植物DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性研究進展

趙倩 王巍 孫野青

（大連海事大學 環(huán)境科學與工程學院 環(huán)境系統(tǒng)生物學研究所，大連 116026）

植物DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性研究進展

趙倩 王巍 孫野青

（大連海事大學 環(huán)境科學與工程學院 環(huán)境系統(tǒng)生物學研究所，大連 116026）

DNA甲基化是真核生物基因組最重要的修飾方式之一。就植物DNA甲基化模式、建立、維持機制及其特征進行了綜述，并且著重解釋了植物DNA甲基化影響基因表達的機制?？偨Y(jié)了在脅迫環(huán)境下單基因甲基化狀態(tài)發(fā)生改變對于基因表達的影響，并對當前利用高通量測序技術(shù)分析植物全基因組范圍內(nèi)DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)分析研究進行綜述。

植物；DNA甲基化；基因表達；脅迫環(huán)境

表觀遺傳學（epigenetics）是1942年由Waddingtong［1］首次提出，主要研究在DNA序列沒有發(fā)生改變的情況下，基因功能發(fā)生改變，并且這種改變可以隨著細胞的有絲分裂及減數(shù)分裂遺傳下去的現(xiàn)象，其中以DNA甲基化最為常見。

DNA甲基化在植物體中有兩個關(guān)鍵作用：一是，保護基因組免受外來插入序列的侵害；二是調(diào)節(jié)基因表達［2，3］。大量實驗研究表明，植物DNA甲基化與基因表達存在一定的關(guān)聯(lián)性。本文首先就植物DNA甲基化的形式，建立與維持機制進行綜述，進而闡述植物DNA甲基化影響基因表達的機制，對逆境脅迫下植物單個基因DNA甲基化對基因表達的影響，以及當前利用高通量測序技術(shù)分析植物全基因組范圍內(nèi)DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)分析進行歸納，以更深入理解DNA甲基化效應機制。

1 植物基因組中的DNA甲基化

1.1 植物DNA甲基化的模式

DNA復制完成后，甲基轉(zhuǎn)移酶（DNMT）催化S-腺苷酰-L-甲硫氨酸（SAM）上的甲基基團連接到DNA分子的胞嘧啶堿基上。

植物基因組DNA甲基化主要發(fā)生在對稱序列CG富含區(qū)以及高度重復序列，主要集中在著絲粒重復區(qū)、核糖體RNA編碼重復區(qū)以及轉(zhuǎn)座子元件序列等區(qū)域［4］。甲基化有3種主要修飾形式，其中5'-5mCG-3'是最普遍也是穩(wěn)定性最佳的形式；其次是5'-5mCNG-3'（N代表任何核苷酸）和5'-5mCHH-3'位點（不對稱位點，H代表A、C或T）修飾形式，后兩者發(fā)生頻率較低［5］。

植物基因組DNA甲基化產(chǎn)生方式主要有兩種：一是維持甲基化：在DNA復制過程中，DNA甲基化酶識別半甲基化的DNA子鏈，催化新生鏈相應位置發(fā)生甲基化修飾；二是從頭甲基化：DNA甲基化酶催化母鏈上未發(fā)生甲基化的胞嘧啶位點在子鏈上進行甲基化修飾［6］。

1.2 植物DNA甲基化的建立及維持機制

在對植物體的研究中發(fā)現(xiàn)，DNA甲基可以被小分子RNA介導，該過程被稱之為RNA介導的DNA甲基化（RNA-depended DNA methylation，RdDM）［7，8］。參與RdDM過程的小RNA由RNAi過程產(chǎn)生。植物細胞核內(nèi)，在RNA依賴的RNA聚合酶的作用下使單鏈RNA形成雙鏈RNA或插入重復序列的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物形成雙鏈RNA，隨后在DCL3（Dicer-like3）的作用下，這些雙鏈RNA被加工成24 nt的RNA信號分子，通過作用于不同的甲基轉(zhuǎn)移酶導致基因不同序列位點發(fā)生DNA甲基化（圖1）。RdDM導致RNADNA序列同源區(qū)域幾乎所有的胞嘧啶高度從頭甲基化。

