開放信息獲取(Open Access)在醫學文獻信息檢索中的運用

俞 力 ，韋 青 ，劉 驥

（1.江蘇大學附屬醫院，江蘇鎮江 212001；2.江蘇大學，江蘇鎮江 212001）

開放信息獲取(Open Access)在醫學文獻信息檢索中的運用

俞 力1，韋 青2，劉 驥2

（1.江蘇大學附屬醫院，江蘇鎮江 212001；2.江蘇大學，江蘇鎮江 212001）

開放獲取（open access）是國際學術界、出版界、圖書情報界為了推動科研成果通過英特網免費、自由地利用而采取的運動。文章從促進生物醫學信息的廣泛交流出發。就生物醫學信息資源的開放獲取對醫學科研合作產生深遠的影響進行分析，發現其對平等、有效地利用醫學科技成果具有重要的意義。

開放獲?。会t學文獻；檢索方法

開放獲?。╫pen access）是近年來國際學術界、出版界、圖書情報界為了推動科研成果通過互聯網免費、自由地利用而采取的運動。其目的是促進科學信息的廣泛交流，促進利用通過網絡進行科學交流與出版，提高科學研究的產出效率。醫學科學信息資源的率先開放獲取將對整個科學出版、科學信息交流、科學研究乃至科研合作產生深遠的影響，對世界各國平等、有效地利用人類的科技文化遺產和科技成果具有重要的意義。

1 開放式獲取定義

1.1 開放式獲取(open access，OA)

被翻譯為開放共享、開放取閱、開放近取、免費閱覽等。

1.1.1 BOAI[2001 年 12 月 1～2 日，OSI（Open Society Institute）在布達佩斯（Budapest）召集學術期刊OA支持者的國際研討會，并起草了“Budapest Open Access Initiative”（BOAI）宣言，最新修訂版2005年3月27日]對OA的定義：“論文的全文可以免費供用戶閱讀、下載、拷貝、散發、印刷、搜索或鏈接”[1-2]。

1.1.2 《柏林宣言》由德國馬普學會發起，http://www.mpg.de/portal/index.html，德國、法國、意大利等國的科研機構于2003年10月22日在德國柏林聯合簽署。宣言全稱為《關于自然科學與人文科學資源的開放使用的柏林宣言》，旨在利用互聯網整合全人類的科學與文化財產，為各國研究者和網絡使用者提供一個免費的、更開放的科研環境。宣言呼吁各國科研機構向網絡使用者免費開放更多科學資源，“以促進利用互聯網進行的科學交流與出版”。對OA的定義：“全文在線免費獲取，完全版本的論著儲存在至少一個在線服務器中，以確保免費閱讀，不受約束地傳播……和長期的數據庫式（Archive）儲存。”

OA的出版方式包含很廣，有出版后完全免費利用全文者，有的則限于出版后1年才公開使用的全文，有的出版社甚至僅提供免費的目錄或摘要內容。

目前，國內對OA術語有諸多不同的譯法，整理為：開放存取、開放獲取、免費獲取、開放使用。

1.2 OA出版公布模式與傳統模式的差別

見表1。

表1 兩者差別

1.3 現代醫學信息交流和獲取的新特點

主要有[3-4]：①醫學文獻信息越來越改變為網上的“虛擬”化和獲取的現實化；②醫學圖書館館員既是數字化資源的管理者，又是網絡資源挖掘者；③醫學文獻信息資源可通過無疆界的網絡全球共享；④各國圖書館的潛在規?？蔁o邊界化;尤其是Google與諸多大學和公共圖書館的合作和歐洲數字圖書館一體建設規劃的確定；⑤醫學信息利用者在虛擬網絡環境中，文獻信息可快捷、無障礙地獲取。

2 開放式獲取的意義

2.1 OA是信息交流和出版模式發展的大勢所趨

①商業出版的費用和利潤不斷增加；例如：埃爾塞維爾集團是世界上最大的科學文獻出版商，每年出版1800余種高質量的科技和醫學等學術期刊，銷售額高達22億美元；②另一方面，科學教育界并沒有能夠得到更多的經費去獲得增加、增長的文獻信息；③傳統的出版模式實際上已經開始阻礙科學的交流與發展；④信息與情報管理人員和科學家起來共同倡議新的信息交流和出版摸式：開放獲取（OA）。

