXCL8 基因的表觀遺傳變化，發現CXCL8啟動子處組蛋白H3K18乙?；罅吭黾樱cCXCL8基因相關的DNA甲基化并無明顯改變［47］。此外，研究證實miR-139-5p 可通過下調染色質重塑因子（Brg1）基因表達，抑制哮喘患者ASMC增殖，并促進其凋亡，提示miR-139-5p參與氣道重塑的調節過程［28］。

2.2.3 單核細胞 單核細胞是外周血白細胞，其在炎癥發生時，可通過血液循環聚集至炎癥局部，并分化成巨噬細胞或樹突狀細胞，參與宿主免疫反應［49］。一項研究評估了不同炎癥表型哮喘患者外周血中單核細胞DNA 甲基化差異，通過與健康對照組比較發現，嗜酸粒細胞性哮喘（EA）、寡細胞性哮喘（PGA）、中性粒細胞性哮喘（NA）患者單核細胞中分別有413、495、89 個差異甲基化 CpG 位點，而EA、PGA 和 NA 患者單核細胞中分別有 223、237 和 72 個位點存在顯著高甲基化，其中，又有9個基因的高甲基化是這3種表型哮喘共有的特征［50］。這些不同表型哮喘患者的DNA 甲基化特征可能有助于理解哮喘發病機制，但其在哮喘中的確切作用尚未明確。

2.2.4 嗜酸性粒細胞和中性粒細胞 嗜酸性粒細胞參與哮喘氣道重塑和高反應性等病理過程［51］。中性粒細胞及其相關蛋白酶持續性增多對氣道產生極為不利的影響，如損傷和阻塞氣道、黏液分泌過多和氣道重塑，常與哮喘急性加重及難治性哮喘有關［52］。最新研究表明，miRNA 可通過影響特定細胞因子表達調控這些粒細胞遷移和浸潤，如黏附分子P 選擇素（P-selectin）、eotaxin-3、胸腺基質淋巴細胞生成素（TSLP）和血小板生成素受體（MPL）均在嗜酸性粒細胞遷移中起重要作用，miRNA-1 可靶向抑制這些生物活性分子基因表達，從而抑制氣道嗜酸性粒細胞浸潤［53］。也有研究發現，哮喘患者AEC中，miR-146a 表達明顯減少，同時趨化因子IL-8 和CXCL1 增加，推測 miR-146a 下調可能減弱 IL-8 和CXCL1 基因抑制，使趨化因子表達增加，從而促進中性粒細胞向肺組織遷移，加重哮喘炎癥反應［54］。

2.2.5 T 淋巴細胞 初始CD4+T 細胞在抗原和所處微環境影響下，可分化為不同亞型效應T 細胞［20，55］。T細胞分化受多種表觀遺傳學機制調控，如DNA 甲基化、組蛋白修飾等。初始CD4+T 向Th2 細胞分化與 IL-4、IL-13 DNA 甲基化相關，而 Th1 細胞分化則與T-框蛋白21、γ-干擾素（IFN-γ）DNA 去甲基化相關［56-57］。甲基化CpG結合域蛋白2（MBD2）是一種表觀遺傳調控因子，可特異性結合于靶基因啟動子區域，通過募集其他分子介導組蛋白修飾，從而改變染色質結構，調控靶基因表達［58-59］。干擾素調節因子4（IRF4）作為Th17 細胞分化的重要調控因子，可由IL-1β 和IL-6 誘導表達，參與多種免疫疾?。?0］。研究表明，MBD2 在哮喘患者外周血 CD4+T細胞及重癥哮喘小鼠肺組織中高表達，且可通過促進IRF4 生成誘導Th17 細胞分化和IL-17 分泌，從而參與哮喘發?。?9］。由此可見，MBD2 通過某種組蛋白修飾間接影響Th17細胞分化，但具體通過調控哪些基因位點及何種組蛋白修飾起作用有待進一步研究。

2.2.6 B 淋巴細胞 哮喘的過敏性炎癥主要由B 細胞產生的IgE 介導。此外，B 細胞還可分泌其他細胞因子如血小板反應蛋白1（TSP-1）調節哮喘炎癥反應［61］。TSP-1 是誘導外周免疫耐受和調節免疫的重要分子，有助于維持機體免疫穩態［62］。TSP-1+B細胞是外周血B 細胞中表達TSP-1 的一類B 細胞亞型，對其他效應免疫細胞具有免疫抑制作用［63］。研究顯示，哮喘患者外周血TSP-1+B 細胞明顯減少，其機制可能為miR-98 抑制B 細胞TSP1 表達，從而導致哮喘患者免疫功能失衡［61］。

