珠江所發(fā)布首個黃喉擬水龜染色體水平基因組圖譜

近日，珠江水產(chǎn)研究所龜鱉遺傳創(chuàng)新團隊在黃喉擬水龜染色體水平基因組精細圖譜繪制方面取得新進展。相關(guān)研究論文“Chromosomelevel genome assembly of Asian yellow pond turtle(Mauremysmutica)with temperaturedependent sex determination system”發(fā)表于ScientificReports上。珠江所劉曉莉為該論文第一作者，朱新平研究員為通信作者。

黃喉擬水龜(Mauremysmutica)俗稱石龜、石金龜，具有較高的食用、藥用和觀賞價值。主要分布在我國的華東、華南地區(qū)以及越南和日本，是我國重要的大宗淡水養(yǎng)殖龜類。該團隊通過PacBio三代測序、Hi-C輔助組裝、全長轉(zhuǎn)錄組輔助注釋等技術(shù)深入解析了黃喉擬水龜基因組精細圖譜，這是黃喉擬水龜?shù)谝粋€染色體水平的基因組。通過測序，獲得了280.42 Gb clean data，覆蓋率達到119X，組裝后的基因組大小為2.23 Gb，contig N50為8.53 Mb，scaffold N50為141.98 Mb。通過Hi-C輔助組裝獲得了26條染色體。比較基因組學(xué)分析表明，蜥蜴-蛇-楔齒蜥分支與鳥-鱷-龜分支在283.1—320.5 mya發(fā)生了分化。此外，與鈣信號、神經(jīng)活性配體-受體相互作用和激素信號通路的擴展相關(guān)的基因和基因家族受到了正選擇，表面它們可能在黃喉擬水龜?shù)男詣e調(diào)節(jié)中發(fā)揮了重要作用。基因組的解析為進一步闡明黃喉擬水龜生物遺傳變異與分子進化的遺產(chǎn)基礎(chǔ)及遺傳育種與品種改良提供了基礎(chǔ)。

(來源：珠江水產(chǎn)研究所)