李敏艷,劉文娥,安建平,楊琴
1 湖南中醫藥大學研究生院 湖南長沙 410007
2 湖南中醫藥大學第一附屬醫院 湖南長沙 410007
宮腔粘連(intrauterine adhesion,IUA)是婦科常見疾病,由宮腔機械操作、炎性反應等多種原因引起子宮內膜基底層損傷,使子宮內膜發生粘連或纖維化,導致宮腔部分或完全封閉的病理癥狀。臨床常表現為月經量減少、閉經、盆腔疼痛及不孕等癥狀,嚴重影響育齡期女性生殖及身心健康。
肉蓯蓉其性味甘、咸,溫;歸腎、大腸經,具有補腎陽、益精血、潤腸通便的功效[1-2]。有研究表明[3]肉蓯蓉具有類性激素樣的效應,能調整腎-天癸-沖任-胞宮軸,改善機體盆腔內環境,促進子宮內膜間質和腺體的修復和增殖。因此,本論文應用網絡藥理學研究方法探索“補腎”類中藥肉蓯蓉對IUA的作用機制,為臨床上IUA藥物的使用及早期干預提供理論依據,在臨床上具有重要的意義。
在TCMSP數據庫中,將藥物篩選閾值設定為口服生物利用度(OB)≥30%,類藥性(DL)≥0.18,檢索肉蓯蓉的活性成分及對應的靶蛋白。利用Uniprot數據庫和Perl語言,將靶蛋白轉化為對應基因名。
在GeneCards、OMIM、PharmGkb這三個數據庫中,以“intrauterine adhesion”為檢索詞,分別檢索出IUA疾病靶基因,取并集獲得IUA的疾病靶基因集。
利用R語言軟件將肉蓯蓉藥物靶基因與IUA疾病靶基因取交集,獲得肉蓯蓉防治IUA的潛在靶點,并構建Venn圖。
將肉蓯蓉活性成分與潛在靶點相匹配,采用Cytoscape3.8.0軟件構建“藥物-活性成分-潛在靶點”網絡圖。利用插件Network Analyzer進行拓撲學分析篩選出肉蓯蓉防治IUA的關鍵活性成分。
將獲得的潛在靶點導入String數據庫,構建PPI網絡。利用CytoNCA插件進行參數設置,挖掘該調控網絡中的關鍵靶點。
運用R語言調用Bioconductor數據包對潛在靶點進行GO分析和KEGG通路富集分析,對分析結果進行可視化,構建“通路-潛在靶點”網絡圖。
將篩選出的核心靶點和關鍵有效成分進行分子對接驗證。在Pubchem和PDB數據庫中分別獲取對接小分子和靶基因的大分子蛋白構像。運用AutoDock1.5.6軟件進行分子對接,計算對接自由能,篩選出最佳、最合理的對接方式進行分析驗證。
在TCMSP數據庫中共得到肉蓯蓉活性成分5個,分別為β-谷甾醇(beta-sitosterol)、花生四烯酸(arachidonate)、全草含蘇齊內酯(suchilactone)、木脂素(Yangambin)、槲皮素(quercetin),其對應靶蛋白共221個,在Uniprot數據庫中將靶蛋白轉化為對應的基因名,去重后獲得靶基因154個。
在Genecards、OMIM、PharmGkb數據庫分別篩選出疾病靶點3279個、95個、971個,取并集共獲取肉蓯蓉防治IUA的疾病靶點3880個,與肉蓯蓉藥物靶點取交集,得到藥物-疾病潛在靶點117個,構建Venn圖(見圖1)。

圖1 肉蓯蓉防治宮腔粘連交集基因Venn圖
運用 Cytoscape 3.8.0軟件構建“藥物-活性成分-潛在靶點”網絡圖,共有節點123個,150邊條,有效成分按對應的潛在靶點數值大小(degree值)進行排序,分別為槲皮素113個、β-谷甾醇21個,全草含蘇齊內酯7個,木脂素5個,花生四烯酸4個(見圖2)。由此可知肉蓯蓉在治療IUA時槲皮素和β-谷甾醇可作用于多靶點發揮主要作用,而其他活性成分參與并不多,說明槲皮素和β-谷甾醇可能是肉蓯蓉治療IUA的關鍵活性成分。

