菠菜SoNAC轉錄因子家族的全基因組鑒定與分析

譚獻詹　葛晨輝　戴雨柔　孔猛　徐晨曦　王全華

摘? 要： 采用生物信息學分析方法，從菠菜基因組中篩選鑒定了57個菠菜NAC轉錄因子，并對其基因結構、編碼蛋白和系統進化進行了分析;通過熒光定量聚合酶鏈式反應qRT-PCR分析，研究了高溫和鹽處理后菠菜葉片中基因的表達模式.研究結果顯示：菠菜NAC轉錄因子可以被歸入2組17個亞組，Group Ⅰ包含10個亞組，Group Ⅱ包含7個亞組;染色體定位分析表明，共有36個基因隨機分布在菠菜的6個染色體上，其中21個分布在scaffold上，多數基因位于端粒，部分基因在染色體上成簇分布并具有相似的結構;基序分析表明，SoNACs中存在5個高度保守的基序，其中沒有一個基序是所有SoNACs都共有，有些亞族（SND）的保守基序被其他基序替換，進一步對保守基序的預測表明，Motif 1，2和3是NAM結構域中的核心基序.為揭示NAC家族在菠菜中的抗逆作用，通過qRT-PCR分析了不同亞族基因在高溫和鹽脅迫下的基因表達，許多基因被鹽分或高溫脅迫上調或下調，不同脅迫下存在顯著差異表達模式.鹽脅迫下，表達模式聚為2類：一類為表達上調、在轉錄中后期發揮主要作用的成員（，，，）;另一類為表達下調，但有2個成員（，）在轉錄起始階段發揮主要作用的;高溫脅迫下，表達模式聚為3類：第一類為表達上調、在轉錄中后期發揮主要作用的成員（）;第二類為表達下調的成員;第三類為表達上調不明顯的成員.與高溫脅迫相比，鹽脅迫下更多基因傾向于高表達，是響應兩種脅迫均被上調的基因.因此，進一步對該基因及其亞組成員進一步分析可能有助于建立菠菜的脅迫耐受性.

關鍵詞： 菠菜（）; SoNAC; 高溫脅迫; 鹽脅迫

中圖分類號： S 636.1??? 文獻標志碼： A??? 文章編號： 1000-5137（2022）01-0020-12

In this study， bioinformatics analysis was used to screen and identify 57 spinach NAC transcription factors from the spinach genome， and to analyze their gene structures， encoded proteins and phylogenetic evolution. Meanwhile， by using quantitative fluorescence PCR （qRT-PCR）， expression patterns of NAC genes were examined in spinach leaves treated by high temperature and salt stress. The results of this study showed that spinach NAC transcription factors were classified into 2 groups and 17 subgroups. Groups I and II consisted of 10 and 7 subgroups， respectively. Chromosome location analysis showed that 36 genes were randomly distributed on six spinach chromosomes， and among them， 21 genes were distributed on scaffolds， most of genes were located in telomeres， and some genes were clustered on chromosomes with similar structures. In addition， motif analysis showed that， there are 5 highly conserved motifs in SoNACs， none of which is common to all SoNACs， and some subfamilies （SNDs） of conserved motifs are replaced by other motifs. Further prediction of conserved motifs shows that Motifs 1， 2 and 3 are core motif in the NAM domain. In order to reveal the stress resistance of NAC family in spinach， the gene expression of different SoNAC subfamilies under conditions of high temperature and salt stress was analyzed by qRT-PCR. The results showed that many genes were up-regulated or down-regulated by salt or high temperature stress， indicating there were significant different expression patterns under different stresses. Under salt stress， the expression patterns of are clustered into two categories， one is the up-regulated members （， ， ， ） that function mainly in the middle and late stages， and the other is down-regulated members （， ） that work mainly in the initiation stage. By comparison， under high temperature stress， the expression patterns of are clustered into three categories， the first category is the up-regulated member （） that functions mainly in the middle and later stages， the second category is down-regulated member， and the third group is the member whose expression is not significantly up-regulated. Compared with high temperature stress， more genes tend to be highly expressed under salt stress. However， is a gene that is up-regulated in response to both stresses. As a consequence， further analysis of this gene and its subgroup members may help to establish stress tolerance in spinach.

