1903年6月底,上海租界工部局與清政府達成交易,派人闖進蘇報館,逮捕章太炎、鄒容等人,查封《蘇報》館。當時蔡元培在青島,僥幸免遭牽連。
“蘇報案”粉碎了蔡元培對清政府的最后幻想。1903年12月,蔡元培等創辦《俄事警聞》,次年2月改為《警鐘日報》,以“抵御外侮、恢復國權”為宗旨,揭露沙俄侵華活動,抨擊清廷外交腐敗。報紙使用清朝年號,代以干支記日,附注西歷,以示對清政府蔑視。蔡元培還在報上發表小說《新年夢》,諷喻清政府是受列強使喚的“牽犬馬的繩子,宰牛羊的刀子”,號召人民起來推翻清統治。《警鐘》還大量譯述、介紹俄國虛無黨的歷史,宣傳革命者“惟以破壞為目的”,“為國人種下革命思想”。
此時,南方革命黨人謀劃武裝暴動,反清革命進入活躍期。蔡元培深受俄國虛無黨的影響,成立秘密反清組織光復會,親自參與暗殺和暴動活動。他在《我在教育界的經驗》中說:“自三十六歲以后,我已決意參加革命工作。覺得革命只有兩途:一是暴動,一是暗殺。在愛國學社中竭力助成軍事訓練,算是預備下暴動的種子;又以暗殺于女子更為相宜,于愛國女學,預備下暗殺的種子。”他參加由東京留日學生成立的暗殺團,吸收懂化學的人入團,先是配制一種液體毒藥,用貓作試驗,效果非常好。后又覺得改成固體粉末更好,于是開展這方面研究。不久,覺得還是用炸藥痛快一些,隨即帶領研制小組日夜攻關,終于自制了一種威力大、體積小的炸藥。
1904年底,蔡元培發起成立光復會,以“光復漢室,還我河山,以身許國,功成身退”為宗旨,以暗殺、暴動為革命手段。作為光復會會長,蔡元培積極促成浙東兩派革命黨首領徐錫麟、陶成章結交,加強浙江各地會黨的聯合。1905年夏,孫中山在東京成立統一的革命政黨中國同盟會。蔡元培認為“欲救亡,舍革命無他道”,但革命需要有統一的組織,否則“力不集,事不成”,加上他認同孫中山“驅除韃虜,恢復中華,創立民國,平均地權”的政治綱領,于是毅然將光復會納入同盟會領導下,擔任同盟會上海分會負責人。?笪摘自《黨史縱橫》