1904年,朱執信19歲的時候,他面臨著人生中的一次重大選擇。從19世紀末到20世紀初,赴日留學風靡一時,留日學生逐年迅速增加,到1904年達到了1000多人。朱執信懷著學習西方以救中國的愿望,于1904年夏參加了在廣州舉辦的官費赴日留學的考試。朱執信以第一名被選錄,成為當年朝廷在廣東選送的50多名留日學生中成績最好而又年紀最輕的一個。
1904年冬季的一天早晨,身穿白色長衫的朱執信乘上了一艘駛向日本的客輪,開始了自己東渡日本的留學生涯。朱執信抵達東京后,和古應芬、杜之木太、汪兆銘、李文范、張柏楨等青年學子一起,住在東京仲猿樂町廣東人開設的龍圖館中。1905年春,正是櫻花爛漫的時節,朱執信進入東京法政大學法政速成科第二期,學習期限定為一年半。他無暇去郊外欣賞那怒放的櫻花,而把全副身心用在學習上。
東京法政大學速成科設政治、法律、經濟等專門課程,朱執信對經濟學科尤其重視,還不遺余力地鉆研數學。朱執信以優異的成績,在畢業試中名列前茅。
留學日本期間,朱執信交朋結友,結識了一些資產階級革命者,自由探討和研究問題,因此他的眼界更加開闊,更加痛恨封建專制制度。
1905年7月30日,孫中山邀集了包括興中會、華興會以及其他革命團體旅日的部分成員,共70多人,在東京舉行中國同盟會籌備會議。朱執信由胡毅生先生介紹,參加了這次籌備會議,成為中國同盟會的最早加盟者之一。
在當時的同盟會中,只有朱執信一人留著長辮子和長指甲,因而特別引人注目。大家發現他的外貌與眾不同,覺得很不順眼,便時常勸說他。有—次同盟會會員相聚時,胡漢民和汪精衛勸他將長辮子剪掉,朱執信以沉默表示拒絕,胡漢民和汪精衛繼續勸說,朱執信聽得煩了,突然從身上取出常佩的小刀,對他們說:“誰再勸我剪辮子,我就和他拼命!”胡漢民和汪精衛想不到朱執信性格如此剛烈,嚇了一跳,討了個沒趣,只好默不作聲。朱執信為什么不剪去辮子呢?這是有原因的。后來同盟會員們和他閑談時才知道,朱執信覺得以后回國要開展革命運動,必須深入到民間,和民眾打成一片,如果身穿洋服,一頭短發,別人一看就知道你是一個“革命黨”,一些對革命暫時還不理解的民眾因恐懼而避開你,更嚴重的是容易被清廷的官員捉拿殺害。所以留著長辮子可以掩護自己的革命者身份。大家聽后十分佩服朱執信的深謀遠慮,更為他“不入虎穴,焉得虎子”的戰斗精神所打動。
1907年春天,一個朝霞滿天的早晨,朱執信結束了日本的留學生活,從東京灣乘客輪回國。后來,1913年“二次革命”失敗后,朱執信再次東渡日本。1920年6月,朱執信再次從日本回廣東參與“粵軍回粵”的戰役。9月21日,他在虎門調停攻入虎門的民軍與虎門降軍之間的沖突時不幸中彈犧牲,此時,與他離開日本僅僅3個多月的時間。