基于宏基因組分析雞爪熟肉制品中微生物污染與基因信息

摘 要：采集10 種雞爪熟肉制品，用傳統微生物培養法和宏基因組學方法分析雞爪熟肉制品中微生物污染水平、群落組成及相關遺傳信息。結果表明：7號樣品菌落總數為1.3×105 CFU/g，不符合GB 2726—2016《食品安全國家標準 熟肉制品》限量要求，其他樣品菌落總數結果均＜10 CFU/g，微生物DNA濃度檢測結果與菌落總數結果基本一致，可有效評估樣品中微生物污染水平；1～6號和8～10號樣品主要污染微生物為流產衣原體、大腸桿菌、肺炎克雷伯氏菌和鸚鵡衣原體，相對豐度分別為60.87%～75.49%、13.20%～18.41%、8.29%～16.41%和1.67%～3.67%，7號樣品主要污染微生物為短乳桿菌、流產衣原體，相對豐度分別約為63%和8%，所有樣品共檢測到7 種病毒，主要污染病毒為禽白血病病毒；共鑒定出12 種抗生素耐藥基因、10 種BactMet基因，對四環素和吖啶橙等多種抗生素與化合物存在抗性；共鑒定出30 種毒力因子基因，編碼外膜受體、磷脂酶C等毒力因子；鮑氏不動桿菌攜帶7 種抗生素耐藥基因、5 種BactMet基因及28 種毒力因子基因，是超級耐藥與致病菌。

關鍵詞：宏基因組；雞爪熟肉制品；毒力因子；抗生素耐藥基因

Metagenomic Analysis of Microbial Contamination and Genetic Information in Cooked Chicken Feet Products

SONG Sheng1， GUO Kunpeng1， HAO Qin2， WANG Fang1， YAN Li1， LI Zheng1， ZHANG Jihong1，*

（1. Hunan Provincial Key Laboratory of Food Safety Monitoring and Early Warning，

Hunan Provincial Institute of Product and Goods Quality Inspection， Changsha 410000， China;

2. Miluo City Food and Drug Inspection Institute， Yueyang 414400， China）

Abstract： A traditional culture method and metagenomic analysis were used to determine the level of microbial contamination， community composition and related genetic information in 10 samples of cooked chicken feet products. The results showed that the total bacterial count of sample 7 was 1.3 × 105 CFU/g， which did not meet the requirements of the

GB 2726-2016 National Food Safety Standard for Cooked Meat Products. The total bacterial counts of the other samples were all less than 10 CFU/g. The results of microbial DNA concentration and total bacterial count were basically consistent， thus being valid to assess the level of microbial contamination in the samples. The main contaminant bacteria in samples 1–6 and 8–10 were Chlamydia abortus， Escherichia coli， Klebsiella pneumoniae， and Chlamydia psittaci， with relative abundances of 60.87%–75.49%， 13.20%–18.41%， 8.29%–16.41%， and 1.67%–3.67%， respectively. The main contaminant bacteria in sample 7 were Lactobacillus brevis and C. abortus， with relative abundances of about 63% and 8%， respectively. A total of 7 viruses were detected in all samples， the main one being Avian leukemia virus. A total of 12 antibiotic resistance genes and 10 BactMet genes were identified， indicating resistance to various antibiotics and compounds such as tetracycline and acridine orange. A total of 30 virulence factor genes were identified， encoding outer membrane receptor， phospholipase C， and other virulence factors. Acinetobacter baumannii was found to carry 7 antibiotic resistance genes， 5 BactMet genes， and 28 virulence factor genes， being a super antibiotic-resistant and pathogenic bacterium.

Keywords： metagenome; cooked chicken feet products; virulence factors; antibiotic resistance genes

DOI：10.7506/rlyj1001-8123-20240713-183

中圖分類號：TS251.6 文獻標志碼：A 文章編號：1001-8123（2024）11-0001-11

引文格式：

宋晟， 郭焜鵬， 郝琴， 等. 基于宏基因組分析雞爪熟肉制品中微生物污染與基因信息[J]. 肉類研究， 2024， 38（11）： 1-11. DOI：10.7506/rlyj1001-8123-20240713-183. http：//www.rlyj.net.cn

SONG Sheng， GUO Kunpeng， HAO Qin， et al. Metagenomic analysis of microbial contamination and genetic information in cooked chicken feet products[J]. Meat Research， 2024， 38（11）： 1-11. （in Chinese with English abstract） DOI：10.7506/rlyj1001-8123-20240713-183. http：//www.rlyj.net.cn

