基于網絡藥理學和文獻聚類分析研究陽和湯治療非小細胞肺癌作用機制

艾青華 江久 程衛國 張妍

肺癌位居我國惡性腫瘤發病首位，研究報告顯示，2015年我國新發肺癌病例約為78.7萬例，發病率為57.26/10萬,中標率為35.96/10萬[1]，已成為對國民健康造成嚴重威脅的疾病之一。手術、放化療、免疫療法及中醫藥治療是目前非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer，NSCLC)的主要治療手段，盡管近年來微創手術、精準放療、靶向治療、射頻消融治療等取得了長足的發展，但其總體5年生存率仍不高，約10%～20%。腫瘤微環境是腫瘤細胞賴以生存和發展的場所，調控腫瘤微環境成為了腫瘤治療的重要新策略。陽和湯出自《外科證治全生集》，具有溫陽散寒、活血化痰和通絡散結的功效，臨床常用于治療骨結核、腫瘤、類風濕性關節炎、無菌性肌肉深部膿腫、慢性婦女乳腺小葉增生、痛經等證屬陽虛寒凝者。近年來廣泛應用于腫瘤的臨床治療，臨床研究表明陽和湯聯合放化療治療腫瘤效果優于單純使用放化療方案，陽和湯觀察組可顯著提高患者生存、生命質量，減輕患者痛苦[2]。然而，其化學物質基礎和抗NSCLC的作用機理尚不明確。為進一步探明陽和湯(本研究結合臨床實際應用，在原方基礎上加淫羊藿、枸杞，減鹿角膠)的化學物質基礎和抗NSCLC的作用機理，通過網絡藥理學和實驗文獻聚類分析探討陽和湯在體內“多成分—多靶點—多通路”的整體藥理作用機制，從分子水平來解析中藥復方及配伍的科學基礎，為中醫治療肺癌提供新思路和用藥參考。

1 材料和方法

1.1 網絡藥理學研究

1.1.1 陽和湯成分靶點和NSCLC靶點篩選 通過TCMSP數據庫[3](https://tcmspw.com/tcmsp.php)檢索白芥子、甘草、干姜、枸杞、麻黃、肉桂、熟地黃以及淫羊藿的化合物成分，本研究中，口服生物利用度(oral bioavailability，OB)≥30%和類藥性(class of drugs，DL)≥0.12的化合物被選擇用于后續研究，將納入的化合物成分通過TCMSP數據庫進行成分的靶點獲取，經匯總刪重后，白芥子獲得6個化合物成分，74個靶點；甘草獲得98個化合物成分，230個靶點；干姜獲得11個化合物成分，102個靶點；枸杞獲得55個化合物成分，200個靶點；麻黃獲得39個化合物成分，255個靶點；肉桂獲得4個化合物成分，63個靶點；熟地黃獲得9個化合物成分，36個靶點；淫羊藿獲得25個化合物成分，218個靶點。以“non-small cell lung cancer”為關鍵詞，在GeneCards[4]數據庫(https://www.genecards.org/)、 NCBI基因數據庫[5](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)進行人類基因檢索，其中GeneCards的數據將Relevance score進行中位值的篩選以獲得更相關的靶點。經檢索，在GeneCards數據庫檢索到2453條相關基因，NCBI數據庫獲得1939個基因。將這2個數據庫的基因合并刪重之后，得到3132個NSCLC相關基因，隨后將篩選出的陽和湯成分靶點和NSCLC靶點輸入韋恩圖制作軟件Venny 2.1，得到190個交集靶點，作為陽和湯作用于NSCLC的預測靶點，進行后續的蛋白—蛋白互作網絡(protein-protein interaction，PPI)構建、基因本體論(Gene ontology，GO)分析和京都基因與基因組百科全書(Kyoto encyclopedia of genes and Genomes，KEGG)通路富集分析。

