原核微生物之菌和微菌

萬云洋，趙國屏

(1.中國石油大學(xué)(北京)油氣資源與探測國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室油氣污染防治北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京102249; 2.中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院，上海200032)

原核微生物之菌和微菌

萬云洋1*，趙國屏2*

(1.中國石油大學(xué)(北京)油氣資源與探測國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室油氣污染防治北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，北京102249; 2.中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院，上海200032)

本文明確了對于現(xiàn)行中文對原核微生物習(xí)慣命名中的虛字“菌”字，在定義希臘文名詞bios和新拉丁文名詞bius-um-a時(shí)可具有實(shí)際意義。與微(micro/mikros)組合時(shí)，表示有尺寸特征，但這種特征與其他原核微生物的尺寸區(qū)別不大，有待實(shí)踐中進(jìn)一步細(xì)化。本文總結(jié)80多屬460多種和亞種的微生物，提出命名法能夠表達(dá)的微生物特征層次，進(jìn)一步明確這些種屬的細(xì)菌屬性，以促進(jìn)國內(nèi)外交流。

菌;微菌;竿菌;桿菌;小桿菌;分類學(xué);微生物;命名;細(xì)菌;古菌;屬

近340屬桿菌、110屬小桿菌、7屬桿狀菌［1］、100屬竿菌［2］等“菌屬”中的“菌”字均為虛詞，可能僅為微生物界(細(xì)菌、古菌或真菌)的一個(gè)學(xué)術(shù)記號，并可省略為桿屬、小桿屬和竿屬［1-2］，但如下80多屬460多種“菌”的屬名和種名中，“菌”字或不可省略，是實(shí)意詞，應(yīng)區(qū)別對待。

1 原核微生物中具有實(shí)意的“生”種屬

生:希臘文名詞bios，表示生命。當(dāng)該詞出現(xiàn)在非詞尾時(shí)，譯作“菌”字將產(chǎn)生很多誤解，此時(shí)一般譯作“生”(表1)。這種用法有些是十分常見的，比如中文中的“微生物”一詞，其英文microbe大約是在1878年左右，來自對希臘文micro+bios的不正確縮寫［3］，早期只用于病原微生物，但現(xiàn)在已經(jīng)基本與microorganism通用。有些則可能因?yàn)橐欢ㄕZ境中的省略而變得不常見，但體現(xiàn)該字有不少的方便。如表1中這5屬12種中，全部是細(xì)菌域生物，方案一中的菌，仍然是虛字。

表1 原核微生物中的“生”屬Table 1China-Latin bilingual for Sheng-bios genera in prokaryotes

表1中的這些屬除了細(xì)菌的共性之外，其他特性差異很大。共生菌屬或共生屬(Symbiotes)是阿爾法變形桿綱立克次體目中未定科的屬，厭氧生小螺體屬或厭氧生小螺屬(Anaerobiospirillum)是伽馬變形桿綱氣單胞菌目琥珀酸弧菌科中的一屬，生膜棲菌屬或生膜棲屬(Biostraticola)是伽馬變形桿綱腸小桿目腸小桿科中的一屬。勿生營菌屬或勿生營屬(Abiotrophia)是厚壁菌門竿綱乳竿目奇果菌科中的一屬，共生小桿菌屬或共生小桿屬(Symbiobacterium)是厚壁菌門梭菌綱梭菌目互營單胞菌科中的一屬。

種名中也有為數(shù)不多的表示“生”用法，在不重名的情況下，按照現(xiàn)行的習(xí)慣命名或可省略該字。尤其是，如果按照“屬名+種加詞”［2］直接順序?qū)ψg，則或即可為“菌”。如在以下6模式種中，括號中的生字表示可以保留或不保留。

1936年的模式種厭氧生消鏈果菌(Peptostreptococcus anaerobius)，或消鏈果屬厭氧(生)菌。

1955年的模式種抗生素騫恩氏菌(Chainia antibiotica)，此處“生”不可省略，因?yàn)榭股匾呀?jīng)成為一個(gè)固定名詞。或騫恩氏屬抗生素菌。