spinach （）; SoNACs; high temperature stress; salt stress

0? 引 言

轉錄因子是一類在植物生長發育中起關鍵調控作用的蛋白質，它們通過與啟動子區域中的順式調控元件結合來調節靶基因的時空表達.植物轉錄因子家族，主要包括AP2，bHLH，ARF，MYC，WRKY和NAC等，是許多生物過程中必不可少的調節劑，其中NAC是植物特有的一類轉錄因子，在植物干旱、鹽和高溫脅迫下發揮重要作用.NAC是由NAM，ATAF1/2和CUC2共3個亞族構成的轉錄因子，是植物最大的轉錄因子家族之一.典型的NAC蛋白N端包含一個保守的NAM結構域，包含約150個氨基酸，在C端包含一個高度可變的轉錄調控區.自1996年首次報道NAC蛋白以來，NAC蛋白已在擬南芥、水稻、小麥等許多物種中被鑒定.過表達的擬南芥對干旱和鹽脅迫的耐受性增強，水稻通過ABA途徑在水稻耐旱和耐鹽中發揮正調控作用.通過增強下游脅迫相關基因的表達提高了小麥對干旱脅迫的耐受性.此外，一些擬南芥NAC同源基因，如（一種韌皮部特異表達的NAC），細胞壁調節因子，同源的楊樹基因（如，）都能夠通過減少細胞大小和數量來降低植物的生長速度.一些NAC通過調節植物的激素水平影響其生長發育，已被確定為番茄果實成熟的正調節因子，調節植物生長、側根形成、葉片衰老以及果實成熟和軟化.對擬南芥、水稻和花生的研究已經證明NAC參與干旱和鹽脅迫反應.然而，菠菜作為重要的綠葉菜之一，關于其NAC轉錄因子家族的研究尚未見報道.

本研究以上海師范大學公布的菠菜基因組數據為資源平臺，利用生物信息學相關手段，在菠菜基因組范圍內篩選、鑒定菠菜NAC轉錄因子，分析其基因結構、啟動子Motifs分布特征、編碼序列特征和分類信息等;通過實時熒光定量-聚合酶鏈式反應（qRT-PCR）分析了所有SoNACs亞組的代表性基因在高溫和鹽脅迫下的表達水平，以期為菠菜NAC轉錄因子的克隆、表達和功能驗證等研究奠定基礎.

1? 材料與方法

菠菜轉錄因子家族的檢索、鑒定

菠菜數據庫（http：//www.spinachbase.org/）用于鑒定NAC轉錄因子家族成員.采取兩個步驟進行鑒定.首先，使用Pfam 32.0（http：//pfam.xfam.org/）下載NAM結構域的隱馬爾可夫模型（PF號：PF02365）和訓練文件集（PF02365_seed.txt），在HMMER3.3.1（http：//www.hmmer.org/）程序下搜索菠菜NAC蛋白，提取E_VALUE大于10的高質量序列以PF02365_seed.txt為訓練模型NAC.hmm文件，以此模型執行搜索，將結果去除冗余后進行匯總.通過NCBI-CDD（https：//blast.ncbi.nlm.nih.gov/）鑒定候選序列，那些不含NAM結構域或明顯具有屬于其他蛋白質家族的序列被排除在外.最后剩余的蛋白質序列被視為Sp75的NAC轉錄因子，被用作后續進一步的分析.

菠菜蛋白的理化性質和亞細胞定位

ExPASy（https：//web.expasy.org/protparam/）用于預測 SoNACs蛋白的等電點（pI）和分子質量（MW）. WOLF PSORT（https：//www.genscript.com/tools/wolf-psort） 被用來預測的亞細胞定位情況.

的保守結構域分析

使用Clustal X 2.1對亞族代表SoNACs進行多序列比對，根據保守序列覆蓋范圍截取比對結果，DNAMAN 6.0軟件被用作保守序列特殊顏色的標記.