1.1.2 陽和湯治療NSCLC靶點網絡構建和關鍵成分篩選 為了更好地理解陽和湯治療NSCLC 作用機制中相應靶點之間的復雜關系，本研究將納入的成分、NSCLC以及作用靶點為基礎，構建了成分—疾病—靶點網絡圖，導入Cytoscape 3.8.0[6]中進行網絡圖的繪制并進行拓撲分析，將成分進行degree的排序，將大于2倍平均度值的成分篩選出來作為關鍵成分。

1.1.3 交集靶點PPI網絡構建和拓撲分析 為闡明靶點蛋白在生物網絡系統水平的作用，將獲取的交集靶點輸入String數據庫[7](https://string-db.org/cgi/input.pl)進行PPI網絡的構建，將生物種類設定為“人類(Homo sapiens)”，可信度設置為>0.9，構建PPI 網絡。本研究將獲取的PPI網絡導入Cystoscape 3.8.0中，通過Network Analyzer工具進行拓撲分析，以自由度(degree)、介數(betweenness centrality)、 平均最短路徑長度(average shortest path length) 和接近中心性(closeness centrality)這四個參數為參考標準，通過degree排序，選取分值大于平均分的基因作為關鍵靶點，并篩選出前20個關鍵靶點。

1.1.4 MCODE聚類分析 通過MCODE分析[8]進行關鍵基因的篩選，將已經構建好的PPI網絡導入Cytoscape 3.8.0中，打開MCODE模塊進行基因簇的分析以及核心靶點的篩選。

1.1.5 GO富集分析和KEGG通路富集 為進一步說明藥物與疾病交集靶點在基因功能和信號通路中的作用，本研究將藥物疾病交集靶點進行GO 的生物過程(biological process，BP)、分子功能(molecular function，MF)、細胞組分(cell component，CC)富集，引用String 數據庫，將校正P值≤0.05的項目進行篩選，使用R 3.6.3 軟件，安裝并引用clusterProfiler、enrichplot、ggplot2包，進行柱狀圖和氣泡圖繪制。

1.1.6 陽和湯治療NSCLC的通路和靶點網絡構建 將陽和湯—成分—NSCLC—通路—靶點網絡文件導入Cytoscape 3.8.0進行通路網絡圖的繪制，更直觀地展示陽和湯活性成分在治療NSCLC過程中可能的作用通路和靶點。

1.2 實驗文獻聚類分析

基于對陽和湯及關鍵成分槲皮素、木犀草素、山奈酚作用于NSCLC的實驗文獻進行數據挖掘，進一步佐證網絡藥理學的預測結果。

1.2.1 文獻來源及檢索方式 2021年6月計算機檢索PubMed、EMBASE、Science Direct、中國知網(CNKI)、萬方知識服務平臺、維普網(VIP)和中國生物醫學文獻數據庫(CBM)等數據庫，檢索均從建庫截至2021年6月。中文檢索詞：陽和湯、槲皮素、木犀草素、山奈酚、大鼠、小鼠、細胞、通路、實驗；非小細胞肺癌、肺癌、肺腫瘤、NSCLC；英文檢索詞：Yanghe decoction、Quercetin、luteolin、Kaempherol、cell、non-small cell lung cancer、lung cancer、lung carcinoma、NSCLC。

1.2.2 文獻納入與排除標準 納入標準：(1)陽和湯及關鍵成分槲皮素、木犀草素、山奈酚對NSCLC作用機制的實驗研究；(2)陽和湯為中藥復方制劑，實驗用直接煎煮或成分萃取均可，槲皮素、木犀草素、山奈酚實驗成分包括天然萃取與化學合成；(3)研究類型包括體內實驗(in vivo)和體外實驗(in vitro)；(4)文獻報道數據必須有但不限于作用靶點；(5)語言包括中文或英文。排除標準：(1)作者與內容、數據重復文獻，包括期刊論文與學位論文內容/數據相同文獻，中、英文研究者與研究內容、數據相同文獻，均只選用最新發表文獻1篇，其余視為重復文獻排除；(2)綜述類文獻；(3)藥理研究、實驗、方藥機制類文獻無作用靶點數據或者實驗結果不確定的文獻；(4)關于槲皮素、木犀草素、山奈酚經修飾后的衍生物實驗研究的文獻。

