張春蕊,賈園園,王艷敏,2,王玉成,楊傳平,王 超*
(1 東北林業大學林木遺傳育種國家重點實驗室,哈爾濱 150040;2 黑龍江省林業科學研究所, 哈爾濱 150081)
剛毛檉柳液泡膜H+-PPase基因的克隆與脅迫下的表達分析
張春蕊1,賈園園1,王艷敏1,2,王玉成1,楊傳平1,王超1*
(1 東北林業大學林木遺傳育種國家重點實驗室,哈爾濱 150040;2 黑龍江省林業科學研究所, 哈爾濱 150081)
摘要:通過對剛毛檉柳轉錄組分析,鑒定獲得1個液泡膜H+-PPase基因的cDNA序列,命名為ThVP1。該cDNA序列全長3 022 bp,開放閱讀框為2 298 bp,編碼765個氨基酸,編碼蛋白相對分子質量80.37 kD,理論等電點5.25。ThVP1 編碼蛋白的疏水性較強,含有13個跨膜區。氨基酸多序列比對結果顯示,ThVP1具有典型的液泡膜H+-PPase 家族3個高度保守片段(CS1 、CS2 和CS3),與大豆VP1氨基酸序列一致性最高,為93%。系統進化分析表明,ThVP1屬于I型液泡膜H+-PPase基因。實時熒光定量RT-PCR分析顯示,NaCl和PEG脅迫下,ThVP1在檉柳根和葉中均呈現明顯上調表達,表達量最高達到對照的20.9倍,暗示ThVP1可能在剛毛檉柳抗旱耐鹽過程中發揮重要作用。
關鍵詞:剛毛檉柳;液泡膜H+-PPase;脅迫響應;基因表達
高鹽和干旱是限制植物生長和發育的主要逆境因素,土壤中大量Na+進入細胞后,會造成植物細胞脫水,細胞的離子平衡紊亂,影響植物正常生理代謝,從而抑制植物的生長發育,嚴重時可以導致植物死亡[1]。鹽生植物主要依靠離子區隔化的方法,通過液泡膜Na+/H+逆向轉運蛋白將細胞質中過多的Na+區隔到液泡中[2],從而減輕Na+對細胞質內的各類代謝酶的危害,同時降低了細胞滲透勢,進而提高植物的耐鹽性和抗旱性。而在此過程中,液泡膜質子泵(H+-ATPase和H+-PPase)為Na+/H+逆向轉運蛋白逆濃度梯度將Na+轉入液泡中提供質子驅動力[3-4]。
液泡膜H+-PPase,又稱液泡膜H+轉運無機焦磷酸酶(H+-pyrophosphatase,H+-PPase,EC3.6.1.1),是一種區別于H+-ATPase 的H+轉運酶,廣泛存在于植物、少數藻類、原生動物、細菌以及原始細菌中[5-6]。在液泡膜上,H+-PPase 能夠把無機焦磷酸(PPi)水解為2個Pi,同時產生的自由能催化H+由胞質向液泡的運輸,與液泡膜H+-ATPase一起,為各種溶質分子(如陽離子、陰離子、氨基酸和糖類等)的跨液泡膜主動運輸提供驅動力,起到質子泵的作用[7-8]。1992年,Sarafian等[9]從擬南芥(Arabidopsisthaliana)中克隆出高等植物的第1個液泡膜H+-PPase基因AVP1(M81892)。1999年,Gaxiola等[10]將擬南芥液泡膜H+-PPase基因AVP1在酵母鹽敏感突變體ena1上超表達后,該突變體恢復了耐鹽性;隨后,Gaxiola 等[11]將帶有35S啟動子的AVP1基因轉入擬南芥,與野生型相比,AVP1超表達的轉基因植株能在250 mmol/L NaCl處理下正常生長,耐鹽性和耐旱性顯著提高,在轉基因植株液泡中,包括Na+在內的陽離子的積累明顯增加。過表達AVP1基因的番茄(Lycopersiconesculentum)和陸地棉(Gossypiumhirsutum)轉基因植株也表現出比野生型植株更強的對干旱和鹽脅迫的耐受性[12-13]。這些研究都表明了液泡膜H+-PPase在植物響應逆境脅迫中起著重要作用。
迄今為止,已從許多高等植物中克隆到液泡膜H+-PPase基因[3],然而這些基因大多數都來自抗逆性不強的模式植物或農作物上。剛毛檉柳(Tamarixhispida)是一種具有很強抗逆能力的木本鹽生植物,能在含鹽量達1%的土壤中形成天然林,因此是研究木本植物耐鹽機理和進行耐鹽基因克隆的理想材料。本研究通過對剛毛檉柳根部組織轉錄組數據分析,克隆獲得了1條剛毛檉柳液泡膜H+-PPase基因(ThVP1)全長cDNA 序列,并對該序列進行了生物信息學分析,進一步利用實時定量RT-PCR技術分析了其在鹽和干旱脅迫下不同時間點的表達模式,以期了解該基因在檉柳非生物脅迫應答中的功能。
1材料和方法
1.1實驗材料與處理
剛毛檉柳種子采自中國科學院吐魯番沙漠植物園。將剛毛檉柳種子播種于V(泥炭土)∶V(沙) =2∶1的混合土壤中,置于平均溫度24 ℃、光照/暗時間16 h/8 h、相對濕度70%~75%的溫室中培養。選取生長狀態良好和長勢一致的2月齡剛毛檉柳幼苗,分別用20%(w/v)PEG6000和0.4 mol/L NaCl進行脅迫處理,同時用正常澆水幼苗作為對照。在脅迫3、6、9、12、24、48、72和96 h后取剛毛檉柳的根部組織和地上部分組織,每個處理重復3次,每個樣品取20棵幼苗,將其充分混勻,用液氮速凍,置于-80 ℃冰箱用于RNA的提取。
