融合基因分析方法在腫瘤研究中的應(yīng)用與發(fā)展

張軍煒 管欣超 劉 韜 楊巧媛

廣州醫(yī)科大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院（廣州 511436）

現(xiàn)代研究普遍認(rèn)為，腫瘤的發(fā)生與遺傳物質(zhì)的改變密切相關(guān)。與腫瘤生長相關(guān)的基因主要有原癌基因與抑癌基因，分別參與細(xì)胞生長發(fā)育與抑制生長的調(diào)控過程。融合基因由兩個(gè)或以上基因的序列發(fā)生斷裂并結(jié)合產(chǎn)生，大多數(shù)融合基因的產(chǎn)生都與染色體的結(jié)構(gòu)發(fā)生畸變有關(guān)，而染色體異位在腫瘤發(fā)生之初發(fā)揮著重要的作用［1］，因染色體發(fā)生重排、缺失、異位和顛倒而產(chǎn)生的融合基因驅(qū)動(dòng)了許多腫瘤的發(fā)展，這也被認(rèn)為是腫瘤發(fā)生的重要因素。融合基因最早于白血病樣本中被首次發(fā)現(xiàn)［2］，這是由9號(hào)染色體上的ABL基因與22號(hào)染色體上的BCR基因相互融合形成，并形成費(fèi)城染色體［3］。

已有的研究中有越來越多的疾病被發(fā)現(xiàn)與融合基因有關(guān)，如肺癌［4］、乳腺癌［5］、甲狀腺癌［6］、前列腺癌［7］、白血病［8］等，因此對(duì)于融合基因的檢測(cè)及預(yù)測(cè)對(duì)臨床上疾病診斷及治療具有重要意義。由于融合基因是由兩個(gè)或以上基因的編碼區(qū)首尾結(jié)合形成的嵌合基因，其往往能夠轉(zhuǎn)錄出相應(yīng)的嵌合RNA，但嵌合RNA并不僅僅通過融合基因轉(zhuǎn)錄生成，反式剪接也是嵌合RNA產(chǎn)生的主要機(jī)制之一。因此通過對(duì)轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序的方法識(shí)別出嵌合RNA后還需要再進(jìn)一步對(duì)基因組進(jìn)行分析，以此確定該RNA為融合基因的產(chǎn)物。臨床上對(duì)于融合基因的識(shí)別及檢測(cè)主要包括：熒光原位雜交（fluorescence in situ hybridization，F(xiàn)ISH）［9］、逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（reverse tran scription polymerase chain reaction，RT-PCR）［10］以及測(cè)序技術(shù)如sanger測(cè)序［11］和高通量測(cè)序技術(shù)（next-generation sequencing，NGS）［12］等方法，而關(guān)于融合基因的預(yù)測(cè)則更多需要借助其他生信工具進(jìn)行，大多數(shù)對(duì)于融合基因的預(yù)測(cè)方法都需要預(yù)先準(zhǔn)備好讀長不一的序列。

1 融合基因相關(guān)產(chǎn)物

1.1 嵌合RNA與融合蛋白

目前的研究發(fā)現(xiàn)，幾乎所有的融合基因均能夠產(chǎn)生相應(yīng)的線性轉(zhuǎn)錄本（即嵌合RNA）。嵌合RNA由兩個(gè)或兩個(gè)以上基因的外顯子通過某種機(jī)制發(fā)生剪切組合而成，研究認(rèn)為目前嵌合RNA的形成機(jī)制主要包括順式剪接，反式剪接以及融合基因的轉(zhuǎn)錄。傳統(tǒng)意義上，順式剪接是來自同一個(gè)基因的不同外顯子彼此連接的過程，當(dāng)兩個(gè)或多個(gè)同一來源的前體mRNA剪接在一起即可形成嵌合RNA。反式剪接是兩個(gè)或多個(gè)不同來源的前體mRNA被剪接在一起的過程，該過程同樣能夠產(chǎn)生嵌合RNA。順式剪接和反式剪接均發(fā)生于轉(zhuǎn)錄后RNA剪接的過程中，而由于染色體發(fā)生重排等原因?qū)е禄虬l(fā)生融合進(jìn)而產(chǎn)生嵌合RNA的過程則發(fā)生于轉(zhuǎn)錄以前，這類機(jī)制所產(chǎn)生的嵌合RNA往往具有較高的表達(dá)豐度［13］。與普通基因轉(zhuǎn)錄得到的mRNA類似，部分的嵌合RNA也可翻譯出相應(yīng)的蛋白質(zhì)（即融合蛋白），而融合蛋白在臨床上具有較高的治療及診斷意義。正如人類發(fā)現(xiàn)的第一個(gè)融合基因BCR-ABL，它能夠?qū)е氯祟惏l(fā)生慢性粒細(xì)胞白血病［14］。隨后科學(xué)家們又陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了許多由融合基因產(chǎn)生的融合蛋白如RET-CCDC6［15］、EML4-ALK［16］等，這些蛋白在腫瘤的發(fā)生和發(fā)展過程中發(fā)揮了重要作用，同時(shí)也為腫瘤檢測(cè)與靶向治療提供了方向。