1.2.3 統計學處理 使用Noteexpress進行文獻管理和初篩，然后逐篇閱讀文獻全文，將符合納入標準的文獻收入，利用Microsoft Excel 2016建立數據庫，錄入文獻的外部特征，如：題目、作者、文獻發表時間、發表形式等；文獻內部信息，如：實驗類型、實驗藥物、實驗動物/細胞、檢測靶點、靶點信號的上調/下調、可能的信號通路等。對于檢測靶點、靶點信號的上調/下調數據信息進行標準化，以文獻中檢測出的靶點頻次為數據的度值，然后形成矩陣數據，導入Heatmap illustrator軟件進行聚類分析，結果以矩陣熱圖表示，對于其他類信息采用描述性統計方法。

2 結果

2.1 基于網絡藥理學分析陽和湯治療NSCLC的作用機制

2.1.1 藥物疾病交集靶點的PPI網絡分析和拓撲分析 通過前期數據挖掘和靶點篩選，課題組將190個交集靶點導入Cytoscape軟件繪制PPI網絡圖，如圖1所示，該網絡中有190個節點，832條邊，平均度值為8.76。圖中的節點顏色和大小根據度值調整，度值越大顏色越深，度值越大線越粗，從粗到細表示邊介數從大到小。拓撲分析通過degree排序，總共篩選出個68關鍵靶點，將前20個靶點使用R 3.6.3進行圖片繪制，橫坐標為每個靶點的度值，見圖2。其中度值最高的為MAPK1，其他依次為MAPK3、STAT3、Akt1、JUN等，所有的關鍵基因都在NSCLC中的發生發展過程中扮演重要角色。

圖1 關鍵靶點網絡互作圖

圖2 拓撲分析結果(前20個關鍵靶點)

2.1.2 核心基因與關鍵成分 通過MCODE分析進行關鍵基因的篩選，總共得到7個基因簇和6個核心基因，核心基因為CYP3A4、INSR、RXRB、PLG、PGR、SCD。將成分—疾病—靶點網絡圖，導入Cytoscape 3.8.0 中進行拓撲分析。將成分進行degree的排序，將大于2倍平均度值的成分篩選出來作為關鍵成分，總共有11個關鍵成分(度中心性值越高成分越重要)，詳見表1。

表1 陽和湯關鍵成分信息表

根據關鍵成分的排序賦值成分在關聯藥物中的分值，槲皮素為11，其他10種成分依次為10至1，然后統計關聯藥物的分值，關聯藥物及分值詳見圖3。除熟地黃之外，陽和湯其余藥物均與關鍵成分關聯，其中麻黃、甘草、淫羊藿分值居前三，并顯著高于其他的關聯藥物。

圖3 陽和湯關鍵成分與關聯藥物分值圖

2.1.3 藥物疾病交集靶點的GO富集與KEGG通路富集 通過GO富集分析到2405條生物過程，165項分子功能相關，68項細胞組分相關。將藥物疾病交集靶點進行KEGG通路富集分析，總共富集到168條信號通路，并篩選出最顯著的前20條通路繪制氣泡圖，詳見圖4。

圖4 KEGG通路富集氣泡圖

2.1.4 陽和湯治療NSCLC的多成分、多靶點、多通路網絡圖 運用Cytoscape 3.8.0進行中藥—成分—疾病—通路—靶點網絡圖的繪制，見圖5。如圖所示，紫色為中藥，藍色為化合物，黃色為中藥作用于疾病的靶點，綠色為最顯著的前20條通路，紅色為NSCLC，直觀地展示了陽和湯活性成分在治療NSCLC過程中的多成分—多通路—多靶點的作用特點。