近年來，隨著食品工業技術的發展，雞爪等禽副產品生產逐漸規模化、標準化[1-2]，但仍存在雞爪糜爛變質、微生物污染嚴重等報道[3]。熟肉制品中微生物污染檢測主要采用傳統微生物培養法和分子生物學方法。Korkeala等[4]采用微生物培養法證明乳桿菌是熟肉制品中的主要腐敗菌；Syne等[5]對肉類加工廠中即食雞肉和培根進行取樣分析，發現金黃色葡萄球菌是樣品中最常見的食源性致病菌；Yost等[6]采用多重聚合酶鏈式反應（polymerase chain reaction，PCR）鑒定出肉品中主要腐敗菌為乳酸菌。宏基因組學是近年來興起的研究微生物多樣性的新方法，即從樣品中提取所有微生物的DNA，構建宏基因組文庫，經數據庫比對與生物信息學研究，分析樣品中所有微生物的遺傳組成和功能[7-8]，較傳統微生物研究方法能更準確反映樣品中微生物組成[9-10]。

Cauchie等[11]對288 個豬肉樣品進行嗜冷菌、乳酸桿菌計數及高通量測序，證實傳統微生物培養法與宏基因組學方法能相互驗證與互補；Liu Jie等[12]采用宏基因組測序技術研究肥瘦雞盲腸微生物群差異，揭示不同脂肪沉積能力的雞品種之間肝臟和血漿代謝物的差異；Fang Shaoming等[13]利用16S rRNA和宏基因測序方法揭示兔斷奶至育肥期間腸道微生物群落與平均日增體質量間的關系。目前，結合傳統微生物培養與宏基因組學方法研究雞爪熟肉制品微生物污染的研究報道較少[14]。

為深入研究雞爪熟肉制品中微生物污染情況及來源，本研究收集10 種雞爪熟肉制品，包括泡椒鳳爪、泡椒檸檬鳳爪和鹵鳳爪等，通過平板計數法檢測樣品中菌落總數，光密度（optical density，OD）法檢測樣品中微生物DNA，綜合評價微生物污染程度；基于宏基因組學方法分析微生物組成，進行主要污染微生物鑒定，分析其可能來源，通過解讀遺傳物質信息，對抗性和毒力基因進行統計分析，以期為雞鴨養殖、屠宰和生產過程中實現微生物可追溯、可控提供理論參考。

1 材料與方法

1.1 材料與試劑

雞爪熟肉制品（10 個）購自京東，均為銷量榜排名靠前的具有代表性的產品，其中輻照殺菌技術生產的泡椒鳳爪8 個、高溫高壓殺菌技術生產的五香鹵鳳爪2 個（表1）。

每種樣品約1.2 kg，一部分用于檢測菌落總數，約1 kg，－20 ℃保存，另一部分用于DNA提取和測序，約0.2 kg，－80 ℃保存[15]。

平板計數瓊脂 北京陸橋技術股份有限公司；E.Z.N.ATM Mag-Bind磁珠DNA提取試劑盒 美國Omega Bio-Tek公司；Qubit3.0 DNA檢測試劑盒 美國Invitrogen公司。

1.2 儀器與設備

Masticator Silver拍擊式均質器 西班牙IUL公司；MIR-254L-PC低溫培養箱 日本三洋公司；Qubit? 3.0熒光計 美國Invitrogen公司；ETC 811 PCR儀 北京

東勝創新生物科技有限公司；FR-980生物電泳圖像分析系統 上海復日科技有限公司。

1.3 方法

1.3.1 菌落總數測定

將樣品切成小于1 cm3小塊，無菌混合均勻，稱取25.0 g樣品，放入均質袋中。倒入225 mL無菌磷酸鹽緩沖液并均質1 min。梯度稀釋后，將1 mL溶液移入培養皿中，倒入約15 mL平板計數瓊脂。平板旋轉混合均勻，待瓊脂完全固化后，翻轉，（36±1）℃培養48 h，計數[16]。

1.3.2 微生物基因組DNA提取與濃度測定

采用E.Z.N.A? Mag-Bind磁珠DNA提取試劑盒提取樣品中微生物基因組DNA，檢測DNA完整性與濃度。

1.3.3 宏基因組測序

將第2代測序原始圖像數據文件轉換為原始測序序

列[17]，經質量評估和過濾獲得潔凈數據[18-19]。開放閱讀框（open reading frame，ORF）預測后生成候選基因集，并對樣品中所有預測基因序列進行聚類，以每類中最長的基因作為代表序列，構建非冗余基因目錄。對基因數和基因長度進行分析，得到基因豐度信息[20]。