1.2方法
1.2.1總RNA的提取采用CTAB法提取剛毛檉柳在各處理下不同時間點的根部組織和地上部分組織的總RNA,按照Prime ScriptTMRT reagent Kit(TaKaRa)進行反轉錄合成cDNA,置于-20℃冰箱保存備用。
1.2.2液泡膜ThVP1全長cDNA序列克隆與分析通過對剛毛檉柳轉錄組測序數據的分析,根據Unigenes功能注釋結果獲得1條液泡膜H+-PPase基因(ThVP1)的序列。以檉柳cDNA為模板對該基因進行PCR擴增,目的條帶經膠回收純化后,連接到pMD18-T載體上進行測序。利用在線工具ORF founder (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)分析ThVP1的開放讀碼框;利用ExPASy (http://www.expasy.org/tools/protparam.html)在線軟件預測ThVP1編碼的氨基酸序列的分子量及理論等電點。利用Bioedit對ThVP1的同源蛋白序列進行多序列比對;利用MEGA5.0軟件中Neighbor-Joining方法構建系統進化樹;利用二級結構預測軟件(https://www.predictprotein.org/)預測ThVP1基因編碼的蛋白質的二級結構。利用在線工具TMpred(http://www.genome.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)預測ThVP1可能的跨膜區;利用Protscale(http://web.expasy.org/cgi-bin/protscale/protscale.pl)在線分析ThVP1蛋白質的疏水性。應用WoLF PSORT軟件(http://wolfpsort.seq.cbrc.jp/)進行亞細胞定位預測。

表1 實時定量RT-PCR 引物序列
1.2.3實時定量RT-PCR根據ThVP1全長cDNA序列設計定量引物,以剛毛檉柳β-actin (FJ618517)、β-tubulin (FJ618518) 和β-tubulin (FJ618519)基因作為內參基因,引物序列見表1。利用MJ Opticon實時定量PCR儀(Bio-Rad,Hercules,CA)分析ThVP1的表達情況。實時熒光定量RT-PCR使用試劑盒TransStart Top Green qPCR SuperMix(TransGen)進行,反應體系:2×TransStart Top Green qPCR SuperMix 10 μL,上游引物和下游引物(10 μmol/L)各1 μL,稀釋后的模板cDNA 2 μL,加滅菌去離子水補足體積至20 μL。反應程序為:94 ℃預變性30 s;94 ℃變性12 s,58 ℃退火30 s,72 ℃延伸45 s,79 ℃讀板1 s,45個循環。待PCR反應結束后,將反應溫度以0.5 ℃/s的速度從55 ℃升到99 ℃。每個樣品重復3次,用2-ΔΔCt方法進行基因的相對定量分析[14-15]。
2結果和分析
2.1ThVP1基因全長cDNA的獲得及序列分析
通過對剛毛檉柳轉錄組數據分析,獲得1條編碼H+-PPase基因的序列。由于轉錄組測序獲得的基因序列是由小片段拼接而成,為了確保序列的準確性,我們克隆了該基因并進行測序,獲得的測序結果與轉錄組測序拼接的編碼序列完全相同。利用NCBI 網站在線軟件對該基因編碼蛋白進行保守結構域分析,結果顯示:其屬于H+轉運無機焦磷酸酶超家族,具有典型的H+-PPase結構域(圖1),將該基因命名為ThVP1(GenBank登錄號KU880710)。ThVP1基因cDNA全長為3 022 bp,包含2 298 bp完整的開放讀碼框,編碼765個氨基酸。推測ThVP1編碼蛋白質的分子量為80.37 kD,理論等電點為5.25,分子式為 C3670H5772N900O1053S32。
采用Predictprotein軟件預測ThVP1編碼蛋白的二級結構(圖2),結果表明:該蛋白質的二級結構中,α-螺旋和無規則卷曲占主要部分,分別占60.92%和33.86%。疏水結構預測表明,ThVP1編碼蛋白質具有明顯的疏水區,且均勻分布于整個肽鏈(圖3)。跨膜結構預測顯示,該蛋白包含13個跨膜螺旋結構(圖4),亞細胞定位預測顯示其定位于液泡膜上,表明ThVP1是一個液泡膜跨膜蛋白。
2.2ThVP1同源比對與進化樹構建
將ThVP1的氨基酸序列與10種植物液泡膜H+-PPase的氨基酸序列進行同源性比較,結果顯示ThVP1與其他植物的VP1氨基酸序列一致性較高,為93%~89%。ThVP1具有H+-PPase家族高度保守的3個結構域(CS1,CS2和CS3),其中CS1 中包含保守的DVGADLVGKVE氨基酸序列, 與H+-PPase家族基因結構一致(圖6)[16-17]。