植物中鑒定到3類結(jié)構(gòu)不同的胞嘧啶甲基轉(zhuǎn)移酶，分別是MET，CMT和DRM，這3類酶負責維持DNA甲基化［8，9］（圖1）。甲基轉(zhuǎn)移酶MET（methyltransferaseⅠ）主要功能是在重復及單拷貝的DNA序列中維持CG雙核苷酸中的胞嘧啶甲基化。DNA甲基轉(zhuǎn)移酶基因DDMⅠ（Decrease in DNA MethylationⅠ）突變也會導致CG位點DNA去甲基化，說明METⅠ和DDMⅠ對維持CG位點完整的DNA甲基化狀態(tài)是必需的；植物特異的染色質(zhì)甲基轉(zhuǎn)移酶CMT3（chromomethylation 3）主要維持CNG以及CHH核苷酸序列中胞嘧啶的甲基化；結(jié)構(gòu)域重排甲基轉(zhuǎn)移酶（domain rearranged methylation，DRM）維持失活轉(zhuǎn)座子和轉(zhuǎn)基因沉默位點的胞嘧啶甲基化修飾。

圖1 由RNA介導的（RdDM）甲基化圖例［8］

1.3 植物DNA甲基化的特征

植物DNA甲基化具有種屬差異性。所有植物基因組中都存在不同程度的DNA甲基化，高等植物基因組中約有6%-30%的胞嘧啶發(fā)生甲基化，DNA甲基化的發(fā)生比例因植物種類不同而有差異，以CG甲基化為例，擬南芥比例為22.3 %、楊樹為41.9%、水稻為59.4 %［10］。

植物DNA甲基化具有組織特異性。研究報道，在番茄葉片中CG、CNG和CHH的甲基化水平分別為85.51%、56.15%及8.63%，但是在番茄果實中3種甲基化水平分別為73.97%-79.16%、51.99-53.88%及13.52-14.20%［11］，表明同一物種不同組織的DNA甲基化水平有差異。

植物DNA甲基化具有發(fā)育階段特異性。植物同一組織的不同發(fā)育時期或同一類型細胞不同發(fā)育階段，基因組DNA甲基化比例有所不同。報道顯示，在白楊樹中，春天生長及冬天冬眠時，植株分別出現(xiàn)整體范圍內(nèi)的高甲基化及低甲基化水平［12］；在番茄果實成熟過程中，CG甲基化水平降低［11］。這些結(jié)果說明DNA甲基化在植物發(fā)育過程中是一個動態(tài)的過程。

1.4 植物與哺乳動物DNA甲基化的區(qū)別

植物和哺乳動物有著不同的序列特異性，不同的甲基化酶和迥異的甲基化遺傳特性，具體區(qū)別如表1所示［13-16］。在植物中，DNA甲基化狀態(tài)和甲基化的變換往往能忠實地被后代繼承［17，18］，而在哺乳動物中，DNA甲基化在胚胎發(fā)育的早期需要一個全部抹除和重新建立的過程［19］。

表1 植物DNA甲基化與哺乳動物的區(qū)別［20］

2 DNA甲基化調(diào)控基因表達的機制

近年來，隨著 對DNA甲基化的深入研究，發(fā)現(xiàn)DNA甲基化對于調(diào)節(jié)基因表達有3種可能機制［21］，詳細介紹如下。

2.1 DNA甲基化干擾轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合

在基因組中，含有CpG位點的啟動子序列位于DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的大溝內(nèi)，此處也是眾多蛋白轉(zhuǎn)錄因子與DNA結(jié)合的部位。該處胞嘧啶發(fā)生甲基 化后，對甲基化位點敏感的轉(zhuǎn)錄因子如堿性磷酸酶（AP2）、周期性AMP依賴啟動子（CAREB）、轉(zhuǎn)錄因子2（E2F2）、反式作用因子（NFκB）無法與相應的識別位點正常結(jié)合，導致轉(zhuǎn)錄無法啟動，從而干擾相關(guān)基因的表達［22］。

