馬雙新,劉 寧,賈 慧,戴冬青,許苗苗,曹志艷,董金皋
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玉米大斑病菌漆酶基因結構分析及原核表達
馬雙新,劉 寧,賈 慧,戴冬青,許苗苗,曹志艷,董金皋
(河北農業大學河北省植物生理與分子病理學重點實驗室,河北保定 071001)
【目的】對玉米大斑病菌()漆酶基因進行生物信息學分析,推測其蛋白功能,探究木質素降解過程中產生的小分子物質對表達的影響,并對其進行克隆及原核表達,以便深入研究該基因在病菌生長、發育及致病過程中的作用。【方法】通過NCBI查詢獲得玉米大斑病菌EOA90070 ()基因的全序列,通過ClustalX與馬爾尼菲青霉菌()(PMAA_082060)基因、煙曲霉()(AFUA_2G17530)基因、構巢曲菌()(AN6635) 基因等漆酶家族基因進行蛋白序列比對,查看中的銅離子結合位點,利用在線軟件SOPMA和ProtParam對其二級結構及理化性質進行檢測,通過SWISS-MODEL對Stlac2蛋白質的三維結構進行預測,采用SAVES對三維結構進行評價。通過對ABTS的氧化試驗確定木質素降解過程中產生的小分子物質對玉米大斑病菌漆酶產量的影響;利用RT-qPCR方法分析小分子物質對表達規律的影響;采用原核表達系統,以pET-30a表達載體為框架,對其進行原核表達,并將表達蛋白純化,以ABTS為底物,420 nm下檢測漆酶活性。【結果】具有典型的Cu離子結合位點,與漆酶典型的Cu離子結構域相似。其蛋白二級結構中-螺旋、延伸鏈、-轉角、無規則卷曲所占比例分別為18.59%、25.63%、11.91%和43.86%,分子量為61.64 kD,等電點為5.00,平均疏水性為-0.37,表明其為親水蛋白。當在PDA中添加0.01 g·L-1香草醛、4-羥基苯甲醛、丁香醛、香草酸、4-羥基苯甲酸和香蘭素時,玉米大斑病菌胞外漆酶的產量為香草酸>香蘭素>4-羥基苯甲醛>4-羥基苯甲酸>丁香醛>對照。而在4-羥基苯甲醛和4-羥基苯甲酸存在時,玉米大斑病菌的相對表達量明顯升高,約為對照的5—8倍。利用原核表達系統,在67 kD處成功誘導表達出一條特異性蛋白條帶,大量表達純化后,漆酶活性為(40.7±0.3)U·L-1。【結論】闡明了的生物信息學特性,初步斷定其為漆酶基因;4-羥基苯甲醛和4-羥基苯甲酸可顯著提高相對表達量,表明其在木質素降解過程中起到了一定的作用;該基因所編碼的蛋白可通過pET-30a原核表達系統表達,體外漆酶活性可達(40.7±0.3)U·L-1,該研究結果為后期研究蛋白性質打下了基礎。
玉米大斑病菌;;生物信息學分析;RT-qPCR;原核表達
【研究意義】漆酶(EC1.10.3.2)是一類在催化中心含有多個銅離子的多酚氧化酶,也被稱為多銅氧化酶[1]。在真菌中,漆酶主要參與病菌與寄主間的互作。以玉米大斑病菌()漆酶基因為出發點,探索其生物學特性,可為研究其在玉米大斑病菌致病過程中的作用打下基礎,對病害防治具有重要意義。【前人研究進展】根據銅離子的配位清空和光譜特性,可將漆酶分為3種類型(類型I、類型II、類型III)[2]。漆酶的I型銅原子和氨基酸殘基結合成為單核中心,II型和III型銅原子構成3核中心,I型銅原子作為初級電子的接受者,它參與分子內的電子傳遞,把電子從底物傳遞到其他銅原子上;之后電子結合于3核位點,該位點進一步把電子傳遞給活性中心的第二底物氧分子,使之還原為水[3]。漆酶廣泛存在于高等植物和真菌中,在昆蟲[4]和細菌中也有發現[5-8]。在高等植物中,漆酶在木質素形成過程中起到了主要作用[9-13]。而在真菌研究中發現,漆酶主要參與病菌的致病性、形態建成和木質素降解等過程[14];如漆酶基因的缺失導致其毒力和致病性較野生型菌株均有所下降;同樣,中漆酶基因的缺失導致其抗逆性和致病性降低。漆酶能夠氧化酚、多酚、芳香胺和一些非酚類化合物,將底物分子上的電子轉移到氧分子上,從而使氧還原成水[15]。自然條件下伴隨著木質素的降解過程會產生一些小分子物質,例如香草醛、4-羥基苯甲醛、丁香醛、香草酸、4-羥基苯甲酸和香蘭素等[16-17],這些小分子物質嚴重影響了木質素的后續降解過程[18-19]。漆酶能夠氧化這些小分子物質,同樣在這些物質存在的條件下,也能誘導漆酶的活性及產量的增加,如香草酸可影響真菌漆酶的活性及產量[20],香蘭素和丁香酸對sp. AH28-2漆酶活性有明顯的誘導作用[21],阿魏酸和香草醛可使漆酶產量提高10倍[22],4-羥基苯甲酸對漆酶基因有顯著的誘導作用[23],香草酸和壬基酚對漆酶基因有顯著誘導作用,添加1 mmol·L-1香草酸的樣品在第10天時漆酶基因的表達量是對照的7倍左右[24]。