圖5 陽和湯治療NSCLC的中藥—成分—疾病—通路—靶點網絡圖

2.2 基于實驗研究文獻聚類分析陽和湯治療NSCLC的作用機制

2.2.1 納入文獻及實驗情況 本次納入研究的文獻共44篇，其中中文35篇、英文9篇，發表年份與篇數分別為(2005/3，2007/3，2009/1，2010/1，2012/6，2013/1，2014/3，2015/3，2016/2，2017/5，2018/5，2019/4，2020/5，2021/2)。44篇文獻中納入實驗50個，其中體內實驗14個，體外實驗36個，實驗動物包括大鼠(2)和小鼠(12)，實驗用細胞系/株與實驗次數分別為(A549/26，H460/5，H1975/3，H1299/1，HCC827/1，BEAS-2B/1)。

2.2.2 陽和湯及關鍵成分作用于NSCLC的靶點聚類分析 研究將標準化處理后的檢測靶點、靶點信號的上調/下調數據導入Heatmap illustrator軟件進行聚類分析，結果以矩陣熱圖表示，其中圖6左側為體內實驗檢測槲皮素(Que)、木犀草素(Lut)、陽和湯(YHD)治療NSCLC的作用靶點與靶點信號的表達，圖6右側為體外實驗檢測槲皮素(Que)、木犀草素(Lut)、山奈酚(Kae)治療NSCLC的作用靶點與靶點信號的表達，紅色顯示上調，藍色顯示下調，顏色的深淺顯示度值。

圖6 陽和湯治療NSCLC的靶點信號熱圖

圖6顯示促腫瘤細胞凋亡信號的上調，如Bax/Bcl-2、p53、PTEN等，促進腫瘤細胞生長/抑制腫瘤細胞凋亡信號的下調，如VEGF、EGFR、Akt、Vimentin、Src等，其可能的通路幾乎覆蓋了NSCLC的主要的通路，如Src/Fn14/NF-κB、PTEN-PI3K-Akt/mTOR、EGFR/ALK、RAS-MAPK、JAK-STAT、HER3，陽和湯的關鍵成分作用點有相同也有不同，具有靶點信號調節的互補和疊加效應，充分地顯示了中藥復方多成分—多靶點—多通路治療腫瘤的作用機制。

3 討論

《素問·陰陽應象大論篇》云：“陽化氣，陰成形。”中醫將肺癌稱為“肺積”，陽虛陰結、氣血虧虛、痰瘀互結是肺癌的主要病機。陽和湯溫陽補血，散寒通滯，可起“益火之源，以消陰翳”之功，以溫消積，多聯合放化療或者靶向治療脾腎陽虛型中晚期NSCLC。本研究發現陽和湯含有多個具有一定的抗腫瘤作用的關鍵成分，如槲皮素、木犀草素、山奈酚、β-谷甾醇、異甘草素等，顯著關聯藥物為麻黃、甘草、淫羊藿，提示開通腠理逐寒凝、溫通氣血養肺金是陽和湯治療陽虛型肺癌的主要機制。近期研究認為槲皮素和木犀草素均能調控NF-κB信號通路，均可聯合吉非替尼起到協同抗NSCLC作用，其中槲皮素下調p-Akt蛋白的表達水平，促進腫瘤細胞凋亡[9]，通過抑制Src/Fn14/NF-κB信號通路，抑制NSCLC細胞的增殖和轉移，槲皮素的低細胞毒性和高豐度代表了其在NSCLC臨床治療中的應用前景[10]。有研究認為，槲皮素通過調控SIRT1/AMPK[11]、AMPK/mTOR[12]信號通路可誘導自噬促進肺癌細胞凋亡。木犀草素可降低TBK1的表達，部分恢復對吉非替尼的敏感性[13]。另有研究認為，下調AIM2可能是木犀草素對NSCLC的抗腫瘤作用關鍵途徑[14]，木犀草素可有效抑制H460細胞的增殖和遷移，這可能與其對E-cadherin和N-cadherin等上皮間質轉化相關標志蛋白的調控有關[15]。山奈酚能通過調控miRNA21/PTEN/Akt信號通路抑制NSCLC A549細胞增殖[16]，通過抑制ERRα降低NSCLC A549細胞侵襲和遷移能力，并抑制其上皮間質轉化[17]。另外，成分—靶點網絡中的關鍵靶點主要有MAPK、STAT3、Akt1、IL-6、EGFR等，這些蛋白參與細胞增殖、分化、癌變、轉移、凋亡等，調控靶點蛋白的表達是抑制NSCLC的過程中起到重要作用。結合GO及KEGG通路富集分析，陽和湯可能通過調控MAPK/NF-κB/STAT/Akt1/TNF等多級交叉的信號通路抑制腫瘤血管生成，抑制腫瘤細胞增殖與遷移，誘導腫瘤細胞凋亡。