基因結構、保守基序和染色體定位分析

SoNACs的基因長度、結構信息、保守基序和染色體定位用TBtools軟件分析.被用作展示的motif信息則在TBtools上獲得（搜索范圍為19～50）.

啟動子的順式作用元件預測

截取NAC基因啟動子上游2 000 bp序列，用來預測順式作用元件，在PLANTCARE（http：//bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/）上進行順式作用元件搜索，并利用Excel中的VBA程序對所有與應激相關的元件進行統計分析.

菠菜蛋白的系統發育分析

為了研究菠菜NAC 蛋白與雙子葉植物擬南芥以及近鄰植物甜菜NAC之間的系統發育關系，從植物轉錄因子數據庫PlantTFDB 5.0（http：//planttfdb.gao-lab.org/）下載擬南芥和甜菜NAC序列，通過MUSCLE進行多序列比對，并經過trimAL程序剪枝后由MEGA 11.0軟件使用鄰接方法構建無根的系統發育樹.iTOL（https：//itol.embl.de/）被用于系統發育樹的美化.

植物材料和處理

溫度敏感型菠菜材料Sp75由本實驗室保存并在此種植與處理.在受控溫室培養箱條件下進行實驗.將來自Sp75的種子4 ℃浸泡后播種在裝有等體積的土壤和蛭石的多孔穴盤中，待長出2片真葉后移栽到陶土盆中，緩苗1周后將植物在36 ℃/36 ℃（白天/黑夜）下處理，分別收集處理前的葉片，及處理后2，6，12，24 h的葉片，立即在液氮中冷凍并在-80 ℃下儲存.將2對真葉的幼苗移栽到只含珍珠巖的穴盤中，用NaCl物質的量濃度為300 mmol?L的鹽溶液處理，分別在處理0，2，6，12，24 h收集葉片.

基因表達模式分析

使用Trizol試劑從菠菜葉中提取總RNA，PrimeScript RT-PCR Kit（Takara）用于合成第一鏈cDNA作為后續分析的模板.反應混合物由1 μL cDNA、正向和反向引物各0.5μL、0.04μL ROX、10 μL TB Green? Premix Ex Taq?（Tli RNaseH Plus）組成，并加入無菌水使總體積達到20 μL.在ABI 7500 Fast Real-Time System上進行如下擴增：95 ℃，2 min;95 ℃，10 s;60 ℃，34 s;72 ℃，31 s，共40個循環.通過熔解曲線分析驗證反應的特異性.每個基因進行3個生物學重復，并以18SrRNA作為內參，使用ΔΔCt方法計算每個實驗中每個樣品的基因轉錄水平.用于qRT-PCR的基因是每個亞族的代表.

2? 結果與分析

菠菜基因的鑒定和分類

使用配置文件（PF02365）和訓練集文件（PF02365_seed.txt）分別鑒定菠菜基因組中的NAC家族成員，2種方式分別鑒定到58個和71個候選成員;對所有結果匯總、去除冗余后進一步在NCBI-CDD上進行確認，得到57個NAC轉錄因子作為后續的研究對象，本研究中根據NAC成員的基因注釋將其編號為SoNAC01-SoNAC57（表1）.它們中只有1個（）不含內含子結構，絕大多數由2個或2個以上外顯子構成，超過一半（56.14%）含有3個外顯子，含外顯子最多（8個），如圖1（a）所示.在編碼NAM保守序列的基因里，有11個外顯子是連續的，其他的都具跨內含子編碼的特性，有2個SoNACs除具有NAM結構域，還含其他家族的保守結構域（含PLN02772超家族，SoNAC47含Herpes_BLLF1超家族）.染色體定位分析表明：36個分別被定位于菠菜的6條染色體上，分布在4號染色體上的數目最多（10個），分布在3，5和6號染色體上的數目最少（4個）;其他21個SoNACs分布在不同長度的scaffold上，如圖1（b）所示.