1.3.4 物種分類和基因功能注釋

使用德國波恩大學Crystal Impact GbR公司開發的DIAMOND V0.8.20軟件對基因集的蛋白質序列與美國國家生物技術信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）非冗余蛋白質序列進行比較，篩選條件：可靠性評價值（E值）＜1.0×10－5，得分＞60。獲得基因的物種分類注釋信息后，計算界、門、綱、目、科、屬和種等不同分類級別的物種相對豐度[21-23]。將基因集的蛋白質序列與抗菌殺菌劑和金屬抗性基因數據庫（antibacterial biocide and metal resistance genes database，BacMet）、毒力因子數據庫（virulence factor database，VFDB）和抗生素耐藥基因數據庫（antibiotic resistance genes database，ARDB）進行比較，獲得功能基因的相對豐度[24-27]。

1.4 數據處理與分析

采用Excel對數據進行處理與分析。

2 結果與分析

2.1 菌落總數和DNA質量濃度

由表2可知，7號樣品菌落總數為1.3×105 CFU/g，超過GB 2726—2016《食品安全國家標準 熟肉制品》限量要求，屬不合格產品，存在嚴重的微生物污染。其他9 個樣品菌落總數均小于10 CFU/g。由此可知，熟制雞爪食品安全風險相對較低，與Lewis[28]、Benedito[29]等研究結果一致。DNA濃度檢測結果與菌落總數檢測結果一致，其中除6號ad7e4fd3cca8d755990dade80a5fd9f9樣品外，其余樣品的生產原料均存在一定程度的微生物污染，但經過殺菌，微生物已被有效滅活。

2.2 樣品污染微生物組成

在種水平上，所有樣品中共檢出368 種微生物，7、8號樣品檢出210多種微生物；4～6號樣品檢出約190 種微生物；3號樣品檢出115 種微生物；2、9號樣品檢出約80 種微生物，1、10號樣品檢出約50 種微生物。在所有樣品中，相對豐度≥1%的微生物數量在4～6 種之間。如圖1及表3～5所示，1～6、8～10號樣品主要污染微生物為流產衣原體（Chlamydia abortus）、大腸桿菌（Escherichia coli）、肺炎克雷伯氏菌（Klebsiella pneumoniae）和鸚鵡熱衣原體（Chlamydia psittaci），相對豐度分別為60.87%～75.49%、13.20%～18.41%、8.29%～16.41%和1.67%～3.67%；7號樣品主要污染微生物為短乳桿菌（Lactobacillus brevis）、流產衣原體、unclassified Lactobacillaceae species、植物乳植桿菌（Lactiplantibacillus plantarum）、unclassified Levilactobacillus species和大腸桿菌，其相對豐度分別約為63%、8%、6%、4%、1%和1%，與已有研究[30-32]結果相似。在種水平上，所有樣品共檢出7 種病毒，2、4、8號樣品檢出7 種病毒；1、3、5、7、9、10號樣品檢出6 種病毒，6號樣品檢出5 種病毒。主要污染病毒為禽白血病病毒（Avian leukosis virus），1、3、4號樣品禽白血病病毒相對豐度分別為0.130 0%、0.100 0%、0.120 0%，樣品2、5、6、8、10中禽白血病病毒相對豐度分別為0.035 0%、0.014 0%、0.018 0%、0.037 0%、0.026 0%，與Fadly[33]、Sung[34]等研究結果相似。

僅統計相對豐度前10 位微生物。

采用Venn圖分析不同樣品中共有或特有微生物種類，將微生物種類組成相似性和重疊性信息可視化。由圖2可知，10 個樣品均存在共有和特有的微生物種類，按門、綱、目、科、屬和種水平分析，分別有7、14、24、31、31、38 種共有微生物。包括常見于畜禽肉及其制品中的腸道沙門氏菌、大腸桿菌、空腸彎曲桿菌等多種致病菌[35-37]，詳見表6。

在種水平基于相似性結果繪制聚類樹，由圖3可知，

7號樣品微生物組成與其他樣品完全不同。其主要由短乳桿菌組成，而1～6、8～10號樣品主要由流產衣原體組成。

11#樣品本實驗不作分析。

2.3 抗生素耐藥基因分析

如圖4、表7所示，10 個樣品中共發現12 種抗生素耐藥基因，涉及13 種抗生素耐藥性。根據基因功能注釋，tet（H）、tet（39）、adeF、adeH和adeJ的耐藥機制為抗菌外排；OXA-69、CARB-16、APH（3’’）-Ib、

