基于DISCERN算法篩選影響肉雞脂肪沉積的關(guān)鍵基因

翟祥云，陳耀峰，李 輝，杜志強(qiáng)*

(1.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院，黑龍江 哈爾濱 150030;2.農(nóng)業(yè)部雞遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,黑龍江 哈爾濱 150030;3.黑龍江省教育廳動(dòng)物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，黑龍江 哈爾濱 150030)

目前,肉雞育種的目標(biāo)不僅要提高肉雞的生長速度，同時(shí)要降低肉雞腹部脂肪以提高雞肉品質(zhì)，以滿足人們不斷提高的物質(zhì)生活水平。基因的作用不是孤立的，而是作為復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的一部分來執(zhí)行各種細(xì)胞過程。包括脂肪沉積在內(nèi)的許多脂肪相關(guān)問題都是由基因失調(diào)引起的，導(dǎo)致網(wǎng)絡(luò)的攝動(dòng)(拓?fù)渥兓?[1-3]。雞腹部(內(nèi)臟)脂肪的動(dòng)態(tài)消化代謝、內(nèi)分泌協(xié)調(diào)和脂肪細(xì)胞生成等是受多轉(zhuǎn)錄基因調(diào)節(jié)的一個(gè)復(fù)雜過程，構(gòu)建目標(biāo)性狀驅(qū)動(dòng)的相關(guān)基因網(wǎng)絡(luò)是功能基因組學(xué)相關(guān)研究的主要問題[4-5]。對(duì)基于同一組織里的所有基因存在同一個(gè)復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行分析研究，本試驗(yàn)擬采用differential sparsE regulatory network(DISCERN)算法對(duì)高低脂2組7周齡肉雞腹部脂肪的RNA測序轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中的17 934個(gè)基因進(jìn)行一一打分，根據(jù)得分高低及相關(guān)文獻(xiàn)搜索推斷其與脂肪沉積性狀相關(guān)的重要程度，并篩選出影響肉雞腹部脂肪沉積的關(guān)鍵基因。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)及來源數(shù)據(jù)來源于NCBI GEO Series Accession #GSE42980。文獻(xiàn)資料顯示，該肉雞來自法國努齊立國立農(nóng)學(xué)研究所家禽研究所(本文簡稱法國肉雞)，根據(jù)腹脂量進(jìn)行雙向選擇而得，根據(jù)基因型該肉雞分為高脂雞(fat line，F(xiàn)L)和低脂雞(lean line，LL)。隨機(jī)選取7周齡的FL和LL各4只，剝離腹部脂肪組織提取RNA，通過Illumina HiSeq 2000平臺(tái)進(jìn)行測序分析。……