1.2 融合環(huán)狀RNA

與正常基因類似，融合基因在轉(zhuǎn)錄的過程中也能通過目前尚未完全闡明的機(jī)制產(chǎn)生融合環(huán)狀RNA。環(huán)狀RNA是一類產(chǎn)生于轉(zhuǎn)錄之后，不具有5'末端帽子和3' 末端poly（A）尾巴、并以共價(jià)鍵形成環(huán)形結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子，一般不易被RNA外切酶或核糖核酸酶R降解，因此穩(wěn)定型比線性RNA高。環(huán)狀RNA廣泛存在于人體細(xì)胞當(dāng)中，由特殊的可變剪切產(chǎn)生，常常富集于外泌體中并且能夠從體液中提取出來，結(jié)合其具有腫瘤特異性的特點(diǎn)，現(xiàn)常被用作潛在的腫瘤生物標(biāo)志物［17］。在人體細(xì)胞中，環(huán)狀RNA可以通過與相應(yīng)的RNA結(jié)合蛋白相互結(jié)合，從而影響相關(guān)基因的表達(dá)，部分環(huán)狀RNA也能夠通過與蛋白的相互作用來抑制翻譯的進(jìn)程。融合環(huán)狀RNA的產(chǎn)生與普通環(huán)狀RNA的產(chǎn)生機(jī)制類似，其同樣為一種由轉(zhuǎn)錄后的剪接事件產(chǎn)生的內(nèi)源性非編碼RNA，也與環(huán)狀RNA一般具有一樣的特性和功能，這提示融合環(huán)狀RNA的存在可能與癌癥的發(fā)生具有密切的關(guān)系，許多研究也正在陸續(xù)揭示二者的關(guān)聯(lián)，越來越多以融合基因?yàn)橹饕?qū)動(dòng)因素的癌癥研究中均發(fā)現(xiàn)了相關(guān)的融合環(huán)狀RNA，如WU K等人［18］發(fā)現(xiàn)在非小細(xì)胞肺癌中，SLC34A2-ROS1融合基因可以產(chǎn)生名為F-circSR1和F-circSR2的融合環(huán)狀RNA，以及在GUARNERIO J等人［19］的研究中，發(fā)現(xiàn)在急性髓系白血病中，PML-RARA融合基因可以產(chǎn)生一個(gè)名為f-circPR的融合環(huán)狀RNA。作為一種較新穎的RNA分子，關(guān)于融合環(huán)狀RNA的研究目前尚有待加強(qiáng)。

2 嵌合RNA分析工具

測(cè)序技術(shù)發(fā)展的同時(shí)也促進(jìn)了基因組學(xué)的發(fā)展，下一代測(cè)序技術(shù)已經(jīng)能有效識(shí)別DNA的結(jié)構(gòu)變化以及對(duì)不同的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行分析，而其中RNA測(cè)序技術(shù)可用于在真核生物中識(shí)別不同的嵌合轉(zhuǎn)錄本。以相應(yīng)的人類基因組序列作為參考序列，與待分析的RNA read進(jìn)行比對(duì)之后篩選出未能匹配的read，這些read即可認(rèn)為是嵌合RNA。但并非所有的嵌合RNA均可編碼蛋白，研究表明大部分的嵌合RNA均作為非編碼RNA而存在［20］。在利用RNA測(cè)序技術(shù)對(duì)融合基因進(jìn)行檢測(cè)分析時(shí)，這些非編碼RNA極有可能影響檢測(cè)的結(jié)果。

