國際病理質(zhì)量聯(lián)盟(IQN Path)腫瘤突變負荷檢測調(diào)查

Fenizia F, Wolstenholme N, Fairley J A,etal.Tumor mutation burden testing: a survey of the International Quality Network for Pathology(IQN Path).Virchows Arch, 2021,479(6):1067-1072.

腫瘤突變負荷(TMB)定義為腫瘤基因組編碼區(qū)體細胞突變的總數(shù)，從幾個到成千上萬，差別較大。作為免疫檢查點抑制劑(ICI)可能的生物標(biāo)志物，TMB可確定腫瘤中新抗原的數(shù)量，但檢測尚未標(biāo)準(zhǔn)化。ICI如PD-L1表達和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)的檢測是癌癥治療的重大突破，但其活性因腫瘤類型而異，若干因素包括抗腫瘤調(diào)節(jié)免疫反應(yīng)復(fù)雜機制，可導(dǎo)致偏差，需對符合治療條件的患者進行分層。2019年4月～5月，國際病理質(zhì)量聯(lián)盟(IQN Path)啟動調(diào)查，通過支持機構(gòu)外部質(zhì)量評估(EQA)試點方案，對當(dāng)前TMB檢測的實際情況進行評價。結(jié)果顯示，在7家不同EQA提供商參與的127個實驗項目中，69個(54.3%)將TMB用于研究和(或)臨床應(yīng)用；50個(72.5%)用于靶向測序。94.2%(65/69)使用福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)材料，而液體活檢(無細胞DNA、cfDNA)僅占26%。55個實驗室同時使用單核苷酸變異和插入缺失來計算TMB；20個中心僅包括非同義變體，但幾乎所有的中心都使用了靶向測序，一些還進行了全外顯子組測序估算(WES)、WGS和(或)RNA測序，至少含Illumina或ThermoFisher NGS平臺，其中包括華大智造科技公司的BGISEQ(BGI Genomics)。與成本高而組織量大的WES相比，數(shù)百基因組成的小組合(small panels)深受青睞，但迄今為止TMB測試和報告最佳工作流程尚未定義，缺乏標(biāo)準(zhǔn)化部分原因可能是報告中臨床試驗結(jié)果相互矛盾，如最近德國一項研究發(fā)現(xiàn)約25%的病例檢測組織樣本發(fā)生分類(TMB高與低)錯誤。IQN Path調(diào)查突出表明，許多實驗室能夠快速有效地引入TMB測試，有助于建立測試的標(biāo)準(zhǔn)化。

(方三高1摘譯，鄭 偉2審校/1上海金域醫(yī)學(xué)檢驗所有限公司病理科，上海 200120；2杭州金域醫(yī)學(xué)檢驗所有限公司實驗室，杭州 310053)