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茶谷蛾成蟲觸角轉錄組及嗅覺相關基因分析

2021-08-12 12:31:00龍亞芹羅梓文王雪松龍麗雪玉香甩李金龍曲浩汪云剛陳林波
茶葉科學 2021年4期
關鍵詞:數據庫

龍亞芹,羅梓文,王雪松,龍麗雪,玉香甩,李金龍,曲浩,汪云剛,陳林波

茶谷蛾成蟲觸角轉錄組及嗅覺相關基因分析

龍亞芹,羅梓文,王雪松,龍麗雪,玉香甩,李金龍,曲浩,汪云剛,陳林波*

云南省農業科學院茶葉研究所/云南省茶樹種質資源創新與配套栽培技術工程研究中心/云南省茶學重點實驗室,云南 勐海 666201

為篩選茶谷蛾嗅覺相關基因,采用IlluminaHiSeq 4000高通量測序平臺分別對茶谷蛾雌雄成蟲觸角進行轉錄組測序及生物信息學分析,共獲得茶谷蛾觸角轉錄組37?708條unigenes。通過同源性比對,在NR數據庫成功注釋16?027條unigenes;有11?701條unigenes得到GO注釋,根據其功能可分為細胞組分、分子功能和生物過程三大類40亞類;有6?047個unigenes得到KOG注釋,按照功能分為25類;根據KEGG數據庫,有12?009條unigenes注釋到283個通路。根據注釋信息,挖掘到238個候選嗅覺相關基因,包括108個氣味結合蛋白基因,55個氣味/嗅覺受體基因,26個味覺受體基因、25個離子型受體基因、11個化學感受蛋白基因、4個感覺神經元膜蛋白基因、4個感官知覺基因、4個化學感受受體基因和1個氣味降解酶基因。通過基因差異表達分析,篩選出12個氣味結合蛋白基因、9個氣味/嗅覺受體基因、4個信息素結合蛋白、3個味覺受體基因、1個化學感受蛋白基因和1個離子型受體蛋白基因。本研究獲得了茶谷蛾觸角轉錄組數據,并鑒定出候選嗅覺相關基因,為進一步研究茶谷蛾的基因功能及嗅覺感受機制奠定分子基礎。

茶谷蛾;觸角轉錄組;高通量測序;基因注釋;嗅覺相關基因

茶谷蛾(),又名茶灰木蛾,鱗翅目谷蛾科,是茶樹重要的食葉害蟲之一。在我國臺灣、海南、廣東、福建曾有茶谷蛾發生的記錄,在印度等地一度為茶樹主要害蟲[1-2]。茶谷蛾幼蟲吐絲綴葉成苞,隱藏于苞內咀食成熟葉片葉肉,暴食期甚至能將成熟葉、嫩枝樹皮一并吃光,對產量和樹勢造成巨大影響。近幾年茶谷蛾在云南部分茶區發生極其嚴重[3]。茶谷蛾幼蟲隱蔽性強,隱匿在葉苞內取食,受驚嚇或干擾后,立即落入地面或其他隱蔽場所,除人工采蟲外,目前缺乏有效的防控措施,迫切需要尋求新的防治方法。

嗅覺是昆蟲寄主定位、取食、求偶、交配以及尋找產卵場所、躲避敵害等各種行為活動的基礎,對其種群生存、繁衍有著重要的作用[4-5]。昆蟲嗅覺系統的主要器官是觸角,觸角上著生有許多的嗅覺感受器且有各種嗅覺蛋白,參與對外界氣味化合物的識別進而調控昆蟲的行為活動[6-7]。研究表明,嗅覺系統中存在許多蛋白,參與完成昆蟲嗅覺識別過程,主要包括氣味結合蛋白(Odorant binding proteins,OBPs)、嗅覺/氣味受體(Olfactory/odorant receptors,ORs)、化學感受蛋白(Chemosensory proteins,CSPs)、離子型受體(Ionotropie receptors,IRs)、味覺受體(Gustatoryreceptors,GRs)和昆蟲感覺神經元膜蛋白(Sensoryneuron membrane proteins,SNMPs)等。目前在13種鱗翅目昆蟲家族中的35種昆蟲中發現超過150種OBPs[8],隨著對其研究的不斷深入,多種昆蟲如光肩星天牛[9]、茶尺蠖[10-11]、蘋果蠹蛾[12]等開展了嗅覺相關蛋白種類、功能及嗅覺機制研究。昆蟲的嗅覺相關蛋白是未來害蟲防治的潛在靶標[13-15]。因此,對茶谷蛾嗅覺相關基因進行深入研究,可以揭示茶谷蛾的嗅覺行為反應,進而為茶谷蛾引誘劑或趨避劑研制提供理論依據,也可為茶谷蛾的綜合防控提供新思路。