2.2 甲基CpG結(jié)合蛋白阻礙轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合

2.3 染色體結(jié)構(gòu)改變 調(diào)控轉(zhuǎn)錄活性

DNA甲基化可以改變?nèi)旧|(zhì)的結(jié)構(gòu)，抑制基因表達。染色質(zhì)構(gòu)型的改變伴隨著組蛋白的乙?；c去乙酰化過程。DNA甲基化不會引起異染色質(zhì)凝聚，但是可以導致組蛋白H3，H4氨基端賴氨酸殘基去乙?；绊懞诵◇w的結(jié)構(gòu)，同時DNA甲基化改變組蛋白H1的連接作用從而調(diào)節(jié)基因活性［24］。此外，DNA甲基化通過阻止轉(zhuǎn)錄因子的進入以誘導染色質(zhì)失活的方式防 止染色質(zhì)活化。

3 植物DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性研究

目前，對于植物DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性研究主要集中在兩個方 面：外界環(huán)境脅迫下單個基因的甲基化狀態(tài)改變及對應的基因表達改變的分析；通過高通量測序技術(shù)進行全基因組甲基化測序和表達測序，從而進行兩者關(guān)聯(lián)性分析。

3.1 脅迫下植物特定基因位點DNA甲基化改變影響基因表達

目前，大量 實驗結(jié)果證實了脅迫環(huán)境引起的單個基因的DNA甲基化狀態(tài)或程度的改變影響了對應基因的表達。相關(guān)的脅迫環(huán)境研究主要包括溫度脅迫，化學試劑脅迫、金屬脅迫、病原菌脅迫及輻射脅迫等?，F(xiàn)對相關(guān)研究進展進行綜述。

3.1.1 溫度脅迫 研究發(fā)現(xiàn)，在低溫處理玉米時分離到一個低溫特異表達基因ZmMⅠ1，該基因片段含有類似逆轉(zhuǎn)座子的基因序列，并且DNA甲基化程度下降且在低溫下特異轉(zhuǎn)錄表達。推測脅迫下基因編碼區(qū)發(fā)生去甲基化，導致染色質(zhì)結(jié)構(gòu)較為松散，進而促進轉(zhuǎn)錄水平上調(diào)［25］。另有研究發(fā)現(xiàn)，離體煙草葉片在低溫處理后，編碼類甘油磷酸酯酶蛋白的基因NtGPDL發(fā)生去甲基化，基因表達上調(diào)［26］。華揚等的研究證實在5℃下處理水稻48 h，利用甲基化敏感擴增多態(tài)性技術(shù)（methylation sensitive amplification polymorphism，MSAP）找到了一系列甲基化差異片段，其中發(fā)現(xiàn)CIDM7片段在冷脅迫后去甲基化，并且利用Northern技術(shù)證明CIDM7在冷處理后表達增加［27］。溫度升高，擬南芥中編碼基因At3g50770甲基化水平降低，同時基因表達水平增高。遺憾的是，在編碼基因At5g43260中并未觀察到甲基化水平與基因表達的相關(guān)性［28］。這表明環(huán)境刺激下DNA甲基化的改變可以作為控制許多基因表達的開關(guān)，通過去除基因DNA甲基 化而對逆境做出響應。

藥動學(PK)是臨床藥理學研究中藥物作用機制及新型藥物研究中必要的研究方向,其實驗流程為:給藥→采集血樣或組織→樣品處理、分析、測定→數(shù)據(jù)處理。在藥動學研究的定量分析與定性分析中,現(xiàn)代色譜技術(shù)都發(fā)揮了重要作用,在定量分析中,人們常以 HPLC和液質(zhì)聯(lián)用,來測定不同時間點代謝物在血漿和尿液中的濃度,構(gòu)建藥物變化規(guī)律模型,繼而計算出各項藥動學參數(shù);在定性分析中,人們常利用色譜技術(shù)來進行代謝產(chǎn)物的分析、鑒定、提純,明確藥物的有效成分及代謝產(chǎn)物。

