程曉欣 閆晉強 翟許玲 吳智明 江彪



摘 ? ?要:葫蘆科作物是世界第四大重要的經濟作物,由115個屬960個種組成,擁有豐富的種質資源。隨著人們對產量和品質需求的提升,如今市場上葫蘆科作物的栽培品種逐漸趨于同質化,種質資源遺傳多樣性變窄。系統研究葫蘆科作物遺傳多樣性可以更全面、系統地發掘種質資源信息,對促進育種工作的進展發揮關鍵作用。主要介紹葫蘆科作物的起源與系統進化關系、種質資源收集情況,并歸納總結葫蘆科作物遺傳多樣性的相關研究,尤其是黃瓜、南瓜、西瓜、甜瓜和冬瓜的遺傳多樣性研究進展與育種創新等主要成果,以期為葫蘆科作物的多樣性利用和育種奠定堅實的基礎。
關鍵詞:葫蘆科;種質資源;遺傳多樣性
中圖分類號:S642+S65 文獻標志碼:A 文章編號:1673-2871(2024)05-001-11
Research progress on genetic diversity in Cucurbitaceae crops
CHENG Xiaoxin1, 2, YAN Jinqiang1, ZHAI Xuling1, WU Zhiming2, JIANG Biao1
(1. Guangdong Key Laboratory for New Technology Research of Vegetables/Vegetable Research Institute, Guangdong Academy of Agricultural Sciences, Guangzhou 510640, Guangdong, China; 2. College of Horticulture and Landscape Architecture, Zhongkai University of Agriculture and Engineering, Guangzhou 510225, Guangdong, China)
Abstract: Cucurbitaceae is the fourth most important economic crop in the world, comprising 960 species in 115 genera and possessing rich germplasm resources. However, the cultivated species of Cucurbitaceae crops have gradually become assimilated and the genetic diversity of germplasm resources has become narrower due to long time selection for yield and high quality. A systematic study on the genetic diversity of Cucurbitaceae crops will enable us to explore their germplasm in a more comprehensive way, which would help in promoting the breeding program. In this paper, the origin of Cucurbitaceae crops and their phylogenetic relationships were introduced, and the collection of germplasm resources of Cucurbitaceae crops was explored. The authors also