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西南三地區野生香菇ISSR遺傳多樣性分析

2014-08-08 11:15:15張婉潔何德李翠新李季
湖北農業科學 2014年9期

張婉潔+何德+李翠新+李季+

摘要:采用ISSR分子標記技術對云南省大姚縣、瑞麗市和四川省木里縣的41株野生香菇(Lentinula edodes)菌株進行DNA聚類分析,利用NTSYS軟件對其遺傳多樣性進行聚類分析。結果表明,利用18個引物對41個野生香菇菌株的DNA進行ISSR-PCR擴增,共擴增出162條清晰的DNA片段。聚類分析結果表明,相似水平在62%左右時,41株野生香菇菌株分為3個類群,各地香菇資源存在較豐富的遺傳多樣性且與地域無明顯相關性。

關鍵詞:香菇(Lentinula edodes);ISSR;遺傳多樣性;DNA聚類分析

中圖分類號:S646.1+2;Q503文獻標識碼:A文章編號:0439-8114(2014)09-2093-04

Genetic Diversity of Wild Lentinula edodes from Three Places of

Southwestern China Based on ISSR-PCR

ZHANG Wan-jie, HE De, LI Cui-xin, LI Ji

(College of Life Science, Southwest Forestry University, Kunming 650224, China)

Abstract: The DNA fingerprinting of 41 wild strains of Lentinula edodes from three places Dayao country, Ruili country of Yunnan province and Muli country of Sichuan province were identified with ISSR-POR. The genetic diversity were analyzed by NTSYS-PC software. The results showed that 162 distinct DNA bands were produced from 18 pairs of primers. The results of clustering analysis showed that 41 strains were divided into 3 groups at similarity of 62%, implying that the wild strains of L.edodes had great genetic diversity and there was no obvious correlation with the geographical location.

Key words:Lentinula edodes;ISSR;genetic diversity;DNA clustering analysis

香菇(Lentinula edodes)是一種可食用的大型木腐擔子菌[1],具有較高的營養價值和藥用價值。含有高蛋白、多糖、低脂肪等諸多的營養[2,3],這使得香菇成為世界上產業發展速度最快的菇類[3]。我國幅員遼闊、氣候復雜、地形多變、香菇野生品種繁多,但是由于分化程度低、形態差異小,要以形態特征為依據難以對品種進行有效鑒定;栽培規模的迅速擴大和自然生境的逐漸減少,迫切需要加快香菇種質資源的研究,加緊對野生香菇進行遺傳多樣性研究。

ISSR分子標記技術(Inter-simple sequence repeat, ISSR)于1994年由Zietkiewicz等[4]提出,利用在真核生物基因組中經常出現的簡單重復序列本身來設計引物進行PCR擴增[5]。ISSR分子標記己應用于研究植物種內遺傳變異、種間遺傳變異[6]、品種鑒定[7,8]、遺傳作圖[9]和居群遺傳學[10]等研究中,在遺傳多樣性和親緣關系[11]研究中的應用更為廣泛。本研究利用ISSR分子標記技術對西南地區的云南省瑞麗市、大姚縣和四川省木里縣的野生香菇進行了遺傳多樣性分析,以期能客觀反映香菇屬真菌的親緣關系和地理變遷情況。

1材料與方法

1.1供試菌株

供試41個香菇菌株的編號、采集地點等詳見表1。

1.2方法和步驟

1.2.1基因組DNA的提取將低溫保存的41個野生香菇菌種接種于PDA斜面培養基上,26 ℃培養 7~10 d。活化后用接種針挑取試管斜面培養基上邊緣處生長較旺盛的菌塊,接種到液體培養基中,于室溫下靜置培養1個月后,用濾紙收集香菇菌絲體,用吸水紙吸干,參照 CTAB法[12]并作改良以提取其DNA,于-20 ℃保存備用。

1.2.2 ISSR-PCR擴增擴增反應的體系為15 μL,包含PCR緩沖液1.5 μL、25 mmol/L MgCl2 1.2 μL、2.5 mmol/L dNTPs 1.2 μL、10 μmol/L引物0.3 μL、Ex-Taq DNA聚合酶(大連寶生物工程有限公司)0.075 μL、0.001 μg/mL模板1 μL,最后用去離子水將總體積補至15 μL。

ISSR-PCR反應程序為:94 ℃預變性4 min;94 ℃變性30 s,48~55 ℃范圍內退火30 s,72 ℃延伸108 s,33個循環;最后72 ℃延伸10 min,4 ℃保存。