對(duì)此，Christopher A等［21］利用了高通量測(cè)序法，綜合了長read和短read的分析，將長read與參考基因組進(jìn)行比對(duì)之后，篩選出僅有部分讀長與參考基因組匹配的read作為候選嵌合體；再利用Illumina等平臺(tái)從相應(yīng)的序列數(shù)據(jù)中生成短read，與參考基因組比對(duì)后篩選出包含有兩個(gè)基因片段的read，將這些read與候選嵌合體綜合分析，得出部分序列相同的read，其能夠包含同樣的融合基因斷裂點(diǎn)且屬于候選嵌合體之一，降低了無效嵌合體的影響及融合基因分析過程中的假陽性事件的發(fā)生。現(xiàn)階段許多針對(duì)融合基因的研究工具，基本都圍繞RNA序列展開，近年來也誕生了許多圍繞機(jī)器學(xué)習(xí)以及神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)等方法而開發(fā)的工具。

2.1 傳統(tǒng)RNA-seq分析工具

融合基因的斷點(diǎn)多發(fā)生于內(nèi)含子區(qū)域，故對(duì)于融合基因的分析多從RNA的層面出發(fā)，目前常用的相關(guān)算法工具主要有SOAPFuse，InFusion，STAR-Fusion和JAFFA等工具，大多數(shù)的工具遵從如圖1的基本流程，這些工具都具有速度快、準(zhǔn)確性良好等優(yōu)點(diǎn)，同時(shí)又具有各自的特點(diǎn)。SOAPfuse和InFusion均能從RNA序列中高效識(shí)別出嵌合轉(zhuǎn)錄本，前者作為較早期開發(fā)的工具，現(xiàn)多與其他工具一同運(yùn)用或用于與其他分析工具進(jìn)行比較［22-25］，后者能夠從RNA序列中檢測(cè)出基因間非編碼區(qū)域的融合事件。若在輸入的read中存在包含融合剪切位點(diǎn)的序列（SPLIT read），或是由雙端測(cè)序產(chǎn)生的，含有未測(cè)序的序列且跨越了剪切位點(diǎn)的序列（BRIDGE reads），InFusion能夠利用其新的算法對(duì)這些read進(jìn)行聚類并重建融合轉(zhuǎn)錄本，并在結(jié)果中報(bào)告相應(yīng)的基因區(qū)域和斷點(diǎn)的位置，以及相應(yīng)融合位點(diǎn)的序列［26］。

圖1 嵌合RNA分析工具的基本流程

STAR-Fusion是建立在STAR基礎(chǔ)之上的工具，它能夠應(yīng)用于融合轉(zhuǎn)錄本的預(yù)測(cè)，是目前主流的RNA序列比對(duì)軟件之一。STAR具有運(yùn)行速度快、準(zhǔn)確的優(yōu)點(diǎn)，而STAR-Fusion則繼承了這些優(yōu)點(diǎn)，同時(shí)在模擬數(shù)據(jù)和從細(xì)胞系中獲取的序列數(shù)據(jù)中仍具有較好的靈敏度和精確度［27］。在一項(xiàng)多種工具比較的研究中，STAR-Fusion具有較高的排名，在大多數(shù)情況下能夠保證較高的預(yù)測(cè)精度［28］，但STAR-Fusion的運(yùn)行需要消耗較高的內(nèi)存，對(duì)硬件有一定的要求。JAFFA同為RNA比對(duì)軟件，但不同的是其將待分析的轉(zhuǎn)錄組RNA序列與轉(zhuǎn)錄組作為參考進(jìn)行比較，且能夠應(yīng)用于不同長度的read，同時(shí)能夠輸出候選的融合事件及其相關(guān)信息。在分析的過程中，長度小于100 bp的read能夠被JAFFA重新組裝為100 bp甚至更長的read，對(duì)于超長的read 具有良好的特異性，是利用RNA序列數(shù)據(jù)對(duì)融合基因進(jìn)行分析工作的高效工具，在許多融合基因的研究中被廣泛運(yùn)用［29-30］。

