本發明涉及一種陽離子可染阻燃高強聚酯纖維的制備方法,將低聚物A、低聚物B和對苯二甲酸乙二醇酯混合后進行縮聚反應制得陽離子可染阻燃聚酯母粒后,將陽離子可染阻燃聚酯母粒按照一定比例添加到聚酯切片進行熔融紡絲制備陽離子可染阻燃高強聚酯纖維;低聚物A由磷系阻燃劑與二元醇經酯化反應制得;低聚物B由間苯二甲酸磺酸鈉與二元醇經酯化反應制得;低聚物A與低聚物B的摩爾量之和與對苯二甲酸乙二醇酯的摩爾量之比為3:7~6:4。本發明的制備方法簡單,制得的陽離子可染阻燃聚酯母粒的結晶度較高,流動性較好,由其制備的陽離子可染阻燃高強聚酯纖維的力學性能優良,可用于汽車、輪船、高級賓館內部裝修等。