玉米大斑病是由玉米大斑病菌引起的一種真菌病害,在世界各個玉米產區危害嚴重[25-26]。曹志艷[27]通過RACE技術從玉米大斑病菌基因組中克隆到,曹可可[28]通過多銅氧化酶結合銅離子的保守結構域比對玉米大斑病菌基因組,預測到了9個具有典型銅離子結合結構域的類漆酶基因,其中EOA90070與曹志艷克隆到的基因序列一致,并將其命名為,根據表達的蛋白質序列與已報道的多個真菌漆酶進行比對分析,發現 EOA90070()與小麥黃斑病菌()等致病漆酶同源性較高,屬于狹義的子囊菌漆酶,推測該基因在玉米大斑病菌侵染寄主過程中起重要作用。詹旭等[29]研究發現,玉米大斑病菌、玉米小斑病菌()、玉米彎孢葉斑病菌()等10個產漆酶的植物病原真菌均具有降解木質素的能力,其中玉米大斑病菌產漆酶活性最高,為18.984 U·mL-1。曹可可等[30]建立了以漆酶活性為響應值的多元二次回歸模型,對玉米大斑病菌發酵條件進行優化,最佳條件下漆酶活性最高達(40.00±1.20)U·mL-1。【本研究切入點】在筆者實驗室前人研究的基礎上,進一步探究玉米大斑病菌漆酶基因的結構及其蛋白活性,篩選確定影響該基因表達的底物分子。【擬解決的關鍵問題】通過對進行生物信息學分析,檢驗基因所屬類別,通過分析其在不同小分子物質存在條件下的表達情況,研究在降解木質素過程中起到的作用,并通過原核表達來探究其催化條件,為進一步研究基因及蛋白功能打下基礎。
試驗于2015年10月至2016年8月在河北農業大學真菌毒素與植物分子病理學實驗室完成。
1.1 試驗材料
玉米大斑病菌01-23由河北農業大學真菌毒素與植物分子病理學實驗室保存。RNA提取試劑盒,TransStart Top Green qPCR SuperMix,BL21(DE3)購于北京全式金生物技術有限公司;限制性內切酶H I、d III、 LA Taq DNA酶、T4 Ligase、PrimeScriptTMRT Reagent Kit with gDNA Eraser(Perfect Real Time)反轉錄試劑盒等購于TaKaRa公司。
1.2 供試培養基及試劑
PDA培養基(g·L-1):馬鈴薯200,葡萄糖20,瓊脂粉13,自然pH;PD培養基(g·L-1):馬鈴薯200,葡萄糖20。以上培養基均需經過1×105Pa,121℃滅菌20 min后使用。ABTS購于生工生物工程(上海)股份有限公司。檸檬酸緩沖液(pH 3.0):0.1 mol·L-1檸檬酸18.6 mL,0.1 mol·L-1檸檬酸三鈉1.4 mL。
1.3 方法
1.3.1 Stlac2生物信息學分析 通過NCBI查找玉米大斑病菌Stlac2(EOA90070)與已知漆酶基因,如馬爾尼菲青霉菌(Penicillium marneffei)PbrB(PMAA_082060)、煙曲霉(Aspergillus fumigatus)Abr2 (AFUA_2G17530)、構巢曲菌(Aspergillus nidulans)YA(AN6635)用ClustalX進行蛋白序列比對,查看Stlac2中的銅離子結合位點;利用在線軟件SOPMA(http://nhjy.hzau.edu.cn/kech/swxxx/jakj/dianzi/ Bioinf7/Expasy/Expasy8.htm)和ProtParam(http://web. expasy.org/protparam/)對其二級結構及理化性質進行檢測,最后用SWISS-MODEL(http://swissmodel. expasy.org/)對Stlac2蛋白的三維結構進行預測,并用SAVES(http://services.mbi.ucla.edu/SAVES/)對三維結構進行評價。
1.3.2 玉米大斑病菌總RNA的提取 將生長在PDA培養基上4 d的玉米大斑病菌分別接種至含有0.01 g·L-1的香草醛、4-羥基苯甲醛、紫丁香醛、香草酸、4-羥基苯甲酸和丁香酸的PD培養基中,于25℃,黑暗靜置培養7 d后,搜集菌絲,用Up試劑盒提取總RNA用于的表達分析及cDNA克隆。
