基于高通量GBS-SNP標記的栽培燕麥六倍體起源研究

周萍萍 顏紅海,3,* 彭遠英

基于高通量GBS-SNP標記的栽培燕麥六倍體起源研究

周萍萍1,2顏紅海1,2,3,*彭遠英2,*

1西華師范大學生命科學學院, 四川南充 637009;2四川農業大學小麥研究所, 四川成都 611130;3西華師范大學組織修復材料工程技術中心, 四川南充 637009

栽培六倍體燕麥是世界重要糧食作物, 理清其起源對燕麥種質資源的高效利用和保護具有重要意義。本研究利用GBS (genotyping by sequencing)對27份來自中國的大粒裸燕麥材料測序, 結合先前發表的包括6個六倍體燕麥種在內的66份燕麥材料的GBS數據進行SNP挖掘。UNEAK管道挖掘共計得到MAF大于0.5, call rate大于0.95的SNP標記8902個。進一步剔除缺失值大于0.15的4個燕麥材料后, 對其余89份材料進行PCA分析、STRUCTURE分析以及UPGMA聚類分析。結果表明, 在野生種中, 除外, 大多數來自同一物種的材料聚為一類, 不同物種間能夠較好地分開, 表明這些物種之間存在較強的遺傳分化。聚類分析將供試材料分為分別代表野生種和栽培種的2支, 表明野生種和栽培種之間存在明顯的遺傳差異; 在栽培種中,與具有較高的遺傳多樣性, 分散在不同的類群中, 二者未出現明顯的遺傳分化, 具有較高的遺傳同質性,ssp. nuda與親緣關系較近, 但存在一定的遺傳分化, 因此形成獨立的類群。值得注意的是, 來自野生種的材料被分在2個類群中, 其中來自西南亞地區(伊朗-伊拉克-土耳其地區)的居群與和聚在一起, 揭示此地區的居群可能是和的祖先種。野生種顯示出與較高的遺傳同質性, 因此將其作為的亞種較為合理。……