1)引物篩選。以41株野生香菇菌株為DNA模板,通過TM值比較,對P1~P27號引物進行分組和初篩選,TM值相近的為一組,篩選出清晰、重復性好、多態性高的PCR擴增引物。

2)ISSR-PCR 條件優化。由于ISSR 標記易受 PCR 條件的影響,因此需對PCR擴增反應進行優化。

退火溫度的優化:使用引物P14和P20對8104菌株模板進行PCR擴增,篩選最佳退火溫度。擴增反應在梯度 PCR 儀(Bio-Rad Laboratories, Inc公司)上進行,設最小溫度為 47.3 ℃,最大溫度為55.3 ℃,自動形成8個溫度梯度,分別為55.3、54.9、54.0、52.4、50.5、48.9、47.9、47.3 ℃。

鎂離子濃度的優化:使用引物P14對8104菌株模板進行PCR擴增來優化鎂離子濃度,Mg2+濃度的優化范圍為1.6~2.5 mmol/L(即MgCl2的用量為 0.96~1.5 μL),Mg2+濃度設10個梯度,分別為1.6、1.7、1.8、1.9、2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5 mmol/L 。

3)PCR擴增及產物檢測。用優化后的反應體系(表2)和篩選出來的18個引物(表3)進行ISSR-PCR擴增。PCR 擴增后,取4 μL的PCR 擴增產物加少量6×Loading buffer,于濃度為1.0%的瓊脂糖凝膠(含0.5 μg/mL的EB)上電泳,并于BIO RAD Gel DocTM XR+凝膠成像系統成像。

1.2.3數據分析利用凝膠系統成像軟件把條帶信息轉化為0-1矩陣。即對所有引物的電泳條帶進行記錄,在相同位置出現條帶的記為1,無條帶的記為0。然后采用NTSYS軟件進行遺傳相似性聚類分析,繪制樹狀聚類圖。

2結果與分析

2.1DNA的提取

將所采41個野生香菇菌株用CTAB法進行DNA的提取,結果見圖1。如圖1所示,得到的野生香菇菌株DNA約23 130 bp,且DNA電泳條帶清晰,DNA的純度、濃度及產率都比較高,無降解,適用于ISSR分子標記分析。

2.2ISSR-PCR擴增結果

用篩選得到的18個引物對所有供試菌株進行ISSR-PCR擴增,擴增產物用1.0%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,所測結果見圖2、3。如圖2、3所示,可以看到同一引物對不同的香菇菌株擴增后所得到的DNA條帶清晰度和多態性均很高,說明所建立的ISSR-PCR反應體系適合野生香菇菌株的PCR擴增,可用于遺傳多樣性分析。經統計,18個引物對41個野生香菇菌株擴增后,共檢測到162條條帶,多態性條帶為162條,多態率為100%。

2.3聚類分析結果

根據ISSR-PCR分析結果,采用NTSYS軟件進行聚類分析,得到41個野生香菇菌株的ISSR聚類分析圖(圖4),供試的41個野生香菇菌株相似系數為0.60~0.85。其中8041和8043號野生香菇菌株的相似系數達到了0.85以上,說明它們的遺傳背景極為相似,而且兩者的采集地都來自云南省大姚縣,因此可能是相同的菌株,存在同物異名的可能性。在相似系數0.62左右,41個野生香菇菌株可以分為三大類,其中8127、8110、8135號3個野生香菇菌株聚為一類(Ⅲ),都來源于四川省木里縣,8110號野生香菇來自于木里縣列瓦鄉三村,8127和8135號野生香菇都來自木里縣集市;聚為第二類(Ⅱ)的菌株有4個:8080、8077、8139、8079號野生香菇菌株,除了8139號野生香菇來自四川省木里縣集市,其余3個均來自云南省瑞麗市;其他34個野生香菇菌株聚為第一類(Ⅰ),其中云南省的香菇有9個,四川省的香菇有25個,說明這些菌株的遺傳背景相似,親緣關系比較近。

聚類結果還表明,地理位置來源相同的野生香菇菌株分布在不同的ISSR聚類中,比如第一類中包含了來自木里縣、大姚縣和瑞麗市的菌株,反映出這3個地方的菌株不同地理群體間差異不大,而第二類中包含了瑞麗市和木里縣的菌株,和第一類情況相同,說明ISSR聚類分析與菌株的不同地理來源之間無明顯的相關性。