1.3.3在不同木質素降解產物中的表達分析 將1.3.2中提取的玉米大斑病菌總RNA根據PrimeScriptTMRT Reagent Kit with gDNA Eraser(Perfect Real Time)反轉錄試劑盒操作說明,將RNA反轉錄成cDNA。置于-80℃保存。根據基因序列設計RT-qPCR引物,并以作為內參。用Eppendorf Mastercyclyer ep實時熒光定量PCR儀,對在不同小分子物質存在下的表達情況進行檢測,每組試驗重復3次。引物序列見表1。

表1 玉米大斑病菌漆酶表達分析引物
1.3.4的原核表達及活性檢測 以pET-30a為框架,用-F:5′-ATGTCTT ACAATG -3′,-R:5′-CAGGC CCGAGTCG -3′(下劃線為加入酶切位點H I和d III)擴增cDNA全序列,構建原核表達載體pET-,之后將表達載體轉入BL21(DE3)感受態細胞中,挑取陽性克隆接種至含有50 μg·mL-1卡那霉素的LB培養基中,于37℃,220 r/min條件下培養,待其OD600達0.7—0.8,用1 mmol·L-1的IPTG誘導,2、4 h后分別取樣1.5 mL,6 000 r/min室溫離心2 min。用30 μL 5×SDS上樣緩沖液重懸沉淀,沸水浴15 min,5 000 r/min室溫離心1 min,取10 μL上清液進行聚丙烯酰胺凝膠電泳(12%分離膠,5%濃縮膠),檢測蛋白表達情況。Stlac2蛋白的純化步驟如下:(1)15℃誘導 12 h,收集細胞,并用140 ml冰浴的Buffer A(20 mmol·L-1Tris-HCl,300 mmol·L-1NaCl,1% Triton-100,pH 8.0)重懸,超聲裂解細胞,離心后上清過Ni-IDA柱;(2)200 ml Buffer E(20 mmol·L-1Tris-HCl pH 8.0,2 mol·L-1NaCl,0.1% TritonX-100)洗滌 Ni-IDA 柱;(3)50 ml Buffer F(20 mmol·L-1Tris-HCl pH 8.0,50 mmol·L-1NaCl,0.1% TritonX-100,20 mmol·L-1咪唑)洗滌Ni-IDA柱;(4)用Buffer G(20 mmol·L-1Tris-HCl pH 8.0,50 mmol·L-1NaCl,0.1% TritonX-100,250 mmol·L-1咪唑)洗脫 Ni-IDA柱。
Stlac2蛋白的活性檢測:漆酶活性的檢測采用ABTS法。5 mL反應體系中含有100 mmol·L-1的檸檬酸緩沖液(pH 3.0),2 mmol·L-1的ABTS,50 μL的Stlac2純化蛋白,于30℃反應5 min,測定420 nm下吸光度的變化值。每分鐘使1 μmol ABTS 氧化所需要的酶量定義為一個酶活力單位。公式如下:
U·L-1=n×△A×106/36 000/5
其中,n為稀釋倍數,△A為反應液5 min中內在420 nm處吸光度變化值,消光系數ξ為36 000 mol·L-1·cm-1。
2.1生物信息
通過ClustalX軟件對玉米大斑病菌漆酶基因與已知漆酶基因進行序列比對,并對其不同類型的Cu離子結合位點進行分析(圖1)。發現在中的所有銅離子結合位點均與已知漆酶一致,說明為典型的漆酶基因。
通過SOPMA在線軟件對蛋白的二級結構進行預測分析(圖2),得出-螺旋、延伸鏈、-轉角和無規則卷曲在554個氨基酸中所占的比例分別為18.59%、25.63%、11.91%和43.86%(表2)。
通過在線軟件ProtParam對其理化性質進行推測,發現分子量為61.64 kD,等電點為5.00,不穩定系數為30.23,280 nm處吸光值介于1.627—1.635,總體疏水性(GRAVY)為-0.37,表明其為親水蛋白(表3)。
利用SWISS-MODEL對Stlac2蛋白質的三維結構進行預測(圖3-A),并用SAVES在線軟件對三維結構進行質量評估(圖3-B)。核心區域的殘基位點占83.2%,其他允許區域殘基位點占16.1%,不合理殘基位點占0.7%。3D-1D score≥0.2的殘基位點占83.24%。表明Stlac2的三維構象比較合理。

表2 漆酶基因二級結構組成分析

表3 漆酶基因理化性質分析
2.2 木質素降解產物存在下玉米大斑病菌胞外漆酶的產生情況將玉米大斑病菌培養在含有0.01 g·L-1的木質素降解產物(丁香醛、4-羥基苯甲醛、香草酸、香蘭素、4-羥基苯甲酸)的PDA中,并添加終濃度為0.3 mmol·L-1的ABTS和終濃度為30 mmol·L-1的KNO3,培養5 d后發現,與CK對比,菌落周圍的紫色深淺依次為香草酸>香蘭素>4-羥基苯甲醛>4-羥基苯甲酸>丁香醛>CK,表明在這些小分子有機物存在的條件下,玉米大斑病菌漆酶基因的表達量有所增加,其中在添加香草酸、香蘭素、4-羥基苯甲醛時,表現尤其明顯(圖4)。

