科學家破譯軟籽石榴“突尼斯”全基因組密碼

近日，Plant Biotechnology Journal在線發表了中國農業科學院鄭州果樹研究所曹尚銀課題組完成的軟籽石榴“突尼斯”的高質量基因組圖譜。

該研究基于二代和三代測序獲得了軟籽石榴“突尼斯”高質量基因組序列，基因組大小為320.31 Mb，Contig N50為4.49 Mb，注釋了33594個基因。采用Hi-C光學技術結合遺傳圖譜將97.76%的序列組裝到了8對染色體上。與現有的“泰山紅”石榴基因組相比，“突尼斯”多組裝出了46.01Mb序列，Contig N50的平均長度提升了46倍，在組裝完整度及精確度上都得到了極大的提升。

比較基因組學研究表明，軟籽“突尼斯”基因組和硬籽“泰山紅”“大笨籽”基因組間存在著大量的SNP和InDel變異。對26個石榴品種進行群體遺傳學分析表明，軟籽石榴群體和硬籽石榴群體間存在著大量的受選擇位點。尤其是Chr1上，存在著高達26.2Mb的受選擇區段?；蜃⑨屝畔⒈砻鳎c基因組變異及選擇信號相關的基因潛在地影響著石榴硬籽和軟籽特性分化。