3討論

遺傳多樣性一般是指種內的遺傳差異水平,反映一個物種適應環境的能力以及其被改造和利用的潛力[13]。本試驗中,41個野生香菇菌株的遺傳相似系數為0.60~0.85,在不同的聚類分組中,遺傳相似系數也存在一定的差異,這些差異可能是野生香菇對環境的適應所造成的,分析表明同一地區不同的野生香菇菌株間遺傳差異很大,反映出了豐富的群體內的遺傳多樣性。這與王子迎等[14]、趙曉清等[15]的研究結論一致。

Xu等[16]的研究結果表明,作為香菇的起源地之一,我國是重要的野生香菇種質資源中心,不同區域的菌株間存在著較大的遺傳差異。本研究對四川省木里縣和云南省瑞麗市、大姚縣3個地區41個野生香菇菌株的ISSR遺傳多樣性分析表明,3個地區間野生香菇菌株存在混雜現象,不同地理位置的群體并沒有表現出地理隔離的差異。

參考文獻:

[1] 徐學鋒,林范學,程水明,等.中國香菇自然種質的rDNA遺傳多樣性分析[J]. 菌物學報,2005,24(1):29-35.

[2] 鄧旺秋,楊小兵,李泰輝,等.廣東省香菇栽培菌株RAPD多態性分析[J].食用菌學報,2004,11(1):7-11.

[3] 張樹庭,陳明杰.香菇產業的過去現在和未來[J].食用菌,2003(1):2-4.

[4] ZIETKIEWICZ E,RAFALSHI A,LABUDA D.Genome fingerprinting by simple sequence repeat(SSR) -anchored polymerase chain reaction amplification[J].Genomics,1994,20(2):176-183.

[5] TSUMURA Y,OHBA K,STRAUSS S H. Diversity and inheritance of inter-simple sequence repeat polymorphisms in Douglas-fir(Pseudotauga menziesii) and sugi (Cryptomeuia japoneca) [J].Theoretical Applied Genetics,1996,92(1):40-45.

[6] SUDUPAK M A.Inter and intra-species inter simple sequence repeat (ISSR) variations in the genus Cicer[J]. Euphytica,2004, 135(2):229-238.

[7] NAGOKA T,OGIHARA Y.Applicability of inter-simple sequence repeat markers in wheat for use as DNA markers in comparison to RFLP and RAPD markers[J].Theoretical Applied Genetics,1997,94(5):597-602.

[8] PREVOST A,WILKINSON M J.A new sysmterm of comparing PCR primers applied to ISSR fingerprinting potato cultivars [J]. Theoretical Applied Genetics,1998,98(1):107-112.

[9] SANKAR A A,MOORE G A.Evaluation of inter-simple sequence repeat analysis for mapping in Citrus and extension of the genetic linkage map[J]. Theoretical Applied Genetics,2001,102(2-3):206-214.

[10] JOSHI S P, GUPTA V S, AGGARWAL R K, et al. Genetic diversity and phylogenetic relationship as revealed by inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism in the genus Oryza[J]. Theoretical Applied Genetics,2000,100(8):1311-1320.

[11] 馬朝芝,傅廷棟,TUEVESSON S,等.用ISSR標記技術分析中國和瑞典甘藍型油菜的遺傳多樣性[J].中國農業科學,2003, 36(11):1403-1408.

[12] 王藝紅,林俊芳,張煒陽,等.食用菌DNA提取方法研究[J].食用菌,2008(3):18-20.

[13] 馬文輝,何平.RAPD標記在植物系統進化研究中的應用[J].西南師范大學學報(自然科學版),1999,24(4):482-491.

[14] 王子迎,王書通.安徽野生香菇遺傳多樣性及雜種優勢的ISSR分析[J].菌物學報,2006,25(2):211-216.

[15] 趙曉清,王波,王一,等.利用ISSR分析野生蘑菇與雙孢蘑菇的遺傳多樣性[J].四川大學學報(自然科學版),2009,46(4):1130-1134.

[16] XU X F,LIN A Z,CHEN S M,et a1. Reappraisal of phylogenetic status and genetic diversity analysis of Asian populations of Lentinula edodes[J]. Progress in Natural Science,2006,16(3):274-280.

