1985年,一艘從菲律賓開出的走私船行駛在碧波蕩漾的海面上,他們的目的地是美洲大陸。
為了躲避搜查,藝高膽大的船老大、走私集團頭子美國人羅伯特,選擇了一條極為偏僻的航線。在進入素有“東方百慕大”之稱的太平洋深水海域一時,他們遇上了風暴,一時間風起云涌,天昏地暗,為了躲避風浪,他們將船停靠在一個荒無人煙的孤島上。
他們靠岸的小島約10平方公里,島上雖然人跡罕至,卻處處草木蒼翠、野果滿目,猶如一個世外桃源。走私者們以為碰上了好運,便決定在島上休整休整。
優美的風景讓走私者們陶醉不已,他們一邊摘果子吃,一邊走向荒島深處,絲毫沒有察覺不祥陰影正步步逼近。
突然,遠處傳來最早走進樹林的大個子托馬斯的呼救聲。拉茲兄弟倆最先聽到,當他倆聞聲趕到時,被眼前的場面嚇了一大跳:一群碩大如貓的老鼠正在圍攻嘶咬手無寸鐵的托馬斯!這群體重三四公斤的巨鼠吱吱怪叫著,兇猛地撲到托馬斯身上嘶咬,渾身鮮血的托馬斯拼命掙扎,忍著劇痛將一只只正在撕咬自已皮肉的碩鼠扯下扔掉!
拉茲兄弟趕緊各自折了一根粗大的樹枝,不顧一切地沖上前去撲打托馬斯身上的大老鼠。可巨鼠竟然毫不畏懼,依然密密麻麻地圍住托馬斯,并開始向拉茲兄弟進攻!不到5分鐘,托馬斯已筋疲力盡,血流遍地昏倒在地。
大拉茲眼看已無法解救托馬斯,便拼命擊昏幾只迎頭撲來的巨鼠,拉上弟弟小拉茲轉身逃命!巨鼠群在他們身后緊迫不舍!一只跑得極快的老鼠竟一個猛撲,緊緊咬住了小拉茲的腿肚子。拉茲兄弟停下來想把這只巨鼠弄掉,想不到轉眼間,大群貪婪的巨鼠便把他們團團圍住。人鼠混戰不久,巨鼠便把拉茲兄弟咬得體無完膚,眼看兄弟倆都在劫,難逃!
正在這時,羅伯特和另外三個同伙聞聲趕到!他們立即拔出手槍,擊斃了幾個個頭最大的老鼠。但兇狠好斗的巨鼠毫不懼怕,反而越聚越多,把他們六人圍得水泄不通。
羅伯特見開槍已毫無用處,他大聲叫喊,讓親信洛比趕緊把船上的噴火槍拿來!
洛比一手持槍點射,一手握緊鐵棍橫掃,殺出一條血路,逃回停泊在岸邊的船上。當他拿著噴火槍趕回時已經太遲了,5個同伴已全部倒在血泊中,巨鼠們正大口啃嘵著他們的身體,情景慘不忍睹!
憤怒無比的洛比端起噴火槍對準巨鼠噴出一股股猛烈的火焰,無數巨鼠被燒得焦黑,但愈來愈多的巨鼠又圍攻上來,虎視眈眈,步步逼近!
洛比見勢不妙,無可奈何,只好奪路逃回,只身駕船偷偷潛回美國。
巨鼠島的恐怖遭遇讓幸存的洛比常常不寒而栗。為了給死難的兄弟們報仇,10年后,他終于結識了探險家巴德,并把遇險的事原原本本地告訴了巴德。
大探險家巴德是個傳奇人物,他擁有自己的專業探險隊。他曾多次駕船橫渡大西洋,勇闖百慕大。當他聽說有這么一個神奇的巨鼠島時,興趣大起,決定去島上探個究竟。
豐富的探險經歷使巴德精明老練。他托人租借到一輛裝備精良的軍用水陸兩棲裝甲車,在做好充分準備后,于1996年5月直渡巨鼠島。
根據洛比提供的航海草圖,巴德很快找到了那座荒島。他先駕船觀察了一番,選中了一塊可攻可守的灘地作為登陸地點。
突如其來的裝甲車使巨鼠們興奮不已,它們以為又有美食送上門了。一瞬間,裝甲車被巨鼠緊緊包圍。它們怪叫著猛撲上來。
巴德急令手下用機槍猛掃,橫沖直闖的裝甲也把許多巨鼠壓成肉漿。巴德還動用先進的噴火槍燒死了大片巨鼠。然而,鼠群依然越集越多,它們還爬上戰車,用鋒利的鼠牙啃咬裝甲玻璃。巴德不得已,只好施放毒氣彈,兇殘的巨鼠群終于死亡殆盡。
島上的老鼠為何如此碩大而兇殘呢?巴德決定找出答案。
巴德終于在島中心發現了一個明顯的封洞。他炸開封洞后,發現里面遍地都是器械、器皿、導管、玻璃瓶子、口罩和皮手套等物品。在洞中深處的一張石桌上,巴德找到了一本精致的記事簿,全是日文手記。
巴德帶著這本日文手稿以及幾只碩鼠返回美國后,請人將其中的文字一一翻譯,終于揭開了巨鼠島的秘密。
原來,二戰期間,日本帝國主義選中了這座孤島進行化學毒品試驗,他們運來大量老鼠,并把一種特制的毒液注入老鼠體內,目的是測試這種毒品的威力。結果恰得其反,這些老鼠并未被毒殺,反而改變了老鼠體內的某種基因,使它們變得碩大而兇殘,成了吃人巨鼠。島上的那些進行試驗的日本專家命運如何已無人知曉,而日本戰敗后,島上巨鼠愈來愈多,最終成了島上的統治者。
而誤闖巨鼠島的羅伯特等6人,成了日本二戰期間的化學毒品試驗的間接犧牲品。