高通量測序技術的快速發展極大地促進了昆蟲基因組、轉錄組,特別是非模式昆蟲轉錄組學方面的研究。目前,該技術被成功地應用于多種昆蟲,如大蠟螟[16]、亞洲玉米螟[17]、草地貪夜蛾和斜紋夜蛾[18]、云斑天牛[19]、七星瓢蟲[7]、綠豆象[6]等,篩選出昆蟲中大量與嗅覺相關的基因,為深入研究嗅覺相關基因功能奠定了基礎。本研究采用高通量測序技術對茶谷蛾成蟲觸角轉錄組進行測序,并通過生物信息學方法對其基因功能注釋,挖掘嗅覺相關基因,研究結果可為今后開展茶谷蛾的行為調控和生物防治提供理論依據。

1 材料與方法

1.1 供試蟲源

茶谷蛾為云南省農業科學院茶葉研究所室內飼養2代以上成蟲,羽化后選取未交配的雌雄茶谷蛾成蟲各100頭,分別將雌雄蟲觸角剪下,經液氮速凍后保存于–80℃超低溫冰箱備用。

1.2 樣品RNA的提取與檢測

使用Trizol法分別提取雌雄茶谷蛾觸角RNA,利用NanoDrop對RNA的純度進行檢測,采用Qubit2.0對RNA的濃度進行定量,并用Agilent 2100精檢RNA的完整性,以保證樣品RNA的質量,轉錄組測序分析由北京諾禾致源科技股份有限公司完成。

1.3 cDNA文庫構建與測序

取檢測合格的RNA樣品,用帶有Oligo(dT)的磁珠富集測序樣品中的mRNA,隨后加入fragmentation buffer將mRNA進行隨機打斷;以打斷的mRNA為模板,用六堿基隨機引物(Random hexamers)合成第一鏈cDNA;隨后用RNaseH降解RNA鏈,并在DNA polymerase I體系下,以dNTPs為原料合成cDNA第二條鏈,用AMPure XP beads純化雙鏈cDNA;純化后的雙鏈cDNA經過末端修復、加A尾并連接測序接頭,用AMPure XP beads篩選250~300?bp左右的cDNA,再進行PCR擴增,并再次使用AMPure XP beads純化PCR產物獲得文庫。使用Qubit2.0對文庫進行初步定量,稀釋文庫至1.5?ng·μL-1,隨后使用Agilent 2100對文庫的插入片段進行檢測,插入片段符合預期后,利用qRT-PCR對文庫有效濃度進行準確定量,以保證文庫有效濃度高于2?nmol·L-1。庫檢合格后,使用高通量測序平臺IlluminaHiSeq 4000測序。

1.4 轉錄本的拼接組裝及完整性評估

對原始圖像數據文件經CASAVA堿基識別(Base calling)分析轉化為原始測序序列raw reads,進行過濾,去除帶接頭的Reads、N(N表示無法確定堿基信息)、低質量Reads(質量值Qphred≤20的堿基數占整個Reads的50%以上的Reads),得到clean reads。采用Trinity軟件對clean reads進行組裝拼接[20],獲得高質量的茶谷蛾觸角的unigenes庫。

1.5 轉錄組數據分析及嗅覺相關基因鑒定

將獲得的茶谷蛾unigenes序列與NCBI蛋白數據庫(NCBI non-redundant protein sequences,NR),NCBI核酸序列數據庫(NCBI non-redundant necleotide sequences,NT),Swiss-Prot數據庫(A manually annotated and reviewed protein sequence database),基因本體論(Gene ontology,GO),京都基因與基因組(KEGG ortholog database,KO),蛋白家族(Protein family,Pfam)和直系同源基因簇(Clusters of orthologous groups of proteins,KOG/COG)七大數據庫進行比對,獲得相應的unigenes注釋信息,再利用諾禾致源售后服務NovoMagic平臺,通過關鍵詞篩選嗅覺相關基因。