菠菜轉錄因子蛋白基本信息分析

通過在線分析軟件得到的菠菜NAC轉錄因子蛋白基本信息分析見表1.由表1可知，菠菜NAC轉錄因子編碼蛋白的大小和氨基酸數目均差異很大，編碼氨基酸長度為200～500 aa的NAC占多數，其中最小的SoNAC30由102個氨基酸組成，最大的SoNAC51由663個氨基酸組成，它們對應的蛋白相對分子質量為102～663 ku.等電點范圍從4.54（SoNAC32）至10.32（SoNAC30），平均值為6.65.亞細胞定位預測結果顯示，45個SoNAC定位于細胞核，占比79%;7個SoNAC定位于細胞質;SoNAC15和SoNAC35定位于氧化物酶體，預測定位于葉綠體的有SoNAC16，SoNAC32和SoNAC47.

菠菜蛋白保守結構域與保守基序分析

為了揭示SoNAC蛋白結構的多樣化，通過MEME搜索發現了20個Motifs（圖1）.這些Motifs的長度為19～50個氨基酸不等.每個SoNAC含2～8個Motifs，每個SoNAC最多只含7種類型的Motifs. SMART分析表明Motif1～5均為NAM結構，是最保守的部分，其他大多數基序未得到其他功能結構信息（表2）.具有Motif 1～5的SoNAC轉錄因子有36個，占比63.16%，在基因中，缺失Motif 3的有3個（SoNAC23，SoNAC28，SoNAC30），缺失Motif 4的有7個（14.28%），缺失Motif 5的有14個（24.56%），有3個（SoNAC02，SoNAC05，SoNAC30）只含有5個保守基序中的2個（Motif 3和Motif 5、Motif 1和Motif 2），說明Motif 1～3為菠菜NAC轉錄因子的核心保守基序.此外，有的SoNACs具有2個相同的基序，如SoNAC28，SoNAC54，SoNAC49，SoNAC43含2個Motif 14，SoNAC10含2個Motif 19，但Motif 14和Motif 19的結構域功能尚未注釋.

基因結構及家族的系統進化分析

為了揭示菠菜NAC轉錄因子的系統進化關系，根據OOKA等對擬南芥NAC轉錄因子的分類，采用NJ（Neighbor-Joining）法構建擬南芥、甜菜和菠菜NAC蛋白的進化樹（圖3）.由圖3可知：Group I和 Group II均包含10個亞群，S1～S8為擬南芥中未注釋的NAC成員，3個亞組ANAC001，ANAC003和ANAC091中均沒有SoNAC轉錄因子成員，S2～S5，SENU5和TIP都只含一個SoNAC轉錄因子成員，其他51個SoNACs被分別歸入11個亞組.根據擬南芥NAC的基因注釋信息對其進行功能預測，其中NAM與發育和形態發生有關;ATAF，NAP參與ABA信號途徑，介導擬南芥對鹽和ABA的耐受，NAP與SENU5是擬南芥衰老相關的重要因子;NTL是一類跨膜轉錄因子，主要將外部信號（如鹽、冷和滲透脅迫）與植物生長發育聯系起來;TIP與擬南芥的病害防御有關;SND和NST與細胞分化相關

紅色的實心圓代表菠菜的NAC;綠色的空心三角形代表擬南芥的NAC;藍色的空心五角星代表甜菜的NAC，拉丁字母代表不同的組，對應的注釋標簽代表亞族

脅迫相關的順式作用元件分析

NAC基因在眾多應激反應中起著關鍵作用.如圖4（a）所示，通過分析起始密碼子（ATG）上游2.0 kb序列中與生物或非生物脅迫響應有關的順式作用元件，鑒定了30個已知的應激相關順式作用元件.這些基因的啟動子區域內的順式作用元件的數量為0～10個不等，中數量最多，共有8種不同類型的順式作用因子，而種類最少的只含1種（）.所有SoNACs基因包含與光反應相關的順式作用元件，多數SoNACs參與激素信號響應，較少基因參與低溫、干旱等脅迫，如圖4（b）所示.47個NAC基因含有1～12個ABRE（GACACGTGGC）拷貝，這是響應參與干旱脅迫耐受性的ABRE依賴性ABA信號傳導途徑所必須的.20個基因含有1～2個富含TC重復拷貝，其參與防御和應激反應.39個具有1～5個ARE拷貝，這是厭氧誘導所必需的.CGTCA基序參與茉莉酸甲酯（MeJA）介導的應激反應，存在于38個基因中.24個基因具有1～5個LTR元件，其與高溫、干旱和鹽脅迫有關.在這些啟動子區域中還發現了與非生物和生物脅迫響應相關的其他幾個元件，例如TGA，W1元件（圖4（a））.這些結果表明 NAC基因在響應生物和非生物脅迫時受到轉錄調控.