表1 不同嵌合RNA分析工具的比較

2.2 其他分析工具

除此以外，根據(jù)不同用途目前也開發(fā)了一些不同的算法工具，如為了高通量藥物篩選而設(shè)計(jì)的一套檢測(cè)算法Arriba［31］，它能夠在短時(shí)間內(nèi)根據(jù)輸入的RNA序列進(jìn)行演算識(shí)別，隨后輸出的結(jié)果具有較高的準(zhǔn)確性，同時(shí)具有計(jì)算效率高、高敏感性的優(yōu)點(diǎn)，能夠降低因樣品純度較低帶來的影響。在與deFuse、TopHat的比較中，Arriba的可靠程度最高，在15個(gè)融合事件的測(cè)試中靈敏度達(dá)到了80%［32］。此外，Paul Kerbs［33］等人也利用Arriba和FusionCatcher的輔助驗(yàn)證對(duì)RNA測(cè)序技術(shù)和其余標(biāo)準(zhǔn)的診斷技術(shù)進(jìn)行了比較和評(píng)估，取得了較好的預(yù)期效果。Fcirc則是另一款能夠識(shí)別出因融合產(chǎn)生的線性或環(huán)狀RNA的工具，其基于Python開發(fā)，能夠快速分析輸入的RNA序列。與STAR-SEQR和Arriba相比，F(xiàn)circ具有更高的精度，同時(shí)還有召回率（Recall）良好、分析時(shí)間短的特點(diǎn)［34］。在蛋白組學(xué)領(lǐng)域，有學(xué)者開發(fā)了FusionPro，這是一類蛋白質(zhì)組學(xué)工具，它能將蛋白質(zhì)組和轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)結(jié)合分析，并對(duì)由融合基因翻譯而來的融合蛋白肽段序列進(jìn)行鑒定，能夠用于對(duì)融合基因與融合蛋白的研究。Kim［35］等人利用FusionPro在白血病的3個(gè)細(xì)胞系中分別成功鑒定了82、281以及95個(gè)基因融合現(xiàn)象，同時(shí)初步揭示了可能存在的基因融合的剪切規(guī)律，為融合蛋白與腫瘤發(fā)生的關(guān)系研究提供了新的方法。

科技的進(jìn)步促進(jìn)了人工智能的發(fā)展，近年來也逐漸出現(xiàn)基于人工智能所開發(fā)的算法工具，如EasyFuse，F(xiàn)usionAI和ChimerDriver等。EasyFuse是基于機(jī)器學(xué)習(xí)開發(fā)的一個(gè)針對(duì)來自于臨床樣本獲取的轉(zhuǎn)錄組RNA序列進(jìn)行預(yù)測(cè)的方法。在對(duì)read進(jìn)行比對(duì)過濾后，EasyFuse僅保留不一致的一對(duì)read和比對(duì)失敗的read，這將能夠過濾掉至少90%的read，大大提高了運(yùn)行速度。該算法具有計(jì)算性能高、靈敏度及精度高的優(yōu)點(diǎn)，能夠?qū)Χ喾N類型的樣本進(jìn)行預(yù)測(cè)，David Weber等［36］利用EasyFuse成功表明了融合基因能夠提供豐富的腫瘤相關(guān)抗原，促進(jìn)了免疫治療的發(fā)展。ChimerDriver和FusionAI［37-38］都是基于深度學(xué)習(xí)開發(fā)的對(duì)融合基因進(jìn)行預(yù)測(cè)的算法。前者基于多層感知器的人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型，將轉(zhuǎn)錄因子和miRNA納入對(duì)融合基因的評(píng)估，并以此改進(jìn)了對(duì)基因融合的致癌潛力的預(yù)測(cè)，同時(shí)能夠根據(jù)相應(yīng)的轉(zhuǎn)錄因子和miRNA的特點(diǎn)將融合基因分為致癌與非致癌［39］。由于基因轉(zhuǎn)錄后其調(diào)控過程能夠影響其致癌的潛力［40］，且部分檢測(cè)到的融合基因，由于其本身并不參與轉(zhuǎn)錄與翻譯表達(dá)的過程，在臨床研究（尤其是靶向治療的研究）中不具備實(shí)際意義，因此ChimerDriver能夠很好地幫助篩選研究所需的目的融合基因。后者能夠利用DNA序列預(yù)測(cè)出融合基因斷點(diǎn)，同時(shí)預(yù)測(cè)該斷點(diǎn)是否會(huì)成為潛在的融合基因斷點(diǎn)［37-38］。由于嵌合轉(zhuǎn)錄本的形成原因較多，且融合基因的斷點(diǎn)大多位于內(nèi)含子上，導(dǎo)致融合轉(zhuǎn)錄本的斷點(diǎn)往往處在兩個(gè)外顯子的邊界，因此以RNA序列作為輸入數(shù)據(jù)較難識(shí)別融合基因斷點(diǎn)的存在。以往的預(yù)測(cè)算法大多采用RNA序列，因此可能無法獲取與DNA雙鏈斷裂相關(guān)的序列特征，而FusionAI從DNA序列出發(fā)，分別以FusionGDB數(shù)據(jù)庫中基于TCGA（The Cancer Genome Atlas）且融合斷點(diǎn)位于外顯子交界處的序列和同等數(shù)量的偽融合斷點(diǎn)序列為陽性數(shù)據(jù)和陰性數(shù)據(jù)來對(duì)模型進(jìn)行訓(xùn)練，并建立最終FusionAI模型［37］。