1.6 差異表達基因分析

為了比較嗅覺相關基因在雌、雄茶谷蛾成蟲觸角之間表達量的差異,利用RSEM軟件對bowtie的比對結果進行統計,采用FPKM值對基因表達量進行評估[21],對無生物學重復,選用edgeR軟件來進行基因表達差異顯著性分析[22],差異基因篩選標準為|log2(FoldChange)|>1或者q value<0.005。

2 結果與分析

2.1 茶谷蛾觸角轉錄組測序統計與數據組裝

利用Illumina測序平臺對茶谷蛾雌、雄觸角2個樣本轉錄組進行測序,測序統計如表1所示,從測序得到reads考察其堿基質量值可以看出,雌、雄茶谷蛾觸角樣品堿基質量值超過Q30的堿基所占比例均高于92%,說明本次轉錄組測序質量較好,可信度高。從茶谷蛾雌觸角轉錄組中獲得22?532?189條raw reads,Q20和Q30準確度分別為97.47%和92.64%,其序列的GC堿基占總堿基數比例為40.24%;雄觸角轉錄組中獲得23?301?776條raw reads,Q20和Q30準確度分別為97.47%和92.56%,其序列的GC堿基占總堿基數的比例為37.89%(表1)。采用Trinity軟件對clean reads拼接組裝,獲得unigenes數為37?708條,將其作為后續分析基因,其長度在301~500?bp的有12?987條,501~1?000?bp的有10?655條,1?001~2?000?bp的有7?118條,大于等于2?001?bp的有6?948條,平均長度為698?bp,N50長度值為2?147,N90長度值為489(表2),說明組裝完整性較好。

2.2 茶谷蛾觸角unigenes基因功能注釋

將拼接后的unigenes序列分別在NR、NT、KO、Swiss-prot、PFAM、GO和KOG/COG數據庫中進行功能注釋,結果表明,雌、雄成蟲觸角轉錄組在所有數據庫中注釋成功的基因分別為2?871(9.20%)、2?846條(7.61%);至少在一個數據庫里注釋成功的基因分別為19?292條(61.84%)、21?598條(57.79%)。雌、雄成蟲觸角轉錄組數據注釋到NR數據庫的基因數目最多,分別為15?209條(48.75%)、17?011條(45.51%);KOG數據庫注釋基因最少,分別為5?959條(19.10%)、6?285(16.81%),詳見表3。

表1 茶谷蛾觸角轉錄組測序統計

注:CGEC為茶谷蛾雌成蟲,CGEX為茶谷蛾雄成蟲。Q20:質量值≥20的堿基所占百分比,Q30:質量值≥30的堿基占比

Note: CGEC is female. CGEX is male. Q20: Percentages of bases with the quality value≥20. Q30: Percentages of bases with the quality value≥30

表2 茶谷蛾觸角轉錄組組裝結果

表3 茶谷蛾基因注釋成功率統計

2.3 同源比對

將茶谷蛾觸角轉錄組所有unigenes序列在NCBI中的NR蛋白數據庫進行BLASTx比對,結果16?027個unigenes(42.50%)有BLASTx比對結果。根據NR數據庫注釋結果,進一步對這些注釋序列的同源物種進行統計(圖1),茶谷蛾觸角注釋的基因序列與海波斯莫科馬屬蛾()相似基因最多,占15.20%、其他依次為亞洲玉米螟()占11.20%、大蠟螟()占7.90%、棉鈴蟲()占6.90%、粉紋夜蛾()占6.30%,其他物種占52.50%。

2.4 茶谷蛾觸角unigenes基因功能分類

茶谷蛾觸角轉錄組共有37?708條unigenes,其中在GO數據庫中注釋到11?701條(圖2),分為3個大類和40個亞類,3個大類包括生物進程、細胞組分和分子功能。生物進程中參與細胞過程的unigenes數量最多(6?729條),其次為代謝過程(5?692條);細胞組分中參與細胞解剖實體的unigenes數量最多(5?257條),其次是細胞部分內(2?897條);分子功能中參與結合和催化活性的unigenes數量最多,分別有6?221條和4?435條(圖2)。