summarized the relevant studies of genetic diversity of Cucurbitaceae crops and breeding innovations, especially those of cucumber, pumpkin, watermelon, melon and wax gourd, which lays a solid foundation for the utilization of variety and cultivation of Cucurbitaceae crops.
Key words: Cucurbitaceae; Germplasm resources; Genetic diversity
葫蘆科(Cucurbitaceae)作物是世界第四大重要經濟作物,僅次于禾本科、豆科和茄科。葫蘆科作物由115個屬960個種組成[1],包括黃瓜(Cucumis sativus)、南瓜(Cucurbita pepo, Cucurbita moschata, Cucurbita agyrosperma)、苦瓜(Momordica charantia)、西瓜(Citrullus lanatus)、甜瓜(Cucumis melo)、冬瓜(Benincasa hispida)等。大多數葫蘆科作物為一年生藤本植物,少數是多年生木本、藤本、多刺灌木或喬木。葉互生、單掌狀淺裂或掌狀復葉,莖有毛,花為黃色或白色單性花,雌雄同株或異株,下位子房,果實通常是瓠果。除作為經濟作物外,一些葫蘆科作物兼具藥用或觀賞價值[2-4]。羅漢果(Siraitia grosvenorii)有止咳解暑、調節腸道、健脾胃等藥用功效[5];葫蘆(Lagenaria siceraria)老熟時表面光滑、堅硬,常作為工藝品用于觀賞等[6]。近年來,隨著人們對產量和品質需求的不斷提升,市場上葫蘆科作物的栽培品種逐漸趨于同質化,種質資源遺傳多樣性變窄,嚴重制約了葫蘆科作物產業的健康發展。筆者通過對葫蘆科作物起源與系統進化、種質資源概況及遺傳多樣性等3個方面進行綜述,以期為葫蘆科作物新品種選育提供參考。
1 葫蘆科作物起源與系統進化關系
葫蘆科作物可能起源于晚白堊紀,與早期的葫蘆科作物全基因復制事件有關。此外,在白堊紀-近古紀邊界,地球上超過75%物種的大規模滅絕事件推動了早期葫蘆科作物的進化[2]。研究發現,約109百萬年前葫蘆目和殼斗目分化,約90百萬年~102百萬年前葫蘆科常四倍體復制事件(CCT)發生,CCT事件可能直接導致葡萄與大多數的葫蘆科作物分化[3]。
葫蘆科作物具有重要的經濟價值,全面而又完整的葫蘆科系統發育研究為了解葫蘆科進化和進行比較基因組學研究奠定了堅實的基礎。目前,已有從農藝性狀和分子水平研究葫蘆科作物的親緣關系、起源地和系統分化時間等研究。利用傳統的分類學方法,通過卷須特征、果實類型以及種皮和花粉結構,將葫蘆科分為兩個亞科、11個類群和130個屬,其中50個屬中每個屬只有一個種[7]。隨著分子生物學的發展,不同學者通過多組學技術手段從分子水平分析了葫蘆科的進化關系。研究結果表明,葫蘆科主要經濟作物中羅漢果族Siraitieae(如羅漢果等)演化時間最長;南瓜族Cucurbiteae(如印度南瓜、美洲南瓜、中國南瓜、野生灰籽南瓜)與冬瓜族Benincaseae(如甜瓜、黃瓜、冬瓜、葫蘆、西瓜等)親緣關系最接近,與刺瓜藤族Sicyoeae(如蛇瓜、佛手瓜、廣東絲瓜、絲瓜等)、苦瓜族Momordiceae(如苦瓜等)、羅漢果族Siraitieae親緣關系依次變遠[2,4,8]。但由于不完全譜系排序(ILS)和雜交等因素,使葫蘆科作物系統發育基因組學的研究結果存在一定的偏差[9]。