基于轉(zhuǎn)錄組的沙棘木蠹蛾簡(jiǎn)單重復(fù)序列特征分析

崔明明，陶 靜，宗世祥

基于轉(zhuǎn)錄組的沙棘木蠹蛾簡(jiǎn)單重復(fù)序列特征分析

崔明明，陶 靜，宗世祥*

(北京林業(yè)大學(xué)林木有害生物防治北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京 100083)

為開(kāi)發(fā)沙棘木蠹蛾微衛(wèi)星信息，利用已獲得的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，對(duì)其EST-SSR位點(diǎn)進(jìn)行發(fā)掘，進(jìn)而分析其特征。結(jié)果發(fā)現(xiàn)含SSR的序列5126條，識(shí)別的SSR總數(shù)為7499個(gè)，SSR出現(xiàn)頻率為51.41%。微衛(wèi)星序列主要以單堿基重復(fù)為主，發(fā)生頻率為39.52%。研究共發(fā)現(xiàn)77種堿基重復(fù)基元，所占比例最高的為(A/T)n(73.74%)，其次是(AT/AT)n(3.37%)。微衛(wèi)星多為重復(fù)次數(shù)為10且長(zhǎng)度為10 bp的短序列。研究結(jié)果為沙棘木蠹蛾的SSR分子標(biāo)記研究，遺傳多樣性分析，種群遺傳結(jié)構(gòu)以及關(guān)鍵性狀基因的發(fā)掘等研究奠定基礎(chǔ)。

沙棘木蠹蛾；轉(zhuǎn)錄組；微衛(wèi)星

簡(jiǎn)單重復(fù)序列(simple sequence repeat，SSR)又稱(chēng)作微衛(wèi)星(microsatellites)，普遍存在于真核生物基因組，是由若干個(gè)堿基組成的簡(jiǎn)單串聯(lián)重復(fù)序列。SSR標(biāo)記是分子標(biāo)記手段的一種。現(xiàn)有常用的分子標(biāo)記手段，包括RFLP，RAPD，ISSR，AFLP，SSR，SNPs等，都各有其優(yōu)缺點(diǎn)(閆華超等，2006)，相比之下，SSR標(biāo)記具有數(shù)量豐富、分布廣泛、共顯性遺傳、多態(tài)性豐富等特點(diǎn)，且試驗(yàn)成本低，結(jié)果相對(duì)穩(wěn)定，操作簡(jiǎn)單，是遺傳學(xué)背景研究非常有效的工具，被公認(rèn)為是遺傳學(xué)研究中最理想的分子標(biāo)記手段之一(Liuetal., 2013)，已被廣泛應(yīng)用于種群遺傳多樣性分析、動(dòng)植物分類(lèi)和進(jìn)化、遺傳圖譜的構(gòu)建、基因定位和克隆、分子標(biāo)記輔助育種、品種鑒定等領(lǐng)域(Lietal., 2002；Varshneyetal., 2005)。

SSR按來(lái)源分，有基因組SSR(g-SSR)和轉(zhuǎn)錄組來(lái)源的SSR(EST-SSR)(王東等，2014)。與g-SSR相比，EST-SSR標(biāo)記無(wú)需構(gòu)建基因組文庫(kù)、雜交、測(cè)序，避免了大量人力、物力和時(shí)間的投入，同時(shí)EST反映了基因組的編碼區(qū)域，直接獲得生物個(gè)體基因表達(dá)信息，因此EST-SSR多態(tài)性可能與基因功能直接相關(guān)(Eujayletal., 2002)。……