基于數據庫挖掘CCDC58基因在肝癌中的表達及其臨床意義

王 軍 王語晴 王 輝

(武漢大學基礎醫學院 武漢 430071)

肝細胞肝癌(Hepatocellular carcinoma，HCC)為世界范圍內常見的惡性腫瘤之一，全球范圍內每年新發病例85萬以上，病死人數超過70萬，在所有因癌癥死亡病例中肝癌位居第2位[1]。近年來，雖然HCC的診治已取得顯著進展，但HCC的總體療效不佳，預后極差的狀況并未得到根本性的改變。目前HCC的診斷多依賴于影像學技術，缺乏有效的早期診斷、預后監測指標。雖甲胎蛋白(α-fetoprotein，AFP)為HCC的輔助診斷、預后評估最常用的標志物，但其診斷靈敏度、特異性不佳，且在預后評估中的價值有限[2]。故尋找新的有診斷、預后評估價值的標志物，對HCC的早期診斷、預后監測意義重大。卷曲螺旋結構域(coiled-coil domain containing，CCDC)家族蛋白可介導多種蛋白質之間的相互作用，具有DNA結合蛋白、糖類結合蛋白等功能，還可形成骨架蛋白、運動蛋白等蛋白質骨架的通用結構域[3]。在腫瘤中，該家族蛋白可通過調節肌動蛋白微絲骨架的聚合，在細胞侵襲、遷移中發揮重要作用。多項研究結果證實[4～5]，CCDC在惡性腫瘤中呈異常表達，在腫瘤細胞的轉錄因子調節、腫瘤細胞增殖、侵襲、轉移中均具有重要的作用。CCDC58為人體宿主細胞編碼的蛋白質，含卷曲螺旋結構，位于人類3號染色體上，但目前CCDC58在HCC中的表達及其臨床意義的報道較為少見。本研究結合通過挖掘TCGA、Oncomine、The Human Protein Atlas等數據庫中CCDC58的mRNA、蛋白表達水平，并分析該基因與預后的相關性，現報道如下。

1 資料與方法

1.1 Oncomine數據庫中數據獲取

本次研究中，從Oncomine數據庫中獲取數據設定檢索條件如下：(1)在Gene欄輸入B3GAT3；(2)再依次選擇Analysi Type-Differential Analysis-Cancer vs Normal Analysis；(3)在Cancer Type欄選擇Liver Cancer；(4)在Data Type欄，選擇mRNA；(5)在Sample Type欄中，選擇Clinical Specimen。

1.2 TCGA數據庫中的數據獲取

從TCGA的Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)數據庫(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)中設定檢索條件如下：(1)Single Gene Analysi選項，點擊GoPIA！(2)Expression DIY選項，選擇Profile；(3)輸入基因名CCDC58，Dataset選擇LIHC，Plot Width選擇200，其余默認；(4)在Survival欄中，選擇Overall Survival及Disease Free Survival(RFS)；(5)在Datasets Selection(Cancer name)欄中，選擇LIHC，點擊Plot。

1.3 The Human Protein Atlas數據獲取

The Human Protein Atlas數據庫中設定檢索條件如下：(1)在檢索欄輸入CCDC58，點擊Search；(2)Tissue欄中，選擇Liver，即可獲得CCDC58在HCC中的表達的免疫組化圖。

1.4 統計學分析

2 結果

2.1 CCDC58在腫瘤及對照組織中表達

在38例肝癌組織中CCDC58 mRNA表達量高于19例正常肝組織(P<0.001，圖1A)，CCDC58在HCC中呈陽性表達(圖1B)。

圖1 CCDC58在肝細胞肝癌及正常肝臟中的表達

2.2 CCDC58不同表達量的HCC患者預后比較

在182例HCC患者中，CCDC58高表達組的總生存率、無進展生存率均顯著低于低表達組(P<0.001，P=0.0062，圖2A、2B)。

圖2 CCDC58不同表達量的HCC患者預后

3 討論

既往的研究認為[6]，含有螺旋線圈結構域(CCDC)基因與不同腫瘤存在關聯。CCDC家族蛋白已鑒定出63個結構基序，涉及細胞分裂、藥物排出、基因表達調控、藥物運輸、膜融合等多種生物學過程[7]。CCDC58為CCDC家族中的一種，高通量相互作用研究中發現，該蛋白與AFG3L2、AIFM1、SCO1、細胞色素C等膜間隙蛋白有相互作用。CCDC58的功能尚未完全闡明，但CCDC58水平升高被認為是子宮內膜增生、肝及尿路上皮癌的不利預后因素[8]，故CCDC58可能參與了腫瘤的發生、發展，但其具體作用仍有待進一步研究。

本研究首先在Oncomine數據庫中獲取了38例肝癌組織及19例正常肝組織中CCDC58 mRNA表達量，結果表明，肝癌組織中CCDC58 mRNA表達量顯著高于正常肝組織。進一步在The Human Protein Atlas數據庫中挖掘CCDC58的蛋白表達水平，結果表明，在HCC組織中，CCDC58呈陽性表達。但該數據庫未收錄正常肝組織的CCDC58的免疫組化結果，故CCDC58蛋白再正常肝組織中的表達情況還有待證實。

為探討CCDC58表達量與HCC患者預后的關系，筆者通過TCGA數據庫調取CCDC58總生存率、無進展生存率的數據，結果表明，在182例HCC患者中，CCDC58高表達的HCC患者的總生存率、無進展生存率均顯著低于CCDC58低表達的HCC患者。這說明CCDC58可作為肝癌預后評估的潛在分子標志物。由于目前尚缺乏CCDC58與HCC的文獻報道，故本研究中的結果僅從數據庫角度獲取了HCC中CCDC58表達量及與預后的關系的相關信息，CCDC58是否與腫瘤直徑、分級、腫瘤轉移、耐藥等存在關系有待進一步研究證實。

綜上所述，TCGA、Oncomine等數據庫中的數據表明，CCDC58 mRNA在HCC組織中高表達，CCDC58可作為HCC預后判斷的指標，可作為后續臨床、基礎實驗的數據支持。