2.2 OA的信息交流和出版模式的優勢

2.2.1 作者—期刊/數據庫—讀者群三者之間的關系，①作者關注：投稿方便、廣泛的讀者群和顯示度、高影響因子、快捷出版、編輯規范、高質量的同行評議；②讀者關注：快捷出版、在線檢索、閱讀方便、高質量的研究成果、編輯的完整性與高質量；③期刊/數據庫：重視被引率、內在的學術水平。

2.2.2 當今醫學文獻信息交流對出版界挑戰與要求：①醫學文獻信息總量越來大、質量越來高。②提供醫學信息檢索并獲取原始論文的二次信息服務正變得日益重要。③醫學信息買賣最小單元不再是期刊的征訂；可以按論文篇數或網絡信息的頁數計費。④醫學信息開放存取、免費獲取、公開獲取、開放使用、開放式出版已變得并非無稽之談。

2.2.3 生物醫學網站的建設，進一步提高期刊的顯示度。根據2004年4月，ISI發布了OA期刊的引用分析報告，對比了190種OA期刊與其他8 700余種期刊的被引情況進行了報告；目前 BMJ、JAMA、JBC 等均已成為 OA 期刊。例如：WJG《世界華人消化雜志》網（http：//www.wignet.com/）。

①2003年4月15日開通OA以來，截止2004年10月26日點擊率已達2 826 231人次，平均每天超過5 000人次；②豐富內容與國際性檢索系統和相關學會廣泛鏈接1999～2004年8月WJG的SCI他引總數1 109次，逐年增加，期刊影響因子逐年提高。

3 國際生物醫學開放式獲取的現狀與趨勢

免費獲取全文主要網站及網址[5-7]。

3.1 HighWire簡介，http://intl.highwire.org/或者 http://china.highwire.org/

HighWire Press是提供免費全文的、全球最大的學術文獻出版商之一，于1995年由美國斯坦福大學圖書館創立。最初，僅出版著名的周刊“Journal of Biological Chemistry”，目前通過該界面還可以檢索PubMed收錄的4 500余種期刊中的1 500多萬篇文章，可看到文摘題錄。已收錄電子期刊850多種，其中超過846 760萬篇文章可免費獲得全文；這些數據仍在不斷增加。HighWire Press收錄的期刊覆蓋以下學科：生命科學、醫學、物理學、社會科學、生態、環境科學等。

3.2 科技搜索引擎：SCIRUS http://www.scirus.com/

Scirus是目前互聯網上最全面、綜合性最強的科技文獻門戶網站之一。包括167 million science-specific Web pages,1 460萬條MEDLINE文摘；550萬篇ScienceDirect全文；120萬項USPTO的專利；近25萬篇IDEAL全文；10 600篇NASA技術報告；將近26萬篇來源于E-Print ArXiv的電子文獻；1 410篇來源于CogPrints的電子文獻；5 352篇來源于BioMed Central的全文；565條來源于Neuroscion的新聞；465種來自Chemistry Preprint Server的預??；14,878篇 Project Euclid全文；以及 Crystallography Journals Online（56 000 篇）;Scitation（230 000 篇）。

Scirus覆蓋的學科范圍包括：醫學，農業與生物學，天文學，生物科學，化學與化工，計算機 科學，地球與行星科學，經濟、金融與管理科學，工程、能源與技術，環境科學，語言學，法學，生命科學，材料科學，數學，神經系統科學，藥理學，物理學，心理學，社會與行為科學，社會學等。

3.3 DOAJ簡介，http://www.doaj.org/DOAJ（Directory of Open Access Journals）

其由瑞典的隆德大學圖書館（Lund University Libraries）建立，它提供有質量控制的可免費獲取的網上電子期刊資源，它的目標是建成一個無學科、無語言限制的綜合性的科學期刊系統，方便科研人員使用，并可提升期刊的顯示度。目前該網站已收集了1 605種期刊，當前有401種期刊有一定的學術水平，并把這些期刊分成了17個大類，73 995余篇DOAJ全文服務。