2.3 表觀遺傳修飾對哮喘相關信號通路的調控

表觀遺傳修飾可通過調控細胞相關信號通路影響哮喘發生發展。Wnt 信號通路由一類復雜糖蛋白（Wnt 配體）家族及其受體、下游信號分子組成［64］。研究發現，中性粒細胞性哮喘患者外周血單核細胞中，Wnt2 配體、低密度脂蛋白受體相關蛋白5（LRP5）、分泌型卷曲相關蛋白1（sFRP1）等多個基因DNA 甲基化修飾出現異常，而其均為Wnt信號通路相關基因［50］。Wnt2配體是信號轉運蛋白，可將細胞外信號傳遞至細胞內［65］。LRP5是一種輔助受體，可與 Wnt2 配體結合參與信號轉導［66］。sFRP1 作為細胞外Wnt配體拮抗劑，參與Wnt信號通路調控［50］。多項證據表明，Wnt 通路激活可抑制肺部炎癥和過敏反應［67-68］。另外，該通路也與胚胎期肺發育、哮喘氣道重塑過程密切相關［66］。因此，上述基因DNA 甲基化修飾異常導致相應蛋白表達失調，從而引起Wnt 信號通路功能紊亂，可能是哮喘氣道炎癥相關的表觀遺傳學機制之一。

最新研究表明，組蛋白H3 第27 位賴氨酸的三甲基化修飾（H3K27me3）在緩解哮喘癥狀及改善氣道平滑肌重塑等方面具有重要作用。H3K27me3 可抑制基因轉錄，相反，由相關去甲基化酶介導的H3K27me3 去甲基化則能激活基因轉錄［69-70］。研究發現，哮喘小鼠肺組織中H3K27me3陽性細胞減少，并在血小板衍生生長因子PDGF（或轉化生長因子TGF-β）誘導的人ASMC 中也發現H3K27me3水平下降，以及蛋白激酶Akt 和JNK（或轉錄激活因子Smad3）蛋白磷酸化水平增高，同時觀察到PDGF（或TGF-β）誘導的ASMC 增殖和遷移能力增強（或收縮蛋白表達增多）。進一步研究發現，H3K27 去甲基化酶抑制劑可逆轉上述小鼠及ASMC 中出現的異常變化［70］。由此可見，去甲基化酶抑制劑之所以能發揮作用可能由于其抑制H3K27me3 去甲基化，維持H3K27me3 正常水平，從而改善哮喘小鼠氣道高反應性、氣道炎癥及重塑；另外，H3K27me3 還可通過抑制PDGF/Akt/JNK 信號通路減弱ASMC 增殖和遷移能力，抑制 TGF-β/Smad3 信號通路下調 ASMC 收縮蛋白表達，從而改善ASMC重塑。

表觀遺傳修飾還可調控免疫細胞中固有免疫相關信號通路影響哮喘疾病發展。研究發現，重型哮喘患者肺泡巨噬細胞中Toll樣受體7（TLR7）表達明顯降低，而 miR-150、miR-152 和 miR-375 表達則明顯增多。進一步研究發現，這3 種miRNA 共同抑制 TLR7 表達，并導致干擾素（IFN）生成減少［71］。IFN 是一類抗病毒細胞因子，外來病毒的危險信號被模式識別受體TLR7 識別后，可激活TLR7 介導的相關信號通路，誘導IFN 生成，從而抵御外來病毒入侵［72］。因此，上述 miRNA 對 TLR7 信號通路的抑制可導致固有免疫系統功能受損，這一機制也闡明為何重型哮喘患者病情加重常與呼吸道病毒感染有關。

3 表觀遺傳療法在哮喘中的應用

3.1 在現代醫學中的應用 近年針對疾病的表觀遺傳學調控機制形成了一種新的治療方法，即表觀遺傳療法，其在多種疾病（如腫瘤、心血管疾病、炎癥性疾病等）治療中展現出較大潛力［73-74］。目前，表觀遺傳療法應用于哮喘治療尚處于起步階段，多項研究正致力于利用哮喘的表觀遺傳學特征開發成新的治療靶點，如以催化表觀遺傳修飾過程的關鍵酶為靶點，篩選出一系列組蛋白去乙?；福℉DAC）抑制劑，如HDAC6 抑制劑Tubastatin A HCl可降低IL-4、IL-5 和總炎癥細胞數，改善杯狀細胞化生和上皮下纖維化，緩解氣道炎癥；HDAC8 抑制劑PCI-34051 則可減輕哮喘小鼠嗜酸性炎癥和氣道高反應性，改善氣道重塑［75］。此外，也有研究驗證了miRNA 拮抗劑的抗哮喘作用，如miR-21 拮抗劑可通過調控IL-12 表達激活信號轉導和轉錄激活因子（signal transducer and activator of transcription，STAT）、鋅指蛋白（GATA）等轉錄因子，促進Th1/Th2 平衡，從而減輕急性哮喘小鼠過敏性氣道炎癥［76］。值得注意的是，哮喘的表觀遺傳特征除可作為治療靶點外，還可作為預測和診斷哮喘的生物標志物。如哮喘患者血清miRNA-1165-3p水平較健康人群顯著升高，該指標檢測的敏感性和特異性分別為83%和68.2%［77］。當然，表觀遺傳變化所致表達異常的基因或蛋白也可作為一類生物標志物。如研究發現，哮喘患者血液中Ⅱ型白介素1 受體（IL1R2）基因啟動子具有高水平的甲基化特征，且這種特征與IL1R2 基因表達呈負相關，因此，IL1R2可作為哮喘表型的潛在生物標志物［78］。