利用MEGA5.0軟件對不同植物的H+-PPase基因氨基酸序列構建系統進化樹(圖5),結果顯示ThVP1與南瓜CmVP1等I類液泡膜H+-PPase親緣關系較近,而與擬南芥VP2等Ⅱ類液泡膜H+-PPase親緣關系較遠,表明ThVP1是檉柳的一個I類液泡膜H+-PPase。
2.3非生物脅迫下ThVP1基因的表達
為了進一步研究ThVP1基因對逆境脅迫的響應情況,采用實時RT-PCR方法分析其在NaCl和PEG脅迫下的表達模式。ThVP1在高鹽及干旱脅迫下均呈現為表達上調,但在各脅迫時間點和不同組織中的表達模式有所差異(圖7)。在NaCl脅迫下,ThVP1在檉柳根部表達量迅速上升,在脅迫6 h表達量達到最高,表達上調12.2倍,隨著脅迫時間的延長,ThVP1表達量又逐漸降低;在地上部組織中,ThVP1表達量在3 和12 h呈現2個高峰,表達分別上調20.9和17.9倍。
在PEG6000模擬干旱脅迫下,ThVP1在檉柳根部和地上組織表達均呈現先上升再下降的趨勢。在根部組織中,ThVP1在脅迫12 h表達量達到頂峰,表達上調14.2倍;在地上部組織中,ThVP1表達量在6 h達到最大值,表達上調16.5倍。

圖2 ThVP1蛋白質二級結構預測Fig. 2 Secondary structure prediction of ThVP1

圖1 ThVP1保守結構域分析Fig. 1 Conserved domain analysis of ThVP1

圖3 ThVP1蛋白質的疏水結構預測Fig. 3 Hydrophobicity analysis of ThVP1

圖4 ThVP1蛋白質的跨膜結構預測Fig. 4 Transmembrane domain prediction of the antiporter protein ThVP1

標尺代表每單位氨基酸的變化,0.1代表兩個序列之間10%的差異; ThVP1. 剛毛檉柳;VrVP1. 綠豆;OsVP1.水稻;HbVP1. 橡膠樹;GhVP1. 棉花;NtVP1.煙草;AtVP1. 擬南芥;SbVP1.高粱;AtVP2. 擬南芥;BvVP1. 甜菜;CmVP1. 南瓜;TaVP1. 小麥;HvVP1. 大麥;ZmVP1. 玉米;ZmVP2. 玉米;ThVP2. 鹽芥;VvVP2. 葡萄圖5 幾種植物VP蛋白同源序列的系統進化樹分析The scale bar expected the number of substitution per site, 0.1 means 10% changes were observed between two sequences;ThVP1. Tamarix hispida(KU880710); VrVP1. Vigna radiata (AB009077); OsVP1. Oryza sativa(BAD02277.1); HbVP1. Hevea brasiliensis(AY514019); GhVP1.Gossypium hirsutum (ADN96173); NtVP1. Nicotiana tabacum(X77915); AtVP1. Arabidopsis thaliana(M81892); SbVP1. Sorghum bicolor (ADJ67258); AtVP2.Arabidopsis thaliana(AF182813); BvVP1. Beta vulgaris(L32791); CmVP1. Cucurbita moschata (BAA3333149); TaVP1. Triticum aestivum(AY296911); HvVP1. Hordeum vulgare(ACA63883); ZmVP1. Zea mays(CAG29370);ZmVP2. Zea mays(ABK51382); ThVP2. Eutrema halophilum(BAJ33614); VvVP2. Vitis vinifera(CA041672)Fig. 5 Phylogenetic tree analysis of VP proteins from various plant species
綜上所述,ThVP1對高鹽和干旱脅迫具有明顯的響應,在檉柳根部和地上組織中表達量顯著上升,表明ThVP1可能參與檉柳抗旱耐鹽生理過程。同時發現ThVP1在地上部相對表達量高于根部,推測其主要在檉柳葉和莖中發揮抗逆功能。
3討論
