蒙古沙冬青保守microRNAs的鑒定及靶基因預測

高飛, 孫鵬, 陳靜, 李章磊, 張孜宸, 李華云, 王寧, 周宜君

中央民族大學生命與環(huán)境科學學院, 北京 100081

College of Life and Environmental Sciences, Minzu University of China, Beijing 100081, China

蒙古沙冬青保守microRNAs的鑒定及靶基因預測

高飛, 孫鵬, 陳靜, 李章磊, 張孜宸, 李華云, 王寧, 周宜君

中央民族大學生命與環(huán)境科學學院, 北京 100081

蒙古沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)是生長在荒漠中的木本植物, 對于我國西北部干旱、半干旱區(qū)域的植被維護與恢復具有重要價值。蒙古沙冬青對干旱、低溫等多種逆境具有較高的耐受性, 是研究林木耐受逆境生理與分子機制的合適材料。MicroRNA(miRNA)是一類長度約為21個核苷酸的內(nèi)源性非編碼小分子RNA,在植物生長發(fā)育和逆境應(yīng)答等生物學過程中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。目前, 許多植物物種的miRNAs已經(jīng)獲得鑒定, 但未見蒙古沙冬青miRNAs的相關(guān)報道。文章應(yīng)用高通量測序和生物信息學分析方法對蒙古沙冬青幼苗保守miRNAs的類型、表達豐度以及靶基因進行了分析和預測。共鑒定了10個家族的19種保守miRNAs, 其表達豐度介于55～1920269個拷貝之間。通過在線軟件psRNATarget預測了其中14個保守miRNAs的靶基因。對于這些靶基因的功能分析表明, 蒙古沙冬青的保守 miRNA主要通過轉(zhuǎn)錄調(diào)控、激素信號途徑、物質(zhì)代謝和脅迫應(yīng)答等生物學過程參與植物生長發(fā)育和環(huán)境響應(yīng)。

蒙古沙冬青; microRNAs; 高通量測序; 靶基因預測

MicroRNA(miRNA)是一類在動植物生長發(fā)育和環(huán)境響應(yīng)中發(fā)揮重要調(diào)控作用的內(nèi)源性非編碼單鏈小分子 RNA(約 21nt), 主要在轉(zhuǎn)錄后水平負調(diào)控蛋白編碼基因, 從而發(fā)揮其各種生物學功能[1]。目前,利用實驗和生物信息學方法, 圍繞miRNAs的鑒定、靶基因和功能分析已經(jīng)開展了較多的研究。……