1933年,剛從唐山交通大學畢業的黃萬里前往美國留學。黃萬里在美國先后獲得康奈爾大學碩士學位、伊利諾伊大學工程博士學位,是第一個獲得美國工程博士學位的中國人。1937年,黃萬里學成歸國。作為中國第一個赴美學習且取得博士學位的水利工程科學家黃萬里,此后一生致力于中國的水利建設。
1955年4月,黃河三門峽大壩工程動工。黃萬里成為唯一一個反對修建三門峽水庫的專家。他不顧眾人反對,逆流而上與包含蘇聯專家在內的其他專家在會上進行了長達7天的激烈辯論。最后,會議變成了對黃萬里的批判會。這一年他44歲。

1957年6月19日,已經大吃苦頭的黃萬里因為一篇文章被打成右派。從此,他開始了長達23年的右派生涯。1980年2月26日,清華大學黨委為黃萬里“平反”。以黃萬里的學術水平及在國內外的影響他完全可以做博導,但是他卻沒有。原因是他不肯遷就、迎合。按照有關規定,做博導先得自己寫個申請。事實上大家都知道,那只是一種形式,純粹的走過場。面對這樣的要求,黃萬里很不爽,性格一向倔犟的他不肯屈從,不肯委屈自己。于是,他憤憤地說:“寫申請,多此一舉,有資格的人,就是能帶博的人,還要寫申請嗎?不夠資格的才寫申請,我夠資格為什么寫申請?”他不寫,自然也就沒有人聘他當博導了。
依照現行的學術標準,作為學者、教授,必須要有一定的專著。不說是著作等身,至少要有一兩本代表作,這已經成為普遍的共識。對此,黃萬里同樣是不屑為之。如果按照公開出版以及作者本人自覺自愿的原則,嚴格地說,黃萬里是沒有出過一本所謂的“學術著作”。2001年,黃萬里90歲壽辰。他的一些同事、學生從各自的課題經費里面拿出一部分錢來,為他印了一本16開本、360多頁的非正式出版的《黃萬里文集》。此前,他曾自費印刷論文集《水經論叢》以及詩文集《治水吟草》,分發親友。一個做了一輩子學問的著名教授,一生居然只出了一本沒有版權、沒有公開發行的書,這真是學術史上的今古奇觀。