3.2 在傳統醫學中的應用 傳統醫學在調控哮喘表觀遺傳學機制研究中也取得了一定進展。研究證實，右歸丸膠囊可抑制哮喘小鼠肺組織炎癥和嗜酸性粒細胞浸潤，同時增強肺組織中多種HDAC（如HDAC7、HDAC9-11 等）活性，推測右歸丸對哮喘的治療作用可能涉及組蛋白去乙酰化過程，但右歸丸對哮喘組蛋白去乙?；揎椀恼{控具體影響哪些基因及相關信號通路尚不明確［79］。此外，多種天然草本植物提取物也被證實可通過影響表觀遺傳修飾發揮抗哮喘作用，如葶藶子乙醇提取物可減少哮喘小鼠肺部炎癥細胞浸潤和IL-4 產生，并下調血管內皮生長因子A（Vegfa）基因表達，上調原癌基因受體酪氨酸激酶（Kit）、長鏈脂酰輔酶A 合成酶4（Ac?sl4）等9 個基因表達，且這些基因的DNA 甲基化變化與其各自基因表達水平呈負相關，提示該藥可通過調控上述基因DNA 甲基化水平發揮抗哮喘作用［80］；叉狀頭轉錄因子3（FOXP3）是調節性T淋巴細胞分化的主要轉錄因子，研究證實，白藜蘆醇可通過下調miR-34a 使該miRNA 負向調控的FOXP3 表達增加，從而減輕哮喘小鼠肺部炎癥［81］；也有研究發現，穿心蓮內酯可抑制激素抵抗模型小鼠IL-27生成和氣道高反應性，并能促進HDAC2 表達和總HDAC 活性，降低總組蛋白乙酰轉移酶活性，對激素抵抗型難治性哮喘治療具有一定啟示作用［82］。

4 不足與展望

表觀遺傳學作為一種通過表觀遺傳修飾調控基因表達的機制，廣泛應用于各種疾病研究。上述相關研究已證實表觀遺傳學機制參與哮喘發生發展，表觀遺傳修飾在多種細胞中的失調及其對相關信號通路的影響可能是哮喘表現出高度異質性的重要原因。此外，某些表觀遺傳學特征有望成為哮喘治療靶點，或作為診斷哮喘特定表型的生物標志物，對臨床具有指導意義，同時也有助于對哮喘發病機制理解。

盡管哮喘的表觀遺傳學領域近年取得了迅速發展，但仍存在不足。哮喘復雜的病理生理學變化導致的表型異質性是多種因素相互作用的結果，不難推測，哮喘發病可能涉及多種表觀遺傳修飾作用，且不同修飾間也可能存在相互作用關系，如不同類型細胞中表觀遺傳修飾間的相互作用，同一類型或單個細胞中不同表觀遺傳修飾間的相互作用等，目前有關這方面的作用機制仍知之甚少。加之哮喘具有大量表觀遺傳學特征，如何將其復雜的病理改變與這些特征一一對應，以及這些特征是否在哮喘發病中占有相同地位或存在先后主次之分等有待深入探究。

治療方面，部分研究并未闡明藥物所調控的表觀遺傳修飾具體與哪些基因位點相關，也未進一步驗證藥物治療效果是否是同時調控多個表觀遺傳修飾過程的結果，且這些靶向表觀遺傳修飾藥物療效研究大多停留于實驗室驗證階段，缺乏高質量臨床證據支持。另外，各種表觀遺傳學特征究竟是哮喘發病的起因還是后果仍存在較大不確定性，為表觀遺傳療法藥物開發帶來一定阻力，如藥物靶向調控這些特征能否產生療效，或靶向藥物顯現出來的療效是否真的與干預的目標靶點相關等，因此，確定哪些特征與哮喘發病機制真正相關，也是未來的重要研究方向。