該目錄收錄的均為學術性、研究性期刊，具有免費、全文、高質量的特點。其質量源于所收錄的期刊實行同行評審，或者有編輯作質量控制，故而對學術研究有很高的參考價值。

3.4 Find Article，www.findarticles.com

FindArticles注重于提供最好最基本的檢索結果。這里有許多不同的檢索方法，約5 000 000篇文章是其他搜索引擎不能檢索到的。資料來源于雜志、定期刊物、商業報告和報紙等。

3.5 Ingenta Connect,www.ingentaconnect.com

IngentaConnect是一個龐大的信息平臺，不僅擁有高效率的管理還能提供功能強大而又不失靈活的服務。目前，已有超過25 000所研究機構在該網站注冊并通過電子方式使用www.ingentaconnect.com，平均每月訪問量超過1 900萬。IngentaConnect廣泛收集了各種學術和專業出版物，在這里可以搜索到17 991 682篇文章、章節及報告，可以瀏覽29 036種出版物。

3.6 Publist,www.publist.com

Publist的數據庫中有超過150 000種雜志、刊物、時事通訊以及期刊。在這里可以找到世界上許多人們熟知的、以及一些難以找到的出版物中的詳細資料,內容涵蓋了上千個主題。

3.7 Free Full Text,www.freefulltext.com

FreeFullText.com網站維護了一個超過7000種的提供免費閱讀全文的網絡學術期刊資源列表，收錄的期刊涉及政治、經濟、醫學、生物學、農業、計算機、物理、數學、教育等廣泛領域。期刊的收錄原則是：①被收錄的期刊至少有一期在網上提供的免費全文內容；②這些內容互聯網上的任何用戶都可以免費獲取。FreeFullText.com將這些期刊按照刊名字母順序排列，每種期刊前詳細標明了提供免費全文的年、卷、期部分和資源鏈接。一部分資源鏈接到該期刊的網站首頁，一部分直接鏈接到免費卷期所在的網頁。一旦期刊停止提供免費全文服務，FreeFullText.com將把它從列表中去除。如果同一期刊在不同的網站上發布它們的內容，并符合FreeFullText.com的免費規則，這些網站都會被收錄進FreeFullText.com的列表。

3.8 Genamics Journal Seek,www.journalseek.net

Genamics Journal Seek是網上可以免費提供期刊信息的完全分類數據庫當中最大的一個，它目前包含75 602多個主題，可以說是最全面的網上期刊信息分類數據庫，截止到2006年12月17日，收錄了2 884家出版社的期刊，其中生物學期刊5723種，醫學類期刊8 872種。在Genamics JournalSeek的網站可以對期刊進行搜索，也可以按學科分類進行瀏覽。最終得到的結果是期刊簡介和期刊網址鏈接。網站還提供出版社清單，清單按出版社出版的期刊數量分類，并且鏈接到各個出版社的網站。

這個網站與OCLC是合作關系。OCLC（聯機計算機圖書館中心,Online Computer Library Center)是世界上最大的提供網絡文獻信息服務和研究的機構，主要提供以計算機為基礎的編目共享、資源共享和咨詢共享。

3.9 arXiv.org e-Printarchive

arXiv是美國國家科學基金會和美國能源部資助,于1991年8月由美國洛斯阿拉莫斯（Los Alamos）國家實驗室建立的電子預印本文獻庫。其建設目的在于促進科研成果的交流與共享，幫助科研人員追蹤本學科最新研究進展，避免研究工作重復等。主站點設在康乃爾大學www.arxiv.org，中國的鏡像站點是http://cn.arXiv.org。

arXiv收錄范圍：目前包含物理學、數學、非線性科學、計算機科學等四個學科共計17萬篇預印本文獻。

arXiv收錄內容：收錄的論文除作者提交的外，還包括American Physical Society、Institute of Physics等 12 種電子期刊全文，但不包括非學術性信息，如新聞或政策性文章等。

arXiv著錄項目：著錄項目包括：文獻出處、收錄時間、arXiv存檔號、標題、作者、文摘、學科主題分類，并提供參考文獻和被引情況的鏈接。數據庫的全文文獻有多種格式（例如PS、PDF、DVI等），需要安裝對應的全文瀏覽器才能閱讀。尤其是PS格式，要求在UNIX系統下安裝PS格式的瀏覽軟件。因此，建議大家選擇較為通用PDF格式瀏覽全文。