APH（6）-Id、lnuA和mphE的耐藥機制為抗生素失活；msrE的耐藥機制為抗生素靶點保護。鮑氏不動桿菌（Acinetobacter baumannii）是攜帶抗生素耐藥基因最多的細菌，包括adeF、adeH、adeJ、OXA-69和APH（3’’）-Ib，

對多種藥物具有耐藥性，如氨基糖苷類抗生素、碳青霉烯類抗生素和四環素類抗生素等[38-39]。肺炎克雷伯氏菌攜帶adeH、adeJ、OXA-69和msrE 4 種抗生素耐藥基因，對大環內酯類抗生素和鏈陽性菌素類抗生素等多種藥物具有耐藥性[40]。unclassified Pseudomonadota species攜帶adeJ、APH（3”）-Ib和mphE 3 種抗生素耐藥基因，對多種藥物具有耐藥性，如青霉烷和大環內酯類抗生

素等[41]。腸沙門氏菌（Salmonella enterica）攜帶adeJ和msrE，對林可胺類抗生素等具有耐藥性。睡眠嗜組織菌（Histophilus somni）攜帶tet（H）和adeJ，對四環素類抗生素等具有耐藥性[27，42]。除1、10號樣品外，其余樣品均檢出抗生素耐藥基因。其中，4、8號樣品檢出9 種抗生素耐藥基因，6號樣品檢出7 種抗生素耐藥基因，

5號樣品檢出6 種抗生素耐藥基因，7號樣品檢出3 種抗生素耐藥基因，2、3、9號樣品檢出2 種抗生素耐藥基因。

A.基因家族；B.藥物類別；C.耐藥機制。RND.耐藥-結節-細胞分化（resistance-nodulation-cell division）；LNU.林可酰胺核苷酸轉移酶（lincosamide nucleotidyltransferase）；MPH.大環內酯磷酸轉移酶（macrolide phosphotransferase）。

2.4 BactMet基因分析結果

如圖5、表8所示，10 個樣品中共發現10 種BactMet基因，涉及3 種類型的抗生素耐藥機制，包括抗生素外排、抗微生物失活和抗微生物靶標保護。10 個樣品中共發現21 種類型的化合物抗性。鮑氏不動桿菌是攜帶最多BactMet基因的細菌，包括abuO、adeG、adeH、adeJ和adeT1，對多種化合物具有抗性，如吖啶等；

瓊氏不動桿菌（Acinetobacter junii）攜帶chrA，對Cr具有抗性；短乳桿菌攜帶arsC，對As具有抗性；叢毛單孢菌（Comamonadaceae）攜帶golT，對Cu和Au具有抗性；克氏假單胞菌（Pseudomonas knackmussii）攜帶ruvB，

對Cr、Te和Se具有抗性[25，43]。養料嗜冷桿菌（Psychrobacter cibarius）攜帶mtrF，對Triton X-100具有抗性。4～8號樣品中

檢測到BactMet基因。其中，4號樣品檢出7 種BactMet基因，8號樣品檢出3 種BactMet基因，5、6號樣品檢出2 種BactMat基因，7號樣品檢出1 種BactMeta基因。

A.基因；B.化合物。SDS.十二烷基硫酸鈉（sodium dodecyl sulfate）。

2.5 毒力因子分析結果

VFDB包括2 個子數據庫：setA數據庫和setB數據庫，其中setA數據庫是核心庫，包含已驗證的毒力基因，setB是全數據庫，在setA的基礎上增加了預測的毒力基因。

根據VFDB（setA數據庫）的同源性比較結果，

在4號樣品中鑒定出7 種毒力因子基因，而在其余樣品中未發現毒力因子基因。鮑氏不動桿菌ACICU是攜帶毒力因子基因最多的細菌，其攜帶的毒力因子基因包括bauA、barA、csuE、basB、bfmS和plc，與Harding等[39]結果一致。bauA、barA和basB編碼的蛋白質有外膜受體、多藥ABC轉運蛋白ATP酶、滲透酶及非核糖體肽合成酶模塊，與不動桿菌素有關，其功能是高親和力兒茶酚-羥肟酸鐵載體與宿主細胞競爭鐵；bfmS編碼信號轉導組氨酸激酶，其功能是控制生物膜的形成和細胞形態，參與細胞黏附、抗血清殺傷和抗生素敏感性；csuE編碼的蛋白質為假定蛋白，與Csu菌毛有關，其功能是在生物膜形成的最初步驟中發揮作用，使細菌細胞黏附在非生物表面，并在生物膜結構完全發育之前開始形成微菌落；plc編碼的蛋白質是磷脂酶C，其功能是通過裂解宿主細胞膜中的磷脂及降解黏膜屏障中的磷脂促進細菌入侵，有助于宿主細胞的裂解，從而促進發病機制。嗜肺軍團菌