因此,關于葫蘆科作物系統進化的研究有待進一步發掘。Guo等[10]對400多份西瓜種質資源開展了基因組變異分析,共鑒定近2000萬個SNP,在此基礎上,首次明確了西瓜7個種之間的進化關系,發現野生黏籽西瓜是距現代栽培西瓜親緣關系最近的種群,也發現了利用野生西瓜進行抗性改良的基因組痕跡。Zhao等[11]分析了1000余份甜瓜種質資源的基因組變異,共鑒定了560余萬個SNP,群體結構分析發現,甜瓜至少經歷過3次獨立的馴化事件(兩次發生在印度,一次發生在非洲),薄皮甜瓜和厚皮甜瓜亞種分別從印度不同的野生群體馴化而來。
2 葫蘆科作物種質資源概況
全球主要的葫蘆科經濟作物主要包括翅子瓜亞科(Zanonioideae)和葫蘆亞科(Cucurbitoideae)兩個亞科[12]。迄今為止,葫蘆科已經成為全球重要的作物種群,其豐富的種質資源為人類提供了重要的食物來源。然而,隨著人們對產量和品質的需求增加,如今市場上葫蘆科作物的栽培品種逐漸趨于同質化,種質資源遺傳多樣性變窄。而在野生種和突變種中,存在許多優良的抗逆性狀[13-14]。因此,積極開展種質資源收集,拓展野生種、外來優良品種種質顯得尤為重要[15]。筆者對葫蘆科主要經濟作物包括黃瓜、南瓜、西瓜、甜瓜和冬瓜種質資源分類、用途與收集情況(表1)進行闡述。
黃瓜(C. sativus,2n=14)屬于葫蘆科黃瓜屬(Cucumis L.)黃瓜亞屬中的一個種,其中黃瓜種又分為 4個變種:栽培黃瓜變種(var. sativus)、哈式黃瓜變種(var. hardwickii Gabaev)、錫金黃瓜變種(var. sikkimensis)和西雙版納黃瓜變種(var. xishuangbannanesis)[13]。按地區和生態學性狀分類,黃瓜可分為華南型、華北型、歐洲溫室型、歐美露地型、加工型及野生型等不同類型[16]。中國農業科學院蔬菜花卉研究所收集黃瓜種質資源5000份左右,其他資源庫收集情況如表1所示。
南瓜屬(Cucurbita)作物種質資源豐富,主要包括5個栽培種:灰籽南瓜(C. argyrosperma P.)、黑籽南瓜(C. ficifolia B.)、印度南瓜(C. maxima D.,別名:筍瓜)、中國南瓜(C. moschata D.,別名:南瓜)和美洲南瓜(C. pepo L.,別名:西葫蘆)[17-18]。其中,灰籽南瓜分為兩個亞種,栽培亞種C. argyrosperma ssp. argyrosperma和野生亞種C. argyrosperma ssp. sororia[19]。南瓜屬作物可用于鮮食,也可作為其他蔬菜的砧木使用。按照主要食用部位,分為肉用南瓜和籽用南瓜。中國南瓜在我國的種植面積最大,產量最高,以肉用為主,分為食用嫩瓜型和食用老瓜型[20]。而灰籽南瓜種子是墨西哥人的烹飪食材,其果實也作為藥材、糧食作物使用[19]。研究發現,18個南瓜屬作物中,黑籽南瓜耐熱性最好,中國南瓜耐熱性次之,印度南瓜耐熱性中等,美洲南瓜耐熱性最差[21],因此黑籽南瓜、中國南瓜以及印度南瓜和中國南瓜的雜交種Shintoza等是優良的砧木品種,具有抗溫度脅迫、抗病蟲害和耐鹽堿,以及使接穗產生高質量果實的優良性狀[18]。國際糧食和農業植物遺傳資源數據庫(Genesys,https://www.genesys-pgr.org/)共保存南瓜種質資源24 156份。