高溫和鹽脅迫下的表達模式分析

為了揭示菠菜NAC在高溫和鹽分脅迫下的表達模式，來自菠菜NAC家族的亞族代表被用來進行qRT-PCR分析. 由圖5可知：菠菜在高溫和鹽脅迫下具有不同的表達模式.鹽處理下表達模式聚為2類：，，，響應鹽處理而表達顯著上調，其中和在鹽處理12 h后表達豐度最高;另一類為響應鹽脅迫呈下調表達的基因，但在鹽處理2 h后有顯著的上調表達.在高溫處理條件下，候選分析的菠菜NAC轉錄因子表達模式聚為3類，其中受高溫誘導，在處理的4個時間點均顯著上調表達，和在高溫處理12 h后表達水平小幅上調，其他各基因受高溫誘導表達水平變化不顯著.由此可以推測：可能在菠菜響應高溫和鹽脅迫時，尤其在響應高溫脅迫過程中發揮積極的調控作用，，和可能在菠菜響應鹽脅迫時發揮調節作用.

3? 討 論

本研究利用生物信息學方法篩選鑒定出菠菜的57個NAC轉錄因子，相比已鑒定的擬南芥、番茄和水稻等模式植物，其數目少且相差較大，與甜菜中的NAC數目相近.這種差異可能是其他物種從最早的祖先分化后，發生了更多的重復事件，例如，擬南芥基因組中發生了4次大型重復事件，而菠菜沒有經歷過基因組復制事件，所以目前發現的NAC轉錄因子家族數目較少.

NAC轉錄因子家族的命名源自矮牽牛NAM，擬南芥ATF1，ATF2和CUC2.本研究參照擬南芥NAC轉錄因子的分組方式，將57個菠菜NAC轉錄因子分成2組17個亞族，這與YUAN等在花生中的結果（18個亞族）基本一致.菠菜NAC都包含一個保守的NAC轉錄因子特有的NAM結構域 （PF02365.15），結構域中包含3個保守的NAM基序，主要分布在N端.

NAC參與植物抵抗非生物脅迫、植物形態建成和葉片衰老等多個生命活動.菠菜NAC啟動子分析鑒定到與脅迫相關的順式作用元件ABRE，CGTCA和LRT等，表明其可能受激素依賴或受激素信號途徑調控，暗示菠菜NAC存在復雜的調控或被調控現象.根據系統發育分析擬南芥直系同源物的功能預測，SoNAC21與ANAC105單獨聚為一個亞族S2，SoNAC45與ANAC32單獨聚為一個亞族S4，意味著這2個SoNAC與對應的擬南芥同源基因具有非常相似的功能;TIP亞族的SoNAC16與BvNAC51、SENU5上SoNAC11與BvNAC40互為同源基因并與其他擬南芥NAC聚為一起，暗示著菠菜與甜菜這兩個基因在進化上具有共同特征.一些干旱和鹽脅迫響應SoNACs顯示與先前報道的脅迫響應NAC基因同源，亞族S7的SoNAC14與茄屬植物耐旱性的重要調節因子JUB1同源;SoNAC19與擬南芥調節衰老、種子萌發和鹽脅迫響應的ANAC092同源;擬南芥中參與建立植物的脅迫耐受性調控的ANAC019，ANAC056和 ANAC072在菠菜中的同源SoNACs可能參與菠菜非生物脅迫耐受性的調控.本研究通過qRT-PCR對17個菠菜NAC進行高溫或鹽脅迫下的表達模式分析，以確定一些NAC亞族.本研究結果表明：，，在高溫脅迫下上調表達，4個基因（，，和）在高溫處理12 h后表達水平顯著上調，其他處理時間下調表達，猜測不同的SoNAC可能在菠菜響應高溫的不同階段發揮重要作用.不同于熱脅迫下的表達模式，鹽脅迫下超過一半的候選基因上調表達，其中的表達水平上調15倍.在兩種脅迫下和均有顯著的表達水平變化，意味著它們在參與高溫和鹽脅迫耐受性中可能發揮重要作用.