將茶谷蛾觸角轉錄組unigenes與KOG數據庫進行比對并根據其功能進行分類統計(表4),6?047個unigenes得到注釋,按照功能分為25類,其中一般功能預測最多,有1?040個,其次是信號轉導機制,有822個;細胞運動最少,有16個。

茶谷蛾轉錄組有7?892條unigenes注釋KEGG代謝通路,被分為3個層次,第一層次分為五大類,即細胞加工、環境信息處理、遺傳信息處理、代謝和有機體系統,第二層為34小類(表5),第三層次為283個代謝途徑分支。涉及與茶谷蛾信號轉導的有973條、信號分子與相互作用相關的有123條,涉及到環境適應108條,感覺系統93條。這些unigenes為今后深入開展茶谷蛾環境適應性研究奠定了基礎。

2.5 茶谷蛾觸角轉錄組嗅覺相關基因分析

通過諾禾致源售后服務NovoMagic平臺,采用關鍵詞搜索和注釋基因分析,從茶谷蛾觸角轉錄組數據中,鑒定出238個候選嗅覺相關基因(表6)。其中,氣味結合蛋白基因108個,占比達45.4%、氣味/嗅覺受體基因55個、味覺受體基因26個、離子型受體基因25個、化學感受蛋白基因11個、神經元膜蛋白基因4個、感官知覺基因4個、化學感受受體基因4個、氣味降解酶基因1個,各基因占比見表6。

圖1 NR數據庫中注釋的茶谷蛾unigenes

圖2 茶谷蛾觸角轉錄組GO分類圖

表4 茶谷蛾觸角轉錄組的KOG系統分類

表5 茶谷蛾觸角轉錄組的KEGG分類

表6 茶谷蛾觸角轉錄組嗅覺相關基因

2.6 茶谷蛾雌雄成蟲觸角差異表達基因分析

通過對茶谷蛾雌雄蟲觸角差異表達基因進行分析,共有1?307個差異基因,其中上調基因474個,下調基因833個(圖3)。為進一步了解嗅覺相關基因在雌、雄茶谷蛾觸角中的表達情況,共鑒定出30個與嗅覺相關的差異表達基因(DEGs),其中20個基因在茶谷蛾雄蟲中上調表達,包括4個信息素結合蛋白基因、7個氣味結合蛋白基因、5個氣味/嗅覺受體基因、3個味覺受體基因以及1個化學感受蛋白基因;下調表達10個,包括5個氣味結合蛋白基因、4個氣味/嗅覺受體基因和1個離子型受體基因(表7)。由此可見,雌、雄茶谷蛾成蟲對外界氣味化合物的識別存在差異。

注:CEGC:雌性茶谷蛾,CGEX:雄性茶谷蛾

表7 茶谷蛾嗅覺相關基因表達模式

續表7

3 討論

高通量測序技術已成為一種重要的生物學研究手段,開展昆蟲轉錄組測序,可以獲得大量的序列信息,對于很多沒有完整基因組數據的昆蟲來說,可直接解決分子生物學試驗中的無參基因這一重要難題[23-25]。本研究通過Illumina HISeq 4000高通量測序平臺對茶谷蛾雌雄成蟲觸角進行轉錄組測序和功能分析,共獲得37?708條unigenes,平均長度為698?bp,其樣本數據的Q30堿基比例大于90%,而N50長度為2?147?bp,據報道N50長度值越大表示序列拼接的完整性越好[26],說明本研究獲得的測序數據質量較好,保證了后續分析的準確性和可靠性。對unigenes功能注釋發現,有16?027條unigenes在NCBI蛋白數據庫(NR)成功注釋,11?701條unigene在基因GO數據庫得到注釋,12?009條unigenes得到KEGG富集,歸屬于283個通路,與大多數研究結果相似[16,18]。其中茶谷蛾觸角unigenes序列與鱗翅目昆蟲海波斯莫科馬屬蛾、玉米螟、大蠟螟、棉鈴蟲、粉紋夜蛾的基因序列相似度高,表明茶谷蛾觸角基因可能與鱗翅目昆蟲基因具有相似的功能。