1984年定的模式種鹵生鹵桿狀菌(Halobacteroides halobius)，或鹵桿狀屬鹵(生)菌。

1987年定的模式種厭氧生無固醇原體(Asteroleplasma anaerobium)，或無固醇原體厭氧(生)菌。

1995年新合并的模式種鹵生涅斯特倫科氏菌(Nesterenkonia halobia)，或涅斯特倫科氏屬鹵(生)菌。

2014年定的模式種厭氧生塞內(nèi)加爾馬西利亞菌(Senegalimassilia anaerobia)，或塞內(nèi)加爾馬西利亞屬厭氧(生)菌。

2 原核微生物中具有實(shí)意的“菌”或“生”種屬

菌或生:希臘文名詞bios，及其新拉丁文化的名詞bius-um-a，表示生命、生物。因此該詞如果要簡寫，應(yīng)該是“生”，但該詞作菌屬詞尾時(shí)，根據(jù)現(xiàn)在中文屬名的習(xí)慣，是直接譯為“菌”了。因此，有兩種方案，一種就是把“菌”當(dāng)作實(shí)詞(方案一，表2和表3)，在微生物中，把菌與生命等同是完全可以接受的;另一種把菌仍然作虛詞，可省略，而把“生”定義為bios/bius-um-a，即生物、生命和/或細(xì)菌(方案二，表1～3)。自1889年德國植物學(xué)家和真菌學(xué)家弗蘭克(A.B.Frank，1839～1900)創(chuàng)立根瘤菌屬(Rhizobium)［4］以來，目前合格有效的有32屬、300多種和幾個(gè)亞種。表示尺寸大小的微菌或微生(microbium)菌屬也是該名詞的組合詞(表3)，因此加起來已有85屬、460多種和近10亞種。以此定名的拉丁文，尤其是中文屬名，按照方案一或方案二都很簡潔，比如陌菌屬或陌生屬(Atopobium)、鰓菌屬或鰓生屬(Branchiibius)、綠菌屬或綠生屬(Chlorobium)、礦菌屬或礦生屬(Fodinibius)海菌屬或海生屬(Maribius)、玫菌屬或玫生屬(Rhodobium)、肉菌屬或肉生屬(Sarcobium)等。方案一中這些菌屬的“菌”因?yàn)槭菍?shí)意字，因此不能如同桿菌屬或小桿菌屬中的那樣省略［1］。這些菌屬當(dāng)中，僅有2012年定的鹵古生菌屬或鹵古生屬(Haloarchaeobius)是古菌，而且已經(jīng)在屬名中明確了古菌(古生菌)之意，因此，以方案一定名的菌屬符合現(xiàn)在中文命名［5］的習(xí)俗，容易接受，但無法體現(xiàn)細(xì)菌屬性，且可能會與其他菌屬存在重名，比如鹵古生菌屬之所以保留“生”字，就是為了避免與鹵古菌屬(Halarchaeum)重名。以方案二定名的屬名，根據(jù)約定俗成，“生”字可以與“桿”、“小桿”和“竿”一樣，十分明確其細(xì)菌屬性。

表2 原核微生物中具有實(shí)意的“菌”屬和/或“生”屬［6］Table 2China-Latin bilingual for Jun/Sheng-bios/bius-um-a as a notional word in prokaryotic genera［6］

3 “微菌”或“微生”種屬及其細(xì)菌屬性

微菌或微生:新拉丁文中性名詞microbium (尚無陽性或陰性屬名出現(xiàn))，來自新拉丁文介詞micro(來自……，from)+希臘文名詞bios(生命，life)，來自希臘文形容詞mikros(μικρóζ)表示小的(small)+希臘文名詞bios(βíοζ)表示生命(life)，即表示微生物。因此，如果根據(jù)現(xiàn)行的中文命名習(xí)慣，根據(jù)方案一(表3)，這種菌屬中的“菌”字不可省略，是實(shí)意，表示活體生物(生命)。但同樣的原因，此“菌”除了表示微生物之外并不能表示其細(xì)菌屬性，而根據(jù)約定俗成，方案二(表3)中的“生”與桿、小桿、竿等一樣，即可表示細(xì)菌屬性，更加方便。但方案一對現(xiàn)行命名體系的符合度高，可能相對較容易接受。方案二可能需要較長時(shí)間的實(shí)踐。表3中的這些屬全部是細(xì)菌域生物，自1899年［7］建立網(wǎng)線微菌屬(Hyphomicrobium)，迄今合格有效的已有48屬、150多種和3亞種。

表3 原核微生物中具有實(shí)意的“微菌”屬或“微生”屬［6］Table 2China-Latin bilingual for microbium as a notional word in prokaryotic genera［6］

續(xù)表3

這些微菌屬之所以能夠從上述的“菌”(bios/ bius-um-a)獨(dú)立出來成為一個(gè)序列，還有一層意思是表示其尺寸的微小，給命名特征的體現(xiàn)帶來方便。但迄今為止，這些菌屬中的“微”與其它原核微生物的尺寸并無顯著差異，有待今后的進(jìn)一步實(shí)踐細(xì)化。

4 小結(jié)

本文系統(tǒng)地總結(jié)了具有實(shí)意的“菌”類33屬320多種，“微菌”或“微生”48屬150多種3亞種，以及具有實(shí)意的“生”5屬12種，共計(jì)86屬460多種和亞種進(jìn)行了梳理和總結(jié)，有利于促進(jìn)學(xué)者對此的理解，促進(jìn)中外交流。

無論是表示實(shí)意的菌/生(bios/bius-um-a)還是組合詞微菌/微生(microbium)類生物，無論其在詞尾、詞中或詞頭，都表示細(xì)菌域生物(除了屬名中已明確了古菌的鹵古生屬(Haloarchaeobius))。