arXiv特色：研究者按照一定的格式將論文進行排版后，通過E-mail、FTP等方式、按學科類別上傳至相應的數據庫中。要說明的是，送入預印本庫中的論文均未經過任何審核，也沒有任何先決條件決定哪些論文可以送入e-print arXiv數據庫中，實際上這是默認了文責自負的原則。收入該數據庫中的論文可以隨時受到同行的評論，論文作者也可以對這種評論進行反駁。論文作者在將論文提交e-print arXiv的同時，也可以將論文提交學術期刊正式發表。論文一旦在某種期刊上發表，在e-print arXiv的該論文記錄中將加入正式發表期刊的有關信息。

3.10 PLoS,The Public Library of Science,www.plos.org

公共科學圖書館（public library of science，PLoS）是一家由眾多諾貝爾獎得主和慈善機構支持的非贏利性學術組織，旨在推廣世界各地的科學和醫學領域的最新研究成果，使其成為一種免費的公眾資源，科學家、醫生、患者和學生可以通過這樣一個不受限制的平臺來了解最新的科研動態。PLoS出版了8種生命科學與醫學領域的期刊，可以免費獲取全文。

3.11 Free Medical Journals,www.freemedicaljournals.com

Free Medical Journals（免費醫學期刊）由Amedeo Group創建，網上免費提供生物醫學全文最多的期刊集合網站。該網站共收錄1460余種生物醫學全文期刊。目前它收錄990種免費全文醫學期刊，分 English、French、German、Portuguese、Spanish、Turkish及other language列出，內容包括免費醫學雜志站點、出版后1～6個月免費的站點、出版后1年免費的站點、出版后2年免費的站點。網站的右面是新加的和取消的免費醫學雜志站點。Free Medical Journals將免費全文期刊按檢索者的不同需要提供以下幾種瀏覽方法：①按專業分類排列，將所有免費期刊分成90多個專業，每一專業后在括號內用數字表明該專業免費期刊數；②按語種分為6類，同一語種下按期刊字母順序排列；③按期刊提供免費的方式分為3類，同一方式下按期刊影響因子大小排列。

在今后的幾年內,許多重要的醫學期刊將會在這里全文免費提供。

3.12 BioMed Central,http://www.biomedcentral.com/

BMC（BioMed Central）是一家獨立的出版社，致力于提供可直接免費獲取的經過同行評議的生物醫學研究結果。英國倫敦生物醫學中心是最重要的開放存取雜志出版商之一，目前出版194種生物醫學類學術期刊。BioMed Central收錄的期刊范圍涵蓋了生物學和醫學的所有主要領域，包括麻醉學、生物化學、生物信息學、生物技術、癌癥、細胞生物學、微生物學、分子生物學、植物生理學 、遺傳學、獸醫學、進化生物學、醫學情報與決策、醫學教育、醫學道德、家庭護理、皮膚病、血液液病、心血管疾病、內分泌失調、臨床病理學、基因組生物學、放射醫學、護理學、免疫學、老年 病學、眼科學、口腔醫學、關節炎的診斷與治療、藥理學、生理學、兒科學、外科學、泌尿學、婦科學等57個分支學科。BioMed Central大多數期刊發表的研究文章都即時在PubMed Central存檔并進入PubMed的書目數據庫，方便讀者檢索與瀏覽全文。

3.13 PubMed Central(PMC),http://www.pubmedcentral.nih.gov/

PubMed Central（PMC）是 2000年1月由美國國家醫學圖書館（NLM）的國家生物技術信息中心（NCBI）建立的生命科學期刊全文數據庫，旨在保存生命科學期刊中的原始研究論文的全文，并在全球范圍內免費提供使用。目前加入PMC的期刊108種，另有8種期刊即將加入，這些期刊免費全文訪問的時間延遲是出版后0～2個月，所有文獻的瀏覽、檢索、下載均是無需注冊的，但只有注冊用戶可通過email自動獲取PMC新刊通報。