西瓜(C. lanatus,2n=22)屬于西瓜屬(Citrullus)作物。根據基因型的不同,成熟西瓜果肉的顏色可以從紅色到粉紅色、橙色、黃色以及這些顏色的混合。林德佩[22]建議將西瓜分為4種、3亞種和4變種,包括西瓜、藥西瓜、缺須西瓜和熱迷西瓜;按照生態型分類,則可分為華北生態型、東亞生態型、俄羅斯生態型、北美生態型、非洲生態型和新疆生態型;按經濟用途分為有籽西瓜、無籽西瓜、少籽西瓜等[23]。如今市場上大多銷售西瓜品種為甜西瓜[C. lanatus (Thunb.) Matsum. & Nakai]的栽培種,果形、果色、風味豐富多樣;甜西瓜野生種與飼用西瓜[var. citroides(Beiley)Mansf.]是干旱地區獲得水分的重要資源,也可作為動物飼料和嫁接砧木;黏籽西瓜(ssp. mucosospermus Fursa)則以其特殊的黏液種皮而聞名,主要食用其種子,或作為籽用西瓜改良育種材料[22,24]。截止目前,國際糧食和農業植物遺傳資源數據庫(Genesys,https://www.genesys-pgr.org/)共保存西瓜種質資源4370份。
甜瓜(C. melo L.,2n=24)是黃瓜屬(Cucumis)一年生蔓性植物,是世界十大水果之一,在葫蘆科作物中遺傳多樣性豐富程度僅次于南瓜,其中白皮、綠皮、黃皮是甜瓜市場的主流皮色[25]。Pitrat等[26]將甜瓜分為2個亞種和16個變種,包括厚皮甜瓜亞種 (ssp. melo)和薄皮甜瓜亞種(ssp. agrestis);按用途分類,可分為菜用型(俗稱:菜瓜),水果型(俗稱:甜瓜)和觀賞型(如香瓜var. dudaim);林德佩[27]對Pitrat[26]的建議作了補充和簡化,按照花器子房上茸毛的多少將甜瓜種劃分成2個亞種、10個變種,包括短毛甜瓜亞種(ssp. agrestis Jeffrey)和長毛甜瓜亞種(ssp. melo Jeffrey)。短毛甜瓜亞種大多果肉不香,含糖量不高,作為蔬菜生食或煮食,抗性強,是良好的育種材料;而大多數商業栽培種都屬于厚皮甜瓜亞種,肉軟多汁有香氣,如新疆特產哈密瓜、歐美品種Piel de sapo、Muskmelon等都屬于該亞種。甜瓜種質資源豐富,國際糧食和農業植物遺傳資源數據庫(Genesys,https://www.genesys-pgr.org/)共保存甜瓜種質資源9394份。
冬瓜(B. hispida Cogn.,2n=24)原產我國南部和印度,主要分布在我國湖南和廣東及印度、泰國、緬甸等地。冬瓜產量高,耐貯藏,果實質量差異較大。冬瓜按果實形狀可以分為扁圓形(如北京一串鈴)、短圓柱形(如冬瓜新品種墨寶)和長圓柱形(如鐵柱2號)3種;按果實表皮顏色和成熟瓜表皮被蠟粉與否,可分為青皮冬瓜(如廣東青皮冬瓜)和白皮(粉皮)冬瓜(如上海白皮冬瓜);按果實大小,可分為小型冬瓜(如吉林小冬瓜)和大型冬瓜(如四川大冬瓜)[28-32]。冬瓜種質資源收集相對較少,國際糧食和農業植物遺傳資源數據庫(Genesys,https://www.genesys-pgr.org/)保存冬瓜種質資源僅359份。
3 遺傳多樣性
遺傳多樣性一般以形態學表型分析及高通量測序等分子水平分析相結合,可以更全面、系統地了解某一物種的多樣性,對促進育種工作的進展發揮關鍵作用[15,33-34]。利用分子標記技術可以分析不同種質資源之間的親緣關系與遺傳多樣性,該技術已廣泛應用于黃瓜[35]、南瓜[17,36]、西瓜[37]、冬瓜[38]、節瓜[39]、絲瓜[40]、苦瓜[41]、甜瓜[42]等不同葫蘆科作物。此外,隨著分子檢測技術的快速發展,發現單基因組測序并不能完全代表物種序列多樣性,泛基因組測序成為新型的分析方法[43]。目前,泛基因組測序已逐漸應用于葫蘆科作物的遺傳多樣性研究[44-46]。美國農業部成立的葫蘆科作物基因組計劃(cucurbit genomics project,CucCAP)通過基因分型測序(GBS)與全基因組關聯分析(GWAS),對所收集的1234個黃瓜品種[47]、1677個南瓜品種[48]、1365個西瓜品種[49]、2083個甜瓜品種[50]等進行分析,發現所收集的種質資源具有豐富的遺傳多樣性。葫蘆科主要經濟作物遺傳聚類分析的相關研究如表2[17,37-42,51-63]所示。