離子區隔化是植物進行滲透調節的主要方式之一,液泡膜H+-PPase作為質子泵,在植物離子區隔化過程中發揮重要的作用。研究發現,大多數植物H+-PPase基因的開放讀碼框(ORF)含有2 283~2 319個核苷酸,編碼大約761 ~ 773個氨基酸殘基,分子量為80~81 kD[18-21],不同物種中的H+-PPase基因具有高度的序列同源性[22]。本研究從剛毛檉柳中克隆到H+-PPase基因ThVP1,其開放閱讀框長2 298 bp,編碼765個氨基酸,分子量為80.37 kDa。ThVP1具有植物H+-PPase共有的氨基酸序列DVGADLVGKVE,與大豆、菜豆、巨桉、棉花等植物的液泡膜H+-PPase基因具有較高同源性。因此,ThVP1在結構上符合植物液泡膜H+-PPase的特性。

粗線框表示保守結構域CS1;虛線框表示保守結構域CS2;細線框表示保守結構域CS3; 圖中從上至下依次代表的是剛毛檉柳、大豆、菜豆、巨桉、棉花、可可樹、油棕、馬鈴薯、蘋果、毛果楊的H+-PPase氨基酸序列圖6 ThVP1與其他植物H+-PPase同源序列的比較The thick lines stand for conserved domain CS1; dashed box stand for conserved domain CS2; thin box stand for conserved domain CS3;The amino acid sequences in the map which from the top to the bottom represent: Tamarix hispida (KU880710), Glycine max (XP_003542656.1), Phaseolus vulgaris (XP_007155080.1), Eucalyptus grandis (XP_010050115.1), Gossypium hirsutum (ADN96173.1), Theobroma cacao ( XP_007013600.1), Elaeis guineensis (XP_010928300.1), Solanum tuberosum ( XP_006359496.1), Malus domestica (XP_008352108.1) and Populus trichocarpa (XP_006381091.1)Fig. 6 Alignment analysis of ThVP1 with H+-PPase from other plants

圖7 ThVP1基因在不同脅迫下的表達模式分析Fig. 7 Expression analysis of ThVP1 gene under several abiotic stresses
高等植物中存在2種類型的液泡膜H+-PPase:Ⅰ型和Ⅱ型。Ⅰ型依賴K+激活而適度被Ca2+激活,Ⅱ型對K+不敏感而對Ca2+極其敏感[23-24]。這2種類型的H+-PPase在氨基酸序列相似性僅有37%~39%,在細胞中參與不同的生理過程,目前對Ⅰ型功能的研究多于Ⅱ型[25]。本研究中的檉柳ThVP1與大豆、擬南芥等植物的Ⅰ型H+-PPase的氨基酸序列相似性較高(>80%),親緣關系較近;而與擬南芥Ⅱ型H+-PPase氨基酸序列相似較低(<40%),表明ThVP1屬于Ⅰ型液泡膜H+-PPase。
盡管不同物種中的H+-PPase基因具有高度的同源性,但研究發現不同植物的H+-PPase基因轉錄水平或活性對鹽脅迫的響應存在很大差異。Colombo 和Cerana報道鹽脅迫可提高胡蘿卜懸浮細胞中液泡膜H+-PPase活性[26];Fukuda 等[27]用100 mmol/L NaCl 處理大麥后,其根中H+-PPase基因轉錄水平顯著升高,表明NaCl誘導H+-PPase活性或轉錄水平增加。然而,有研究發現Na+對一些植物的H+-PPase具有抑制作用。Nakamura 等[28]發現100 mmol/L NaCl 處理下綠豆根部H+-PPase活性受到強烈抑制。NaCl處理下冰葉日中花(Mesembryanthemumcrystallinum)中H+-PPase的含量和活性均下降。這些研究結果表明H+-PPase活性或轉錄水平的變化可能與植物種類、器官類型、發育狀態等諸多因素有關。為了研究液泡膜H+-PPase基因在檉柳非生物脅迫應答中的功能,本研究采用實時RT-PCR方法分析ThVP1在NaCl和PEG脅迫下的表達模式。在NaCl和PEG脅迫處理后,ThVP1基因在檉柳的根部和地上部的表達量均明顯增加,特別是在地上部組織中,ThVP1基因在脅迫后呈現高豐度表達。ThVP1在干旱和高鹽脅迫下的表達變化也存在器官差異性,其在地上部的相對表達量高于根部,推測其主要在檉柳葉和莖中參與對Na+的隔離,從而提高檉柳的耐鹽和抗旱能力。