亞種攜帶katB，其編碼的蛋白質為過氧化物酶katB，其表達在指數期后達到最高，對細胞內存活和傳播很重要，如圖6、表9所示。

A.基因；B.毒力因子。PNAG.多糖聚-N-乙酰基葡糖胺（polysaccharide poly-N-acetylglucosamine）；LPS.脂多糖（lipopolysaccharide）。

根據VFDB（setB數據庫）的同源性比較結果，共鑒定出30 種毒力因子基因，除1、9、10號樣品外，其余樣品均鑒定出毒力因子基因。在4號樣品中鑒定出28 種毒力因子基因，在8號樣品中鑒定出4 種毒力因子基因，在2、3、6、7號樣品中鑒定出2 種毒力因子基因，而在5號樣品中鑒定出1 種毒力因子基因。在鮑氏不動桿菌ATCC 17978中鑒定出8 種毒力因子基因，包括plc、bauB、pgaA、pgaB、pgaC、adeG、adeH和bfmR，它們相應的功能蛋白分別為磷脂酶C、鐵不動桿菌素結合蛋白、假定蛋白、血紅素儲存信號肽蛋白、血紅素儲存系統HmsR蛋白、陽離子/多藥外排泵、RND外排轉運體和NarL系列雙組分反應調節器。在鮑氏不動桿菌AB0057中鑒定出5 種毒力因子基因，包括barA、basD、bauC、AB57_0984和csuE，相應功能蛋白分別為ABC轉運蛋白、非核糖體肽合成酶BasD、鐵不動桿菌素轉運系統滲透酶、轉錄調節因子、LysR蛋白家族和CsuE蛋白。在鮑氏不動桿菌TYTH-1中鑒定出3 種毒力因子基因adeH、M3Q_282和M3Q_283，相應的功能蛋白分別為NodT家族外排轉運體外膜脂蛋白、蛋白酪氨酸磷酸酶和假定蛋白。鮑氏不動桿菌D1279779中鑒定出2 種毒力因子基因basB和basA，相應的功能蛋白分別為非核糖體肽合酶和不動桿菌素生物合成蛋白。在鮑氏不動桿菌MDR-ZJ06中鑒定出2 種毒力因子基因ABZJ_00085和ABZJ_00086，其相應的功能蛋白分別為IS4家族轉座酶ORF1和IS4家族轉座酶ORF2。鮑氏不動桿菌AYE中鑒定出1 種毒力因子基因bauA，其相應的功能蛋白為鐵不動桿菌素受體BauA，鮑曼不動菌BJAB0715中鑒定出1 種毒力因子基因barB，其相應功能蛋白為ABC型多藥轉運系統、ATP酶和滲透酶組分，鮑氏不動桿菌MDR-TJ中鑒定出1 種毒力因子基因ABTJ_03743，其相應作用蛋白為磷酸甘露聚糖突變酶，斯氏假單胞菌（Pseudomonas stutzeri）A1501中鑒定出1 種毒力因子基因pilU，其相應功能蛋白為抽動運動蛋白PilU[26]，如圖6、表10所示。

3 討 論

10 種雞爪熟肉制品經菌落總數檢測與宏基因組分析可知，1～6號和8～9號樣品主要污染微生物是流產衣原體、大腸桿菌、肺炎克雷伯氏菌和鸚鵡衣原體，這些微生物已在雞鴨養殖場、雞鴨肉、雞鴨腸或糞便中檢測到，說明產品中的污染微生物主要來自凍雞爪，因清洗過程未完全去除，導致終產品中檢測到相關基因，建議相關企業加強原料的驗收工作，確保購入的凍雞爪符合食品安全標準，并在加工過程中加強清洗工作，以有效去除微生物污染。7號樣品菌落總數不符合食品安全國家標準要求，主要污染微生物為短乳桿菌、流產衣原體、unclassified Lactobacillus species、植物乳桿菌和大腸桿菌，表明污染源可能是泡椒等發酵蔬菜，主要增殖階段為浸泡過程，建議相關企業加強泡椒等原料的微生物檢測與控制，確保原料符合食品安全標準。同時，應高度重視泡椒泡制過程，將其視為危害分析與關鍵控制點中的重要環節，嚴格監控衛生條件，防止微生物的污染和增殖。所有樣品均檢出禽白血病病毒，表明該病毒在家禽養殖中廣泛存在，存在潛在危害。禽白血病病毒對家禽健康和生產性能構成威脅，可能導致生產損失和經濟影響。因此，家禽養殖工作者需要高度重視該病毒的防治工作。

