《生態環境學報》的各項學術質量指標都較高

據中國科學技術信息研究所2013年9月發布的《2013版中國期刊引證報告（核心版）》，《生態環境學報》2012年的核心影響因子為1.105（即在1994種中國科技核心期刊中統計的數據）、核心總被引頻次為4025次，核心他引率0.93，基金論文比0.90（即90%）。影響因子、被引頻次在生態學類（2013年新分出的一類）7種核心期刊中分別列第3和第4位，在全國1994種核心期刊中分別列第101和70位。

另據中國知網中國科學文獻計量評價研究中心2013年11月發布的《中國學術期刊影響因子年報(自然科學與工程技術?2013版)》，《生態環境學報》2012年的影響因子為1.969，總被引頻次為9832，影響因子在環境科學類66種期刊中的排序為第4位，在農業基礎科學類20種期刊中的排序為第3位。5年影響因子為2.401。2012年Web全篇下載量為19.50萬次。