圖2 肉蓯蓉防治IUA“藥物-成分-潛在靶點”網絡圖
在STRING數據庫對117個潛在靶點進行相互作用分析,設置combined score>0.9,輸出目標文件,導入Cytoscape3.8.0軟件中繪制PPI網絡圖,共得到99個節點和340條邊的(見圖3A),運用CytoNCA插件設置參數進行兩次篩選,獲得肉蓯蓉治療IUA的核心靶點基因為JUN、MAPK1、AKT1、TP53、RB1、TNF、CCND1、RELA、MYC等9個(見圖3B、3C)。

圖3 肉蓯蓉防治IUA共同靶點PPI網絡圖
通過GO功能富集分析,肉蓯蓉與IUA相關的潛在關鍵靶點基因涉及生物過程(Biological Process,BP)富集條目2086條,主要包括細胞對化學應激的反應、脂多糖的反應、活性氧代謝過程等;細胞組成(cellular component,CC)52條,主要包括膜筏、膜微域、膜區等;分子功能(molecular function,MF)148條,主要包括DNA聚合酶轉錄因子結合、RNA聚合酶Ⅱ-特異性DNA-結合轉錄因子結合、泛素樣蛋白連接酶結合等(見圖4)。

圖4 肉蓯蓉防治IUA潛在靶點GO氣泡圖
KEGG富集分析結果顯示共154條通路,其主要涉及代謝、腫瘤、病毒感染、炎性反應等多種信號通路(見圖5)。以通路富集的基因數目對排序前20的通路及對應的基因導入Cytoscape3.8.0中構建“潛在靶點-通路”網絡并進行可視化(見圖6A)。根據Degree值取排名前10的靶蛋白制作柱狀圖(見圖6B),依次為 AKT1、MAPK1、TP53、RELA、CCND1、CDKN1A、RAF1、CASP3、TNF、BAX。

圖5 肉蓯蓉防治IUA潛在靶點KEGG氣泡圖

圖6 肉蓯蓉預防IUA“潛在靶點-通路”網絡圖
將PPI網絡和KEGG富集分析獲得關鍵靶點取交集獲得核心靶點為AKT1、MAPK1、TP53、TNF、RELA、CCND1。并與肉蓯蓉的活性成分逐一進行分子對接。將對接結果繪制成熱圖(見圖7A)。根據配體和受體結合能越低,結合越穩定的原理,可以看出槲皮素、β-谷甾醇與關鍵靶點結合效果較佳,其中槲皮素與RELA對接效果最佳,能量為-9.7kcal/mol,分子對接情況如圖所示(見圖BCD)。

