長頜鱭與短頜鱭物種地位的爭論由來已久。早期學者基于生態習性、形態學特征、可量性狀和可數性狀等將長頜鱭和短頜鱭視為兩個獨立的物種。21世紀初,一些學者基于線粒體或核基因標記的分析,否定了短頜鱭和長頜鱭的物種地位,而統稱其為同一物種——刀鱭,并認為短頜鱭和長頜鱭均為刀鱭的不同生態型。鑒于此,淡水漁業研究中心院重點實驗室楊健研究員領銜的研究團隊利用耳石微化學與分子生物學學科手段交叉優勢,對長頜鱭與短頜鱭的物種分化特征進行了深入研究。通過耳石中鍶鈣“指紋”特征,區分了長江流域鄱陽湖、洞庭湖、長江口等水域采集的長頜鱭和短頜鱭個體及其生境履歷,在此基礎上,對上述個體標本開展了線粒體系統進化分析及核基因微衛星群體遺傳分析,表明短頜鱭和長頜鱭已相互分離,兩者應作為兩個獨立的鱭屬魚物種來對待。