3.1 黃瓜遺傳多樣性研究
黃瓜的形態生理性狀是評估優良品種的重要指標,多以重要農藝性狀與重要營養物質含量分析其遺傳多樣性。Pandey等[64]對40份來自印度農業研究理事會的黃瓜種質的質量性狀(50%雌花開花所需時間、平均單果質量、莖長等)和EST-SSR序列進行遺傳多樣性分析,發現無論基于質量性狀還是EST-SSR標記,均可將黃瓜分為3個類群,且所收集品種的形態生理性狀多樣性較分子水平多樣性高。在果實外觀性狀研究方面,趙陸滟等[65]對來自云南省及國外的126份黃瓜種質的11個果實外觀性狀進行多樣性分析,發現平均遺傳多樣性指數為1.505,主成分分析結果表明,前4個主成分因子(瓜長、瓜刺顏色、瓜橫徑、瓜柄長相關)累積貢獻率達79.024%;聚類分析結果表明,126份黃瓜種質材料分成七大類(Ⅰ~Ⅶ)。在果實營養成分研究方面,王壯壯等[66]基于64份黃瓜核心種質的果實維生素C含量進行遺傳多樣性和聚類分析,將供試材料劃分為4類,并篩選出4份穩定的高維生素C含量黃瓜種質。
有研究表明,黃瓜多樣性低于其他黃瓜屬作物。Li等[67]首次構建高質量黃瓜泛基因組圖譜,發現由于黃瓜染色體數量較其他黃瓜屬作物少,且馴化瓶頸較其他黃瓜屬作物嚴重,故遺傳背景較窄,多樣性較低。此外,多個研究者發現黃瓜遺傳多樣性多以地區分型為主(圖1),包括華南型、華北型、西雙版納型和歐洲型,而不同分型間也有遺傳多樣性差異。Yang等[68]首次利用Target SSR-seq技術對382個黃瓜品種進行基因分型,并將黃瓜分為4個亞群(華南型、華北型、歐洲型和西雙版納型),分析發現群體間分化水平不高,遺傳背景較窄。Zhang等[69]利用新型SNP基因分型技術將261份中國黃瓜品種分為4個亞群(華南型、華北型、西雙版納型和歐洲型),其中華南型與華北型相較于歐美型和西雙版納型遺傳多樣性較低。此外,該試驗篩選出了24個單核苷酸多樣性(SNPs)位點與29份核心黃瓜資源。Park等[70]利用Fluidigm高通量基因分析系統對300份黃瓜品種(280份來自亞洲、歐洲、美洲、非洲和20份來自韓國商業品種的雜交一代)進行基因分型,共篩選出151個SNP位點,并將黃瓜分為2個類群和4個亞群,多數品種按照地區分型,其中,亞洲和韓國商業品種群體內多樣性高于美洲和歐洲,而亞洲、美洲和歐洲品種群體間多樣性均比較高。
3.2 南瓜遺傳多樣性研究
通過收集不同品種或不同地域南瓜資源進行遺傳多樣性分析,發現南瓜種質資源間存在遺傳變異與品種馴化差異。有學者通過結合多個形態生理性狀和分子水平方面的研究,發現巴西南部尤其潘帕生物群落是南瓜屬遺傳變異最大的地區[71]。而在非洲,Ezin等[72]對從非洲西部貝寧收集的6個地方品種通過調查表型性狀(花、果實和種子)和生長參數分析遺傳多樣性,結果表明,27個數量性狀中15個表現出遺傳變異,通過主成分分析將材料分為3組,并發現大多數性狀的表型變異系數估計值高于基因型變異系數估計值。在埃及,Mady等[55]利用二極管陣列近紅外(NIR)技術和ISSR分子標記分別對9個埃及地方南瓜(Cucurbita moschata Duchesne)的化學成分(南瓜籽的脂肪、水分、蛋白質、灰分、纖維和總碳水化合物含量)和遺傳多樣性進行分析,發現所有被測種子化學成分數量性狀的表型變異系數均高于基因型變異系數,ISSR數據的多態性分析將9個地方南瓜品種劃分為2個主類群、2個亞類群和4個亞亞類群。