日本最早“發現”釣魚島，是在日本吞并琉球，將琉球國改為“沖繩縣”之后的1884年，比中國文獻最早記載該島遲了約500年。

秘密進行調查

據日本史書記載，1884年日本福岡人古賀辰四郎發現“久場島”(黃尾嶼)有大量信天翁棲息，可銷往歐洲，便于1885年要求沖繩縣令允許其開拓，并在島上豎立標記，上寫“黃尾島古賀開墾”。日本政府以此為據，稱釣魚島是“無主地”，是由日本人先占的，而非甲午戰爭時從中國奪取的。

然而，歷史事實又是如何呢?根據日本官方檔案《日本外交文書》第18卷的記載，1885年9月22日，沖繩縣令西村根據日本內務省命令所作調查稱：“有關調查散在本縣與清國福州之間的無人島事宜，依先前在京本縣大書記官森本所接密令從事調查，概略如附件。久米赤島、久場島及釣魚島為古來本縣所稱之地方名……隸屬沖繩縣一事，不敢有何異議，但該島與前時呈報之大東島(位于本縣和小笠原島之間)地勢不同，恐無疑，系與《中山傳信錄》記載之釣魚臺、黃尾嶼、赤尾嶼等屬同一島嶼。若屬同一地方，則顯然不僅為清國冊封原中山王使船所悉，且各附以名稱，作為琉球航海之目標。故是否與此番大東島一樣，調查時即立標仍有所疑慮。”

此秘密調查說明，日本明治政府已了解到這些島嶼并非無主地，至少是可能同中國發生領土爭議的地區。但內務卿山縣有朋等仍不甘心，要求再作調查，以利建立日本的“國標”。其理由是，這些島嶼雖與《中山傳信錄》所述相同，但清國只是借助這些島嶼作為識別航海方向之用，“并未發現其他清國所屬證跡”；關于島名，日、中有所不同，故無關宏旨；且這些無人島靠近八重山群島。當時日本表面上提出的琉球兩分方案雖曾表示將八重山劃歸中國，實則早存得寸進尺之心。

1885年10月21日，日外務卿井上馨致內務卿山縣有朋信中稱：“經詳查熟慮，該等島嶼也接近清國國境。與先前完成勘查之大東島相比，發現其面積較小，尤其是清國對各島已有命名，近日清國報章，刊載我政府擬占據臺灣附近清國所屬島嶼之傳聞，對我國抱有猜疑，且屢次引起清政府之注意。此刻若公然建立國標，必遭清國疑忌，故當前宜限于實地調查及詳細報告其港灣形狀、有無可待日后開發之重要物產等，而建國標及著手開發等，可待他日見機而作。”井上還叮囑山縣，不宜將日方秘密調查公諸報端，以免引起中國及國際上的異議或反對。

同年11月24日，沖繩縣令西村將奉命調查之結果稟報內務卿，要求給予指示：“建立國標一事，如前呈文，未必與清國完全無關，萬一發生糾紛，如何是好。”翌日，內、外務兩卿聯名下令：“切記目前不可建(國標)。”顯然，當時日本帝國正在加緊擴軍備戰，伺機侵吞朝鮮，并最終與清政府決一雌雄，而不愿過早地“打草驚蛇”。

恃強霸占釣魚島

直到1893年，即中日甲午戰爭的前一年，日本沖繩縣知事要求將釣魚島等劃歸沖繩縣時，日本內、外兩卿還將此拖了一年。然而，1894年11月底，日軍占領旅順口，將清軍北洋水師封鎖在威海衛內，日本明治政府確信對清一戰勝券在握，便以迫使中國割讓臺灣作為媾和條件，并在未通知中方的情況下先行秘密竊取了釣魚列島。同年12月27日，日本內務大臣野村靖發密文給外務大臣陸奧宗光稱：關于在“久場島”(黃尾嶼)、“釣魚島”建標樁一事，雖已下令暫緩，“但今昔形勢已殊”，對這些島嶼“需加管理”，故應重議此事。這次外務省未表異議，并稱“請按預定計劃適當處置”。

結果，1895年1月14日，日本政府不等戰爭結束，便通過“內閣決議”，將釣魚列島劃歸沖繩所轄，建立標樁。同年4月17日，中日簽署《馬關條約》，中國被迫割讓臺灣及其周圍島嶼。

第二次世界大戰后，中日之間懸而未決的釣魚島主權爭議，是美國在中日之間留下的一個領土“疙瘩”。

美軍占領琉球之后，曾于1946年1月29日發布《聯合國最高司令部訓令第667號》，其中第三項中已明確規定了日本版圖所包括的范圍，即“日本的四個主要島嶼(北海道、本州、四國、九州)及包括對馬諸島、北緯30°以南的琉球諸島的約1000個鄰近小島”，其中根本不包括釣魚島。

隨著冷戰局面的出現，美國才于1953年12月25日發出一份第27號令，即關于“琉球列島地理界線”的布告。該布告稱，“根據1951年9月8日簽署的對日和約”，有必要重新指定琉球列島的地理界線，并將當時美國政府和琉球政府管轄的區域指定為，包括北緯24°、東經122°區域內各島、小島、環形礁、巖礁及領海。這是美國對釣魚島的非法侵占。

1971年6月17日，日美簽署的歸還沖繩協定(《關于琉球諸島及大東諸島的日美協定》)中宣布的日本領土范圍，與1953年第27號令完全相同。這樣就將釣魚島切給日本的沖繩縣。日本政府據此主張該島屬于沖繩縣的一部分，并將釣魚島及其周圍海域劃入日本自衛隊的“防空識別圈”內。美國將釣魚島私下擅自交給日本，結果引起上世紀70年代包括美國在內的世界各地華人保衛釣魚島運動的浪潮。

不過，美國政府認為，“對此等島嶼的任何爭議的要求，均為當事者所應彼此解決的事項。”直到1996年9月11日，美國政府發言人伯恩斯仍表示：“美國既不承認也不支持任何國家對釣魚列島的主權主張。”