南海所完成首次紫海膽全基因組測(cè)序和組裝

近日，中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)成功完成了紫海膽的全基因組測(cè)序，首次構(gòu)建了紫海膽的染色體基因組圖譜。相關(guān)研究成果發(fā)表在Scientific data上。

紫海膽是一種亞熱帶重要的海洋高值經(jīng)濟(jì)棘皮動(dòng)物，分布于我國(guó)東南部沿海，國(guó)外僅分布于日本南部沿海。受棲息地衰退、過度捕撈、氣候變化等因素影響，紫海膽自然資源日漸衰退。揭示紫海膽基因組信息可以推動(dòng)紫海膽人工繁育技術(shù)的進(jìn)步，促進(jìn)紫海膽增養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)的發(fā)展。該論文采用Illumina二代、PacBio三代結(jié)合Hi-C測(cè)序技術(shù)，首次構(gòu)建了紫海膽的染色體基因組圖譜，紫海膽基因組大小為891.02 Mb，contig N50和scaffold N50長(zhǎng)度分別為0.81 Mb和37.61 Mb。紫海膽約99.52%的基因組序列錨定到21條染色體上，共注釋到28 966個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，94.58%的基因可以注釋到NR、GO、KEGG等數(shù)據(jù)庫(kù)中；對(duì)非編碼RNA注釋，共預(yù)測(cè)得到8 855個(gè)tRNA，602個(gè)rRNA，86個(gè)miRNA；對(duì)假基因注釋，得到183個(gè)假基因。該研究可為紫海膽分子標(biāo)記開發(fā)、基因定位與挖掘、全基因組水平的分子輔助育種等奠定重要基礎(chǔ)。

該研究工作得到了國(guó)家自然科學(xué)基金（32160863）、中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)研究院南海水產(chǎn)研究所所級(jí)基本科研業(yè)務(wù)費(fèi)（2023XK01）、三亞崖洲灣科技城項(xiàng)目（SKJC-2022-PTDX-014）的支持。

（來(lái)源：南海水產(chǎn)研究所）