網絡藥理學分析充分體現了陽和湯治療NSCLC多通路、多靶點的網絡模式，中藥復方的多成分可以通過多種途徑作用于疾病的多個方面，并且產生相互協同效應。研究的第二部分通過對實驗研究文獻的聚類分析，進一步清晰地展示了陽和湯及其關鍵成分作用于NSCLC的生物靶點分布及靶點信號的調節，不僅佐證了網絡藥理學的分析結果，并且更加豐富和具體，明確到成分對應靶點信號的調節方式，成分之間靶點互補以及共同靶點的作用關系。在過去的20年中，NSCLC治療已經從以細胞毒性治療為中心發展到以肺腺癌和肺鱗癌中特定分子亞型為靶點的有效且耐受性更好的治療方案[18]，近年有多項臨床研究認為靶向藥聯合中藥復方治療NSCLC更能獲益，中藥復方可起到增敏增效、提高免疫力、提高患者生活質量、減少不良反應的作用[19]。本研究納入分析的文獻也為此提供了實驗研究依據，體內實驗研究顯示陽和湯有較好的免疫調節作用，例如增加NK細胞活性[20]，提高CD3+、CD4+/CD8+比率，提高荷瘤小鼠體質量、脾指數和胸腺指數及血清Th1、細胞因子IL-2 含量，從而使荷瘤機體內Th1/Th2平衡漂移向Th1 占主導的地位轉換，起到抑制腫瘤的效果[21]，為陽和湯在臨床應用中減輕放化療不良反應，改善臨床癥狀提供了體內實驗依據。體外實驗研究中部分實驗采用TKI靶向藥耐藥株H1975[22]、PC9/GR10來檢測陽和湯關鍵成分的抗耐藥效果，結果顯示對于重啟腫瘤細胞凋亡信號通路具有積極作用，從而驗證了陽和湯在臨床應用中對TKI靶向藥的增敏效果。目前一線靶向治療NSCLC藥物吉非替尼、奧希替尼、厄洛替尼等治療的靶點為EGFR，有研究結果顯示肺癌患者中肺陰虧虛型、氣虛虧虛型、痰濕蘊肺型、腎陽虛衰型、肺脾氣虛型EGFR表達依次增高[23]，提示扶陽類中藥改善肺癌患者的陽虛體質可增強EGFR-TKI藥效。陽和湯篩選出的關鍵靶點中也有EGFR，文獻聚類分析顯示EGFR下調頻次最高，為陽和湯聯合靶向藥治療陽虛型肺癌提供了理論依據和用藥參考。

