RAD-seq技術在基因組研究中的現狀及展望

王洋坤, 胡艷, 張天真

南京農業大學, 作物遺傳與種質創新國家重點實驗室/教育部雜交棉創制工程研究中心, 南京210095

RAD-seq技術在基因組研究中的現狀及展望

王洋坤, 胡艷, 張天真

南京農業大學, 作物遺傳與種質創新國家重點實驗室/教育部雜交棉創制工程研究中心, 南京210095

Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-seq)技術是在二代測序基礎上發展起來的一項基于全基因組酶切位點的簡化基因組測序技術。該方法技術流程簡單, 不受有無參考基因組的限制, 可大大簡化基因組的復雜性, 減少實驗費用, 通過一次測序就可以獲得數以萬計的多態性標記。目前, RAD-seq技術已成功應用于超高密度遺傳圖譜的構建、重要性狀的精細定位、輔助基因組序列組裝、群體基因組學以及系統發生學等基因組研究熱點領域。文章主要介紹了 RAD-seq的技術原理、技術發展及其在基因組研究中的廣泛應用。鑒于RAD-seq方法的獨特性, 該技術必將在復雜基因組研究領域具有廣泛的應用前景。

RAD-seq; 基因組; 遺傳圖譜; SNP; 雙酶系統的RAD(ddRAD)測序

2005年, 美國454生命科學公司Margulies等[1]在國際頂級學術期刊Nature上報道了一種快速簡單的測序方法：結合 DNA 擴增的乳膠系統(Emulsion system)和以皮升為單位的焦磷酸(Pyrophosphate)為基礎的測序方法——焦磷酸測序(Pyrosequencing)方法, 二代測序(Next-generation sequencing, NGS)的時代由此開啟。目前市場上主流的二代測序技術有Roche/454 焦磷酸測序(2005年)、Illumina/Solexa 聚合酶合成測序(2006年)和 ABI/SOLiD 連接酶測序(2007年)。與傳統的一代測序相比, 新一代測序技術共有的突出特征是：單次運行(run)產出的序列數據量大, 所以二代測序又被稱為高通量測序技術。……