在我國南瓜地方種質資源多樣性研究方面,陳晟等[73]以第三次全國農作物種質資源普查收集的58份福建地方南瓜品種資源為材料,測定種子與幼苗性狀,發現材料變異系數幅度為7.23%~54.69%,性狀之間差異明顯,具有豐富的遺傳多樣性,并將福建省南瓜地方資源劃分為3個類群,不同類群間具有遺傳差異;劉文君等[74]從廣西地區收集284份南瓜地方種質資源,從葉片與主蔓、果實、雌花始花期、品質,以及白粉病和病毒病抗性方面進行評價,發現廣西南瓜地方資源呈現北多南少的不均衡性,且261份廣西南瓜地方資源具有豐富的遺傳變異和多樣性,但該地區南瓜資源仍處于自產自用階段,需要進一步挖掘,開發遺傳性穩定的種質資源。
南瓜種質資源分子水平遺傳多樣性方面研究表明,由于遺傳漂變或地理隔離等原因,南瓜遺傳多樣性變窄,而值得注意的是種間雜交可豐富遺傳多樣性。Lee等[18]通過對610份南瓜種質資源進行基因分型測序分析,將材料分為3個類群和7個亞類;其中東亞、非洲和美洲種質資源分別在每個類群中聚集最多;此外,發現第一類群(主要來自東亞)的南瓜種質資源遺傳多樣性較窄,可能由于其與其他品種存在地理隔離,而第二類群(主要來自非洲)遺傳多樣性最高。Nguyen等[75]利用二代測序技術,使用288個SNP位點對188份南瓜材料(94個F1品種、50個育種品系和44個地方品種)進行了Fluidigm基因型分析,篩選出224個具有明顯多態性的SNP標記;主成分分析和UPGMA樹形圖中將223份南瓜材料(包括48個F1品種)劃分為4個類群,分別代表3個南瓜品種和種間雜交品種(印度南瓜C. maxima,中國南瓜C. moschata,美洲南瓜C. pepo,印度南瓜×中國南瓜C. maxima × C. moschata雜交),其中種間雜交種表現出較高的遺傳多樣性。Sanchez-de等[19]分析墨西哥440份灰籽南瓜的9個不相關的核微衛星位點,將材料分為19個栽培亞種群落(ssp. argyrosperma)和6個野生亞種群落(ssp. sororia),發現栽培種微衛星位點多態性高于野生種,而特有等位基因數量少于野生種,兩者雜合率、近親繁殖系數相似;使用物種分布模型分析,發現2個亞種的遺傳多樣性和遺傳分化相似,而遺傳漂變在當地規模中比區域規模中更常見。
3.3 西瓜遺傳多樣性研究
西瓜表型遺傳多樣性分析為西瓜表型特征和性狀的深入理解提供幫助,同時有助于篩選和選育更具多樣性和優良特性的西瓜資源或品種,但有關研究較少。王銘等[76]對109份西瓜育種材料的12個果實相關性狀指標進行遺傳多樣性分析,將供試西瓜育種材料按照果形和單瓜質量的差異分為4類。張晨光等[77]對210份西瓜種質進行表型多樣性分析,發現10個西瓜果實性狀(中心可溶性固形物含量、邊緣可溶性固形物含量、果實質量等)的變異系數平均值為30.94%,多樣性指數平均值為1.41,主成分分析和聚類分析將種質資源分為6個類群,表明試驗材料具有較豐富的遺傳多樣性。周遠航等[78]對100份籽用西瓜種質資源的21個農藝性狀進行遺傳多樣性分析,將試驗材料分為7個類群,測得7個質量性狀的多樣性指數范圍為0.53~1.65,14個數量性狀變異系數為10.41%~35.56%,表明籽用西瓜種質資源遺傳多樣性豐富。以上研究均表明西瓜種質資源具有遺傳多樣性,同時為西瓜表型遺傳多樣性研究提供了思路。