2001年,Gaxiola等[11]報道了過表達擬南芥液泡膜H+-PPase基因AVP1提高了轉基因擬南芥的抗旱耐鹽能力。此后,鹽芥、鹽地堿蓬、沙冬青、鹽爪爪的H+-PPase基因的抗逆功能也得到了驗證[29-31]。 這些研究表明利用轉化液泡膜H+-PPase基因提高植物的耐鹽能力,是利用基因工程方法培育耐鹽植物新品種的一種有效途徑。剛毛檉柳是具有優良抗逆能力的鹽生植物,與甜土植物相比,鹽生植物的離子區隔化更為明顯和有效。ThVP1對干旱和鹽分脅迫高度響應,暗示其可能在剛毛檉柳離子區隔化過程中發揮重要作用[32]。 后續研究將把ThVP1轉入擬南芥和檉柳中驗證其抗逆功能,以期為植物抗逆育種提供有效的基因資源。
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(編輯:宋亞珍)
Cloning and Expression Analysis of a Vacuolar H+-PPase Gene fromTamarixhispida
ZHANG Chunrui1,JIA Yuanyuan1,WANG Yanmin1、2,WANG Yucheng1,YANG Chuanping1,WANG Chao1*
(1 State Key Laboratory of Tree Genetics and Breeding, Northeast Forestry University, Harbin 150040,China; 2 Heilongjiang Forestry Academy of Science, Harbin 150081,China)
Abstract:A full length cDNA of a vacuolar H+-PPase gene (named ThVP1) was isolated from the transcriptome cDNA librarys of Tamarix hispida. ThVP1 was 3 022 bp in length, including an open reading frame of 2 298 bp which was predicted to encode a polypeptide of 765 amino acids. The estimated molecular weight and isoelectric points of the putative protein were 80.37 kD and 5.25, respectively. Hydrophobicity analysis and transmembrane domain prediction indicated that the ThVP1 contained 13 potential transmembrane domains with strong hydrophobicity. The amino acids sequence of ThVP1 contains three conservative domains (CS1, CS2 and CS3),which shows 93% identities in amino acids sequence to vacuolar H+-PPase genes from Reaumuria trigyna. Phylogenetic analysis indicates that ThVP1 belongs to class I type vacuolar H+-PPase gene. Quantitative real-time PCR assay revealed that the mRNA level of ThVP1 was significantly up-regulated by more than 20- fold higher than that of control under NaCl and PEG treatments in Tamarix hispida, suggesting that ThVP1 might play an important role in salt and drought tolerance of T. hispida.
Key words:Tamarix hispida; vacuolar H+-PPase; stress responses; gene expression
文章編號:1000-4025(2016)05-0881-07
doi:10.7606/j.issn.1000-4025.2016.05.0881
收稿日期:2016-01-22;修改稿收到日期:2016-04-28
基金項目:國家自然科學基金(31300571);教育部博士點基金(20130062120012)
作者簡介:張春蕊(1991-),女,在讀碩士研究生,主要從事林木抗逆機理研究。 E-mail. zcr_sherry@163.com *通信作者:王超,博士,副教授,碩士生導師,主要從事林木分子育種研究。E-mail. wzyrgm@163.com
中圖分類號:Q786
文獻標志碼:A