在兩種方案中，方案一更接近現(xiàn)在的習(xí)慣，方案二作為中文定名習(xí)慣更容易避免重名，且表示更多一層的意思。上述菌屬名中，少則表示三層含義，比如海菌屬，海表示海源，菌表示生命(細(xì)菌)，屬表示細(xì)菌中的具體屬性;多則表示五層含義，比如磂堿微菌屬，表示硫、堿、尺寸、屬性和細(xì)菌;大部分是四層含義，比如中華微菌屬，表示分離源、尺寸、屬性和細(xì)菌。與種名(種加名)聯(lián)合起來，大致上能夠表示4～8層含義，大體上能夠明確形狀(含芽孢/孢子/鞭毛/菌絲)、動/靜態(tài)、尺寸、顏色、功能(化合物特征)、習(xí)性(溫度/氧度/鹽度)、生境(產(chǎn)地/宿主)和分子特征(細(xì)菌/古菌/真菌)。因此，菌名(屬名+種名)不僅僅是一個(gè)代號，每個(gè)字都很重要，是其獨(dú)有特征的記錄，但無論中外，對這種層次的理解和使用差別較大，有待進(jìn)一步規(guī)范，中文命名在這種含義層次規(guī)范中占有一定的優(yōu)勢。

致謝感謝陳文新院士不顧年事之高，多次接見當(dāng)面指教和大力的推薦，特別感謝陶天申教授主動致函多次講解和指導(dǎo)，感謝楚澤涵和林壬子教授等對草稿提出的許多建議，促進(jìn)我們對中外微生物學(xué)的發(fā)展有更深的理解和把握。

［1］萬云洋，趙國屏.原核微生物之桿菌和小桿菌［J］.微生物學(xué)通報(bào)，2016，43(6):1315-1332.

［2］萬云洋，費(fèi)佳佳，趙國屏.原核微生物之竿菌［J］.微生物學(xué)雜志，2016，36(3):73-79.

［3］Harper D.Online Etymology Dictionary.microbe［EB/OL］.［20150320］http://www.etymonline.com/index.php?allowed_in_frame=0＆search=microbe.

［4］Skerman V，McGowan V，Sneath P.Approved Lists of Bacterial Names［J］.International Journal of Systematic Bacteriology，1980，30(1):225-420.

［5］楊瑞馥，陶天申，方呈祥，等.細(xì)菌名稱雙解及分類詞典［M］.北京:化學(xué)工業(yè)出版社，2001.

［6］萬云洋.原核微生物資源和分類學(xué)［M］.北京:石油工業(yè)出版社，2015.

［7］Kingma Boltjes T.¨Uber Hyphomicrobium vulgare Stutzer et Hartleb［J］.Archiv für Mikrobiologie，1936，7(1):188-205.

Species and Genera of Bios(bius-um-a)and Microbium in Prokaryotes

WAN Yun-yang1，ZHAO Guo-ping2
(1.State Key Laboratory of Petroleum Resources and Prospecting，Beijing Key Laboratory of Petroleum Pollution and Control，College of Geosciences，China University of Petroleum，Beijing 102249，China; 2.Shanghai Institutes for Biological Sciences，Chinese Academy of Sciences，Shanghai 200032，China)

This paper clarifies that the Chinese character"菌(Jun)"which usually as a functional word in Chinese term of Microbiology has the actual meaning in defining the Greek noun bios and New Latin noun bius-um-a.When it combines with"微(Wei)"(micro/mikros)to deliver further size of microorganisms although it is yet ambiguous and waiting for refining the size standard to make clear distinguish from other prokaryotes.This paper also proposes Chinese character"Sheng"instead of"Jun"in this case to reveal and define more than four hundred and sixty species and subspecies in eighties genera for their evolutionary domain of bacteria definitely，to standardize layers of meaning for each vocabulary in the binomial nomenclature in order to promote communication between at home and abroad.

bios bius;microbium;bacillus;bacter;bacterium;taxonomy;microorganism;nomenclature;bacteria; archaea;genus

Q93

A

1005－7021(2016)04－0071－05

10.3969/j.issn.1005－7021.2016.04.013

國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(41373086，41373126);國家重大科技專項(xiàng)(2016ZX05050011，2016ZX05040002-006);北京市青年英才計(jì)劃(YETP0670);北京市科技新星交叉合作課題(XXJC201605)

萬云洋男，博士，教授，博士生導(dǎo)師。從事微生物地質(zhì)學(xué)研究。Tel:010-89732230，E-mail:wanyunyang@cup.edu.cn趙國屏男，博士，教授，博士生導(dǎo)師，中國科學(xué)院院士。從事微生物學(xué)研究。Tel:021-54924015，E-mail:gpzhao@sibs.ac.cn

*通訊作者。

2016-03-15;

2016-04-12