3.1.2 化學試劑脅迫 5-氮胞苷（5-azacytidine）甲基化抑制劑處理水稻后，獲得了一個遺傳穩(wěn)定的矮化突變株Line-2，利用MSAP技術(shù)分析發(fā)現(xiàn)Line-2突變系較其野生型具有特異的類似于水稻白葉枯病抗性基因Xa21的克隆Xa21G，該基因啟動子區(qū)在野生型中胞嘧啶完全甲基化，但是在Line-2突變系中完全去甲基化，同時Xa21G在Line-2突變系中高表達，分析可能是由于基因啟動子區(qū)去甲基化促進了Xa21G的高表達［17］。Finnegan等［29］利用去甲基化試劑處理水稻種子使其DNA甲基化水平降低，使植株組織中正常情況下不表達的基因啟動表達，植株出現(xiàn)矮化、葉片變小等一系列改變。另有報道稱利用5-氮胞苷處理紫蘇，紫蘇在未經(jīng)春化處理后開花，同時發(fā)現(xiàn)控制開花的基因有去甲基化現(xiàn)象［30］。擬南芥中的At1g13470是一個通過RdDM抑制基因表達的類似轉(zhuǎn)座子沉默的基因，水楊酸激素（salicylic acid）處理之后，呈現(xiàn)出明顯的去甲基化現(xiàn)象，并且基因表達也隨之上調(diào)［31］。擬南芥受到二氧化硫脅迫之后，基因組胞嘧啶出現(xiàn)高甲基化現(xiàn)象，1-氨基環(huán)丙烷-1-羧酸合成酶6和腈水解酶2基因的啟動子區(qū)甲基化水平降低，并且轉(zhuǎn)錄水平升高［32］。有研究表明，SO2脅迫后擬南芥植株地上組織細胞中NIT2基因的編碼區(qū)甲基化狀態(tài)未變，而啟動子區(qū)的多個CG和CHH位點去甲基化，胞嘧啶總的甲基化水平降低，同時NIT2 基因轉(zhuǎn)錄上調(diào)，證實了逆境脅迫響應基因的轉(zhuǎn)錄應答與啟動子序列的甲基化特征有關(guān)，表明DNA 甲基化修飾在植物脅迫應答過程 中發(fā)揮了重要作用［33］。以上研究結(jié)果都進一步證實了甲基化的去除對相應調(diào)控基因表達的促進作用。

李雪林等（Li）［34］研究發(fā)現(xiàn)高鹽脅迫誘導棉花根中抗逆相關(guān)基因陸地棉cDNA克隆GH_TMO和海島棉gypsy反轉(zhuǎn)座子反轉(zhuǎn)錄酶基因DNA序列去甲基化，編碼基因表達水平升高，作者認為NaCl 脅迫誘導上述基因發(fā)生去甲基化而活化基因表達以適應逆境脅迫。另有研究報道利用鹽脅迫處理水稻，細胞周期進程受到干擾，推測可能是基因通過升高DNA甲基化水平而關(guān)閉了DNA復制啟動與DNA損傷修復基因的表達，使細胞生長與分裂延遲［35］。

3.1.3 金屬離子脅迫 目前研究多集中在金屬離子脅迫對植物DNA甲基化水平的影響上，有報道研究鋁離子脅迫離體煙草葉片，重亞硫酸鹽處理DNA后測序發(fā)現(xiàn)NtGPDL基因啟動子區(qū)DNA甲基化狀態(tài)未發(fā)生改變，基因編碼區(qū)部分CG位點迅速發(fā)生去甲基化，且基因表達量隨之上調(diào)［26］。推測NtGPDL基因去甲基化可能影響了染色質(zhì)構(gòu)造，也說明脅迫環(huán)境下基因表達調(diào)控不局限于依賴啟動子區(qū)甲基化狀態(tài)改變，也可以通過改變編碼區(qū)的甲基化程度從而使染色質(zhì)結(jié)構(gòu)松弛進行調(diào)控基因表達。有研究發(fā)現(xiàn)利用3 mmol/L Pb（NO3）2處理玉米12 h、24 h和48 h與對照組比較，在基因區(qū)域上游2 000 bp和下游2 000 bp的臨近啟動子區(qū)的基因表達水平與DNA甲基化水平呈現(xiàn)負相關(guān)。其中，AP2/ERF、zinc finger和leucine-rich repeat基因發(fā)生去甲基化，同時基因表達水平上升［36］。