3 融合基因的驗(yàn)證及鑒定

得益于測(cè)序技術(shù)的高速發(fā)展，人們發(fā)現(xiàn)了大量的嵌合RNA數(shù)據(jù)，而基于轉(zhuǎn)錄組RNA序列展開的一系列對(duì)于融合基因的預(yù)測(cè)技術(shù)，得出的結(jié)果大多為嵌合RNA。由于嵌合RNA的產(chǎn)生機(jī)制有多種，包括基因的順式剪切、反式剪切以及來自于融合基因的轉(zhuǎn)錄等，對(duì)于部分方法預(yù)測(cè)得出的嵌合RNA，暫無法認(rèn)為其來源于融合基因。因此在實(shí)際應(yīng)用中，還需要進(jìn)行進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)分析方法來驗(yàn)證嵌合RNA的來源是否與融合基因相關(guān)。

3.1 實(shí)時(shí)熒光定量RT-PCR（qRT-PCR）

qRT-PCR在普通PCR的基礎(chǔ)之上增加了逆轉(zhuǎn)錄的過程和熒光探針。熒光探針與產(chǎn)物結(jié)合后能夠產(chǎn)生熒光信號(hào)，其強(qiáng)度與擴(kuò)增的產(chǎn)物成比例增加。目前常用的探針為Taqman熒光探針，其5' 端和3' 端分別帶有熒光基團(tuán)和熒光淬滅基團(tuán)，當(dāng)擴(kuò)增時(shí)兩個(gè)基團(tuán)互相分離，從而發(fā)出熒光信號(hào)并被檢測(cè)系統(tǒng)捕獲。在融合基因的檢測(cè)中，Taqman探針具有特異性高、耗時(shí)短的優(yōu)點(diǎn)，Xiaodong Lyu等［41］利用qRT-PCR對(duì)多例急性骨髓性白血病進(jìn)行分析后顯示，qRT-PCR具有良好的診斷效果，與細(xì)胞遺傳學(xué)診斷結(jié)果具有高度的一致性，是融合基因檢測(cè)中的高效方法。但在實(shí)際應(yīng)用的過程中，往往需要研究者預(yù)先知曉發(fā)生的融合事件，以此來設(shè)計(jì)相應(yīng)的引物。

3.2 FISH

FISH技術(shù)利用帶有熒光基團(tuán)的單鏈DNA與目的基因進(jìn)行雜交，從而對(duì)目的基因進(jìn)行檢測(cè)。在基因突變、染色體變異等基因組結(jié)構(gòu)研究中擁有廣泛的應(yīng)用，而在融合基因的應(yīng)用中有實(shí)驗(yàn)周期短、特異性強(qiáng)、具有較高的靈敏度和精確度的特點(diǎn)。梁小芹等［42］利用FISH與免疫組化（immunohistochemistry，IHC）一同對(duì)ROS1融合型肺癌進(jìn)行檢測(cè)并比較了二者的一致性，并未發(fā)現(xiàn)二者的檢測(cè)結(jié)果有顯著差異，因此FISH在臨床上是良好的診斷方法以及檢測(cè)工具。但由于需要人工在觀察，存在著操作復(fù)雜且結(jié)果主觀等缺點(diǎn)。