圖7 A圖為肉蓯蓉主要活性成分與核心靶基因對接能量值熱圖;B圖為槲皮素與RELA對接分子結構圖;C圖為β-谷甾醇與AKT1對接分子結構圖;D圖為全草含蘇齊內酯與RELA對接分子結構圖。
IUA在中醫傳統醫學中屬于“月經量少”“閉經”“不孕”等范疇。IUA多由金刃損傷所致,金創之法對胞宮造成損傷,導致胞脈、沖任、氣血受損,耗傷腎之元氣精血,而腎為先天之本,主生殖,為天癸之源,沖任之本,氣血之根,故多出現經少、閉經,不孕等情況。后代醫家認為宮腔粘連的病機為腎虛血瘀,腎虛為本,血瘀為標,屬本虛標實,故治療當以補腎為主。
本研究檢索出肉蓯蓉的五種有效成分,推斷出槲皮素、β-谷甾醇為肉蓯蓉防治IUA的關鍵有效成分。分子對接結果也證實槲皮素、β-谷甾醇對接結果較其他活性成分更佳,推測出槲皮素、β-谷甾醇是肉蓯蓉防治IUA發揮作用的主要成分。通過GO分析,推斷肉蓯蓉防治IUA的作用機制是通過有效成分和某些DNA/RNA聚合酶轉錄因子、泛素樣蛋白連接酶等結合調節活性氧代謝、參與細菌來源分子反應、炎癥反應、氧化應激等生物過程實現的。現代藥理學表明,槲皮素、β-谷甾醇具有抗氧化、抗炎、抗菌、抗病毒、抗癌、抗纖維化等生物活性[4-5]。槲皮素具有清除氧自由基及超氧陰離子,并通過提高超氧化物歧化酶活性,降低丙二醛含量,可以減輕組織的氧化應激損傷和病理性修復[6-8]。槲皮素還可調控TLR4/NF-kB通路,調節NO釋放,降低TNF-α、IL-1β等炎癥因子的分泌,減輕炎癥反應,并抑制細胞的凋亡[9-10]。研究發現β-谷甾醇也可調控NF-kB/MAPK信號通路減少細胞中炎性因子生成,發揮抗炎,抗氧化作用,減輕細胞的損傷[11-12]。此外,β-谷甾醇可減少細胞外基質CollagenⅠ的沉積,促進α-平滑肌肌動蛋白(α-SMA)的表達,抑制組織、器官纖維化病理過程[13]。
肉蓯蓉防治IUA篩選出核心靶點為AKT1、CCND1、MAPK1、RELA、TNF、TP53,預測肉蓯蓉防治IUA主要通過調節這些基因靶點發揮作用。目前大量實驗研究[14-15]發現抑制TNF、IL炎癥因子和TGF-β1、MAPK1、AKT蛋白的分泌,可減輕IUA的粘連程度,其機制主要與減輕子宮內膜修復過程中炎癥反應及纖維化的發生,促進子宮內膜的修復與再生。RELA是NF-kB信號通路中的重要轉錄因子,可調控 TNF-α、IL-17等多種炎性介質的表達來介導炎癥反應,參與細胞免疫及凋亡等生物過程[16]。宮腔內的腫瘤也是引起IUA重要原因之一,TP53、CCND1主要調節細胞增殖分化,從而影響IUA的發生發展。
KEGG分析結果顯示,其富集通路主要涉及炎癥反應、病毒感染、惡性腫瘤及內分泌紊亂等方面,主要包括AGEs-RAGE、HIF、TNF、IL等通路及通路調控因子。AGEs-RAGE信號通路是抗纖維化的主要通路之一,糖化終產物(AGEs)可以刺激單核巨噬細胞分泌TNF-α、IL-1等因子來促進細胞基質中層連蛋白(Laminin)的表達,誘導間皮細胞合成基質增加,導致大量基質蛋白堆積或基質成分被AGEs修飾而發生結構改變,最終誘發纖維化病理改變[17]。此外,AGEs-RAGE通路還可以調控上皮細胞內氧化酶系統,促進炎癥因子的表達,導致細胞炎癥損傷與凋亡[18]。HIF在IUA患者子宮內膜中表達,并與IUA的粘連纖維化成正相關,HIF可調控缺氧調節機制,缺氧時HIF-1α誘導p53上調抑制細胞周期進程,導致G2/M細胞的積聚,并激活TGF-β、CTGF等因子,促進纖維化的發生[19]。TNF-α、IL作為纖維化因子、炎癥介質和免疫調節因子,與IUA的發生發展密切相關,促進炎癥反應,刺激血管收縮,使子宮內膜缺血缺氧情況加重,促進IUA的形成[20]。
綜上,本研究通過網絡藥理學預測肉蓯蓉防治IUA的分子機制研究得出槲皮素、β-谷甾醇是肉蓯蓉預防IUA關鍵有效成分,主要通過作用AKT1、MAPK1、RELA、TNF等基因靶點來調節AGE-RAGE、HIF、TNF等多條信號通路發揮作用,其作用生物機制與調控纖維化、炎癥反應、氧化應激反應、細菌病毒感染等密切相關。這些機制有部分在當前已有的文獻中得到證實,但仍有部分機制可能需要后續實驗研究加以證明。因此,對肉蓯蓉防治IUA的分子機制的研究有一定參考價值,可為后續實驗設置提供思路。