1:CK;2:丁香醛Syringaldehyde;3:香草酸Vanillic acid;4:香蘭素 Vanillin;5:4-羥基苯甲酸 4-Hydroxybenzoic acid;6:4-羥基苯甲醛 4-Hydroxybenzaidehyde
2.3 木質素降解產物存在下的相對表達分析
用Up提取試劑盒提取PD中培養7 d的玉米大斑病菌的總RNA,進行RT-qPCR試驗,結果顯示,在加入4-羥基苯甲酸和4-羥基苯甲醛后的表達量顯著升高,約為CK的5—8倍,而在加入香蘭素時,的相對表達量有所下降,在加入其他物質時表達量變化不顯著(圖5)。說明4-羥基苯甲酸和4-羥基苯甲醛能夠誘導的表達,在木質素降解過程中,發揮了一定的作用。
2.4 Stlac2的原核表達及活性測定
以pET-30a載體為框架,用d III和H I雙酶切片段連接到載體上,構建pET-Stlac2表達質粒(圖6)。將成功構建的表達質粒轉入大腸桿菌感受態細胞中,挑取陽性單克隆,然后提取質粒進行雙酶切驗證(圖7)。
將雙酶切驗證正確的表達質粒轉入BL21(DE3)感受態細胞中,加入終濃度為1 mmol·L-1的IPTG進行誘導表達,經SDS-PAGE檢測后,結果顯示,在未經IPTG誘導的菌液中,培養2 h和4 h后,重組質粒在67 kD(61.64 kD+ 5.6 kD空載)左右未產生的明顯的蛋白條帶,而經IPTG誘導的菌液中,在67 kD左右有清晰的蛋白條帶,證明Stlac2被成功表達(圖8)。純化后檢測漆酶活性為(40.7± 0.3)U·L-1。

1:CK;2:丁香醛Syringaldehyde;3:香草酸Vanillic acid;4:香蘭素 Vanillin;5:4-羥基苯甲酸 4-Hydroxybenzoic acid;6:4-羥基苯甲醛 4-Hydroxybenzaidehyde。圖中數值為平均值±標準誤,柱狀圖上不同的字母代表基因相對表達差異顯著(p<0.05)The values were mean±standard error, the different letters above the bar represented the significant differences (p<0.05)

圖6 pET-Stlac2 重組質粒圖譜
自1883年首次從漆樹中發現漆酶以來,漆酶一直是從事化學和生物學等領域學者所關注的熱點話題。第一個被擴增出來的真菌漆酶為粗糙脈孢菌()漆酶基因[31],之后更多的真菌漆酶被發現,特別是在以擔子菌為主的白腐真菌中[32],隨著研究深入及科學技術的發展,漆酶在真菌中的功能和作用越來越清楚,在病原性真菌中,漆酶在色素產生、子實體形成、菌體形態建成、病原菌致病性、植物與病原菌互作、脫毒和應激反應等方面具有重要作用[33-35]。

M:DL5000 DNA Maker;1—4:pET-Stlac2質粒 pET-Stlac2 plasmid

M:標準蛋白Marker Protein molecular weight marker;1:未誘導2 h Without IPTG induction for 2 h;2:未誘導4 h Without IPTG induction for 4 h;3:誘導2 h Cultivation with IPTG induction for 2 h;4:誘導4 h Cultivation with IPTG induction for 4 h。黑色箭頭所指為目的條帶 The black arrow indicated the obtained protein
在木質素降解過程中,漆酶是發現最早的能夠降解木質素的酶類,而且不同于LiP(lignin peroxidase)、MnP(mangnase peroxidase),漆酶在氧化降解木質素的過程中不需要過氧化氫的參與[36-38]。在木質素的發酵降解過程中,會產生一類含量遠低于碳水化合物,但卻嚴重影響后續發酵的小分子芳香族化合物,例如香草醛、4-羥基苯甲醛、紫丁香醛、香草酸、4-羥基苯甲酸和紫丁香酸等[16-17]。由于漆酶氧化底物的廣譜特性,使其在木質素降解過程中顯得尤為重要。
研究表明,與木質素結構單元相似的芳香族小分子化合物或木質素降解過程中的中間產物,如香草酸等對真菌漆酶的活性及產量均有一定的影響。香蘭素和丁香酸對spAH28-2漆酶的活性有明顯的誘導作用[21],香草醛可使漆酶產量提高10倍[22]。