3.14 Blackwell Synergy,www3.interscience.wiley.com/

Blackwell Synergy為Blackwell Publishing公司推出的電子期刊數據庫，包含Blackwell與國際專業學術團體合作出版的絕大多數期刊，目前匯集了來自850多種國際性期刊的100萬多篇文章全文。覆蓋學科包括：生命及自然科學；醫學；農業及動物科學；商業、經濟、金融、財會、數學和統計；工程、計算和技術；健康科學；人文學科；法律；社會及行為科學；藝術。

4 結論

目前OA醫學期刊正處于不斷發展和壯大階段。首先，期刊的數量一直在穩步增加，包括新創辦的OA醫學期刊和由傳統基于訂閱出版模式的期刊轉變而來的OA醫學期刊。其次，期刊所覆蓋的學科范圍突破自然科學領域，社會科學和人文科學領域的OA期刊始出。OA醫學期刊在發展中國家和高福利保障國家中發展尤為突出。目前比較經典有DOAJ是由瑞典Lund大學圖書館創建和維護的OA期刊列表，該列表旨在覆蓋所有學科、所有語種的高質量的OA同行評審刊。截至2005年6月14日，該列表已經收錄1 605份OA期刊，其中有相當學術水平的期刊401種，73 995篇OA論文，涵蓋農業和食物科學、生物和生命科學、化學等17學科主題領域。OA醫學期刊發展已開始得到傳統的文摘索引服務商的認可并成為它們收錄的重點對象。據ISI期刊引文報告顯示，截至2004年6月份，被權威文摘索引機構ISI收錄的開放存取期刊已經有239種，占WOS系統（SCI、SSCI、A&HCI集成在該系統中）收錄期刊的2.6%。由于OA醫學期刊的創辦時間比較短，除了少數OA醫學期刊的影響因子超過同學科領域的傳統期刊，大多數OA醫學期刊的影響因子都不是很理想，絕大多數權威和經典的醫學期刊仍為少數幾家全文期刊出版商所壟斷，但OA醫學期刊的快引指數（Immediacy Index）相對而言都比較高。OA醫學期刊的快引指數相對比較高，這一方面說明了OA醫學期刊由于免費訪問的特點比傳統期刊能更及時有效地被醫學科研人員所利用，另一方面也說明了，OA醫學期刊也在逐漸被醫學科研人員所認可。醫學開放獲取OA雖然受到諸多因素的影響，但從醫學文獻信息傳播、交流、發展的特點和優勢來看，醫學文獻信息的OA化是最富有前途的。國家采取和支持開放獲取政策和戰略，利用政策的杠桿作用，采取積極而有效的措施，推動開放獲取運動，就會形成有利于科學信息傳播，促進科研進程的保障機制，就能加快建立新的學術交流模式，為建立“科學發展觀”和醫學科技的可持續發展服務。

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[2]Burdett AN.Open access:the self-selection effect[J].Science,2009,325(5938):266-267.

[3]Ahmed SS,Tran QP,Langdorf MI,et al.Open access:the alternative to subscription-based medical publishing[J].West J Emerg Med,2008,9(4):240-242.

[4]Smalheiser N,De Groote SL,Case MM.Open-access publishing-a new path[J].J Biomed Discov Collab,2009,16:6.

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[7]Giglia E.Open access in the biomedical field:a unique opportunity for researchers(and research itself)[J].Eura Medicophys,2007,43(2):203-213.

The application of open access in medical literature retrieval

YU Li1,WEI Qing2,LIU Ji2
(1.Affiliated Hospital of Jiangsu University,Jiangsu Province,Zhenjiang 212001,China;2.Jiangsu University,Zhenjiang 212001,China)

Open access is the international academic circles,publication field,the book intelligence report field for the sake of the push research result passes internet free,make use of but adopt at liberty from promote extensive exchanges of the biomedical science information set open access to bring about profound influence on the medical science research cooperation for the biomedical science information resources,to equal,make use of the medical science and technology result to have the important meaning availably.

Open Access;Medical literature;The retrieval method

G25 R-05 TP393.4

B

1674-4721（2010）12（a）-155-04

江蘇省鎮江市分子內分泌重點實驗室（SS2009012）；教育部出國留學人員科研啟動基金（教外司留2006-331號）。

俞力（1968-），男，單位：江蘇大學附屬醫院；職稱：副主任醫師。

2010-10-11）