通過對污染微生物遺傳信息分析可知，樣品中共鑒定出12 種抗生素耐藥基因，對13 種抗生素具有耐藥性，涉及3 種類型的抗生素耐藥機制。這表明多種抗生素在家禽養殖環節廣泛使用，導致不同來源的雞爪原料存在多種耐藥基因，其中鮑氏不動桿菌攜帶7 種抗生素耐藥基因，對7 種抗生素具有耐藥性，屬于超級耐藥菌；共鑒定出10 種BactMet基因，對21 種化合物具有抗性，鮑氏不動桿菌攜帶最多的BactMet基因，對吖啶、溴化乙錠等多種化合物存在抗性；共鑒定出30 種毒力因子基因，鮑氏不動桿菌中鑒定出28 種毒力因子基因，毒力因子包括磷脂酶C等。鮑氏不動桿菌是本研究中鑒定出的超級致病菌與超級耐藥菌，且多個樣品中均有檢出，說明禽肉中普便存在鮑曼超級致病菌與超級耐藥菌，具有極大的食品安全風險。對于普通消費者而言，購買和食用禽肉及其制品時，應高度關注交叉污染風險；對于禽肉加工企業而言，應建立完善的微生物控制體系，包括原料驗收、加工過程衛生控制、產品檢測等，以確保最終產品的微生物指標符合食品安全標準。同時，食品安全監管機構也應加強對雞爪熟肉制品等禽肉產品的抽檢力度，及時發現并排除食品安全風險。通過加強監管和抽檢，促使企業更加重視產品質量和食品安全，從而保障消費者的健康權益。

通過本研究可知，雞爪中的膠原蛋白、油、鹽等不會顯著干擾微生物DNA提取，與Cauchie等[11]對豬肉樣品分析情況相似，證明傳統微生物分析方法與宏基因組分析方法可結合用于肉制品中的微生物污染研究。下一步，將在確保樣品的代表性、時間的連貫性、養殖到消費的完整性前提下，收集禽用飼料、養殖用水、養殖場環境樣品、雞鴨糞便、屠宰環境樣品、屠宰樣品、禽肉生產環境樣品、禽肉生產過程樣品及終產品，采用現有技術解析微生物群落結構，捕捉微生物群落的動態變化，追蹤污染微生物來源，為污染防控提供建設性建議。

4 結 論

7號樣品菌落總數為1.3×105 CFU/g，不符合GB 2726—2016限量要求，其他樣品菌落總數結果

均＜10 CFU/g；1～6號和8～10號樣品主要污染微生物為流產衣原體、大腸桿菌、肺炎克雷伯氏菌和鸚鵡衣原體，7號樣品主要污染微生物為短乳桿菌、流產衣原體，所有樣品共檢測到7 種病毒，主要污染病毒為禽白血病病毒；共鑒定出12 種抗生素耐藥基因、10 種BactMet基因、30 種毒力因子基因。其中鮑氏不動桿菌攜帶7 種抗生素耐藥基因、5 種BactMet基因及28 種毒力因子基因，是超級耐藥與致病菌?；谥饾u補充、完善的生物信息學數據庫的第2代測序宏基因組研究方法在食品微生物研究領域具有廣泛的應用前景，可用于各類食品中污染微生物研究，以及包括發酵豆制品、醬類等發酵食品中功能微生物組成研究，各類基因的鑒定、統計與分析對基因功能及可能存在的代謝物研究具有重要的指導意義。

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收稿日期：2024-07-13

基金項目：湖南省自然科學基金項目（2022JJ90028）

第一作者簡介：宋晟（1979—）（ORCID： 0009-0002-1349-572X），男，高級工程師，碩士，研究方向為食品安全與食品

微生物學。E-mail： 55074740@qq.com

*通信作者簡介：張繼紅（1967—）（ORCID： 0000-0003-3162-2235），女，教授級高級工程師，學士，研究方向為食品安全與食品安全風險預警。E-mail： 383302005@qq.com