新冠病毒發(fā)生變異！需要擔心傳染性和毒性改變嗎

孫滔

新冠病毒的單倍型網(wǎng)絡。藍色代表 L 亞型，紅色代表 S 亞型。橙色箭頭表示 L 亞型是從 S 亞型演變而來的

《國家科學評論》（NSR）發(fā)表題為《關(guān)于 SARS-CoV-2 的起源和持續(xù)進化》研究稱，新冠病毒已經(jīng)演化出 L 和 S 兩個亞型，并且這兩種亞型的傳播能力、致病嚴重程度或許存在明顯區(qū)別。

研究發(fā)布后，媒體紛紛以 “新冠病毒已突變?yōu)?2 個亞型” 等字眼報道，似乎新冠病毒已經(jīng)突變產(chǎn)生了新的威脅。事實上，病毒突變符合正常流行病學規(guī)律，目前研究也沒有發(fā)現(xiàn)病毒產(chǎn)生重組，那么就不應該引起人們無端恐慌。《國家科學評論》發(fā)表的這項研究是一個針對基因分型的研究，并沒有確證新冠病毒產(chǎn)生了功能的分型，對其傳染力和毒性的比較也只是猜測。

經(jīng)多方了解發(fā)現(xiàn)，對于一個 3 萬堿基對大小的 RNA 病毒來說，數(shù)月來的大規(guī)模傳播過程中累積產(chǎn)生 149 個突變并非意外。相反，業(yè)內(nèi)認為新冠病毒還是比較穩(wěn)定的。

新冠病毒并沒有質(zhì)的突變

突變對于病毒來說是“家常便飯”，尤其是對于新冠病毒這類 RNA 病毒更是如此。新冠病毒在宿主中快速復制、傳播過程中，隨機突變（即拷貝 RNA 時的錯誤）會在基因組中累積。這種隨機突變可以幫助追蹤病原體的傳播，并了解其傳播途徑和動態(tài)。

《國家科學評論》論文的通訊作者系北京大學生命科學學院生物信息中心陸劍研究員與中國科學院上海巴斯德研究所崔杰研究員。他們分析了公共數(shù)據(jù)庫里的 103 個新冠病毒基因組數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)這些病毒株一共存在 149 個突變位點，且多數(shù)突變在近期發(fā)生。

研究人員依據(jù)病毒 RNA 基因組的第 28144 位點將這些基因組數(shù)據(jù)分為 2 個組，L 亞型是 T 堿基（對應亮氨酸，Leu），S 亞型是 C 堿基（對應絲氨酸，Ser）。并得出 S 亞型新冠病毒與蝙蝠來源的冠狀病毒在進化樹上更接近，即 S 亞型相對更古老的結(jié)論。

作者表示，相對于 S 亞型，L 亞型更具毒性，傳染力更強。論文稱，這個推斷將有助于新冠肺炎的差異化的治療和防控。復旦大學生命科學學院姜寧博士表示，這個研究只是針對基因組上的突變分型，要說 2 個亞型在功能上有區(qū)別的話，至少現(xiàn)在是證據(jù)不足的，還需要進一步的功能驗證。因為這種區(qū)別是很多原因造成的，單純從目前的證據(jù)得不出 2 個亞型傳染力強弱區(qū)分的結(jié)論。

對于新冠病毒這類 RNA 病毒來說，最需要關(guān)注的特性就是傳染力和毒性，目前還沒有看到兩者發(fā)生了質(zhì)的突變。姜寧表示，2 個亞型的比較只是一個猜測，需要實驗來驗證，要知道生物信息學的分析都需要實驗來驗證。但是這個推測是有意義的，應該引起注意或者引起重視。

中國科學院西雙版納熱帶植物園郁文彬等人的論文將 93 份樣本基因組數(shù)據(jù)分為 ABCDE 等 5 個組。其中 A、B 組對應《國家科學評論》論文中的 S 亞型，C、D、E 對應《國家科學評論》論文中的 L 亞型

論文顯示，從武漢分離出的 27 種病毒中，有 26 種（96.3%）為 L 亞型，只有 1 種（3.7%）為 S 亞型。但是，在武漢以外地區(qū)分離出的其他 73 種病毒中，L 亞型為 45 種（61.6%），S 亞型為 28 種（38.4%）。 L 亞型在武漢暴發(fā)的早期階段更為普遍，作為祖先型的 S 亞型幾乎完全被 L 亞型取代，而 L 亞型的發(fā)生頻率在 2020 年 1 月初后有所下降，隨著時間推移，S 亞型又逐漸上升。

作者認為，人為干預可能對 L 亞型施加了更大的選擇性壓力，使其傳染能力更強，復制速度更快。另一方面，隨著醫(yī)療和隔離措施的加強，L 亞型的負選擇壓力變大，S 亞型選擇壓力變?nèi)酰?S 亞型頻率逐漸上升。對于病毒不同亞型與其致病性的關(guān)系，作者表示本可通過把基因組數(shù)據(jù)和病例結(jié)合起來分析，從而加強證據(jù)等級。但由于無法得到患者資料，也就無法得到更多基因組數(shù)據(jù)。

與西雙版納植物園研究異曲同工

據(jù)了解，中國科學院西雙版納熱帶植物園郁文彬等人的論文（下稱 ChinaXiv 論文）正在同行評議中。ChinaXiv 論文和《國家科學評論》論文有相似之處。其一，都是依據(jù)目前公開的新冠病毒基因組數(shù)據(jù)庫。只是前者用了 93 份樣本，后者用了 103 份樣本。其二，都對基因組樣本進行了基因分型。前者關(guān)注的是新冠病毒的傳播特性，分為 ABCDE 等 5 個組;后者依據(jù)突變位點將樣本分為 2 個組。

有學者指出，兩個研究在確定古老基因型的方法和數(shù)據(jù)上差別不大，差異在于研究的目標。ChinaXiv 論文的硬傷在于將新冠病毒溯源作為目標之一，而目前武漢新冠病毒樣本的缺陷很容易導致結(jié)論偏倚。因為最大疫情暴發(fā)地的武漢病毒樣本數(shù)據(jù)太少，而確診病例少得多的其他國家和省份卻數(shù)據(jù)更多。而《國家科學評論》論文并沒有將新冠病毒溯源作為研究目標，這就讓它避免了有關(guān)樣本缺陷導致的批評。

在《國家科學評論》論文中提到，2020 年 1 月 7 日之前分離出的 26 個樣本全部來自武漢，而 2020 年 1 月 7 日以來收集的 74 個樣本中，只有一個來自武漢，33 個來自中國其他地方，40 個來自中國以外的患者。值得注意的是，這里的樣本只有100個，是因為有2個樣本不符合兩個亞型分類而未計入，另有一個患者的樣本同時具備L和S兩個亞型。這與 ChinaXiv 論文的樣本分析接近。《國家科學評論》論文作者也表示，103 個病毒株基因組數(shù)據(jù)量較少，后續(xù)工作需要擴大樣本量，以驗證這些結(jié)論或推測。

有學者指出，ChinaXiv 論文和《國家科學評論》論文用的分析方法是傳統(tǒng)的植物系統(tǒng)進化和分類研究方法，或者是基因組比較大的樣本研究，而這些研究的基因組大小和新冠病毒不是一個等級的。這樣的話，“這個進化分析結(jié)果的穩(wěn)健性是值得進一步分析確認的”。（摘自美《深科技》）（編輯/小文）