3.1.4 生物脅迫 病原菌應答基因NtAlix1在正常煙草葉片上不表達，編碼區(qū)基因高度甲基化。在人工接種煙草花葉病毒（TMV）之后，NtAlix1基因發(fā)生去甲基化，并且隨時間呈現(xiàn)動態(tài)變化的特點，并且基因表達量也隨之上調(diào)，作者認為在外部脅迫作用下DNA去甲基化可活化染色質(zhì)并且促進基因高表達，NtAlix1基因甲基化狀態(tài)可能作為一個基因表達的開關(guān)存在［37］。

3.1.5 輻射脅迫 本課題組長期致力于研究空間輻射環(huán)境下植物DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性。經(jīng)第20顆返回式科學與技術(shù)衛(wèi)星搭載的松粳6號水稻種子，運用MSAP技術(shù)以及雙向電泳技術(shù)對水稻葉片DNA位點甲基化狀態(tài)及蛋白表達水平進行分析發(fā)現(xiàn)，盡管單株水稻存在個體差異，但是DNA位點甲基化狀態(tài)與蛋白表達結(jié)果表現(xiàn)出一致性：在以蛋白質(zhì)表達量下調(diào)為主的單株材料中，其DNA甲基化水平以甲基化水平上調(diào)為主；在以蛋白表達量上調(diào)為主的單株材料中，其DNA甲基化水平上以DNA去甲基化變化為主；在蛋白表達量沒有主要變化趨勢的單株材料中，其DNA甲基化水平上甲基化變化和去甲基化變化也基本持平［38］。本課題組在前期研究中也發(fā)現(xiàn)，空間飛行和模擬重離子輻射都能引起基因編碼區(qū)的DNA甲基化變化，而且部分編碼區(qū)發(fā)生甲基化變化的對應基因的轉(zhuǎn)錄水平也發(fā)生了變化：發(fā)現(xiàn)熱休克蛋白DNAJ以及分子伴侶家族蛋白對應基因位點去甲基化，兩者基因表達均上調(diào)；與核酸代謝相關(guān)的蛋白DNA胞嘧啶脫氨基酶對應基因位點發(fā)生甲基化，其基因表達下調(diào)。推測空間環(huán)境可能是通過改變DNA甲基化狀態(tài)改變了基因組的穩(wěn)定性進而影響基因和蛋白質(zhì)的表達狀況［20］。

逆境脅迫下，DNA甲基化作為一種重要的表觀遺傳現(xiàn)象，核苷酸序列未發(fā)生改變，而基因表達改變，是與基因活性開啟和關(guān)閉密切相關(guān)的動態(tài)過程，參與了應答 逆境脅迫的生命活動［2，39］。逆境脅迫下，植物DNA甲基化水平上調(diào)抑制基因表達，推測可能會降低常規(guī)新陳代謝的速率；特定抗性基因DNA去甲基化活化基因表達，推測可能是活化染色質(zhì)，使抗性基因表達上調(diào)，協(xié)助植物渡過逆境。

3.2 基于全基因組測序的植物DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性研究

全基因組甲基化分析采用的方法主要包括甲基化DNA免疫共沉淀技術(shù)（methylated DNA immunoprecipitation sequencing，MeDIP-seq）或者全基因組重亞硫酸鹽測序技術(shù)（whole genome bisulfite sequencing，BS-seq），同時采用數(shù)字基因表達譜技術(shù)（digital gene expression profiling，DGE）或者轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)（transcriptome sequencing，RNA-seq）分析基因表達情況［40，41］，將兩者聯(lián)合分析討論，分析基因組甲基化水平與基因表達水平的關(guān)聯(lián)性［42］。

3.2.1 擬南芥DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性 利用上述方法，在擬南芥中的研究發(fā)現(xiàn)，中度表達基因最有可能被甲基化，而高表達及低表達基因最不易被甲基化；且DNA甲基化阻礙轉(zhuǎn)錄延伸［4］。另一研究進行的更細致分析表明，基因編碼區(qū)甲基化的基因表達水平明顯高于未甲基化的基因，但是啟動子區(qū)甲基化的基因表達水平普遍低于未甲基化的基因［43］。