西瓜分子水平遺傳多樣性研究為西瓜資源保護和育種提供了重要信息,尤其是對抗病和品質等復雜數量性狀關鍵基因的發掘和新品種選育具有重要的指導意義。易麗聰等[79]利用449個SNP標記對64份西瓜材料進行遺傳多樣性分析,結果表明,64份材料的最優群體結構數為4;Pandey等[80]將來自科尼亞、色雷斯、土庫曼斯坦、沙特阿拉伯和土耳其的Citroides(飼用西瓜)和Lanatus(普通西瓜)共25個西瓜基因型進行RAPD和ISSR分子標記,結果分為2個類群,包括土庫曼斯坦地區收集的品種亞群和商業品種,科尼亞、色雷斯地區收集的品種亞群,為未來的育種計劃提供了重要信息。Guo等[81]首次對20份具代表性的西瓜種質進行重測序,通過π值和θw值評估該種質的遺傳多樣性,結果表明,所測種質遺傳多樣性比玉米、大豆和水稻低,而野生種質具有豐富的遺傳多樣性。Cui等[59]在西瓜中首次對葉綠體全基因組測序,從313份材料中鑒定出82個SNP位點,根據SNP位點將樣本分為4組,即C. lanatus subsp. lanatus、C. lanatus subsp. mucosospermus、C. lanatus subsp. vulgaris(美洲生態型)、C. lanatus subsp. vulgaris(亞洲生態型),遺傳多樣性指數依次遞增,研究材料的單果質量、可溶性固形物含量、果實顏色和千粒質量在不同組間差異顯著。
3.4 甜瓜遺傳多樣性研究
甜瓜表型性狀遺傳多樣性研究表明,不同地區甜瓜種質資源遺傳多樣性具有差異。胡建斌等[82]對我國西甜瓜種質中期庫的250份國外甜瓜種質資源的19個形態性狀多樣性進行分析,結果表明,國外甜瓜種質資源具有豐富的形態多樣性,多樣性指數由高到低依次為南亞(1.512)、東北歐(1.404)、西歐(1.372)、北美(1.340)和東亞(1.281),遺傳多樣性分布以南亞地區(特別是印度地區)為中心,向東(北)逐漸降低;而在南歐地區,Flores-León等[83]通過對47個西班牙甜瓜當地品種進行基因組、形態學和代謝組學分析,有效區分出Ibericus品種、Flexous品種和外來材料(Ameri, Momordica, Kachri和Agrestis),并發現他們來自共同的祖先;同時發現不同試驗材料的糖和主要揮發性有機物含量有差異,可以利用這些差異材料培育新品種。在中亞地區,Maleki等[84]通過ISSR分子標記結合10個表型性狀鑒定,對27個伊朗甜瓜地方品種(包括inodorous, cantalupensis,reticulatus, ameri, dudaim)進行遺傳多樣性分析,分子標記將材料分為兩組(有甜味與無甜味),形態學鑒定將材料分為3組。
甜瓜分子水平遺傳多樣性研究表明,人工選擇對遺傳多樣性有較大影響。Hu等[61]利用SSR分子標記將191份甜瓜材料(薄皮甜瓜ssp. Agrestis 90份,厚皮甜瓜ssp. Melo 58份,野生資源43份)進行遺傳多樣性分析,結果將甜瓜材料分為4組,同時發現厚皮甜瓜和薄皮甜瓜的分化程度最高(FST = 0.380),推測可能與甜瓜在全球范圍進行分化、人工篩選和種植有關;而野生資源遺傳多樣性程度最高,且與薄皮甜瓜和厚皮甜瓜明顯區分。Zhang等[85]從149份甜瓜材料的重測序數據中篩選出136個SSR和164個SNP分子標記,并將材料分為5個亞類(包括ssp. Agrestis、ssp. Melo、muskmelon和2個外來材料亞類),其中由于極為狹窄的遺傳背景,ssp. agrestis遺傳多樣性較低,面臨基因侵蝕的風險。Duong等[86]收集64個越南當地甜瓜品種進行SSR和RAPD分子標記,將所測甜瓜分為7組,其中南部地區種植的Dua gang-monoecious遺傳多樣性最高,而平原與高地種植的甜瓜品種的分化與雜交豐富了越南地方品種的遺傳多樣性。Pavan等[87]首次在甜瓜中利用基因測序分型技術對甜瓜第二大多樣性中心阿普利亞(意大利)的72個甜瓜品種進行遺傳多樣性分析,發現25 422個SNP位點,將材料分為3個類群,并揭示每個類群的遺傳多樣性與表型變異和人工選擇有關。