嗅覺系統對于昆蟲的生長和生殖至關重要,是昆蟲對外界信號進行識別、傳遞并作出相應行為的重要器官,系統中涉及多種蛋白家族[27-29]。本研究利用生物信息學手段,從茶谷蛾成蟲觸角轉錄組數據庫中共鑒定出9類嗅覺相關基因238個,其中氣味結合蛋白基因108個(包括信息素結合蛋白、普通氣味結合蛋白和觸角結合蛋白3類),數量最多;其次是氣味/嗅覺受體基因55個,包括典型氣味受體和非典型氣味受體。另外,還包括26個味覺受體基因、25個離子型受體基因、11個化學感受蛋白基因、4個神經元膜蛋白基因、4個感官知覺基因、4個化學感受受體基因和1個氣味降解酶基因。這些基因在昆蟲嗅覺感受過程中都起到關鍵性的作用[30]。與其他已知的鱗翅昆蟲如大蠟螟觸角轉錄組中鑒定獲得226個候選嗅覺相關基因[20]、草地貪夜蛾轉錄組中鑒定到233個和斜紋夜蛾中鑒定到217個嗅覺相關基因數量相比[18],本研究獲得茶谷蛾嗅覺基因數量處于合理范疇。

此外,通過基因差異表達分析,初步鑒定出30個嗅覺相關基因在雌雄茶谷蛾觸角中差異表達,其中4個信息素結合蛋白基因,在雄蟲中為上調表達;氣味結合蛋白基因12個,在雄蟲中7個上調表達,5個下調表達;3個味覺受體基因和1個化學感受蛋白基因在雄蟲中上調表達;9個氣味/嗅覺受體基因,5個為上調表達,4個為下調表達;1個離子型受體基因在雄蟲中下調表達。這些結果表明,雌、雄茶谷蛾成蟲對外界氣味化合物的識別存在差異,同時這些嗅覺差異表達基因可能在茶谷蛾性信息素識別過程中發揮著重要作用,可以作為潛在的干擾茶谷蛾嗅覺識別的靶標基因,為后續茶谷蛾化學生態學分子機制的深入研究提供足夠的數據支持和參考依據。

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Analysis of the Antennal Transcriptome and Olfactory-related Genes in the

LONG Yaqin, LUO Ziwen, WANG Xuesong, LONG Lixue, YU Xiangshuai, LI Jinlong, QU Hao, WANG Yungang, CHEN Linbo*

Tea Research Institute, Yunnan Academy of Agricultural Sciences/Yunnan Technology Engineering Research Center of Tea Germplasm Innovation and Supporting Cultivation/Yunnan Provincial Key Laboratory of Tea Science, Menghai 666201, China

To identify the olfactory-related genes, the transcriptome analysis of thewas performed using Illumina HiSeq 4000. Through sequence alignment, 16?027 unigenes were annotated in NR databases. Totally 11?701 unigenes were annotated in GO database, which can be divided into 3 groups according to their functions: cellular component, molecular function and biological process. Totally 6?047 unigenes were further annotated and divided into 25 functional groups in KOG databases. KEGG pathway analysis shows that 12?009 unigenes were annotated into 283 metabolism pathways. According to the annotation information, 238 candidate olfactory-related genes were obtained including 108 odorant binding protein () genes, 55 odorant /olfactory receptor () genes, 26 gustatory receptor () genes, 25 ionotropic receptor () genes, 11 chemosensory protein () genes, 4 sensory neuron membrane protein () genes, 4 sensory perception () genes , 4 chemosensory receptor () genes and an odorant degrading enzyme () gene. It was found that 12 odorant binding protein genes, 9 odorant/olfactory receptorgenes, 4 pheromone binding protein genes, 3 gustatory receptor genes, chemosensory protein gene and 1ionotropic receptor gene were differentially expressed in the antenna of. In this study, the identification of candidate olfactory-related genes laid a molecular foundation for further studies on gene function and olfactory perception mechanism of the.

, antennal transcriptome, high-throughput sequencing, genome annotation, olfaction-related genes

S571.1;S435.711

A

1000-369X(2021)04-553-11

2020-10-10

2020-11-26

國家重點研發計劃(2016YFD0200903)、財政部和農業農村部:國家現代農業產業技術體系(CARS-19)

龍亞芹,女,副研究員,主要從事茶樹病蟲害研究,longyaqin19831212@126.com。*通信作者:chenlinbo2002@sina.com

(責任編輯:趙鋒)

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