擬南芥met1突變體中，CG位點的甲基化水平降低，特異性誘導31個基因高表達，突變體對病原菌的抗性提高，表明這31個基因很可能與植物抗逆相關(guān)。在進一步實驗中用病原菌對擬南芥進行處理并分析了基因組的甲基化狀態(tài)變化，全基因組甲基化測序圖譜顯示有大量脅迫誘導的甲基化多態(tài)性位點出現(xiàn)，包括抗逆相關(guān)基因、轉(zhuǎn)座子和一些重復序列，其中很多與mRNA測序得到的表達差異基因密切相關(guān)，作者推測在一定程度上，擬南芥植株為了響應環(huán)境刺激，可以通過DNA甲基化狀態(tài)的改變調(diào)節(jié)基因表達［31］。

3.2.2 水稻DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性 有課題組研究了兩種水稻（耕種水稻Oryza sativa spp. japonica、indica及 野 生 稻 Oryza rufipogon、Oryza nivara）孕穗期的基因組甲基化水平及其對基因表達的影響。采用了全基因組重亞硫酸鹽測序技術(shù)，測序深度為4.54-13.5倍，基因表達分析采用數(shù)字基因表達譜技術(shù)。結(jié)果與擬南芥的研究類似，即啟動子區(qū)甲基化抑制基因表達，并且編碼區(qū)甲基化與基因表達呈正相關(guān)，同時在基因轉(zhuǎn)錄末端（transcriptional termination region，TTRs）DNA甲 基化可以明顯抑制基因表達，甚至對于基因表達的影響比啟動子區(qū)甲基化更強烈［44］。

3.2.3 楊樹DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性 Liang等［45］將楊樹（populus trichocarpa）基因按照表達水平分為了4類：高表達、中度表達、低表達和沉默基因。研究發(fā)現(xiàn)，沉默基因與表達基因相比較，有明顯的高甲基化水平，說明基因沉默可能是由于高甲基化引起的。在表達基因中，基因編碼區(qū)域與上游區(qū)域甲基化水平和基因表達呈現(xiàn)明顯的正相關(guān)；然而，在基因轉(zhuǎn)錄起始位置（transcriptional start region，TSSs）和TTRs以及下游區(qū)域甲基化水平和基因表達呈現(xiàn)負相關(guān)。基因編碼區(qū)域甲基化基因比未甲基化基因有明顯的高表達說明在基因編碼區(qū)域基因表達和甲基化呈現(xiàn)正相關(guān)性。在TSS上游100 bp，DNA甲基化阻礙基因表達；在TSS上游100-2 000 bp及基因編碼區(qū)域，DNA甲基化與基因表達呈現(xiàn)正相關(guān)。用干旱脅迫處理楊樹，沉默基因的甲基化水平明顯上升。TSSs上游100 bp基因甲基化水平上升，上游2 000 bp未甲基化的基因的基因表達水平降低。下游2 000 bp基因在干旱處理后基 因表達水平上升?；蚓幋a區(qū)域甲基化及未甲基化基因的表達都沒有明顯改變。

3.2.4 大豆DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性 研究將大豆（glycine max，cultivar Heinong44）基因按照表達水平分為了7類，大豆的低表達基因啟動子區(qū)CG、CHG的甲基化水平較高，CHH的甲基化水平相對較低。在基因編碼區(qū)域，中等程度表達的基因有更高的CG甲基化水平，低表達的基因上CHG、CHH的甲基化水平高。這些結(jié)果暗示基因編碼區(qū)域的CG甲基化與中等程度表達的基因有關(guān)聯(lián)，同時CHG、CHH甲基化會導致基因沉默［46］。