3.3 IHC

IHC的基本原理是抗原抗體的特異性結(jié)合。利用抗原與抗體結(jié)合后，發(fā)生化學(xué)顯色并被顯微鏡或其他儀器捕獲，從而能夠在細(xì)胞層面對(duì)融合蛋白進(jìn)行識(shí)別及分析。根據(jù)標(biāo)記物的不同IHC也有不同的分類，臨床上目前常用的方法包括免疫熒光法、酶標(biāo)法等。前者利用帶有熒光標(biāo)記的抗體作為探針，當(dāng)與所需抗原結(jié)合后可發(fā)出熒光波長并被檢測(cè)儀器捕獲；后者利用帶有酶標(biāo)記的抗體，與相應(yīng)的抗原結(jié)合后再與后加的酶底物相互作用，釋放具有顏色的物質(zhì)，該物質(zhì)可于顯微鏡下觀察到。該方法具有操作簡單、成本低廉、適用范圍廣等優(yōu)點(diǎn)，但也存在敏感度低、特異度差、無法區(qū)分不同類型的融合基因等缺點(diǎn)。從腫瘤診斷的角度，IHC檢測(cè)往往作為基因融合的替代標(biāo)志物，如在NTRK融合基因的應(yīng)用中，pan-TRK IHC檢測(cè)較為廣泛，但大多數(shù)情況下均用于對(duì)NTRK融合的篩查工具［43］，即使其在NTRK的檢測(cè)中具有較高的敏感度，目前僅允許作為臨床診斷的輔助工具［44］，對(duì)于某些呈現(xiàn)弱陽性的樣本，可能仍需要通過NGS等其他方法去進(jìn)一步證實(shí)NTRK融合事件的發(fā)生。

4 討 論

從費(fèi)城染色體的發(fā)現(xiàn)開始，融合基因逐漸成為腫瘤學(xué)領(lǐng)域研究的熱門話題，期間也產(chǎn)生了許多關(guān)于融合基因的產(chǎn)生和作用機(jī)制的研究，越來越多的作用通路也逐漸被揭示，同時(shí)也使得人們對(duì)融合基因的認(rèn)識(shí)越來越深入。但即便如此，在測(cè)序技術(shù)尚未發(fā)展成熟的早期，人們對(duì)融合基因的識(shí)別非常困難。近幾年隨著測(cè)序技術(shù)的不斷發(fā)展，人們獲得了大量的基因序列數(shù)據(jù)，利用此技術(shù)也發(fā)現(xiàn)了許多轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)，其中包括嵌合RNA。由于人類基因組中含有內(nèi)含子序列，因此從轉(zhuǎn)錄組出發(fā)，對(duì)融合基因進(jìn)行分析是目前研究的主要趨勢(shì)。在嵌合RNA分析領(lǐng)域，有許多不同的生信工具，他們各自因不同的優(yōu)化和原理具備了不同的優(yōu)缺點(diǎn)。縱使在實(shí)際應(yīng)用當(dāng)中并不會(huì)全部使用這些工具，但研究者仍能夠根據(jù)自身的需求以及不同配套的硬件設(shè)備去選擇不同的分析工具，且總體上看基于嵌合RNA的分析工具正在不斷往更高的效率、更良好的準(zhǔn)確性發(fā)展。由于融合基因并不是產(chǎn)生嵌合RNA的唯一機(jī)制，從嵌合RNA出發(fā)對(duì)融合基因進(jìn)行研究尚存在困難，后續(xù)仍需要對(duì)其是否來源于融合基因進(jìn)行實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。主流的驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)如qRT-PCR，熒光原位雜交和免疫組織化學(xué)等雖然都具有較高的準(zhǔn)確性，但同時(shí)也具有成本較高、試劑昂貴等缺點(diǎn)，這也是融合基因分析的部分局限性所在。

作為癌癥的驅(qū)動(dòng)基因，融合基因逐漸成為近年來癌癥研究的一大熱點(diǎn)。利用基因組學(xué)對(duì)癌癥進(jìn)行分析，能夠根據(jù)不同類型的患者進(jìn)行不同的診斷及治療，大大提高了診療的精確性。新的基因組學(xué)分析方法的出現(xiàn)，尤其是針對(duì)相關(guān)融合基因的預(yù)測(cè)，對(duì)腫瘤研究具有重要意義。無論是過去單靠測(cè)序技術(shù)發(fā)現(xiàn)的融合基因，還是如今依靠RNA測(cè)序衍生的一系列生物信息學(xué)工具，雖然都存在一些不可避免的缺陷，但都能夠用于篩選靶基因以用于分子靶向藥物的治療，在臨床上擁有廣泛的用途。在前沿領(lǐng)域，還存在許多基于不同理論研究而開發(fā)的算法［45-48］，如何將理論層面的算法與融合基因分析相結(jié)合相信是未來融合基因分析發(fā)展的方向之一。在科技逐漸發(fā)達(dá)的時(shí)代，對(duì)于融合基因分析的方法將越來越成熟。