本研究通過網絡藥理學和實驗文獻聚類分析以闡明陽和湯及關鍵成分的作用靶點及網絡作用機制，對于臨床治療NSCLC不同亞型化藥耐藥、TKI抑制劑靶向藥耐藥的患者，在聯合用藥的藥方配伍上具有一定的指導意義，為研制更為有效的抗腫瘤藥物提供了一定的理論依據。本研究首次嘗試采用實驗文獻數據挖掘、熱圖聚類分析來佐證網絡藥理學研究結果，實驗文獻由于是全網檢索，實時采集，數據更新更全，可彌補網絡藥理學數據庫更新滯后的不足，增加了研究深度與廣度，熱圖分析更能清晰地呈現研究結果，適合在網絡藥理學研究中推廣。網絡藥理學在藥物發現的過程中發揮了越來越重要的作用，但在這個領域仍存在一定的局限性，目前采用網絡藥理學針對疾病篩選出的活性成分并非是中藥材現行標準中的主要質控成分或藥材中含量較高的成分，篩選出某些活性成分相似度較高，如槲皮素、山柰酚和谷甾醇等具有廣泛的活性，在不同藥物或處方的篩選中，篩選出來的結果有較大程度的相似性，顯然這一現象有待進一步探討[24]。桂皮醛作為肉桂標準活性成分，能有效抑制細胞凋亡，通過抑制Wnt/β-catenin信號通路，逆轉NSCLC細胞上皮間質轉化[25]，但在本研究未篩選出來，提示數據庫尚有待完善，篩選成分的標準尚有待優化。另中藥復方君臣佐使的配伍不僅針對疾病，也以證型為主，例如，中藥治療NSCLC有多個方劑，不同的方劑治療不同證型，中藥標準活性成分并不一定具有抗腫瘤作用，更側重于改善主要癥狀，從整體上改善內環境，激發人體自愈機制，癥狀的改善對患者產生積極心理作用，心理作用并非藥理機制，這種復雜的、間接的抗腫瘤機制無法在網絡藥理學中體現出來。本研究陽和湯中的熟地黃，用量最大，檢索2020版《中華人民共和國藥典(一部)》[26]，熟地黃標準活性成分為地黃苷D，并不具有抗腫瘤作用，地黃中的抗腫瘤作用成分為地黃多糖，地黃多糖在炮制過程發生了水解反應，其含量明顯降低，抗腫瘤作用也隨之減弱，僅從藥物成分來看，生地黃抗腫瘤作用更佳[27]，但針對陽虛型腫瘤患者，生地黃藥性偏寒，不可多用，重用藥性甘溫的熟地黃則能生精益髓，補陽祛邪，其藥理作用主要為抗氧化、調節免疫、促進造血、抗疲勞[28]，起到整體調節和體質改善作用，利于其他藥物中的抗腫瘤活性成分藥理機制的發揮。中藥網絡藥理學還需要經過不斷地完善和改進，不僅將其與藥理學、藥動學、毒理學和藥效學等學科有效結合，更要堅持以中醫藥整體觀念和辨證論治思維進行課題研究的科學設計，使篩選得到的活性成分和作用機制更有說服力。

注：本文出現的英文簡寫之中文全稱對應如下：

槲皮素(quercetin，Que)

木犀草素(luteolin，Lut)

山奈酚(kaempferol，Kae)

腺嘌呤核糖核苷酸活化蛋白激酶(adenosine monophosphate activated protein kinase，AMPK)

黑素瘤缺乏因子2(absent in melanoma 2，AIM2)

絲/蘇氨酸激酶(serine/threonine kinase，AKT)

間變性淋巴瘤激酶(anaplastic lymphoma kinase, ALK)

激活蛋白-1(activator protein-1，AP-1)

淀粉樣β前體蛋白(amyloid beta precursor protein，APP)

自噬相關5、7、12同源物(autophagy related 5、7、12 homolog，Atg5、7、12)

B淋巴細胞瘤-2基因中X蛋白比值(BCL2-associated X/B-cell lymphoma-2，bax/bcl-2)

過氧化氫酶(catalase，CAT)

周期蛋白D1(cyclin D1，CCND1)

細胞分裂周期2(cell division cycle 2，CDC2)

髓細胞組織增生病毒癌基因同源物(myelocytomatosis viral oncogene homolog，c-Myc)

細胞色素c氧化酶亞基2，(cytochrome c oxidase subunit 2，COX-2)

趨化因子(C-X-C基元)配體8[chemokine (C-X-C motif) ligand 8，CXCL8]

細胞色素P4503A4酶(cytochrome enzyme code P4503A4，CYP3A4)

肝癌缺失1(deleted in liver cancer 1，DLC-1)

雙特異性磷酸酶6(dual specificity phosphatase 6，DUSP6)

表皮生長因子受體(epidermal growth factor receptor，EGFR)

上皮間質轉化(epithelial-mesenchymal transitions, EMT)

雌激素受體相關受體α(recombinant estrogen related receptor alpha，ERRα)

雌激素受體1(estrogen receptor 1)