3.5 冬瓜遺傳多樣性研究
冬瓜是重要的葫蘆科作物,不同地區和環境下的冬瓜種質資源顯示出顯著的表型差異,這為冬瓜的多樣性利用和育種提供了堅實的基礎。關峰等[88]對第三次全國農作物種質資源普查與收集行動中收集到的95份江西省地方冬瓜種質資源的12個表型性狀進行了遺傳多樣性分析,發現其具有豐富的變異,遺傳多樣性指數的變幅為0.479~2.103。姚金曉等[89]利用21份冬瓜變種(節瓜)種質資源材料的14個植物學性狀進行遺傳多樣性分析,發現葉長的變異較小,棱溝深淺和瓜面蠟粉遺傳變異較大,其余11個性狀屬于中等變異;聚類分析將21份節瓜種質資源分為5大類,并發現材料間雖然具有一定的遺傳多樣性,但是大部分材料親緣關系較近。
利用Illumina和單分子實時測序技術,Xie等[90]完成冬瓜全基因組從頭測序,構建了世界上第一張冬瓜全基因組遺傳圖譜,進一步通過對146份冬瓜核心種質資源進行全基因組測序分析,將其分為野生種(W)、地方種(L)、栽培種(C)等不同類群,其中栽培種又分黑皮冬瓜(C1)和粉皮冬瓜(C2)亞群,同時發現野生種材料間遺傳多樣性較為豐富。此外,有研究表明,冬瓜分類與地理分布有關,推測原因可能為各地種質資源交流較少,經過長期人工選擇而形成地方特色品種。張建軍等[91]利用RAPD分子標記對我國100份冬瓜種質資源的熟性和果實特征進行分析,發現擴增多態性位點30個,相似系數為0.703~0.986,聚類分析將供試材料分為兩類,且3個地區(廣東、四川、海南)冬瓜種質資源分別很好地聚到了一起。江彪等[92]利用ISSR分子標記對我國各地57份冬瓜資源進行分析,發現遺傳相似系數在0.26~1.00之間,大部分在0.70以上;聚類分析將供試的57份冬瓜種質劃分為6個類群,類群的劃分與地理來源有較高的相關性。也有研究表明,冬瓜種質資源親緣關系與果型大小、種子類型及果皮顏色具有一定的相關性。焦賢賢等[93]利用SSR分子標記對國內外111份冬瓜種質資源進行遺傳多樣性分析,發現平均遺傳多樣性指數為0.260 1,聚類分析表明,在遺傳距離為0.70的位置可將全部種質分為6個類群,通過聚類結果發現,相同果型、籽型的種質資源間親緣關系較近,且小果型、有棱扁籽類型的種質遺傳多樣性較高。推測可能與試供材料來源、種類和分子標記引物差異有關。
4 展 望
筆者概述了葫蘆科作物種質資源收集情況,并從形態學到分子水平分析葫蘆科作物的遺傳多樣性,結果表明,葫蘆科作物擁有豐富的種質資源與遺傳多樣性。
研究植物遺傳多樣性可以通過其種群結構反映物種進化史,探討物種瀕危機制,制定科學保護策略,也能合理制定種質資源保存的取樣策略[94]。一般認為遺傳多樣性越豐富,物種對環境的適應能力越強。然而,隨著人們對產量和品質需求的不斷增長,如今市場上葫蘆科作物的栽培品種逐漸趨于同質化,種質資源遺傳多樣性變窄。幸運的是,在野生種和突變種等種質中,存在許多優良的抗逆性狀[13-14]。積極收集野生種質資源,建立核心品種,不僅有助于了解物種進化史,還能為種質資源的創新提供新的材料,豐富葫蘆科作物遺傳多樣性[95-96]。
種質資源調查、收集工作,不是僅停留在植物學和生物學性狀的簡單調查上,而是應進行系統鑒定,建立種質資源身份證產權保護體系,才能有效提高引種、育種效率,豐富種質資源遺傳多樣性[97]。目前許多園藝作物已建立了獨立的分子身份證,如茶樹[98]、葛根[99]、辣椒[100]等,而在葫蘆科作物中僅模式植物黃瓜有相關報道[101],其余作物應用較少。因此,構建葫蘆科作物分子身份證工作亟待完成,從而為種質資源保護、創新及有效利用奠定基礎。
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