水稻基因組任意區(qū)間InDel標記開發(fā)方法

孫 玥， 楊秀榮， 郭彥麗， 李軍玲， 李月嬌， 孫淑琴， 路 信， 劉燕清， 佟 卉， 孫林靜， 劉靜妍， 張融雪， 王曉靜， 蘇京平， 王勝軍， 趙習(xí)樸， 閆雙勇

(1.天津市農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)作物研究所/天津市農(nóng)作物遺傳育種重點實驗室，天津 300384；2.天津市農(nóng)業(yè)科學(xué)院植物保護研究所，天津 300384)

QTL-seq是一種選取分離群體中極端表型單株，按表型值的高、低構(gòu)建DNA混合池，然后分別對不同合混池進行高通量測序，通過比較池間SNP的頻率差異進行數(shù)量性狀位點(QTL)定位的方法。該方法利用20～50個極端表型單株混合測序，可以將QTL定位到2 Mbp以上區(qū)間。QTL-seq已經(jīng)廣泛應(yīng)用于主要的糧食作物、經(jīng)濟作物及蔬菜等植物重要性狀的QTL分析中。目前，已經(jīng)開發(fā)出專門用于QTL-seq分析的工具軟件。QTL-seq 分析后，一般需要利用傳統(tǒng)作圖方法進行QTL的驗證與分析，或者直接利用QTL區(qū)間的分子標記進行分子標記輔助育種，以及進一步縮小區(qū)間進行QTL精細定位等。所以特定區(qū)間的分子標記開發(fā)是QTL-seq后續(xù)研究中的重要環(huán)節(jié)。高通量測序后能提供QTL區(qū)間內(nèi)非常豐富的變異信息，但目前還未見把特定區(qū)間的變異信息轉(zhuǎn)化為分子標記的相關(guān)報道。

對高通量測序數(shù)據(jù)進行序列變異分析后會產(chǎn)生標準的序列變異格式的文件(variant call format，簡稱VCF)，VCF文件記錄了序列變異信息。根據(jù)該文件提供的序列變異信息可以方便地進行特定區(qū)間的分子標記開發(fā)。目前，SNP和InDel是2種最常用的分子標記。但SNP的檢測需要特殊的設(shè)備，檢測成本相對比較高，而InDel標記是一種以PCR片段長度多態(tài)為基礎(chǔ)的分子標記，操作簡單，結(jié)果可靠，大多數(shù)實驗室都能進行檢測。……