局部粘著斑激酶(focal adhesion kinase，FAK)

成纖維細胞生長因子誘導分子-14(fibroblast growth factor-inducible 14，Fn14)

v-fos FBJ鼠科骨肉瘤病毒癌基因同源物(v-fos FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog，FOS)

谷胱甘肽(glutathiore, GSH)

人類表皮生長因子受體-2,3(human epidermal growth factor receptor 2,3, HER2,3)

缺氧可誘導因子1(hypoxia inducible factor，HIF-1)

白細胞介素(interleukin，IL)

導型一氧化氮合酶(inducible nitric oxide synthase，iNOS)

胰島素受體(insulin receptor，INSR)

兩面神激酶(janus kinase，JAK)

v-jun肉瘤病毒17(v-jun sarcoma virus 17，JUN)

亮氨酸氨肽酶3(leucine aminopeptidase 3，LAP3)

微管相關蛋白1輕鏈3(microtubule-associated protein 1 light chain3，LC3)

絲裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase，MAPK)

鼠類轉化3T3細胞雙分2,4(murine double minute 2，Mdm2,4)

微小核糖核酸34a-5p(micro RNA-34a-5p，miR-34a-5p)

絲裂素活化蛋白激酶磷酸酶-1(mitogen activated protein kinase phosphatase 1，MKP-1)

基質金屬蛋白酶(matrix metalloproteinases, MMPs)

哺乳動物雷帕霉素靶蛋白(mechanistic target of rapamycin，mTOR)

銜接因子蛋白1(adaptor protein 1，NCK1)

核因子-κB(nuclear factor-κB，NF-κB)

自然殺傷細胞(nature killer cell，NK-C)

煙酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶(nadph oxidase，NOX)

核受體亞家族3組C成員1(nuclear receptor subfamily 3 group C member 1，NR3C1)

腫瘤蛋白21,53,62(tumor protein 21,53,62，p21,53,62)

聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(poly ADP-ribose polymerase，PARP)

增殖細胞核抗原(proliferating cell nuclear antigen，PCNA)

丙酮酸脫氫酶激酶同工酶1(pyruvate dehydrogenase kinase isozyme 1，PDK1)

孕酮受體(progesterone receptor，PGR)

磷酸化組蛋白H3(phosphorylated histone H3，PHH3)

磷脂酰肌醇 -3- 激酶(phosphatidylinositol-3-kinase，PI3K)

血纖維蛋白溶酶原(plasminogen，PLG)

脯氨酸豐富蛋白BstNI亞家族( proline-rich protein BstNI subfamily，PRB)

蛋白S6激酶(protein S6 kinase，p-S6K)

第10染色體缺失與張力蛋白同源的磷酸酶基因(gene of phosphate and tension homology deleted on chromosome ten，PTEN)

鼠科白血病病毒癌基因同源物(rat eukemia viral oncogene homolog，RAF)

鼠肉瘤病毒相關基因(rat sarcoma virus related genes，RAS)

成視網膜細胞瘤1(retinoblastoma 1，RB1)

網狀內皮細胞過多癥病毒癌基因同源物A(reticuloendotheliosis virus oncogene homolog a，RELA)

類視黃醇X 受體(β retinoid X receptor，RXRB)

硬脂酰基輔酶A脫氫酶(stearoyl-CoA desaturase，SCD)

沉默信息調節因子1(sirtuin 1，SIRT1)

錳超氧化物歧化酶2(manganese superoxide dismutase superoxide dismutase 2，SOD2)

信號傳導和轉錄激活因子3(signal transducer and activator of transcription3，STAT3)

轉化生長因子β引導(transforming growth factor beta-induced，TGFBI)

胰激肽釋放酶抑制劑(trypsin kallikrein inhibitor，TKI)

腫瘤壞死因子(tumor necrosis factor，TNF)

血管內皮生長因子(vascular endothelial growth factor，VEGF)

血管內皮生長因子A(vascular endothelial growth factor A，VEGFA)

無翅基因β-連環蛋白(wingless/β-catenin，Wnt/β-catenin)