近些年來,對病原性真菌漆酶在木質素降解中的作用研究的比較少,主要原因是在病原性真菌中,漆酶的產量及活性低于白腐真菌。本試驗基于前人研究結果,在保證高產漆酶的條件下,在玉米大斑病菌中,根據與已知漆酶保守結構進行ClustalX蛋白序列比對,并利用Neighbour joining方法聚類發現EOA90070()與小麥黃斑病菌等致病漆酶同源性較高,屬于典型的子囊菌漆酶。再通過生物信息學對的生物學特性進行了預測與比對,判斷其為漆酶基因。為研究其在木質素降解過程中是否起到了一定的作用,對其在小分子物質存在條件下的相對表達量進行了分析,發現其在4-羥基苯甲酸和4-羥基苯甲醛存在時表達量上升了5—8倍。已有研究表明,小分子物質誘導漆酶基因轉錄的機制可能與漆酶基因啟動子上游的異生物質響應元件(xenobiotic response element,XRE)相關。XRE是真核生物中參與芳香族化合物激活某些特定基因轉錄的重要順式作用元件[39-41],而在Stlac2中是否有此響應元件還有待研究。為了更深一步研究的功能,本研究對該基因進行了克隆及原核表達,并成功表達出了相應大小的蛋白條帶。表達出的目的蛋白在體外成功地檢測出漆酶活性,這種真核漆酶基因原核表達的方式報道的很少,為后期研究在真菌中的作用和功能打下了基礎。
生物信息學分析表明具有漆酶基因的典型結構,為玉米大斑病菌漆酶基因;該基因在4-羥基苯甲醛和4-羥基苯甲酸存在下表達量顯著提高,表明在木質素降解過程中起到了一定作用;以pET-30a為表達載體框架,實現了玉米大斑病菌漆酶異源表達,胞外漆酶活性可達(40.7±0.3)U·L-1,該研究結果為后期研究蛋白性質打下了基礎。
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(責任編輯 岳梅)
Analysis and expression of laccase gene
MA Shuang-xin, LIU Ning, Jia Hui, DAI Dong-qing, XU Miao-miao, CAO Zhi-yan, DONG Jin-gao
(The Key Laboratory of Hebei Province for Molecular Plant-Microbe Interaction, Agricultural University of Hebei, Baoding 071001, Hebei)
【Objective】The objective of this study is to analyze the bioinformatics and infer the functions of, research on the effects of substrates generated in the process of lignin degradation on the relative expression ofFor further study on the function ofin the growth, development, and pathogenicity, thewas successfully expressed by prokaryotic expression system. 【Method】The protein sequences ofwere obtained through NCBI and aligned with the known laccases such as(PMAA_082060),(AFUA_2G17530),and(AN6635) by ClustalX for the Cu ion binding sites. The secondary structure and biochemicalproperties were predicted online by online softwares SOPMA and ProtParam, and the three-dimensional structure was modelled by SWISS-MODEL, and analyzed by SAVES. The effects of lignin degradation substrates on the expression of extracellular