4? 結 論

本研究以公布的菠菜基因組數據為基礎信息，利用生物信息學方法篩選鑒定出57個NAC轉錄因子，分析得到了57個菠菜NAC轉錄因子的保守結構域、Motif、基因結構、啟動子順式作用元件等信息，通過構建進化樹獲取了菠菜NAC轉錄因子的分類情況;通過高溫和鹽脅迫下部分SoNACs的qRT-PCR分析發現，部分SoNACs基因可能參與了高溫和鹽脅迫耐受性的調控.本研究結果為進一步挖掘菠菜非生物脅迫響應基因，揭示菠菜非生物脅迫抗性調控機制提供了數據支持.

參考文獻：

[1]? JIA D， JIANG Z， FU H， et al. Genome-wide identification and comprehensive analysis of Nac family genes involved in fruit development in Kiwifruit （） [J]. BMC Plant Biology，2021，21（1）：44.

[2]? OOKA H， SATOH K， DOI K， et al. Comprehensive analysis of NAC family genes in and [J]. DNA Research，2003，10（6）：239-247.

[3]? NURUZZAMAN M， MANIMEKALAI R， SHARONI A M， et al. Genome-wide analysis of NAC transcription factor family in rice [J]. Gene，2010，465（1/2）：30-44.

[4]? XUE G， WAY H M， RICHARDSON T， et al. Overexpression of TaNAC69 leads to enhanced transcript levels of stress up-regulated genes and dehydration tolerance in bread wheat [J]. Molecular Plant，2011，4（4）：697-712.

[5]? WU Y R， DENG Z Y， LAI J B， et al. Dual function of Arabidopsis ATAF1 in abiotic and biotic stress responses [J]. Cell Research，2009，19：1279-1290.

[6]? SHEN J， LYU B， LUO L， et al. Corrigendum： the NAC-type transcription factor OSNAC2 regulates aba-dependent genes and abiotic stress tolerance in rice [J]. Scientific Reports，2017，7（1）：46890.

[7]? GRANT E H， FUJINO T， BEERS E P， et al. Characterization of NAC domain transcription factors implicated in control of vascular cell differentiation in Arabidopsis and [J]. Planta，2010，232（2）：52-337.

[8]? ZHU M， CHEN G， ZHOU S， et al. A new tomato NAC（NAM/ATAF1/2/CUC2） transcription factor， SlNAC4， functions as a positive regulator of fruit ripening and carotenoid accumulation [J]. Plant and Cell Physiology，2013，55（1）：119-135.

[9]? YUAN C， LI C， LU X， et al. Comprehensive genomic characterization of NAC transcription factor family and their response to salt and drought stress in peanut [J]. BMC Plant Biology，2020，20（1）：454.

[10] XU C， JIAO C， SUN H， et al. Draft genome of Spinach and transcriptome diversity of 120 Spinacia accessions [J]. Nature Communications，2017，8（1）：15275.

[11] CHEN C， CHEN H， ZHANG Y， et al. TBtools： an integrative toolkit developed for interactive analyses of big biological data [J]. Molecular Plant，2020，13（8）：1194-1202.

[12] LIU Y C， SUN J， WU Y R. Arabidopsis ATAF1 enhances the tolerance to salt stress and ABA in transgenic rice [J].? Journal of Plant Research，2016，129（5）：955-962.

[13] LIANG M W， LI H J， ZHOU F， et al. Subcellular distribution of NTL transcription factors in [J]. Traffic，2015，16（10）：1062-1074.

[14] REN T， QU F， MORRIS T J. HRT gene function requires interaction between a NAC protein and viral capsid protein to confer resistance to turnip crinkle virus [J]. Plant Cell，2000，12：1917-1926.

