乳腺癌、甲狀腺癌和黑色素瘤全基因組關(guān)聯(lián)分析計量和熱點研究

王 斌，許春偉

（1.唐縣人民醫(yī)院病理科，河北唐縣 723502；2.中國人民解放軍北京軍區(qū)總醫(yī)院病理科）

乳腺癌、甲狀腺癌和黑色素瘤全基因組關(guān)聯(lián)分析計量和熱點研究

王 斌1，許春偉2△

（1.唐縣人民醫(yī)院病理科，河北唐縣 723502；2.中國人民解放軍北京軍區(qū)總醫(yī)院病理科）

全基因組關(guān)聯(lián)研究；GWAS；文獻(xiàn)研究

全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）是利用高通量基因芯片技術(shù)，對人類全基因組范圍內(nèi)常見遺傳變異-單核苷酸多態(tài)性（SNP）和拷貝數(shù)變異（CNV）進(jìn)行總體關(guān)聯(lián)分析的研究方法［1］。國際人類基因組測序和單體型圖譜工程的完成，以及經(jīng)濟(jì)高效的高通量基因分型技術(shù)的開展，使全基因組范圍內(nèi)篩檢與疾病相關(guān)的序列變異成為可能，通過比較全基因組范圍內(nèi)所有變異的等位基因頻率，從中發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)聯(lián)的序列變異［2-3］。2007年，Duggan等［4］和Murabito等［5］利用Illumina及Affymetrix的基因芯片對前列腺癌進(jìn)行了GWAS，此后，越來越多腫瘤方面的GWAS研究結(jié)果陸續(xù)發(fā)表。本研究使用最新的GWAS數(shù)據(jù)庫之一—NHGRI，分析挖掘乳腺癌、甲狀腺癌和黑色素瘤文獻(xiàn)特征數(shù)據(jù)，以期為國內(nèi)甲狀腺、乳腺及皮膚腫瘤GWAS提供參考。

1 材料與方法

研究資料來源于NHGRI。登入頁面http：//www.genome. gov/page.cfm？pageid=26525384#searchForm，在頁面下Disease/ Trait一欄中輸入“Breast cancer”，點擊Search后再點擊“Download Spreadsheet of Search Result”保存“MyGWASSearch. xls”，并改名為“Breast cancer.xls”，并用同樣的步驟獲得“Thyroid cancer.xls”和“Melanoma.xls”。

2 結(jié)果

2.1 文獻(xiàn)基本特征 數(shù)據(jù)庫原記錄包含34篇論文［6-38］（乳腺癌24篇、甲狀腺癌2篇、黑色瘤7篇），涉及114個SNP（乳腺癌88個，甲狀腺癌5個，黑色素瘤21個）。論文分別發(fā)表在Nat Genet（IF：35.209/2012）14篇，Nature（IF：38.597/2012）1篇，Breast Cancer Res （IF：5.872/2012）2篇，Breast Cancer Res Treat （IF：4.469/ 2012）2篇，Hum Genet（IF：4.633/2012）4篇，Hum Mol Genet（IF：7.692/ 2012）3篇，J Hum Genet（IF：2.365/2012）1篇，J Natl Cancer Inst（IF：14.336/2012）1篇，PLoS Genet （IF：8.517/2012）3篇，PLoS One（IF：3.73/2012）1篇，Proc Natl Acad Sci U S A（IF：9.737/2012）1篇。

2.2 第一（篩選）階段樣本量 34篇乳腺、甲狀腺及皮膚腫瘤GWAS研究文獻(xiàn)第一階段病例組樣本量30-27758例不等，對照組例數(shù)30-37196例。……