2結果與分析

2.1DNA的提取

將所采41個野生香菇菌株用CTAB法進行DNA的提取,結果見圖1。如圖1所示,得到的野生香菇菌株DNA約23 130 bp,且DNA電泳條帶清晰,DNA的純度、濃度及產率都比較高,無降解,適用于ISSR分子標記分析。

2.2ISSR-PCR擴增結果

用篩選得到的18個引物對所有供試菌株進行ISSR-PCR擴增,擴增產物用1.0%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,所測結果見圖2、3。如圖2、3所示,可以看到同一引物對不同的香菇菌株擴增后所得到的DNA條帶清晰度和多態性均很高,說明所建立的ISSR-PCR反應體系適合野生香菇菌株的PCR擴增,可用于遺傳多樣性分析。經統計,18個引物對41個野生香菇菌株擴增后,共檢測到162條條帶,多態性條帶為162條,多態率為100%。

2.3聚類分析結果

根據ISSR-PCR分析結果,采用NTSYS軟件進行聚類分析,得到41個野生香菇菌株的ISSR聚類分析圖(圖4),供試的41個野生香菇菌株相似系數為0.60~0.85。其中8041和8043號野生香菇菌株的相似系數達到了0.85以上,說明它們的遺傳背景極為相似,而且兩者的采集地都來自云南省大姚縣,因此可能是相同的菌株,存在同物異名的可能性。在相似系數0.62左右,41個野生香菇菌株可以分為三大類,其中8127、8110、8135號3個野生香菇菌株聚為一類(Ⅲ),都來源于四川省木里縣,8110號野生香菇來自于木里縣列瓦鄉三村,8127和8135號野生香菇都來自木里縣集市;聚為第二類(Ⅱ)的菌株有4個:8080、8077、8139、8079號野生香菇菌株,除了8139號野生香菇來自四川省木里縣集市,其余3個均來自云南省瑞麗市;其他34個野生香菇菌株聚為第一類(Ⅰ),其中云南省的香菇有9個,四川省的香菇有25個,說明這些菌株的遺傳背景相似,親緣關系比較近。

聚類結果還表明,地理位置來源相同的野生香菇菌株分布在不同的ISSR聚類中,比如第一類中包含了來自木里縣、大姚縣和瑞麗市的菌株,反映出這3個地方的菌株不同地理群體間差異不大,而第二類中包含了瑞麗市和木里縣的菌株,和第一類情況相同,說明ISSR聚類分析與菌株的不同地理來源之間無明顯的相關性。

3討論

遺傳多樣性一般是指種內的遺傳差異水平,反映一個物種適應環境的能力以及其被改造和利用的潛力[13]。本試驗中,41個野生香菇菌株的遺傳相似系數為0.60~0.85,在不同的聚類分組中,遺傳相似系數也存在一定的差異,這些差異可能是野生香菇對環境的適應所造成的,分析表明同一地區不同的野生香菇菌株間遺傳差異很大,反映出了豐富的群體內的遺傳多樣性。這與王子迎等[14]、趙曉清等[15]的研究結論一致。

Xu等[16]的研究結果表明,作為香菇的起源地之一,我國是重要的野生香菇種質資源中心,不同區域的菌株間存在著較大的遺傳差異。本研究對四川省木里縣和云南省瑞麗市、大姚縣3個地區41個野生香菇菌株的ISSR遺傳多樣性分析表明,3個地區間野生香菇菌株存在混雜現象,不同地理位置的群體并沒有表現出地理隔離的差異。

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[5] TSUMURA Y,OHBA K,STRAUSS S H. Diversity and inheritance of inter-simple sequence repeat polymorphisms in Douglas-fir(Pseudotauga menziesii) and sugi (Cryptomeuia japoneca) [J].Theoretical Applied Genetics,1996,92(1):40-45.

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[11] 馬朝芝,傅廷棟,TUEVESSON S,等.用ISSR標記技術分析中國和瑞典甘藍型油菜的遺傳多樣性[J].中國農業科學,2003, 36(11):1403-1408.

[12] 王藝紅,林俊芳,張煒陽,等.食用菌DNA提取方法研究[J].食用菌,2008(3):18-20.

[13] 馬文輝,何平.RAPD標記在植物系統進化研究中的應用[J].西南師范大學學報(自然科學版),1999,24(4):482-491.

[14] 王子迎,王書通.安徽野生香菇遺傳多樣性及雜種優勢的ISSR分析[J].菌物學報,2006,25(2):211-216.