3.2.5 玉米DNA甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性 有研究分析玉米（Zea mays）自交系478和自交系58的幼苗DNA甲基化改變與基因表達變化的關(guān)系。兩種玉米品系在同源相同基因中有119個差異表達基因，差異甲基化區(qū)域在這119個基因的上游2 000 bp區(qū)域及基因內(nèi)部有富集，在基因下游2 000 bp區(qū)域未發(fā)現(xiàn)差異甲基化區(qū)域富集現(xiàn)象。這一結(jié)果說明育種過程中啟動子區(qū)域和基因內(nèi)部的基因甲基化變異可以影響基因表達水平［47］。在相同區(qū)域中，有2 211個差異甲基化區(qū)域，在11個其上游2 000 bp區(qū)域有差異甲基化區(qū)域的差異表達基因中，8個基因表達與甲基化變化呈現(xiàn)負相關(guān)性；在10個其基因內(nèi)部有差異甲基化區(qū)域的差異表達基因中，6個基因表達與甲基化變化呈現(xiàn)負相關(guān)性；在其中11個上述基因中，有8個基因表達上升，DNA甲基化水平下降。同時，Eichten等［48］的研究也證實了上述結(jié)果，發(fā)現(xiàn)差異基因的表達模式與DNA甲基化改變負相關(guān)。

基于全基因組測序的植物DNA甲基化與基因表達的研究發(fā)現(xiàn)，在基因不同區(qū)域上，兩者關(guān)聯(lián)性存在差異，植物基因啟動子區(qū)甲基化與基因表達呈現(xiàn)負相關(guān)性；但是編碼區(qū)基因甲基化與基因表達的關(guān)系在不同物種間有差異，在玉米中，DNA甲基化與基因表達呈現(xiàn)負相關(guān)性；在水稻、擬南芥和楊樹中DNA甲基化與基因表達呈現(xiàn)正相關(guān)性，在大豆中中等程度表達的基因有更高的CG甲基化水平，而低表達的基因上CHG、CHH的甲基化水平高；在基因轉(zhuǎn)錄末端，水稻中DNA甲基化與基因表達呈現(xiàn)負相關(guān)性。這一結(jié)果體現(xiàn)了植物DNA甲基化與基因表達之間的復雜關(guān)系。

同時，這一結(jié)果與上述脅迫下單個基因甲基化與表達呈現(xiàn)負相關(guān)的結(jié)論并不完全一致，造成這一現(xiàn)象的原因是，研究單個基因甲基化狀態(tài)所選取的基因位置比較隨機（各個實驗選取啟動子區(qū)或者編碼區(qū)并不統(tǒng)一［49］）。隨著高通量測序技術(shù)的應用，我們可以更加細致得觀察基因各個區(qū)域甲基化與基因表達的關(guān)系，從而可以更加準確翔實地總結(jié)基因甲基化與基因表達的關(guān)聯(lián)性。

4 結(jié)語

在目前研究中，對植物DNA甲基化的建立和維持機制以及對植物生命活動的調(diào)節(jié)已經(jīng)很清楚。但是，針對植物DNA甲基化的狀態(tài)對基因表達的影響的認識還非常少，尤其是脅迫處理下，植物DNA甲基化的改變對于基因表達的影響機制尚不完全清楚。DNA甲基化是有機體極為重要的調(diào)控方式［15，50］，植物DNA甲基化影響基因表達的研究進展揭示了兩者之間可能存在對應關(guān)系，但是植物如何通過DNA甲基化的改變影響基因表達的研究尚處于起步階段，亟待深入研究。

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（責任編輯 狄艷紅）

Review on the Correlation between DNA Methylation and Gene Expression in Plant

ZHAO Qian WANG Wei SUN Ye-qing
（Institute of Environmental System Biology，College of Environmental Science and Engineering，Dalian Maritime University，Dalian，116026）

DNA methylation is one of the most important modification of eukaryotic genomes. This article reviews the patterns，establishment and maintaining mechanisms of plant DNA methylation，while focusing on the explanation of affecting mechanism of plant DNA methylation on gene expression and regulation. This article summarizes the effects on gene expression caused by the changes of DNA methylation in plant under adversity stress，and the correlation between plant DNA methylation in the whole genome and gene expression by high-throughput sequencing technologies.

plant；DNA methylation；gene expression；stress environment

10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.04.002

2015-08-08

中央高?；究蒲袠I(yè)務費專項資金資助（3132013089）

趙倩，女，博士研究生，研究方向：空間環(huán)境生物學效應；E-mail：zhaoqiandlmu@163.com

孫野青，女，教授、博士生導師，研究方向：環(huán)境系統(tǒng)生物學；E-mail：yqsun@dlmu.edu.cn