[15] MITSUDA N， IWASE A， YAMAMOTO H， et al. NAC transcription factors， NST1 and NST3， are key regulators of the formation of secondary walls in woody tissues of Arabidopsis [J]. Plant Cell，2007，19（1）：270-280.

[16] ZHONG R， LEE C， ZHOU J， et al. A battery of transcription factors involved in the regulation of secondary cell wall biosynthesis in Arabidopsis [J]. Plant Cell，2008，20（10）：2763-2782.

[17] HARRINGTON S A， OVEREND L E， COBO N， et al. Conserved residues in the wheat （） NAM-A1 NAC domain are required for protein binding and when mutated lead to delayed peduncle and flag leaf senescence [J]. BMC plant Biology，2019，19（1）：1-2.

[18] YOSHIDA T， FUJITA Y， SAYAMA H， et al. AREB1， AREB2， and ABF3 are master transcription factors that cooperatively regulate ABRE-dependent ABA signaling involved in drought stress tolerance and require ABA for full activation [J]. The Plant Journal： for Cell and Molecular Biology，2009，61（4）：672-685.

[19] GERMAIN H， LACHANCE D， PELLETIER G， et al. The expression pattern of the picea glauca defensin 1 promoter is maintained in ， indicating the conservation of signaling pathways between angiosperms and gymnosperms [J]. Journal of Experimental Botany，2011，63（2）：785-795.

[20] WANG C， RU J， LIU Y， et al. Maize WRKY transcription factor ZmWRKY106 confers drought and heat tolerance in transgenic plants [J]. International Journal of Molecular Sciences，2018，19（10）：3046.

[21] JIANG X， NIU Y， XU X， et al. Phylogenetic evolutionand expression analysis of NAC gene family in tomato （） [J]. Molecular Plant Breeding，2016，14（8）：1948-1964.

[22] LEHNER R， BLAZEK L， MINOCHE A E， et al. Assembly and characterization of the genome of chard （ Ssp. Vulgaris Var. Cicla） [J]. Journal of Biotechnology，2021，333：67-76.

[23] ALZOHAIRY A M， SABIR J S M， GYULAI G B， et al. Environmental stress activation of plant long-terminal repeat retrotransposons [J]. Functional Plant Biology，2014，41（6）：557-567.

[24] AIDA M， ISHIDA T， FUKAKI H， et al. Genes involved in organ separation in Arabidopsis： an analysis of the cup-shaped cotyledon mutant [J]. Plant Cell，1997，9（6）：841-857.

[25] THIRUMALAIKUMAR V P， DEVKAR V， MEHTEROV N， et al. NAC transcription factor jungbrunnen1 enhances drought tolerance in tomato [J]. Plant Biotechnology Journal，2017，16（2）：354-366.

[26] BALAZADEH S， SIDDIQUI H， ALLU A D， et al. A gene regulatory network controlled by the NAC transcription factor ANAC092/AtNAC2/ORE1 during salt-promoted senescence [J]. The Plant Journal： for Cell and Molecular Biology，2010，62（2）：250-264.

（責任編輯：顧浩然，馮珍珍）

收稿日期： 2021-11-28

基金項目： 上海市部分地方院校能力建設專項（19070502600）

作者簡介： 譚獻詹（1997—），男，碩士研究生，主要從事蔬菜遺傳育種及分子生物學方面的研究. E-mail： txzmmda@163.com

* 通信作者： 王全華（1963—），女，研究員，主要從事蔬菜遺傳育種及分子生物學等方面的研究. E-mail： wangquanhua@shnu.edu.cn

引用格式： 譚獻詹， 葛晨輝， 戴雨柔， 等. 菠菜SoNAC轉錄因子家族的全基因組鑒定與分析 [J]. 上海師范大學學報（自然科學版），2022，51（1）：20?31.

?TAN X Z， GE C H， DAI Y R， et al. Genome-wide identification and analysis of spinach SoNAC transcription factor family [J]. Journal of Shanghai Normal University（Natural Sciences），2022，51（1）：20?31.