[15] 趙曉清,王波,王一,等.利用ISSR分析野生蘑菇與雙孢蘑菇的遺傳多樣性[J].四川大學學報(自然科學版),2009,46(4):1130-1134.

[16] XU X F,LIN A Z,CHEN S M,et a1. Reappraisal of phylogenetic status and genetic diversity analysis of Asian populations of Lentinula edodes[J]. Progress in Natural Science,2006,16(3):274-280.

2結果與分析

2.1DNA的提取

將所采41個野生香菇菌株用CTAB法進行DNA的提取,結果見圖1。如圖1所示,得到的野生香菇菌株DNA約23 130 bp,且DNA電泳條帶清晰,DNA的純度、濃度及產率都比較高,無降解,適用于ISSR分子標記分析。

2.2ISSR-PCR擴增結果

用篩選得到的18個引物對所有供試菌株進行ISSR-PCR擴增,擴增產物用1.0%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,所測結果見圖2、3。如圖2、3所示,可以看到同一引物對不同的香菇菌株擴增后所得到的DNA條帶清晰度和多態性均很高,說明所建立的ISSR-PCR反應體系適合野生香菇菌株的PCR擴增,可用于遺傳多樣性分析。經統計,18個引物對41個野生香菇菌株擴增后,共檢測到162條條帶,多態性條帶為162條,多態率為100%。

2.3聚類分析結果

根據ISSR-PCR分析結果,采用NTSYS軟件進行聚類分析,得到41個野生香菇菌株的ISSR聚類分析圖(圖4),供試的41個野生香菇菌株相似系數為0.60~0.85。其中8041和8043號野生香菇菌株的相似系數達到了0.85以上,說明它們的遺傳背景極為相似,而且兩者的采集地都來自云南省大姚縣,因此可能是相同的菌株,存在同物異名的可能性。在相似系數0.62左右,41個野生香菇菌株可以分為三大類,其中8127、8110、8135號3個野生香菇菌株聚為一類(Ⅲ),都來源于四川省木里縣,8110號野生香菇來自于木里縣列瓦鄉三村,8127和8135號野生香菇都來自木里縣集市;聚為第二類(Ⅱ)的菌株有4個:8080、8077、8139、8079號野生香菇菌株,除了8139號野生香菇來自四川省木里縣集市,其余3個均來自云南省瑞麗市;其他34個野生香菇菌株聚為第一類(Ⅰ),其中云南省的香菇有9個,四川省的香菇有25個,說明這些菌株的遺傳背景相似,親緣關系比較近。

聚類結果還表明,地理位置來源相同的野生香菇菌株分布在不同的ISSR聚類中,比如第一類中包含了來自木里縣、大姚縣和瑞麗市的菌株,反映出這3個地方的菌株不同地理群體間差異不大,而第二類中包含了瑞麗市和木里縣的菌株,和第一類情況相同,說明ISSR聚類分析與菌株的不同地理來源之間無明顯的相關性。

3討論

遺傳多樣性一般是指種內的遺傳差異水平,反映一個物種適應環境的能力以及其被改造和利用的潛力[13]。本試驗中,41個野生香菇菌株的遺傳相似系數為0.60~0.85,在不同的聚類分組中,遺傳相似系數也存在一定的差異,這些差異可能是野生香菇對環境的適應所造成的,分析表明同一地區不同的野生香菇菌株間遺傳差異很大,反映出了豐富的群體內的遺傳多樣性。這與王子迎等[14]、趙曉清等[15]的研究結論一致。

Xu等[16]的研究結果表明,作為香菇的起源地之一,我國是重要的野生香菇種質資源中心,不同區域的菌株間存在著較大的遺傳差異。本研究對四川省木里縣和云南省瑞麗市、大姚縣3個地區41個野生香菇菌株的ISSR遺傳多樣性分析表明,3個地區間野生香菇菌株存在混雜現象,不同地理位置的群體并沒有表現出地理隔離的差異。

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[1] 徐學鋒,林范學,程水明,等.中國香菇自然種質的rDNA遺傳多樣性分析[J]. 菌物學報,2005,24(1):29-35.

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[12] 王藝紅,林俊芳,張煒陽,等.食用菌DNA提取方法研究[J].食用菌,2008(3):18-20.

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[14] 王子迎,王書通.安徽野生香菇遺傳多樣性及雜種優勢的ISSR分析[J].菌物學報,2006,25(2):211-216.

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