laccase were measured by oxidazing ABTS and the effect on the relative expression of specific genewas analyzed by using RT-qPCR.was fused into the pET-30a plasmid and expressed by prokaryotic expression system. The protein Stlac2 expressed by prokaryotic cell was extracted and the laccase activity was detected using ABTS as substrate at 420 nm.【Result】had typical sites bonding with Cu ion. The proportion of-helix, extended strand,-turn and random coil were 18.59%, 25.63%, 11.91% and 43.86%, respectively. The protein molecular weight is 61.64 kD, pI is 5.00, grand average of hydropathicity is -0.37, indicating Stlac2 is a hydrophilic protein. The effect of lignin degradation substrates on the production of extracellular laccase was vanillic acid>vanillin>4-hydroxybenzaidehyde>4-hydroxybenzoic acid>syringaldehyde>CK. The relative expression ofwas increased about 5-8 folds compared with CK under the substrates 4-hydroxybenzoic acid and 4-hydroxybenzaidehyde conditions. Stlac2 protein was successfully expressed by prokaryotic expression system and a specific protein band of 67 kD was induced. The laccase activity of this specific protein is (40.7±0.3) U·L-1.【Conclusion】The biochemical properties ofwere analyzed systematically and predicted thatis a laccase gene. 4-Hydroxybenzoic acid and 4-hydroxybenzaidehyde could increase the relative expression ofsignificantly, indicating it plays a role in the process of lignin degradation. Stlac2 protein can be expressed by the prokaryotic expression systems of pET-30a and the laccase activity is (40.7±0.3) U·L-1, thus laid a foundation for further study.
;; bioformatic analysis; RT-qPCR; prokaryotic expression
2016-07-11;接受日期:2016-08-30
國家自然科學基金(31101402)、國家玉米產業技術體系(CARS-02-12)、河北省高等學校科學技術研究項目(ZD2014053,QN2014091)
聯系方式:馬雙新,E-mail:msx0214@126.com。劉寧,E-mail:lning121@126.com。馬雙新和劉寧為同等貢獻作者。通信作者曹志艷,E-mail: caoyan208@126.com。通信作者董金皋,E-mail:dongjingao@126.com